More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_1326 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009439  Pmen_1326  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 284 aa  563  1.0000000000000001e-159  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0433346  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2204  LysR family transcriptional regulator  58.87 
 
 		 306 aa  323  2e-87  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.150057 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5384  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  59.79 
 
 		 300 aa  320  9.999999999999999e-87  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.629114  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_32360  lysR family transcriptional regulator  51.57 
 
 		 292 aa  268  8.999999999999999e-71  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0231568  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4056  transcriptional regulator, LysR family  50.18 
 
 		 295 aa  261  1e-68  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.772372  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3943  transcriptional regulator, LysR family  50.18 
 
 		 295 aa  261  1e-68  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.691658  normal  0.897444 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3226  LysR family transcriptional regulator  48.03 
 
 		 306 aa  254  1.0000000000000001e-66  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.60856 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2742  putative transcriptional regulator  51.22 
 
 		 292 aa  254  1.0000000000000001e-66  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2391  transcriptional regulator, LysR family  47.45 
 
 		 293 aa  253  3e-66  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.586074 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0070  LysR family transcriptional regulator  46.95 
 
 		 286 aa  251  1e-65  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5238  LysR family transcriptional regulator  48.46 
 
 		 287 aa  249  5e-65  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5621  LysR family transcriptional regulator  48.46 
 
 		 287 aa  249  5e-65  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0412955 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4609  LysR family transcriptional regulator  48.46 
 
 		 287 aa  248  1e-64  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.46805  hitchhiker  0.000318313 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1284  LysR family transcriptional regulator  47.23 
 
 		 283 aa  246  3e-64  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.32576  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5448  LysR family transcriptional regulator  47.64 
 
 		 288 aa  246  4e-64  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.778769 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4898  LysR family transcriptional regulator  47.64 
 
 		 288 aa  246  4e-64  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.552051 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2239  LysR family transcriptional regulator  45.07 
 
 		 293 aa  240  1e-62  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3534  LysR family transcriptional regulator  45.07 
 
 		 293 aa  240  1e-62  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.154456  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3053  LysR family transcriptional regulator  45 
 
 		 307 aa  239  2.9999999999999997e-62  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3591  LysR family transcriptional regulator  46.91 
 
 		 292 aa  239  4e-62  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.449761 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2390  LysR family transcriptional regulator  44.37 
 
 		 293 aa  236  2e-61  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.610355 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0877  transcriptional regulator, LysR family  45.61 
 
 		 287 aa  235  5.0000000000000005e-61  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.672229  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0745  LysR family transcriptional regulator  46.13 
 
 		 287 aa  235  6e-61  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2662  LysR family transcriptional regulator  50 
 
 		 307 aa  234  1.0000000000000001e-60  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0105  LysR family transcriptional regulator  51.08 
 
 		 284 aa  234  1.0000000000000001e-60  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_49640  transcriptional regulator  47.69 
 
 		 300 aa  231  7.000000000000001e-60  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.097129  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4236  transcriptional regulator  45.77 
 
 		 309 aa  231  2e-59  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.999782  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2346  transcriptional regulator, LysR family  45.72 
 
 		 293 aa  229  4e-59  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.886093 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0804  LysR family transcriptional regulator  45.26 
 
 		 288 aa  224  2e-57  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0513022 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2046  LysR family transcriptional regulator  46.93 
 
 		 287 aa  217  1e-55  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.396353  normal  0.96684 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0242  LysR family transcriptional regulator  44.88 
 
 		 287 aa  211  7.999999999999999e-54  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.546914  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5843  LysR family transcriptional regulator  45.04 
 
 		 282 aa  201  9.999999999999999e-51  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2477  LysR family transcriptional regulator  41.43 
 
 		 290 aa  200  1.9999999999999998e-50  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1058  LysR family transcriptional regulator  44.31 
 
 		 288 aa  200  3e-50  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3829  LysR family transcriptional regulator  42.24 
 
 		 289 aa  197  1.0000000000000001e-49  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.19019  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0323  LysR family transcriptional regulator  43.51 
 
 		 283 aa  194  1e-48  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3803  LysR family transcriptional regulator  41.13 
 
 		 285 aa  185  7e-46  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.180645 
 
 
-
 
NC_006348  BMA3040  LysR family transcriptional regulator  46.7 
 
 		 282 aa  184  1.0000000000000001e-45  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.165856  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1448  LysR family transcriptional regulator  46.7 
 
 		 321 aa  184  1.0000000000000001e-45  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.427766  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0618  LysR family transcriptional regulator  46.7 
 
 		 286 aa  184  1.0000000000000001e-45  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0535  LysR family transcriptional regulator  46.7 
 
 		 286 aa  184  1.0000000000000001e-45  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.605661  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1478  LysR family transcriptional regulator  46.7 
 
 		 286 aa  184  1.0000000000000001e-45  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1252  LysR family transcriptional regulator  46.7 
 
 		 286 aa  184  1.0000000000000001e-45  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1578  LysR family transcriptional regulator  46.7 
 
 		 367 aa  183  2.0000000000000003e-45  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.170227  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2806  LysR family transcriptional regulator  45.81 
 
 		 286 aa  182  6e-45  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.469753  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0405  LysR family transcriptional regulator  39.69 
 
 		 298 aa  182  6e-45  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2921  LysR family transcriptional regulator  45.23 
 
 		 283 aa  182  7e-45  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.739146 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2713  LysR family transcriptional regulator  40.51 
 
 		 281 aa  180  2e-44  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0696841  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1273  transcriptional regulator, LysR family  38.52 
 
