More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BamMC406_4935 on replicon NC_010552
Organism: Burkholderia ambifaria MC40-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010552  BamMC406_4935  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 285 aa  568  1e-161  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.929926  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4417  LysR family transcriptional regulator  97.19 
 
 		 294 aa  549  1e-155  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0255776 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5283  LysR family transcriptional regulator  90.18 
 
 		 285 aa  509  1e-143  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.287276  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0666  LysR family transcriptional regulator  89.36 
 
 		 294 aa  505  9.999999999999999e-143  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.659834  normal  0.452137 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3363  LysR family transcriptional regulator  90.43 
 
 		 294 aa  506  9.999999999999999e-143  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.443471  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5004  LysR family transcriptional regulator  90.43 
 
 		 294 aa  506  9.999999999999999e-143  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.492991  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2674  LysR family transcriptional regulator  78.01 
 
 		 294 aa  453  1.0000000000000001e-126  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2045  transcriptional regulator, LysR family  77.54 
 
 		 285 aa  452  1.0000000000000001e-126  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000182672 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1467  LysR family transcriptional regulator  60.7 
 
 		 285 aa  338  8e-92  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.398942 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2879  LysR family transcriptional regulator  60 
 
 		 284 aa  319  3.9999999999999996e-86  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.624518 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5090  LysR family transcriptional regulator  47 
 
 		 285 aa  232  6e-60  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3993  LysR family transcriptional regulator  39.49 
 
 		 296 aa  193  2e-48  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00243747  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3624  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  39.93 
 
 		 296 aa  190  2e-47  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.00214713  normal  0.293437 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0384  LysR family transcriptional regulator  37.54 
 
 		 316 aa  185  8e-46  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0765  LysR family transcriptional regulator  38.13 
 
 		 322 aa  184  2.0000000000000003e-45  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.144728  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1863  LysR family transcriptional regulator  38.27 
 
 		 283 aa  183  3e-45  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0321846  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3851  LysR family transcriptional regulator  38.27 
 
 		 283 aa  183  3e-45  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.522354  normal  0.130982 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1438  LysR family transcriptional regulator  38.27 
 
 		 283 aa  183  3e-45  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.371072  normal  0.234333 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2995  LysR family transcriptional regulator  37.41 
 
 		 321 aa  183  3e-45  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0482  transcriptional regulator, LysR family  36.84 
 
 		 322 aa  182  4.0000000000000006e-45  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0438  transcriptional regulator, LysR family  36.84 
 
 		 322 aa  183  4.0000000000000006e-45  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3636  transcriptional regulator, LysR family  36.2 
 
 		 295 aa  181  2e-44  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3081  LysR family transcriptional regulator  40.54 
 
 		 323 aa  180  2e-44  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1473  LysR family transcriptional regulator  38.27 
 
 		 283 aa  179  4e-44  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.551192  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2133  LysR family transcriptional regulator  40.79 
 
 		 284 aa  178  7e-44  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  decreased coverage  0.00732746  normal  0.30911 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0301  LysR family transcriptional regulator  40.45 
 
 		 294 aa  177  2e-43  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0795  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  38.08 
 
 		 291 aa  176  3e-43  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2309  putative transcriptional regulator  38.55 
 
 		 284 aa  176  5e-43  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0183  LysR family transcriptional regulator  39.72 
 
 		 319 aa  176  5e-43  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3312  transcriptional regulator, LysR family  36.92 
 
 		 294 aa  175  7e-43  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4653  LysR family transcriptional regulator  39.64 
 
 		 317 aa  175  9e-43  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.519057 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5774  transcriptional regulator LysR family  36.84 
 
 		 332 aa  175  9.999999999999999e-43  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_27280  LysR family transcriptional regulator  38.18 
 
 		 284 aa  173  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1770  transcriptional regulator, LysR family  38.55 
 
 		 284 aa  173  2.9999999999999996e-42  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5091  LysR family transcriptional regulator  36.02 
 
 		 295 aa  170  2e-41  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0219442 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1479  LysR family transcriptional regulator  38.71 
 
 		 294 aa  170  3e-41  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0277632  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2477  LysR family transcriptional regulator  37.23 
 
 		 290 aa  169  5e-41  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6433  transcriptional regulator, LysR family  34.77 
 
 		 291 aa  169  5e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00757839 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4068  LysR family transcriptional regulator  35.84 
 
 		 292 aa  169  5e-41  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7267  transcriptional regulator, LysR family  40.5 
 
 		 290 aa  169  7e-41  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6020  LysR family transcriptional regulator  40.96 
 
 		 279 aa  168  8e-41  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0301148 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0615  transcription regulator protein  37.69 
 
 		 289 aa  167  1e-40  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.528971 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0425  LysR family transcriptional regulator  33.21 
 
 		 281 aa  168  1e-40  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0525  LysR family transcriptional regulator  38.63 
 
 		 316 aa  167  2e-40  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1806  LysR family transcriptional regulator  39.23 
 
 		 284 aa  166  4e-40  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.712022 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1273  transcriptional regulator, LysR family  35.48 
 
 		 309 aa  166  5e-40  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0230632  normal  0.266535 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0014  transcriptional regulator  34.18 
 
 		 282 aa  166  5e-40  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000122814 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5162  LysR family transcriptional regulator  37.31 
 
 		 291 aa  165  6.9999999999999995e-40  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4134  LysR family transcriptional regulator  37.31 
 
 		 291 aa  164  1.0000000000000001e-39  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.949354 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5203  LysR family transcriptional regulator  37.31 
 
 		 291 aa  164  1.0000000000000001e-39  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.715781  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4490  transcriptional regulator, LysR family  34.05 
 
