More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_3396 on replicon NC_008687
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008687  Pden_3396  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 290 aa  587  1e-167  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.356453  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1300  LysR family transcriptional regulator  49.29 
 
 		 299 aa  266  2.9999999999999995e-70  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.841181  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5053  transcriptional regulator, LysR family  51.8 
 
 		 295 aa  257  2e-67  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.426603  normal  0.786248 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2141  transcriptional regulator, LysR family  45.23 
 
 		 299 aa  254  8e-67  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.882286  normal  0.197682 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1479  LysR family transcriptional regulator  45.94 
 
 		 294 aa  255  8e-67  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0277632  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2385  transcriptional regulator, LysR family  44.17 
 
 		 313 aa  251  1e-65  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0284947  hitchhiker  0.00966213 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1788  LysR family transcriptional regulator  45.36 
 
 		 298 aa  247  2e-64  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00324618 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1867  LysR family transcriptional regulator  45.91 
 
 		 306 aa  246  3e-64  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4540  LysR substrate-binding  51.8 
 
 		 295 aa  244  9.999999999999999e-64  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.225114 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5000  transcriptional regulator, LysR family  51.8 
 
 		 295 aa  244  1.9999999999999999e-63  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1278  LysR family transcriptional regulator  46.26 
 
 		 316 aa  229  4e-59  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2586  transcriptional regulator LysR family  44.17 
 
 		 324 aa  229  4e-59  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0482  transcriptional regulator, LysR family  39.64 
 
 		 322 aa  206  4e-52  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0438  transcriptional regulator, LysR family  39.64 
 
 		 322 aa  206  4e-52  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0384  LysR family transcriptional regulator  40 
 
 		 316 aa  206  4e-52  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5774  transcriptional regulator LysR family  41.52 
 
 		 332 aa  195  7e-49  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2477  LysR family transcriptional regulator  38.79 
 
 		 290 aa  194  2e-48  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2309  putative transcriptional regulator  41.99 
 
 		 284 aa  192  4e-48  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_27280  LysR family transcriptional regulator  41.64 
 
 		 284 aa  191  1e-47  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0765  LysR family transcriptional regulator  39.43 
 
 		 322 aa  189  4e-47  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.144728  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3829  LysR family transcriptional regulator  39.07 
 
 		 289 aa  188  9e-47  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.19019  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2995  LysR family transcriptional regulator  38.35 
 
 		 321 aa  187  2e-46  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3993  LysR family transcriptional regulator  38.93 
 
 		 296 aa  183  3e-45  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00243747  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6020  LysR family transcriptional regulator  41.54 
 
 		 279 aa  181  1e-44  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0301148 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4450  LysR family transcriptional regulator  36.92 
 
 		 283 aa  179  4.999999999999999e-44  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1473  LysR family transcriptional regulator  40 
 
 		 283 aa  177  2e-43  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.551192  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4222  transcriptional regulator, LysR family  39.64 
 
 		 293 aa  177  2e-43  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1863  LysR family transcriptional regulator  39.44 
 
 		 283 aa  176  5e-43  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0321846  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3851  LysR family transcriptional regulator  39.44 
 
 		 283 aa  176  5e-43  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.522354  normal  0.130982 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7267  transcriptional regulator, LysR family  40.71 
 
 		 290 aa  176  5e-43  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1273  transcriptional regulator, LysR family  37.37 
 
 		 309 aa  173  2.9999999999999996e-42  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0230632  normal  0.266535 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0405  LysR family transcriptional regulator  37.72 
 
 		 298 aa  173  2.9999999999999996e-42  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1438  LysR family transcriptional regulator  39.08 
 
 		 283 aa  173  2.9999999999999996e-42  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.371072  normal  0.234333 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2133  LysR family transcriptional regulator  40 
 
 		 284 aa  173  2.9999999999999996e-42  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  decreased coverage  0.00732746  normal  0.30911 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4653  LysR family transcriptional regulator  40.22 
 
 		 317 aa  172  5e-42  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.519057 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6152  LysR family transcriptional regulator  35.97 
 
 		 282 aa  170  3e-41  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.824926  normal  0.461056 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5787  LysR family transcriptional regulator  35.97 
 
