More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_3972 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_3972  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 290 aa  587  1e-167  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.539767  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4138  LysR family transcriptional regulator  90.41 
 
 		 292 aa  537  9.999999999999999e-153  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.151589 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2043  LysR family transcriptional regulator  71.68 
 
 		 301 aa  432  1e-120  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.0201239 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0274  LysR family transcriptional regulator  70.59 
 
 		 286 aa  413  1e-114  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2626  transcriptional regulator, LysR family  55.43 
 
 		 290 aa  329  4e-89  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.117522  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3167  LysR family transcriptional regulator  53.96 
 
 		 283 aa  316  3e-85  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_21400  Transcriptional regulator, LysR family  54.48 
 
 		 317 aa  315  7e-85  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1220  transcriptional regulator, LysR family  51.61 
 
 		 289 aa  306  2.0000000000000002e-82  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.286254  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1129  transcriptional regulator, LysR family  51.25 
 
 		 289 aa  304  1.0000000000000001e-81  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.412971  normal  0.826624 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2551  transcriptional regulator, LysR family  45.36 
 
 		 311 aa  258  1e-67  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.405251  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1817  LysR-family transcriptional regulatory protein  48.01 
 
 		 309 aa  255  5e-67  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1452  transcriptional regulator LrhA  48.01 
 
 		 309 aa  255  5e-67  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1393  transcriptional regulator, LysR family  45.52 
 
 		 309 aa  253  2.0000000000000002e-66  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00391228  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3309  LysR family transcriptional regulator  45.85 
 
 		 311 aa  254  2.0000000000000002e-66  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  unclonable  0.000000000301615  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1559  LysR family transcriptional regulator  48.01 
 
 		 310 aa  252  4.0000000000000004e-66  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.30474  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1491  transcriptional regulator, LysR family  45.29 
 
 		 316 aa  251  1e-65  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2773  transcriptional regulator, LysR family  43.68 
 
 		 316 aa  249  3e-65  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.785949  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2676  HTH-type transcriptional regulator PecT  47.12 
 
 		 312 aa  249  5e-65  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  decreased coverage  0.00370653  normal  0.784227 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2514  HTH-type transcriptional regulator PecT  47.12 
 
 		 312 aa  249  5e-65  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.00051335  normal  0.704874 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2469  HTH-type transcriptional regulator PecT  47.12 
 
 		 312 aa  249  5e-65  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  unclonable  0.00000000000182505  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2558  HTH-type transcriptional regulator PecT  46.76 
 
 		 312 aa  247  1e-64  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  unclonable  0.00000175067  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2833  LysR family transcriptional regulator  46.04 
 
 		 312 aa  247  2e-64  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.000597917  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2569  HTH-type transcriptional regulator PecT  46.76 
 
 		 312 aa  246  4e-64  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  decreased coverage  0.00146874  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02214  DNA-binding transcriptional repressor of flagellar, motility and chemotaxis genes  44.96 
 
 		 312 aa  236  2e-61  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02174  hypothetical protein  44.96 
 
 		 312 aa  236  2e-61  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1363  LysR family transcriptional regulator  44.96 
 
 		 312 aa  236  2e-61  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.556937 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2665  transcriptional regulator LrhA  44.96 
 
 		 312 aa  236  2e-61  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0194806  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2582  transcriptional regulator LrhA  44.96 
 
 		 312 aa  236  2e-61  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.210285  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3428  transcriptional regulator LrhA  44.96 
 
 		 312 aa  237  2e-61  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0286077  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2444  transcriptional regulator LrhA  44.96 
 
 		 312 aa  236  2e-61  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.531383  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2438  transcriptional regulator LrhA  44.96 
 
 		 312 aa  236  2e-61  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.340717  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1367  transcriptional regulator, LysR family  44.6 
 
 		 312 aa  236  3e-61  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.189941  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4190  LysR family transcriptional regulator  44.02 
 
 		 282 aa  222  6e-57  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0252504  normal  0.417297 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3930  LysR family transcriptional regulator  35.48 
 
 		 283 aa  192  6e-48  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.983373  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0795  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  37.37 
 
 		 291 aa  184  1.0000000000000001e-45  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2309  putative transcriptional regulator  36.75 
 
 		 284 aa  177  1e-43  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_27280  LysR family transcriptional regulator  36.75 
 
 		 284 aa  177  2e-43  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3081  LysR family transcriptional regulator  37.15 
 
 		 323 aa  175  9e-43  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0405  LysR family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 298 aa  166  5e-40  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0185  LysR family transcriptional regulator  36.59 
 
 		 299 aa  165  1.0000000000000001e-39  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1473  LysR family transcriptional regulator  36.43 
 
 		 283 aa  163  3e-39  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.551192  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2337  LysR family transcriptional regulator  37.3 
 
 		 296 aa  162  5.0000000000000005e-39  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0438  transcriptional regulator, LysR family  37.2 
 
 		 322 aa  162  6e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0482  transcriptional regulator, LysR family  37.2 
 
 		 322 aa  162  7e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0717  transcriptional regulator, LysR family  38.1 
 
 		 292 aa  162  7e-39  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.313627  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2757  LysR family transcriptional regulator  35.21 
 
 		 292 aa  161  1e-38  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.486201  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2477  LysR family transcriptional regulator  36.22 
 
 		 290 aa  161  1e-38  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1683  LysR substrate-binding  38.1 
 
 		 292 aa  161  1e-38  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2002  transcriptional regulator, LysR family  38.1 
 
