More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nham_0242 on replicon NC_007964
Organism: Nitrobacter hamburgensis X14



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007964  Nham_0242  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 287 aa  575  1.0000000000000001e-163  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.546914  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0745  LysR family transcriptional regulator  76.31 
 
 		 287 aa  439  9.999999999999999e-123  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0877  transcriptional regulator, LysR family  74.91 
 
 		 287 aa  429  1e-119  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.672229  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0804  LysR family transcriptional regulator  75 
 
 		 288 aa  419  1e-116  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0513022 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2046  LysR family transcriptional regulator  51.43 
 
 		 287 aa  259  3e-68  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.396353  normal  0.96684 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_32360  lysR family transcriptional regulator  49.12 
 
 		 292 aa  249  4e-65  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0231568  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4056  transcriptional regulator, LysR family  47.06 
 
 		 295 aa  242  6e-63  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.772372  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3943  transcriptional regulator, LysR family  47.06 
 
 		 295 aa  242  6e-63  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.691658  normal  0.897444 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3226  LysR family transcriptional regulator  44.76 
 
 		 306 aa  238  5.999999999999999e-62  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.60856 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2204  LysR family transcriptional regulator  45.64 
 
 		 306 aa  238  9e-62  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.150057 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0323  LysR family transcriptional regulator  47.92 
 
 		 283 aa  234  1.0000000000000001e-60  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3803  LysR family transcriptional regulator  50.38 
 
 		 285 aa  231  8.000000000000001e-60  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.180645 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5843  LysR family transcriptional regulator  46.62 
 
 		 282 aa  231  9e-60  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2742  putative transcriptional regulator  49.11 
 
 		 292 aa  229  3e-59  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0070  LysR family transcriptional regulator  43.73 
 
 		 286 aa  229  5e-59  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5238  LysR family transcriptional regulator  44.74 
 
 		 287 aa  229  6e-59  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5621  LysR family transcriptional regulator  44.74 
 
 		 287 aa  229  6e-59  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0412955 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1326  LysR family transcriptional regulator  45.04 
 
 		 284 aa  228  9e-59  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0433346  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4609  LysR family transcriptional regulator  44.61 
 
 		 287 aa  228  1e-58  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.46805  hitchhiker  0.000318313 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4236  transcriptional regulator  43.37 
 
 		 309 aa  225  7e-58  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.999782  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_49640  transcriptional regulator  43.37 
 
 		 300 aa  225  8e-58  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.097129  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2391  transcriptional regulator, LysR family  43.75 
 
 		 293 aa  224  1e-57  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.586074 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3053  LysR family transcriptional regulator  43.01 
 
 		 307 aa  224  2e-57  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3534  LysR family transcriptional regulator  42.7 
 
 		 293 aa  223  3e-57  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.154456  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2390  LysR family transcriptional regulator  42.7 
 
 		 293 aa  223  3e-57  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.610355 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2239  LysR family transcriptional regulator  42.7 
 
 		 293 aa  223  3e-57  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5448  LysR family transcriptional regulator  43.57 
 
 		 288 aa  221  9.999999999999999e-57  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.778769 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4898  LysR family transcriptional regulator  43.57 
 
 		 288 aa  220  1.9999999999999999e-56  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.552051 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3591  LysR family transcriptional regulator  42.09 
 
 		 292 aa  217  2e-55  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.449761 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1284  LysR family transcriptional regulator  41.37 
 
 		 283 aa  211  7.999999999999999e-54  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.32576  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5384  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  43.31 
 
 		 300 aa  205  9e-52  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.629114  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0405  LysR family transcriptional regulator  43.66 
 
 		 298 aa  201  8e-51  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2346  transcriptional regulator, LysR family  39.02 
 
 		 293 aa  194  1e-48  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.886093 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0105  LysR family transcriptional regulator  45.74 
 
 		 284 aa  192  4e-48  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2839  LysR family transcriptional regulator  38.6 
 
 		 304 aa  187  2e-46  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2951  transcriptional regulator, LysR family  38.14 
 
 		 304 aa  187  2e-46  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2662  LysR family transcriptional regulator  39.5 
 
 		 307 aa  182  6e-45  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0818  transcriptional regulator, LysR family  39.63 
 
 		 280 aa  179  4e-44  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0971009  normal  0.428032 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3829  LysR family transcriptional regulator  42.15 
 
 		 289 aa  178  9e-44  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.19019  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4450  LysR family transcriptional regulator  39.93 
 
 		 283 aa  176  3e-43  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0765  LysR family transcriptional regulator  41.3 
 
 		 322 aa  175  6e-43  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.144728  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2477  LysR family transcriptional regulator  39.05 
 
 		 290 aa  173  2.9999999999999996e-42  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2995  LysR family transcriptional regulator  40.49 
 
 		 321 aa  171  9e-42  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3624  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  37.68 
 
 		 296 aa  171  1e-41  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.00214713  normal  0.293437 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4222  transcriptional regulator, LysR family  40.08 
 
 		 293 aa  171  1e-41  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1319  transcriptional regulator, LysR family  37.37 
 
 		 299 aa  169  3e-41  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.232258  normal  0.131151 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1473  LysR family transcriptional regulator  38.35 
 
 		 283 aa  169  4e-41  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.551192  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1058  LysR family transcriptional regulator  42.13 
 
 		 288 aa  169  4e-41  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3081  LysR family transcriptional regulator  36.53 
 
 		 323 aa  169  6e-41  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3993  LysR family transcriptional regulator  37.02 
 