 		 302 aa  164  1.0000000000000001e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3317  LysR family transcriptional regulator  37.31 
 
 		 291 aa  164  1.0000000000000001e-39  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.176434 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1838  LysR family transcriptional regulator  34.86 
 
 		 296 aa  164  1.0000000000000001e-39  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.8381  normal  0.487096 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4785  LysR family transcriptional regulator  37.31 
 
 		 291 aa  164  1.0000000000000001e-39  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.285424  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3382  LysR family transcriptional regulator  37.31 
 
 		 291 aa  164  1.0000000000000001e-39  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2821  LysR family transcriptional regulator  37.31 
 
 		 291 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4825  transcriptional regulator, LysR family  34.62 
 
 		 293 aa  163  3e-39  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0864247  normal  0.0253512 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0185  LysR family transcriptional regulator  37.24 
 
 		 299 aa  163  4.0000000000000004e-39  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0006  LysR family transcriptional regulator  33.21 
 
 		 282 aa  163  4.0000000000000004e-39  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000487815 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0006  LysR family transcriptional regulator  33.21 
 
 		 282 aa  162  5.0000000000000005e-39  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.0557081 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2476  transcriptional regulator, LysR family  37.17 
 
 		 295 aa  161  9e-39  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.985162  normal  0.348723 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0683  LysR family transcriptional regulator  36.29 
 
 		 283 aa  161  1e-38  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1319  transcriptional regulator, LysR family  39.53 
 
 		 299 aa  161  1e-38  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.232258  normal  0.131151 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0405  LysR family transcriptional regulator  36.67 
 
 		 298 aa  161  1e-38  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1269  LysR family transcriptional regulator  35.09 
 
 		 291 aa  160  2e-38  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0299945  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05533  transcriptional regulator  34.77 
 
 		 276 aa  159  5e-38  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1300  LysR family transcriptional regulator  36.82 
 
 		 299 aa  159  6e-38  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.841181  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1431  LysR family transcriptional regulator  35.51 
 
 		 289 aa  159  7e-38  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3167  LysR family transcriptional regulator  39.53 
 
 		 283 aa  158  8e-38  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4357  transcriptional regulator, LysR family  36.29 
 
 		 283 aa  158  1e-37  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1608  LysR family transcriptional regulator  35.91 
 
 		 287 aa  157  1e-37  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3916  LysR family transcriptional regulator  38.46 
 
 		 300 aa  158  1e-37  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0255667  normal  0.120293 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4219  LysR family transcriptional regulator  36.68 
 
 		 283 aa  157  3e-37  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1129  transcriptional regulator, LysR family  36.43 
 
 		 289 aa  156  4e-37  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.412971  normal  0.826624 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1220  transcriptional regulator, LysR family  37.84 
 
 		 289 aa  155  8e-37  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.286254  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3829  LysR family transcriptional regulator  36.59 
 
 		 289 aa  154  1e-36  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.19019  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1913  LysR family transcriptional regulator  35.19 
 
 		 290 aa  153  2.9999999999999998e-36  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.980095  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1817  LysR-family transcriptional regulatory protein  36.5 
 
 		 309 aa  153  4e-36  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1452  transcriptional regulator LrhA  36.5 
 
 		 309 aa  153  4e-36  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5304  transcriptional regulator, LysR family  37.08 
 
 		 289 aa  152  5e-36  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2951  transcriptional regulator, LysR family  33.98 
 
 		 304 aa  152  5.9999999999999996e-36  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1559  LysR family transcriptional regulator  36.5 
 
 		 310 aa  152  8e-36  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.30474  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1278  LysR family transcriptional regulator  34.88 
 
 		 316 aa  152  8e-36  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1788  LysR family transcriptional regulator  33.57 
 
 		 298 aa  151  1e-35  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00324618 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1867  LysR family transcriptional regulator  33.81 
 
 		 306 aa  151  1e-35  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1492  transcriptional regulator, LysR family  37.76 
 
 		 271 aa  150  2e-35  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.403981  hitchhiker  0.0000917621 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5807  LysR family transcriptional regulator  35.52 
 
 		 283 aa  150  2e-35  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3585  transcriptional regulator, LysR family  35.61 
 
 		 298 aa  150  3e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0651173 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0512  transcriptional regulator LysR family  36.82 
 
 		 287 aa  150  3e-35  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.440355  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3396  LysR family transcriptional regulator  38.49 
 
 		 290 aa  149  4e-35  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.356453  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3309  LysR family transcriptional regulator  33.58 
 
 		 311 aa  149  6e-35  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  unclonable  0.000000000301615  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2141  transcriptional regulator, LysR family  37.6 
 
 		 299 aa  149  6e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.882286  normal  0.197682 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_21400  Transcriptional regulator, LysR family  35.88 
 
 		 317 aa  149  7e-35  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7706  LysR family transcriptional regulator  36.02 
 
 		 283 aa  148  9e-35  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.364073  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6632  LysR family transcriptional regulator  34.88 
 
 		 282 aa  148  9e-35  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.994606 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4883  transcriptional regulator, LysR family  34.8 
 
 		 301 aa  148  1.0000000000000001e-34  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5787  LysR family transcriptional regulator  35.27 
 
 		 282 aa  147  1.0000000000000001e-34  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6037  LysR family transcriptional regulator  35.14 
 
 		 283 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6152  LysR family transcriptional regulator  35.27 
 
 		 282 aa  147  1.0000000000000001e-34  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.824926  normal  0.461056 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2383  LysR family transcriptional regulator  35.56 
 
 		 294 aa  147  2.0000000000000003e-34  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>