 		 292 aa  161  1e-38  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0525  LysR family transcriptional regulator  35.09 
 
 		 316 aa  160  3e-38  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2125  HTH-type transcriptional regulator  33.57 
 
 		 298 aa  160  3e-38  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2133  LysR family transcriptional regulator  36.4 
 
 		 284 aa  160  3e-38  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  decreased coverage  0.00732746  normal  0.30911 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1913  LysR family transcriptional regulator  36.23 
 
 		 290 aa  160  3e-38  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.980095  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1319  transcriptional regulator, LysR family  36.17 
 
 		 299 aa  159  4e-38  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.232258  normal  0.131151 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1863  LysR family transcriptional regulator  35.93 
 
 		 283 aa  159  6e-38  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0321846  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3851  LysR family transcriptional regulator  35.93 
 
 		 283 aa  159  6e-38  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.522354  normal  0.130982 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1431  LysR family transcriptional regulator  38.15 
 
 		 289 aa  159  7e-38  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3624  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  35.19 
 
 		 296 aa  159  8e-38  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.00214713  normal  0.293437 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2995  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 321 aa  158  8e-38  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1438  LysR family transcriptional regulator  36.4 
 
 		 283 aa  158  1e-37  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.371072  normal  0.234333 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3993  LysR family transcriptional regulator  33.81 
 
 		 296 aa  158  1e-37  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00243747  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3101  LysR family transcriptional regulator  37.63 
 
 		 306 aa  158  1e-37  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.04033 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0877  transcriptional regulator, LysR family  39.92 
 
 		 287 aa  157  1e-37  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.672229  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4450  LysR family transcriptional regulator  32.62 
 
 		 283 aa  157  2e-37  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0301  LysR family transcriptional regulator  36.9 
 
 		 294 aa  157  3e-37  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0607  transcriptional regulator, LysR family  35.76 
 
 		 298 aa  155  6e-37  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3585  transcriptional regulator, LysR family  36.57 
 
 		 298 aa  155  8e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0651173 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1479  LysR family transcriptional regulator  34.44 
 
 		 294 aa  154  2e-36  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0277632  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2951  transcriptional regulator, LysR family  34.05 
 
 		 304 aa  154  2e-36  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0384  LysR family transcriptional regulator  35.34 
 
 		 316 aa  154  2e-36  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0765  LysR family transcriptional regulator  32.74 
 
 		 322 aa  153  2.9999999999999998e-36  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.144728  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1647  LysR family transcriptional regulator  36.92 
 
 		 289 aa  153  2.9999999999999998e-36  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2839  LysR family transcriptional regulator  33.69 
 
 		 304 aa  152  7e-36  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1168  LysR family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 291 aa  151  1e-35  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.851796  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4222  transcriptional regulator, LysR family  33.69 
 
 		 293 aa  151  1e-35  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2994  LysR family transcriptional regulator  31.75 
 
 		 348 aa  151  1e-35  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1770  transcriptional regulator, LysR family  34.07 
 
 		 284 aa  150  2e-35  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5774  transcriptional regulator LysR family  38.89 
 
 		 332 aa  150  2e-35  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2857  LysR family transcriptional regulator  31.75 
 
 		 348 aa  150  2e-35  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.682675 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1845  LysR family transcriptional regulator  34.69 
 
 		 303 aa  150  2e-35  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000102688 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2204  LysR family transcriptional regulator  37.64 
 
 		 306 aa  150  2e-35  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.150057 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4056  transcriptional regulator, LysR family  37.12 
 
 		 295 aa  149  5e-35  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.772372  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3943  transcriptional regulator, LysR family  37.12 
 
 		 295 aa  149  5e-35  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.691658  normal  0.897444 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1770  LysR family transcriptional regulator  34.7 
 
 		 293 aa  149  5e-35  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.103333  normal  0.0253433 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0087  LysR family transcriptional regulator  31.76 
 
 		 301 aa  147  1.0000000000000001e-34  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1273  transcriptional regulator, LysR family  34.78 
 
 		 309 aa  147  2.0000000000000003e-34  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0230632  normal  0.266535 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3829  LysR family transcriptional regulator  32.86 
 
 		 289 aa  147  3e-34  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.19019  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0745  LysR family transcriptional regulator  37.25 
 
 		 287 aa  145  1e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_32360  lysR family transcriptional regulator  35.82 
 
 		 292 aa  143  3e-33  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0231568  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3885  transcriptional regulator, LysR family  35.74 
 
 		 315 aa  143  4e-33  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.377397  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2383  LysR family transcriptional regulator  36.51 
 
 		 294 aa  143  4e-33  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4935  LysR family transcriptional regulator  35.66 
 
 		 285 aa  142  5e-33  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.929926  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2879  LysR family transcriptional regulator  34.52 
 
 		 284 aa  142  6e-33  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.624518 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3636  transcriptional regulator, LysR family  32.61 
 
 		 295 aa  141  9.999999999999999e-33  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2674  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 294 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5283  LysR family transcriptional regulator  35.18 
 
 		 285 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.287276  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2045  transcriptional regulator, LysR family  33.1 
 
 		 285 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000182672 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1410  LysR family transcriptional regulator  34.07 
 
 		 286 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0818  transcriptional regulator, LysR family  34.65 
 
 		 280 aa  140  1.9999999999999998e-32  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0971009  normal  0.428032 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4417  LysR family transcriptional regulator  34.24 
 
 		 294 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0255776 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>