 		 296 aa  168  9e-41  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00243747  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1273  transcriptional regulator, LysR family  35.5 
 
 		 309 aa  167  2e-40  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0230632  normal  0.266535 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1438  LysR family transcriptional regulator  37.99 
 
 		 283 aa  166  2.9999999999999998e-40  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.371072  normal  0.234333 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1863  LysR family transcriptional regulator  37.94 
 
 		 283 aa  166  4e-40  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0321846  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3851  LysR family transcriptional regulator  37.94 
 
 		 283 aa  166  4e-40  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.522354  normal  0.130982 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0185  LysR family transcriptional regulator  39.31 
 
 		 299 aa  165  6.9999999999999995e-40  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0384  LysR family transcriptional regulator  33.08 
 
 		 316 aa  165  1.0000000000000001e-39  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2824  LysR family transcriptional regulator  37.4 
 
 		 306 aa  163  3e-39  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7267  transcriptional regulator, LysR family  40.29 
 
 		 290 aa  163  3e-39  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1867  LysR family transcriptional regulator  35.05 
 
 		 306 aa  163  4.0000000000000004e-39  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1020  LysR family transcriptional regulator  35.36 
 
 		 297 aa  162  5.0000000000000005e-39  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1431  LysR family transcriptional regulator  36.21 
 
 		 289 aa  162  7e-39  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2757  LysR family transcriptional regulator  38.76 
 
 		 292 aa  162  8.000000000000001e-39  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.486201  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0717  transcriptional regulator, LysR family  36.36 
 
 		 292 aa  160  2e-38  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.313627  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0482  transcriptional regulator, LysR family  33.33 
 
 		 322 aa  159  6e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0438  transcriptional regulator, LysR family  33.33 
 
 		 322 aa  159  6e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0282  hypothetical protein  34.94 
 
 		 283 aa  158  9e-38  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3167  LysR family transcriptional regulator  38.06 
 
 		 283 aa  157  1e-37  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2309  putative transcriptional regulator  34.88 
 
 		 284 aa  157  2e-37  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_27280  LysR family transcriptional regulator  34.88 
 
 		 284 aa  157  2e-37  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0277  hypothetical protein  34.2 
 
 		 283 aa  156  3e-37  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0087  LysR family transcriptional regulator  34.18 
 
 		 301 aa  156  4e-37  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2125  HTH-type transcriptional regulator  33.33 
 
 		 298 aa  155  7e-37  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2133  LysR family transcriptional regulator  37.37 
 
 		 284 aa  154  1e-36  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  decreased coverage  0.00732746  normal  0.30911 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2354  LysR family transcriptional regulator  36.43 
 
 		 288 aa  154  2e-36  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6020  LysR family transcriptional regulator  39.63 
 
 		 279 aa  154  2e-36  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0301148 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2383  LysR family transcriptional regulator  34.04 
 
 		 294 aa  154  2e-36  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0795  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  33.58 
 
 		 291 aa  154  2e-36  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0301  LysR family transcriptional regulator  34.86 
 
 		 294 aa  153  2.9999999999999998e-36  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2019  LysR family transcriptional regulator  34.31 
 
 		 285 aa  153  4e-36  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.682077  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2002  transcriptional regulator, LysR family  35.36 
 
 		 292 aa  152  7e-36  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1683  LysR substrate-binding  35.36 
 
 		 292 aa  152  7e-36  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2626  transcriptional regulator, LysR family  38.55 
 
 		 290 aa  152  8.999999999999999e-36  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.117522  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0615  transcription regulator protein  37.55 
 
 		 289 aa  151  1e-35  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.528971 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6433  transcriptional regulator, LysR family  35.38 
 
 		 291 aa  151  1e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00757839 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4138  LysR family transcriptional regulator  37.18 
 
 		 292 aa  151  1e-35  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.151589 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1770  transcriptional regulator, LysR family  36.65 
 
 		 284 aa  150  2e-35  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00857  putative regulatory protein LysR Family  32.37 
 
 		 282 aa  150  2e-35  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.977241  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4490  transcriptional regulator, LysR family  35.38 
 
 		 302 aa  150  2e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1278  LysR family transcriptional regulator  35.4 
 
 		 316 aa  150  2e-35  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4653  LysR family transcriptional regulator  38.85 
 
 		 317 aa  150  3e-35  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.519057 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1300  LysR family transcriptional regulator  35.23 
 
 		 299 aa  149  5e-35  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.841181  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3319  transcriptional regulator, LysR family  40.61 
 
 		 284 aa  149  5e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.914032  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2385  transcriptional regulator, LysR family  35.48 
 
 		 313 aa  149  7e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0284947  hitchhiker  0.00966213 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5304  transcriptional regulator, LysR family  36.48 
 
 		 289 aa  148  1.0000000000000001e-34  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5774  transcriptional regulator LysR family  32.87 
 
 		 332 aa  147  1.0000000000000001e-34  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1788  LysR family transcriptional regulator  34.17 
 
 		 298 aa  148  1.0000000000000001e-34  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00324618 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2713  LysR family transcriptional regulator  36.29 
 
 		 281 aa  147  2.0000000000000003e-34  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0696841  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1913  LysR family transcriptional regulator  34.78 
 
 		 290 aa  147  2.0000000000000003e-34  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.980095  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2962  LysR family transcriptional regulator  34.06 
 
 		 291 aa  147  3e-34  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.710612 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0368  LysR family transcriptional regulator  35.5 
 
 		 285 aa  146  4.0000000000000006e-34  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>