More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BamMC406_4369 on replicon NC_010552
Organism: Burkholderia ambifaria MC40-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010552  BamMC406_4369  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 289 aa  574  1.0000000000000001e-163  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3907  LysR family transcriptional regulator  99.31 
 
 		 289 aa  570  1e-161  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1410  LysR family transcriptional regulator  91.9 
 
 		 286 aa  515  1.0000000000000001e-145  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6616  LysR family transcriptional regulator  85.3 
 
 		 286 aa  486  1e-136  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2022  LysR family transcriptional regulator  76.79 
 
 		 286 aa  433  1e-120  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2246  transcriptional regulator, LysR family  75.71 
 
 		 286 aa  429  1e-119  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4303  LysR family transcriptional regulator  72.24 
 
 		 293 aa  410  1e-114  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4176  LysR family transcriptional regulator  71.53 
 
 		 298 aa  405  1.0000000000000001e-112  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.661797 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0109  transcriptional regulator, LysR family  44.57 
 
 		 292 aa  224  2e-57  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0984  LysR family transcriptional regulator  42.49 
 
 		 287 aa  214  9.999999999999999e-55  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.95626  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3319  transcriptional regulator, LysR family  44.15 
 
 		 284 aa  211  1e-53  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.914032  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3618  transcriptional regulator, LysR family  43.77 
 
 		 284 aa  210  2e-53  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4203  LysR family transcriptional regulator  44.66 
 
 		 288 aa  206  5e-52  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.202546 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2650  LysR family transcriptional regulator  42.29 
 
 		 283 aa  204  2e-51  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.221886 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2713  LysR family transcriptional regulator  42.53 
 
 		 281 aa  202  4e-51  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0696841  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3573  hypothetical protein  44.14 
 
 		 288 aa  200  1.9999999999999998e-50  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4938  transcriptional regulator, LysR family  40.14 
 
 		 283 aa  198  1.0000000000000001e-49  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3715  transcriptional regulator, LysR family  44.06 
 
 		 288 aa  191  8e-48  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0587379 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2476  transcriptional regulator, LysR family  39.72 
 
 		 295 aa  191  1e-47  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.985162  normal  0.348723 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4131  transcriptional regulator, LysR family  43.11 
 
 		 289 aa  190  2e-47  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3823  LysR substrate-binding  43.11 
 
 		 289 aa  190  2.9999999999999997e-47  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0678  transcriptional regulator, LysR family  41.7 
 
 		 290 aa  186  5e-46  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.149422  normal  0.525189 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3176  LysR family transcriptional regulator  43.66 
 
 		 289 aa  184  2.0000000000000003e-45  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1099  LysR family transcriptional regulator  47.29 
 
 		 304 aa  180  2e-44  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.421675  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2517  transcriptional regulator, LysR family  38.22 
 
 		 291 aa  180  2.9999999999999997e-44  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.0282756 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4355  transcriptional regulator, LysR family  39.92 
 
 		 297 aa  178  8e-44  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0524  LysR family transcriptional regulator  46.03 
 
 		 280 aa  171  1e-41  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4216  transcriptional regulator, LysR family  61.54 
 
 		 161 aa  169  5e-41  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3882  LysR family transcriptional regulator  35.69 
 
 		 284 aa  169  5e-41  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3040  LysR family transcriptional regulator  40.82 
 
 		 282 aa  168  8e-41  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.165856  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0535  LysR family transcriptional regulator  40.82 
 
 		 286 aa  168  8e-41  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.605661  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1252  LysR family transcriptional regulator  40.82 
 
 		 286 aa  168  8e-41  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1478  LysR family transcriptional regulator  40.82 
 
 		 286 aa  168  8e-41  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0618  LysR family transcriptional regulator  40.82 
 
 		 286 aa  168  8e-41  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1578  LysR family transcriptional regulator  40.82 
 
 		 367 aa  168  9e-41  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.170227  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2806  LysR family transcriptional regulator  40.82 
 
 		 286 aa  167  1e-40  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.469753  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1448  LysR family transcriptional regulator  40.82 
 
 		 321 aa  168  1e-40  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.427766  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3671  transcriptional regulator, LysR family  35.29 
 
 		 288 aa  166  5e-40  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0405  LysR family transcriptional regulator  38.72 
 
 		 298 aa  161  1e-38  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2053  LysR family transcriptional regulator  40.62 
 
 		 282 aa  160  2e-38  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1144  LysR family transcriptional regulator  40.23 
 
 		 282 aa  160  2e-38  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1156  LysR family transcriptional regulator  40.23 
 
 		 282 aa  160  2e-38  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.243733 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1238  LysR family transcriptional regulator  39.84 
 
 		 282 aa  160  3e-38  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.804975  normal  0.249608 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0785  LysR family transcriptional regulator  39.84 
 
 		 282 aa  160  3e-38  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1266  LysR family transcriptional regulator  39.84 
 
 		 328 aa  159  4e-38  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.496224  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2477  LysR family transcriptional regulator  39.7 
 
 		 290 aa  158  8e-38  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4409  LysR family transcriptional regulator  39.45 
 
 		 282 aa  158  1e-37  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0106  LysR family transcriptional regulator  38.85 
 
 		 283 aa  152  5.9999999999999996e-36  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0996  LysR family transcriptional regulator  37.13 
 
 		 298 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.257819  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0813  LysR family transcriptional regulator  37.55 
 
 		 303 aa  146  4.0000000000000006e-34  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.192119  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1961  LysR family transcriptional regulator  37.13 
 
