More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mchl_2002 on replicon NC_011757
Organism: Methylobacterium chloromethanicum CM4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011757  Mchl_2002  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 292 aa  584  1e-166  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1683  LysR substrate-binding  99.66 
 
 		 292 aa  583  1.0000000000000001e-165  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0717  transcriptional regulator, LysR family  88.7 
 
 		 292 aa  516  1.0000000000000001e-145  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.313627  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2757  LysR family transcriptional regulator  69.93 
 
 		 292 aa  389  1e-107  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.486201  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2337  LysR family transcriptional regulator  56.94 
 
 		 296 aa  308  5e-83  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3829  LysR family transcriptional regulator  40.68 
 
 		 289 aa  190  2.9999999999999997e-47  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.19019  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2477  LysR family transcriptional regulator  41.76 
 
 		 290 aa  189  5e-47  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0405  LysR family transcriptional regulator  40.14 
 
 		 298 aa  178  1e-43  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0070  LysR family transcriptional regulator  38.16 
 
 		 286 aa  176  5e-43  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0087  LysR family transcriptional regulator  36.69 
 
 		 301 aa  173  2.9999999999999996e-42  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5238  LysR family transcriptional regulator  37.68 
 
 		 287 aa  173  2.9999999999999996e-42  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5621  LysR family transcriptional regulator  37.68 
 
 		 287 aa  173  2.9999999999999996e-42  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0412955 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1284  LysR family transcriptional regulator  37.82 
 
 		 283 aa  173  3.9999999999999995e-42  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.32576  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3534  LysR family transcriptional regulator  38.65 
 
 		 293 aa  172  6.999999999999999e-42  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.154456  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2239  LysR family transcriptional regulator  38.65 
 
 		 293 aa  172  6.999999999999999e-42  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4609  LysR family transcriptional regulator  37.32 
 
 		 287 aa  171  2e-41  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.46805  hitchhiker  0.000318313 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2390  LysR family transcriptional regulator  39.01 
 
 		 293 aa  171  2e-41  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.610355 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4450  LysR family transcriptional regulator  36.65 
 
 		 283 aa  169  4e-41  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_49640  transcriptional regulator  38.85 
 
 		 300 aa  169  6e-41  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.097129  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3053  LysR family transcriptional regulator  37.94 
 
 		 307 aa  169  7e-41  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4236  transcriptional regulator  38.85 
 
 		 309 aa  168  9e-41  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.999782  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3226  LysR family transcriptional regulator  38.52 
 
 		 306 aa  168  1e-40  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.60856 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5448  LysR family transcriptional regulator  37.19 
 
 		 288 aa  167  2e-40  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.778769 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1273  transcriptional regulator, LysR family  35.76 
 
 		 309 aa  167  2e-40  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0230632  normal  0.266535 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4898  LysR family transcriptional regulator  37.19 
 
 		 288 aa  167  2e-40  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.552051 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3715  transcriptional regulator, LysR family  41.63 
 
 		 288 aa  167  2.9999999999999998e-40  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0587379 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2346  transcriptional regulator, LysR family  37.73 
 
 		 293 aa  167  2.9999999999999998e-40  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.886093 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2391  transcriptional regulator, LysR family  38.03 
 
 		 293 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.586074 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2713  LysR family transcriptional regulator  39.68 
 
 		 281 aa  163  2.0000000000000002e-39  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0696841  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3573  hypothetical protein  39.77 
 
 		 288 aa  163  3e-39  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3972  transcriptional regulator, LysR family  38.1 
 
 		 290 aa  161  1e-38  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.539767  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3591  LysR family transcriptional regulator  36.33 
 
 		 292 aa  160  2e-38  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.449761 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4056  transcriptional regulator, LysR family  38.15 
 
 		 295 aa  160  2e-38  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.772372  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3618  transcriptional regulator, LysR family  40.34 
 
 		 284 aa  160  2e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3319  transcriptional regulator, LysR family  40 
 
 		 284 aa  160  2e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.914032  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1326  LysR family transcriptional regulator  36.23 
 
 		 284 aa  160  2e-38  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0433346  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3943  transcriptional regulator, LysR family  38.15 
 
 		 295 aa  160  2e-38  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.691658  normal  0.897444 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2046  LysR family transcriptional regulator  37.6 
 
 		 287 aa  160  3e-38  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.396353  normal  0.96684 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2824  LysR family transcriptional regulator  34.81 
 
 		 306 aa  159  5e-38  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0438  transcriptional regulator, LysR family  33.07 
 
 		 322 aa  157  1e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0482  transcriptional regulator, LysR family  33.07 
 
 		 322 aa  158  1e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0524  LysR family transcriptional regulator  40 
 
 		 280 aa  158  1e-37  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0765  LysR family transcriptional regulator  34.53 
 
 		 322 aa  157  2e-37  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.144728  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3823  LysR substrate-binding  38.4 
 
 		 289 aa  157  2e-37  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2806  LysR family transcriptional regulator  40 
 
 		 286 aa  157  2e-37  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.469753  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0678  transcriptional regulator, LysR family  36.56 
 
 		 290 aa  157  2e-37  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.149422  normal  0.525189 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4131  transcriptional regulator, LysR family  38.4 
 
 		 289 aa  157  3e-37  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0877  transcriptional regulator, LysR family  35.74 
 
 		 287 aa  157  3e-37  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.672229  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4138  LysR family transcriptional regulator  35.56 
 
