More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_3593 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008228  Patl_3593  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 283 aa  581  1.0000000000000001e-165  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00857  putative regulatory protein LysR Family  63.21 
 
 		 282 aa  368  1e-101  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.977241  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4450  LysR family transcriptional regulator  38.3 
 
 		 283 aa  206  3e-52  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2477  LysR family transcriptional regulator  38.35 
 
 		 290 aa  177  1e-43  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2125  HTH-type transcriptional regulator  35.27 
 
 		 298 aa  169  3e-41  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3829  LysR family transcriptional regulator  34.77 
 
 		 289 aa  169  4e-41  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.19019  normal  1 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4271  LysR family transcriptional regulator  36.55 
 
 		 303 aa  166  4e-40  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3636  transcriptional regulator, LysR family  33.81 
 
 		 295 aa  166  5.9999999999999996e-40  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1020  LysR family transcriptional regulator  33.58 
 
 		 297 aa  159  5e-38  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3312  transcriptional regulator, LysR family  33.08 
 
 		 294 aa  155  7e-37  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1273  transcriptional regulator, LysR family  33.09 
 
 		 309 aa  153  2.9999999999999998e-36  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0230632  normal  0.266535 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0525  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 316 aa  153  2.9999999999999998e-36  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0405  LysR family transcriptional regulator  33.21 
 
 		 298 aa  153  2.9999999999999998e-36  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6632  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 282 aa  152  8e-36  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.994606 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2951  transcriptional regulator, LysR family  30.47 
 
 		 304 aa  150  2e-35  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2839  LysR family transcriptional regulator  30.11 
 
 		 304 aa  149  6e-35  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1838  LysR family transcriptional regulator  31.39 
 
 		 296 aa  147  1.0000000000000001e-34  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.8381  normal  0.487096 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2713  LysR family transcriptional regulator  34.88 
 
 		 281 aa  147  2.0000000000000003e-34  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0696841  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0795  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  31.79 
 
 		 291 aa  146  4.0000000000000006e-34  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0301  LysR family transcriptional regulator  32.93 
 
 		 294 aa  145  6e-34  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4825  transcriptional regulator, LysR family  31.02 
 
 		 293 aa  145  6e-34  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0864247  normal  0.0253512 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5091  LysR family transcriptional regulator  31.02 
 
 		 295 aa  145  6e-34  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0219442 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6152  LysR family transcriptional regulator  32.04 
 
 		 282 aa  145  7.0000000000000006e-34  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.824926  normal  0.461056 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5787  LysR family transcriptional regulator  32.04 
 
 		 282 aa  145  7.0000000000000006e-34  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4219  LysR family transcriptional regulator  32.13 
 
 		 283 aa  145  9e-34  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1473  LysR family transcriptional regulator  33.1 
 
 		 283 aa  144  1e-33  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.551192  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1806  LysR family transcriptional regulator  30.99 
 
 		 284 aa  144  1e-33  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.712022 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0877  transcriptional regulator, LysR family  32.03 
 
 		 287 aa  144  2e-33  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.672229  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5807  LysR family transcriptional regulator  31.54 
 
 		 283 aa  144  2e-33  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6037  LysR family transcriptional regulator  31.54 
 
 		 283 aa  144  2e-33  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0277  hypothetical protein  31.34 
 
 		 283 aa  143  3e-33  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7706  LysR family transcriptional regulator  32.28 
 
 		 283 aa  143  3e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.364073  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0607  transcriptional regulator, LysR family  32.31 
 
 		 298 aa  143  3e-33  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1913  LysR family transcriptional regulator  29.86 
 
 		 290 aa  142  9e-33  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.980095  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0282  hypothetical protein  31.34 
 
 		 283 aa  142  9e-33  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0425  LysR family transcriptional regulator  30.5 
 
 		 281 aa  141  9e-33  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4222  transcriptional regulator, LysR family  30.5 
 
 		 293 aa  141  9.999999999999999e-33  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4190  LysR family transcriptional regulator  28.93 
 
 		 282 aa  140  1.9999999999999998e-32  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0252504  normal  0.417297 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1863  LysR family transcriptional regulator  32.74 
 
 		 283 aa  140  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0321846  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1431  LysR family transcriptional regulator  29.64 
 
 		 289 aa  140  1.9999999999999998e-32  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3851  LysR family transcriptional regulator  32.74 
 
 		 283 aa  140  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.522354  normal  0.130982 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2383  LysR family transcriptional regulator  32.61 
 
 		 294 aa  140  1.9999999999999998e-32  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0818  transcriptional regulator, LysR family  27.84 
 
 		 280 aa  140  3e-32  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0971009  normal  0.428032 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0717  transcriptional regulator, LysR family  31.8 
 
 		 292 aa  139  3.9999999999999997e-32  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.313627  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1438  LysR family transcriptional regulator  32.38 
 
 		 283 aa  139  3.9999999999999997e-32  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.371072  normal  0.234333 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5304  transcriptional regulator, LysR family  33.88 
 
 		 289 aa  139  4.999999999999999e-32  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4012  transcriptional regulator, LysR family  31.83 
 
 		 285 aa  139  4.999999999999999e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0664049 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0087  LysR family transcriptional regulator  29.19 
 
 		 301 aa  138  8.999999999999999e-32  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1479  LysR family transcriptional regulator  33.08 
 
 		 294 aa  138  8.999999999999999e-32  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0277632  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3319  transcriptional regulator, LysR family  32.43 
 
