More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene MADE_00857 on replicon NC_011138
Organism: Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011138  MADE_00857  putative regulatory protein LysR Family  100 
 
 		 282 aa  575  1.0000000000000001e-163  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.977241  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3593  LysR family transcriptional regulator  63.21 
 
 		 283 aa  358  7e-98  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4450  LysR family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 283 aa  186  3e-46  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2477  LysR family transcriptional regulator  34.62 
 
 		 290 aa  174  1.9999999999999998e-42  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3829  LysR family transcriptional regulator  35 
 
 		 289 aa  161  1e-38  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.19019  normal  1 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4271  LysR family transcriptional regulator  36.72 
 
 		 303 aa  160  2e-38  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1020  LysR family transcriptional regulator  33.58 
 
 		 297 aa  157  1e-37  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0525  LysR family transcriptional regulator  35.04 
 
 		 316 aa  157  2e-37  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2757  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 292 aa  153  2.9999999999999998e-36  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.486201  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0405  LysR family transcriptional regulator  35.02 
 
 		 298 aa  152  4e-36  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2125  HTH-type transcriptional regulator  34.5 
 
 		 298 aa  152  5.9999999999999996e-36  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0301  LysR family transcriptional regulator  33.94 
 
 		 294 aa  151  1e-35  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0795  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  32.63 
 
 		 291 aa  150  3e-35  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0277  hypothetical protein  33.93 
 
 		 283 aa  147  2.0000000000000003e-34  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0818  transcriptional regulator, LysR family  30.25 
 
 		 280 aa  147  2.0000000000000003e-34  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0971009  normal  0.428032 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0282  hypothetical protein  33.81 
 
 		 283 aa  147  3e-34  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1913  LysR family transcriptional regulator  31.64 
 
 		 290 aa  146  3e-34  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.980095  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0877  transcriptional regulator, LysR family  32.5 
 
 		 287 aa  145  7.0000000000000006e-34  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.672229  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4825  transcriptional regulator, LysR family  32.43 
 
 		 293 aa  142  8e-33  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0864247  normal  0.0253512 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0717  transcriptional regulator, LysR family  32.35 
 
 		 292 aa  142  8e-33  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.313627  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0607  transcriptional regulator, LysR family  32.37 
 
 		 298 aa  141  9.999999999999999e-33  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1438  LysR family transcriptional regulator  30.82 
 
 		 283 aa  141  9.999999999999999e-33  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.371072  normal  0.234333 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1838  LysR family transcriptional regulator  32.43 
 
 		 296 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.8381  normal  0.487096 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1473  LysR family transcriptional regulator  30.82 
 
 		 283 aa  140  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.551192  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2951  transcriptional regulator, LysR family  30.15 
 
 		 304 aa  140  3e-32  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0185  LysR family transcriptional regulator  33.46 
 
 		 299 aa  140  3e-32  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0242  LysR family transcriptional regulator  32.37 
 
 		 287 aa  139  3.9999999999999997e-32  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.546914  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1431  LysR family transcriptional regulator  31.69 
 
 		 289 aa  139  3.9999999999999997e-32  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3585  transcriptional regulator, LysR family  33.98 
 
 		 298 aa  139  4.999999999999999e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0651173 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1863  LysR family transcriptional regulator  30.47 
 
 		 283 aa  139  7e-32  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0321846  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3851  LysR family transcriptional regulator  30.47 
 
 		 283 aa  139  7e-32  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.522354  normal  0.130982 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2839  LysR family transcriptional regulator  29.78 
 
 		 304 aa  138  7.999999999999999e-32  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1806  LysR family transcriptional regulator  31.14 
 
 		 284 aa  138  8.999999999999999e-32  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.712022 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1608  LysR family transcriptional regulator  31.23 
 
 		 287 aa  138  1e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5091  LysR family transcriptional regulator  31.66 
 
 		 295 aa  138  1e-31  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0219442 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3081  LysR family transcriptional regulator  29.26 
 
 		 323 aa  137  1e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0745  LysR family transcriptional regulator  33.48 
 
 		 287 aa  138  1e-31  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2383  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 294 aa  138  1e-31  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4222  transcriptional regulator, LysR family  30.39 
 
 		 293 aa  138  1e-31  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3636  transcriptional regulator, LysR family  29.55 
 
 		 295 aa  137  3.0000000000000003e-31  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_27280  LysR family transcriptional regulator  32.38 
 
 		 284 aa  136  3.0000000000000003e-31  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5304  transcriptional regulator, LysR family  32.68 
 
 		 289 aa  136  3.0000000000000003e-31  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2045  transcriptional regulator, LysR family  31.34 
 
 		 285 aa  136  5e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000182672 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1273  transcriptional regulator, LysR family  29.39 
 
 		 309 aa  135  5e-31  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0230632  normal  0.266535 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1683  LysR substrate-binding  31.32 
 
 		 292 aa  135  5e-31  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2309  putative transcriptional regulator  31.9 
 
 		 284 aa  135  8e-31  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2713  LysR family transcriptional regulator  33.2 
 
 		 281 aa  135  8e-31  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0696841  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2002  transcriptional regulator, LysR family  31.32 
 
 		 292 aa  135  9e-31  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5053  transcriptional regulator, LysR family  31.23 
 
 		 295 aa  135  9e-31  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.426603  normal  0.786248 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1479  LysR family transcriptional regulator  29.82 
 
