More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_2951 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_2951  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 304 aa  606  9.999999999999999e-173  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2839  LysR family transcriptional regulator  94.08 
 
 		 304 aa  578  1e-164  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1913  LysR family transcriptional regulator  51.82 
 
 		 290 aa  300  3e-80  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.980095  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4222  transcriptional regulator, LysR family  44.56 
 
 		 293 aa  239  4e-62  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1273  transcriptional regulator, LysR family  40.14 
 
 		 309 aa  215  8e-55  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0230632  normal  0.266535 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3624  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  39.78 
 
 		 296 aa  201  9e-51  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.00214713  normal  0.293437 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3993  LysR family transcriptional regulator  36.56 
 
 		 296 aa  194  1e-48  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00243747  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0765  LysR family transcriptional regulator  39.44 
 
 		 322 aa  193  3e-48  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.144728  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2995  LysR family transcriptional regulator  39.08 
 
 		 321 aa  189  5e-47  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6433  transcriptional regulator, LysR family  37.23 
 
 		 291 aa  189  5e-47  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00757839 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1473  LysR family transcriptional regulator  39.07 
 
 		 283 aa  189  7e-47  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.551192  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4490  transcriptional regulator, LysR family  37.93 
 
 		 302 aa  188  8e-47  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0482  transcriptional regulator, LysR family  39.92 
 
 		 322 aa  188  1e-46  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6020  LysR family transcriptional regulator  41.52 
 
 		 279 aa  188  1e-46  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0301148 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0438  transcriptional regulator, LysR family  39.92 
 
 		 322 aa  188  1e-46  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1863  LysR family transcriptional regulator  38.35 
 
 		 283 aa  187  2e-46  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0321846  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3851  LysR family transcriptional regulator  38.35 
 
 		 283 aa  187  2e-46  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.522354  normal  0.130982 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2133  LysR family transcriptional regulator  38.35 
 
 		 284 aa  186  3e-46  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  decreased coverage  0.00732746  normal  0.30911 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2309  putative transcriptional regulator  38.71 
 
 		 284 aa  186  4e-46  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_27280  LysR family transcriptional regulator  39.07 
 
 		 284 aa  186  4e-46  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1770  transcriptional regulator, LysR family  38.35 
 
 		 284 aa  185  8e-46  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4450  LysR family transcriptional regulator  38.77 
 
 		 283 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7267  transcriptional regulator, LysR family  40.97 
 
 		 290 aa  183  3e-45  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1438  LysR family transcriptional regulator  38.35 
 
 		 283 aa  183  3e-45  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.371072  normal  0.234333 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2879  LysR family transcriptional regulator  36.59 
 
 		 284 aa  182  6e-45  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.624518 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4653  LysR family transcriptional regulator  39.93 
 
 		 317 aa  179  4e-44  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.519057 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0405  LysR family transcriptional regulator  36.46 
 
 		 298 aa  178  1e-43  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0384  LysR family transcriptional regulator  35.92 
 
 		 316 aa  176  4e-43  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0185  LysR family transcriptional regulator  36.81 
 
 		 299 aa  176  4e-43  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0183  LysR family transcriptional regulator  39.02 
 
 		 319 aa  175  9.999999999999999e-43  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1838  LysR family transcriptional regulator  36.62 
 
 		 296 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.8381  normal  0.487096 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5774  transcriptional regulator LysR family  39.44 
 
 		 332 aa  174  1.9999999999999998e-42  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4825  transcriptional regulator, LysR family  36.52 
 
 		 293 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0864247  normal  0.0253512 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2757  LysR family transcriptional regulator  34.62 
 
 		 292 aa  171  2e-41  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.486201  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0242  LysR family transcriptional regulator  38.14 
 
 		 287 aa  171  2e-41  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.546914  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5091  LysR family transcriptional regulator  36.33 
 
 		 295 aa  168  8e-41  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0219442 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0095  LysR family transcriptional regulator  34.4 
 
 		 291 aa  168  1e-40  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4134  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 291 aa  167  2e-40  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.949354 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2141  transcriptional regulator, LysR family  36.68 
 
 		 299 aa  167  2e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.882286  normal  0.197682 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2821  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 291 aa  167  2e-40  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2125  HTH-type transcriptional regulator  34.06 
 
 		 298 aa  167  2e-40  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4785  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 291 aa  167  2e-40  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.285424  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2385  transcriptional regulator, LysR family  36.33 
 
 		 313 aa  167  2e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0284947  hitchhiker  0.00966213 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3382  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 291 aa  167  2e-40  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2674  LysR family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 294 aa  166  5e-40  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3317  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 291 aa  166  5.9999999999999996e-40  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.176434 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5203  LysR family transcriptional regulator  33.69 
 
 		 291 aa  166  5.9999999999999996e-40  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.715781  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2045  transcriptional regulator, LysR family  34.53 
 
 		 285 aa  166  5.9999999999999996e-40  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000182672 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5162  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 291 aa  165  8e-40  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1319  transcriptional regulator, LysR family  35.56 
 
 		 299 aa  165  9e-40  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.232258  normal  0.131151 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1806  LysR family transcriptional regulator  34.4 
 