 		 298 aa  145  7.0000000000000006e-34  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1157  LysR family transcriptional regulator  37.13 
 
 		 298 aa  145  7.0000000000000006e-34  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0872  LysR family transcriptional regulator  37.13 
 
 		 298 aa  145  7.0000000000000006e-34  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0953  LysR family transcriptional regulator  37.13 
 
 		 298 aa  145  7.0000000000000006e-34  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1003  LysR family transcriptional regulator  37.13 
 
 		 298 aa  145  7.0000000000000006e-34  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0276  LysR family transcriptional regulator  37.13 
 
 		 298 aa  145  7.0000000000000006e-34  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  decreased coverage  0.000191888  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3829  LysR family transcriptional regulator  34.83 
 
 		 289 aa  145  1e-33  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.19019  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2354  LysR family transcriptional regulator  37.25 
 
 		 288 aa  144  1e-33  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4450  LysR family transcriptional regulator  35.1 
 
 		 283 aa  143  3e-33  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2507  LysR family transcriptional regulator  36.93 
 
 		 295 aa  143  3e-33  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1326  LysR family transcriptional regulator  38.33 
 
 		 284 aa  143  4e-33  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0433346  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0800  LysR family transcriptional regulator  36.4 
 
 		 298 aa  142  9e-33  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_26470  LysR family transcriptional regulator protein  36.5 
 
 		 317 aa  141  9.999999999999999e-33  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.170925  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1871  LysR family transcriptional regulator  37.16 
 
 		 307 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2531  LysR family transcriptional regulator  35.89 
 
 		 297 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2482  LysR family transcriptional regulator  37.16 
 
 		 307 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0449258  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0717  transcriptional regulator, LysR family  33.58 
 
 		 292 aa  141  9.999999999999999e-33  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.313627  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2402  LysR family transcriptional regulator  36.64 
 
 		 298 aa  141  1.9999999999999998e-32  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.114186  normal  0.716878 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3167  LysR family transcriptional regulator  36.14 
 
 		 283 aa  140  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0277  hypothetical protein  32.04 
 
 		 283 aa  139  4.999999999999999e-32  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5814  LysR family transcriptional regulator  36.78 
 
 		 298 aa  139  6e-32  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.282606 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0282  hypothetical protein  32.39 
 
 		 283 aa  138  1e-31  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2002  transcriptional regulator, LysR family  34.32 
 
 		 292 aa  138  1e-31  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1683  LysR substrate-binding  35.07 
 
 		 292 aa  137  1e-31  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0087  LysR family transcriptional regulator  33.59 
 
 		 301 aa  137  3.0000000000000003e-31  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2757  LysR family transcriptional regulator  34.38 
 
 		 292 aa  136  3.0000000000000003e-31  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.486201  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_12140  putative transcriptional regulator  33.91 
 
 		 297 aa  137  3.0000000000000003e-31  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1647  LysR family transcriptional regulator  37.91 
 
 		 289 aa  135  6.0000000000000005e-31  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0818  transcriptional regulator, LysR family  31.67 
 
 		 280 aa  135  9.999999999999999e-31  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0971009  normal  0.428032 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1438  LysR family transcriptional regulator  35.77 
 
 		 283 aa  135  9.999999999999999e-31  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.371072  normal  0.234333 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1473  LysR family transcriptional regulator  36.18 
 
 		 283 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.551192  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2951  transcriptional regulator, LysR family  32.48 
 
 		 304 aa  134  1.9999999999999998e-30  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1913  LysR family transcriptional regulator  31.2 
 
 		 290 aa  134  1.9999999999999998e-30  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.980095  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4883  transcriptional regulator, LysR family  38.55 
 
 		 301 aa  133  3.9999999999999996e-30  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1863  LysR family transcriptional regulator  35.37 
 
 		 283 aa  133  3.9999999999999996e-30  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0321846  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3851  LysR family transcriptional regulator  35.37 
 
 		 283 aa  133  3.9999999999999996e-30  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.522354  normal  0.130982 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2839  LysR family transcriptional regulator  32.12 
 
 		 304 aa  132  7.999999999999999e-30  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3972  transcriptional regulator, LysR family  32.69 
 
 		 290 aa  132  9e-30  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.539767  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_21400  Transcriptional regulator, LysR family  34.94 
 
 		 317 aa  131  1.0000000000000001e-29  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0185  LysR family transcriptional regulator  36.47 
 
 		 299 aa  131  1.0000000000000001e-29  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2626  transcriptional regulator, LysR family  33.73 
 
 		 290 aa  131  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.117522  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4935  LysR family transcriptional regulator  35.48 
 
 		 285 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.929926  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1479  LysR family transcriptional regulator  35.87 
 
 		 294 aa  130  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0277632  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1114  putative transcriptional regulator  34.75 
 
 		 301 aa  130  3e-29  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1273  transcriptional regulator, LysR family  32 
 
 		 309 aa  129  5.0000000000000004e-29  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0230632  normal  0.266535 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2833  LysR family transcriptional regulator  32.4 
 
 		 312 aa  127  1.0000000000000001e-28  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.000597917  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4417  LysR family transcriptional regulator  34.41 
 
 		 294 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0255776 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4138  LysR family transcriptional regulator  32.06 
 
 		 292 aa  127  3e-28  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.151589 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2444  transcriptional regulator LrhA  32 
 
 		 312 aa  126  5e-28  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.531383  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1363  LysR family transcriptional regulator  32 
 
 		 312 aa  126  5e-28  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.556937 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>