 		 284 aa  136  4e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.914032  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3993  LysR family transcriptional regulator  32.61 
 
 		 296 aa  136  4e-31  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00243747  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3618  transcriptional regulator, LysR family  32.82 
 
 		 284 aa  136  4e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0745  LysR family transcriptional regulator  30.25 
 
 		 287 aa  136  4e-31  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0185  LysR family transcriptional regulator  32.62 
 
 		 299 aa  136  4e-31  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4357  transcriptional regulator, LysR family  30.04 
 
 		 283 aa  135  7.000000000000001e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2046  LysR family transcriptional regulator  32.56 
 
 		 287 aa  135  7.000000000000001e-31  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.396353  normal  0.96684 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2757  LysR family transcriptional regulator  32.92 
 
 		 292 aa  135  8e-31  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.486201  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2824  LysR family transcriptional regulator  28.77 
 
 		 306 aa  135  9e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0683  LysR family transcriptional regulator  30.04 
 
 		 283 aa  134  9.999999999999999e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1319  transcriptional regulator, LysR family  30.39 
 
 		 299 aa  134  9.999999999999999e-31  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.232258  normal  0.131151 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1608  LysR family transcriptional regulator  29.68 
 
 		 287 aa  134  1.9999999999999998e-30  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3396  LysR family transcriptional regulator  32.91 
 
 		 290 aa  134  1.9999999999999998e-30  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.356453  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3585  transcriptional regulator, LysR family  30.22 
 
 		 298 aa  134  1.9999999999999998e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0651173 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3167  LysR family transcriptional regulator  31.09 
 
 		 283 aa  133  3e-30  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1300  LysR family transcriptional regulator  31.92 
 
 		 299 aa  133  3e-30  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.841181  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1683  LysR substrate-binding  33.6 
 
 		 292 aa  132  3.9999999999999996e-30  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2879  LysR family transcriptional regulator  32.81 
 
 		 284 aa  132  5e-30  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.624518 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2002  transcriptional regulator, LysR family  31.34 
 
 		 292 aa  132  5e-30  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0615  transcription regulator protein  30.66 
 
 		 289 aa  132  6e-30  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.528971 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_32360  lysR family transcriptional regulator  31.32 
 
 		 292 aa  132  6e-30  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0231568  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3671  transcriptional regulator, LysR family  30.29 
 
 		 288 aa  132  6e-30  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_12140  putative transcriptional regulator  31 
 
 		 297 aa  132  7.999999999999999e-30  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4056  transcriptional regulator, LysR family  30.04 
 
 		 295 aa  132  1.0000000000000001e-29  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.772372  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1647  LysR family transcriptional regulator  32.38 
 
 		 289 aa  131  1.0000000000000001e-29  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3943  transcriptional regulator, LysR family  30.04 
 
 		 295 aa  132  1.0000000000000001e-29  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.691658  normal  0.897444 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_26470  LysR family transcriptional regulator protein  31.28 
 
 		 317 aa  131  2.0000000000000002e-29  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.170925  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4134  LysR family transcriptional regulator  28.16 
 
 		 291 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.949354 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1788  LysR family transcriptional regulator  29.07 
 
 		 298 aa  130  2.0000000000000002e-29  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00324618 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4785  LysR family transcriptional regulator  28.16 
 
 		 291 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.285424  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3573  hypothetical protein  32.06 
 
 		 288 aa  130  2.0000000000000002e-29  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3382  LysR family transcriptional regulator  28.16 
 
 		 291 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2141  transcriptional regulator, LysR family  32.44 
 
 		 299 aa  130  3e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.882286  normal  0.197682 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2821  LysR family transcriptional regulator  28.16 
 
 		 291 aa  130  3e-29  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2385  transcriptional regulator, LysR family  32.83 
 
 		 313 aa  130  3e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0284947  hitchhiker  0.00966213 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1114  putative transcriptional regulator  30.26 
 
 		 301 aa  130  3e-29  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5203  LysR family transcriptional regulator  28.16 
 
 		 291 aa  130  3e-29  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.715781  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2626  transcriptional regulator, LysR family  28.16 
 
 		 290 aa  129  4.0000000000000003e-29  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.117522  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2354  LysR family transcriptional regulator  30.56 
 
 		 288 aa  129  4.0000000000000003e-29  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3882  LysR family transcriptional regulator  29.56 
 
 		 284 aa  130  4.0000000000000003e-29  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_21400  Transcriptional regulator, LysR family  28.88 
 
 		 317 aa  129  6e-29  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_27280  LysR family transcriptional regulator  31.02 
 
 		 284 aa  129  7.000000000000001e-29  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3317  LysR family transcriptional regulator  27.8 
 
 		 291 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.176434 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2309  putative transcriptional regulator  30.66 
 
 		 284 aa  128  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2674  LysR family transcriptional regulator  28.62 
 
 		 294 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5162  LysR family transcriptional regulator  27.8 
 
 		 291 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5053  transcriptional regulator, LysR family  32.41 
 
 		 295 aa  128  1.0000000000000001e-28  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.426603  normal  0.786248 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3053  LysR family transcriptional regulator  31.27 
 
 		 307 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0804  LysR family transcriptional regulator  30.11 
 
 		 288 aa  127  2.0000000000000002e-28  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0513022 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0512  transcriptional regulator LysR family  31.03 
 
 		 287 aa  127  2.0000000000000002e-28  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.440355  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3081  LysR family transcriptional regulator  28.63 
 
 		 323 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>