 		 294 aa  134  9.999999999999999e-31  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0277632  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1319  transcriptional regulator, LysR family  33.93 
 
 		 299 aa  134  1.9999999999999998e-30  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.232258  normal  0.131151 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4898  LysR family transcriptional regulator  28.41 
 
 		 288 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.552051 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0678  transcriptional regulator, LysR family  29.52 
 
 		 290 aa  133  3e-30  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.149422  normal  0.525189 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_49640  transcriptional regulator  30.39 
 
 		 300 aa  133  3e-30  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.097129  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3312  transcriptional regulator, LysR family  30.15 
 
 		 294 aa  133  3.9999999999999996e-30  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2354  LysR family transcriptional regulator  31.35 
 
 		 288 aa  133  3.9999999999999996e-30  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0438  transcriptional regulator, LysR family  28.83 
 
 		 322 aa  132  6e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0482  transcriptional regulator, LysR family  28.83 
 
 		 322 aa  132  6e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3993  LysR family transcriptional regulator  29.3 
 
 		 296 aa  132  6.999999999999999e-30  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00243747  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_21400  Transcriptional regulator, LysR family  31.62 
 
 		 317 aa  132  6.999999999999999e-30  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0160  transcriptional regulator, LysR family  30.77 
 
 		 291 aa  132  7.999999999999999e-30  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6632  LysR family transcriptional regulator  30.38 
 
 		 282 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.994606 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1156  LysR family transcriptional regulator  32.69 
 
 		 282 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.243733 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1144  LysR family transcriptional regulator  32.69 
 
 		 282 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4138  LysR family transcriptional regulator  31.49 
 
 		 292 aa  131  1.0000000000000001e-29  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.151589 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1647  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 289 aa  130  2.0000000000000002e-29  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4236  transcriptional regulator  29.97 
 
 		 309 aa  130  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.999782  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2046  LysR family transcriptional regulator  33.77 
 
 		 287 aa  130  2.0000000000000002e-29  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.396353  normal  0.96684 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5448  LysR family transcriptional regulator  28.04 
 
 		 288 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.778769 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0785  LysR family transcriptional regulator  32.31 
 
 		 282 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1238  LysR family transcriptional regulator  32.31 
 
 		 282 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.804975  normal  0.249608 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0804  LysR family transcriptional regulator  31.21 
 
 		 288 aa  131  2.0000000000000002e-29  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0513022 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4056  transcriptional regulator, LysR family  29.89 
 
 		 295 aa  130  3e-29  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.772372  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1300  LysR family transcriptional regulator  31.15 
 
 		 299 aa  130  3e-29  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.841181  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3943  transcriptional regulator, LysR family  29.89 
 
 		 295 aa  130  3e-29  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.691658  normal  0.897444 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_32360  lysR family transcriptional regulator  30.31 
 
 		 292 aa  130  3e-29  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0231568  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1266  LysR family transcriptional regulator  32.31 
 
 		 328 aa  130  3e-29  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.496224  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4357  transcriptional regulator, LysR family  29.12 
 
 		 283 aa  129  4.0000000000000003e-29  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0087  LysR family transcriptional regulator  27.96 
 
 		 301 aa  129  5.0000000000000004e-29  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3916  LysR family transcriptional regulator  33.61 
 
 		 300 aa  129  5.0000000000000004e-29  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0255667  normal  0.120293 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0683  LysR family transcriptional regulator  29.47 
 
 		 283 aa  129  5.0000000000000004e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2806  LysR family transcriptional regulator  32.69 
 
 		 286 aa  129  6e-29  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.469753  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4190  LysR family transcriptional regulator  30.83 
 
 		 282 aa  129  6e-29  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0252504  normal  0.417297 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2053  LysR family transcriptional regulator  32.69 
 
 		 282 aa  129  7.000000000000001e-29  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0615  transcription regulator protein  31.17 
 
 		 289 aa  128  1.0000000000000001e-28  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.528971 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4409  LysR family transcriptional regulator  31.92 
 
 		 282 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1467  LysR family transcriptional regulator  32.43 
 
 		 285 aa  127  2.0000000000000002e-28  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.398942 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5283  LysR family transcriptional regulator  29.18 
 
 		 285 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.287276  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3363  LysR family transcriptional regulator  29.18 
 
 		 294 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.443471  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5787  LysR family transcriptional regulator  29.23 
 
 		 282 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4590  LysR family transcriptional regulator  32.71 
 
 		 318 aa  127  2.0000000000000002e-28  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3319  transcriptional regulator, LysR family  31.64 
 
 		 284 aa  127  2.0000000000000002e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.914032  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5004  LysR family transcriptional regulator  29.18 
 
 		 294 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.492991  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6152  LysR family transcriptional regulator  29.23 
 
 		 282 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.824926  normal  0.461056 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1478  LysR family transcriptional regulator  32.31 
 
 		 286 aa  127  3e-28  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1448  LysR family transcriptional regulator  32.31 
 
 		 321 aa  127  3e-28  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.427766  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3040  LysR family transcriptional regulator  32.31 
 
 		 282 aa  127  3e-28  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.165856  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1252  LysR family transcriptional regulator  32.31 
 
 		 286 aa  127  3e-28  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0618  LysR family transcriptional regulator  32.31 
 
 		 286 aa  127  3e-28  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0535  LysR family transcriptional regulator  32.31 
 
 		 286 aa  127  3e-28  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.605661  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>