 		 284 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.712022 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0795  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  32.38 
 
 		 291 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0961  LysR family transcriptional regulator  35.91 
 
 		 289 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1788  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 298 aa  163  3e-39  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00324618 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1479  LysR family transcriptional regulator  34.86 
 
 		 294 aa  163  4.0000000000000004e-39  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0277632  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2477  LysR family transcriptional regulator  35.87 
 
 		 290 aa  162  8.000000000000001e-39  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3101  LysR family transcriptional regulator  34.38 
 
 		 306 aa  160  2e-38  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.04033 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0109  transcriptional regulator, LysR family  33.94 
 
 		 292 aa  160  2e-38  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2354  LysR family transcriptional regulator  33.09 
 
 		 288 aa  159  5e-38  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1647  LysR family transcriptional regulator  36.69 
 
 		 289 aa  159  6e-38  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1467  LysR family transcriptional regulator  35.04 
 
 		 285 aa  158  1e-37  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.398942 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1020  LysR family transcriptional regulator  35.88 
 
 		 297 aa  157  2e-37  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3167  LysR family transcriptional regulator  33.21 
 
 		 283 aa  157  2e-37  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2824  LysR family transcriptional regulator  33.09 
 
 		 306 aa  157  2e-37  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0512  transcriptional regulator LysR family  35.94 
 
 		 287 aa  157  2e-37  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.440355  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0804  LysR family transcriptional regulator  36.33 
 
 		 288 aa  157  3e-37  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0513022 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3671  transcriptional regulator, LysR family  32.73 
 
 		 288 aa  156  3e-37  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_49640  transcriptional regulator  33.69 
 
 		 300 aa  157  3e-37  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.097129  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1326  LysR family transcriptional regulator  35.14 
 
 		 284 aa  155  6e-37  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0433346  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4236  transcriptional regulator  33.69 
 
 		 309 aa  155  7e-37  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.999782  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3882  LysR family transcriptional regulator  32.97 
 
 		 284 aa  155  8e-37  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2383  LysR family transcriptional regulator  34.59 
 
 		 294 aa  155  9e-37  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0877  transcriptional regulator, LysR family  34.42 
 
 		 287 aa  155  9e-37  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.672229  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0525  LysR family transcriptional regulator  34.89 
 
 		 316 aa  154  1e-36  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4417  LysR family transcriptional regulator  33.58 
 
 		 294 aa  154  1e-36  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0255776 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4355  transcriptional regulator, LysR family  35.69 
 
 		 297 aa  154  1e-36  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0717  transcriptional regulator, LysR family  33.71 
 
 		 292 aa  154  2e-36  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.313627  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5304  transcriptional regulator, LysR family  36 
 
 		 289 aa  154  2e-36  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3829  LysR family transcriptional regulator  35.36 
 
 		 289 aa  154  2e-36  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.19019  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1230  LysR family transcriptional regulator  34.4 
 
 		 284 aa  154  2e-36  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.69463  normal  0.27329 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0745  LysR family transcriptional regulator  33.68 
 
 		 287 aa  154  2e-36  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0425  LysR family transcriptional regulator  32.14 
 
 		 281 aa  154  2e-36  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3972  transcriptional regulator, LysR family  34.05 
 
 		 290 aa  154  2e-36  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.539767  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4012  transcriptional regulator, LysR family  35 
 
 		 285 aa  154  2e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0664049 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0683  LysR family transcriptional regulator  32.62 
 
 		 283 aa  153  2.9999999999999998e-36  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2882  LysR family transcriptional regulator  32.25 
 
 		 315 aa  153  2.9999999999999998e-36  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.241105  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0368  LysR family transcriptional regulator  35.69 
 
 		 285 aa  152  5e-36  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4935  LysR family transcriptional regulator  33.98 
 
 		 285 aa  152  5.9999999999999996e-36  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.929926  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_26470  LysR family transcriptional regulator protein  36.46 
 
 		 317 aa  152  7e-36  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.170925  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4138  LysR family transcriptional regulator  33.57 
 
 		 292 aa  152  8e-36  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.151589 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5787  LysR family transcriptional regulator  32.36 
 
 		 282 aa  152  8e-36  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6152  LysR family transcriptional regulator  32.36 
 
 		 282 aa  152  8e-36  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.824926  normal  0.461056 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0615  transcription regulator protein  34.75 
 
 		 289 aa  150  2e-35  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.528971 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2833  LysR family transcriptional regulator  31.41 
 
 		 312 aa  150  2e-35  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.000597917  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6632  LysR family transcriptional regulator  32 
 
 		 282 aa  151  2e-35  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.994606 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2569  HTH-type transcriptional regulator PecT  32.58 
 
 		 312 aa  150  2e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  decreased coverage  0.00146874  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0006  LysR family transcriptional regulator  32.37 
 
 		 282 aa  151  2e-35  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.0557081 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2046  LysR family transcriptional regulator  36.4 
 
 		 287 aa  150  3e-35  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.396353  normal  0.96684 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0006  LysR family transcriptional regulator  32.37 
 
 		 282 aa  150  3e-35  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000487815 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0070  LysR family transcriptional regulator  32.74 
 
 		 286 aa  150  4e-35  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>