 		 292 aa  156  4e-37  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.151589 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2995  LysR family transcriptional regulator  33.81 
 
 		 321 aa  155  5.0000000000000005e-37  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0618  LysR family transcriptional regulator  40 
 
 		 286 aa  155  6e-37  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0535  LysR family transcriptional regulator  40 
 
 		 286 aa  155  6e-37  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.605661  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1478  LysR family transcriptional regulator  40 
 
 		 286 aa  155  6e-37  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1252  LysR family transcriptional regulator  40 
 
 		 286 aa  155  6e-37  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3040  LysR family transcriptional regulator  40 
 
 		 282 aa  155  7e-37  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.165856  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4203  LysR family transcriptional regulator  39.26 
 
 		 288 aa  155  7e-37  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.202546 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1578  LysR family transcriptional regulator  39.92 
 
 		 367 aa  155  8e-37  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.170227  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1448  LysR family transcriptional regulator  39.92 
 
 		 321 aa  155  8e-37  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.427766  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2354  LysR family transcriptional regulator  35.23 
 
 		 288 aa  155  1e-36  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2309  putative transcriptional regulator  34.51 
 
 		 284 aa  155  1e-36  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0818  transcriptional regulator, LysR family  33.82 
 
 		 280 aa  154  2e-36  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0971009  normal  0.428032 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3993  LysR family transcriptional regulator  33.71 
 
 		 296 aa  154  2e-36  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00243747  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0384  LysR family transcriptional regulator  33.46 
 
 		 316 aa  153  4e-36  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0961  LysR family transcriptional regulator  35.55 
 
 		 289 aa  153  4e-36  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_32360  lysR family transcriptional regulator  37.84 
 
 		 292 aa  152  4e-36  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0231568  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1838  LysR family transcriptional regulator  37.31 
 
 		 296 aa  152  5.9999999999999996e-36  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.8381  normal  0.487096 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0785  LysR family transcriptional regulator  39.59 
 
 		 282 aa  152  5.9999999999999996e-36  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4825  transcriptional regulator, LysR family  37.31 
 
 		 293 aa  152  5.9999999999999996e-36  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0864247  normal  0.0253512 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2043  LysR family transcriptional regulator  36.8 
 
 		 301 aa  152  7e-36  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.0201239 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2383  LysR family transcriptional regulator  35.55 
 
 		 294 aa  152  7e-36  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1266  LysR family transcriptional regulator  39.59 
 
 		 328 aa  152  7e-36  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.496224  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1238  LysR family transcriptional regulator  39.59 
 
 		 282 aa  152  8e-36  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.804975  normal  0.249608 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3176  LysR family transcriptional regulator  37.26 
 
 		 289 aa  152  8e-36  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0185  LysR family transcriptional regulator  35.59 
 
 		 299 aa  151  1e-35  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_27280  LysR family transcriptional regulator  34.15 
 
 		 284 aa  151  1e-35  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2053  LysR family transcriptional regulator  39.59 
 
 		 282 aa  150  2e-35  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3624  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  33.71 
 
 		 296 aa  150  2e-35  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.00214713  normal  0.293437 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4653  LysR family transcriptional regulator  36.81 
 
 		 317 aa  150  2e-35  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.519057 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4409  LysR family transcriptional regulator  39.18 
 
 		 282 aa  150  3e-35  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2204  LysR family transcriptional regulator  37.69 
 
 		 306 aa  150  3e-35  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.150057 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0745  LysR family transcriptional regulator  35.09 
 
 		 287 aa  150  3e-35  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1156  LysR family transcriptional regulator  39.18 
 
 		 282 aa  150  3e-35  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.243733 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1144  LysR family transcriptional regulator  39.18 
 
 		 282 aa  150  3e-35  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1770  transcriptional regulator, LysR family  33.83 
 
 		 284 aa  149  5e-35  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2882  LysR family transcriptional regulator  35.88 
 
 		 315 aa  149  5e-35  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.241105  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2125  HTH-type transcriptional regulator  32.44 
 
 		 298 aa  149  5e-35  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4271  LysR family transcriptional regulator  34.63 
 
 		 303 aa  149  6e-35  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_26470  LysR family transcriptional regulator protein  37.94 
 
 		 317 aa  149  8e-35  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.170925  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5843  LysR family transcriptional regulator  35.11 
 
 		 282 aa  148  9e-35  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6616  LysR family transcriptional regulator  35.42 
 
 		 286 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0525  LysR family transcriptional regulator  35.19 
 
 		 316 aa  147  2.0000000000000003e-34  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2773  transcriptional regulator, LysR family  33.99 
 
 		 316 aa  146  3e-34  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.785949  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2551  transcriptional regulator, LysR family  34.78 
 
 		 311 aa  147  3e-34  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.405251  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5304  transcriptional regulator, LysR family  37.4 
 
 		 289 aa  147  3e-34  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0109  transcriptional regulator, LysR family  34.67 
 
 		 292 aa  147  3e-34  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3309  LysR family transcriptional regulator  34.98 
 
 		 311 aa  146  3e-34  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  unclonable  0.000000000301615  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0282  hypothetical protein  33.81 
 
 		 283 aa  146  5e-34  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3167  LysR family transcriptional regulator  36.8 
 
 		 283 aa  145  6e-34  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2951  transcriptional regulator, LysR family  33.71 
 
 		 304 aa  145  7.0000000000000006e-34  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4303  LysR family transcriptional regulator  35.64 
 
 		 293 aa  145  8.000000000000001e-34  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>