 		 309 aa  176  3e-43  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0230632  normal  0.266535 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0482  transcriptional regulator, LysR family  36.43 
 
 		 322 aa  174  9.999999999999999e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3618  transcriptional regulator, LysR family  40.79 
 
 		 284 aa  174  9.999999999999999e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0438  transcriptional regulator, LysR family  36.43 
 
 		 322 aa  174  9.999999999999999e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4450  LysR family transcriptional regulator  39.53 
 
 		 283 aa  173  2.9999999999999996e-42  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0615  transcription regulator protein  40.32 
 
 		 289 aa  171  9e-42  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.528971 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5774  transcriptional regulator LysR family  38.21 
 
 		 332 aa  169  3e-41  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3319  transcriptional regulator, LysR family  40.82 
 
 		 284 aa  169  4e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.914032  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0818  transcriptional regulator, LysR family  39.57 
 
 		 280 aa  168  1e-40  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0971009  normal  0.428032 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1238  LysR family transcriptional regulator  42.73 
 
 		 282 aa  168  1e-40  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.804975  normal  0.249608 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0185  LysR family transcriptional regulator  38.55 
 
 		 299 aa  167  1e-40  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1156  LysR family transcriptional regulator  42.73 
 
 		 282 aa  167  1e-40  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.243733 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2053  LysR family transcriptional regulator  43.17 
 
 		 282 aa  168  1e-40  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1266  LysR family transcriptional regulator  42.73 
 
 		 328 aa  167  1e-40  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.496224  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1144  LysR family transcriptional regulator  42.73 
 
 		 282 aa  167  2e-40  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4409  LysR family transcriptional regulator  42.73 
 
 		 282 aa  167  2.9999999999999998e-40  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2757  LysR family transcriptional regulator  42.36 
 
 		 292 aa  167  2.9999999999999998e-40  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.486201  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0785  LysR family transcriptional regulator  42.29 
 
 		 282 aa  166  4e-40  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0384  LysR family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 316 aa  166  5.9999999999999996e-40  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3081  LysR family transcriptional regulator  39.23 
 
 		 323 aa  165  1.0000000000000001e-39  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4012  transcriptional regulator, LysR family  38.37 
 
 		 285 aa  163  3e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0664049 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0109  transcriptional regulator, LysR family  35.64 
 
 		 292 aa  163  4.0000000000000004e-39  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1647  LysR family transcriptional regulator  38.81 
 
 		 289 aa  161  1e-38  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1683  LysR substrate-binding  36.23 
 
 		 292 aa  160  2e-38  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2002  transcriptional regulator, LysR family  36.23 
 
 		 292 aa  160  2e-38  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0984  LysR family transcriptional regulator  36.09 
 
 		 287 aa  160  3e-38  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.95626  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0717  transcriptional regulator, LysR family  38.71 
 
 		 292 aa  160  3e-38  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.313627  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1838  LysR family transcriptional regulator  36.58 
 
 		 296 aa  159  4e-38  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.8381  normal  0.487096 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4825  transcriptional regulator, LysR family  36.19 
 
 		 293 aa  159  7e-38  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0864247  normal  0.0253512 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1479  LysR family transcriptional regulator  35.93 
 
 		 294 aa  158  9e-38  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0277632  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0301  LysR family transcriptional regulator  42.61 
 
 		 294 aa  158  9e-38  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0087  LysR family transcriptional regulator  34.67 
 
 		 301 aa  158  1e-37  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3993  LysR family transcriptional regulator  36.78 
 
 		 296 aa  157  2e-37  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00243747  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2824  LysR family transcriptional regulator  34.75 
 
 		 306 aa  157  2e-37  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0678  transcriptional regulator, LysR family  38.17 
 
 		 290 aa  156  4e-37  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.149422  normal  0.525189 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2133  LysR family transcriptional regulator  39.31 
 
 		 284 aa  156  4e-37  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  decreased coverage  0.00732746  normal  0.30911 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3882  LysR family transcriptional regulator  36.07 
 
 		 284 aa  156  4e-37  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2951  transcriptional regulator, LysR family  35.14 
 
 		 304 aa  155  6e-37  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3396  LysR family transcriptional regulator  34.89 
 
 		 290 aa  154  2e-36  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.356453  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0282  hypothetical protein  35.38 
 
 		 283 aa  154  2e-36  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3624  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  35.38 
 
 		 296 aa  154  2e-36  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.00214713  normal  0.293437 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4131  transcriptional regulator, LysR family  37.4 
 
 		 289 aa  154  2e-36  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2626  transcriptional regulator, LysR family  35.23 
 
 		 290 aa  153  4e-36  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.117522  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3823  LysR substrate-binding  37.4 
 
 		 289 aa  153  4e-36  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2309  putative transcriptional regulator  36.78 
 
 		 284 aa  152  5e-36  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1319  transcriptional regulator, LysR family  42.36 
 
 		 299 aa  152  8.999999999999999e-36  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.232258  normal  0.131151 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_27280  LysR family transcriptional regulator  36.78 
 
 		 284 aa  151  8.999999999999999e-36  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4203  LysR family transcriptional regulator  39.64 
 
 		 288 aa  151  1e-35  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.202546 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2839  LysR family transcriptional regulator  34.24 
 
 		 304 aa  151  1e-35  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4653  LysR family transcriptional regulator  38.37 
 
 		 317 aa  151  1e-35  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.519057 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3573  hypothetical protein  40 
 
 		 288 aa  151  1e-35  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0765  LysR family transcriptional regulator  33.92 
 
 		 322 aa  150  2e-35  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.144728  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>