 		 282 aa  170  3e-41  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6632  LysR family transcriptional regulator  35.61 
 
 		 282 aa  169  3e-41  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.994606 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3624  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  37.86 
 
 		 296 aa  168  8e-41  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.00214713  normal  0.293437 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0818  transcriptional regulator, LysR family  39.15 
 
 		 280 aa  167  2e-40  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0971009  normal  0.428032 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2647  LysR family transcriptional regulator  39.22 
 
 		 326 aa  167  2e-40  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.865704  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6037  LysR family transcriptional regulator  35.13 
 
 		 283 aa  166  5e-40  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5807  LysR family transcriptional regulator  35.13 
 
 		 283 aa  165  6.9999999999999995e-40  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4825  transcriptional regulator, LysR family  37.17 
 
 		 293 aa  165  6.9999999999999995e-40  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0864247  normal  0.0253512 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1770  transcriptional regulator, LysR family  37.86 
 
 		 284 aa  164  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1838  LysR family transcriptional regulator  37.55 
 
 		 296 aa  164  1.0000000000000001e-39  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.8381  normal  0.487096 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4271  LysR family transcriptional regulator  35.87 
 
 		 303 aa  164  1.0000000000000001e-39  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1319  transcriptional regulator, LysR family  39.02 
 
 		 299 aa  164  2.0000000000000002e-39  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.232258  normal  0.131151 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5304  transcriptional regulator, LysR family  39.65 
 
 		 289 aa  163  3e-39  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4134  LysR family transcriptional regulator  35.09 
 
 		 291 aa  162  4.0000000000000004e-39  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.949354 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5384  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  38.43 
 
 		 300 aa  163  4.0000000000000004e-39  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.629114  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3317  LysR family transcriptional regulator  35.09 
 
 		 291 aa  162  4.0000000000000004e-39  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.176434 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4785  LysR family transcriptional regulator  35.09 
 
 		 291 aa  162  4.0000000000000004e-39  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.285424  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3382  LysR family transcriptional regulator  35.09 
 
 		 291 aa  162  4.0000000000000004e-39  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7706  LysR family transcriptional regulator  34.77 
 
 		 283 aa  162  5.0000000000000005e-39  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.364073  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0745  LysR family transcriptional regulator  38.08 
 
 		 287 aa  162  5.0000000000000005e-39  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1913  LysR family transcriptional regulator  36.16 
 
 		 290 aa  162  5.0000000000000005e-39  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.980095  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2821  LysR family transcriptional regulator  35.09 
 
 		 291 aa  162  6e-39  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1806  LysR family transcriptional regulator  37.4 
 
 		 284 aa  162  7e-39  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.712022 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5203  LysR family transcriptional regulator  34.74 
 
 		 291 aa  162  7e-39  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.715781  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0183  LysR family transcriptional regulator  37.28 
 
 		 319 aa  162  8.000000000000001e-39  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5162  LysR family transcriptional regulator  34.74 
 
 		 291 aa  161  9e-39  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5283  LysR family transcriptional regulator  38.46 
 
 		 285 aa  161  1e-38  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.287276  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0282  hypothetical protein  34.43 
 
 		 283 aa  161  1e-38  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2383  LysR family transcriptional regulator  37.82 
 
 		 294 aa  160  2e-38  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3363  LysR family transcriptional regulator  38.68 
 
 		 294 aa  160  2e-38  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.443471  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5091  LysR family transcriptional regulator  37.45 
 
 		 295 aa  160  2e-38  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0219442 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5004  LysR family transcriptional regulator  38.68 
 
 		 294 aa  160  2e-38  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.492991  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4417  LysR family transcriptional regulator  38.85 
 
 		 294 aa  159  4e-38  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0255776 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6433  transcriptional regulator, LysR family  36.2 
 
 		 291 aa  159  5e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00757839 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4219  LysR family transcriptional regulator  37.93 
 
 		 283 aa  159  5e-38  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2879  LysR family transcriptional regulator  38.85 
 
 		 284 aa  157  1e-37  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.624518 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0666  LysR family transcriptional regulator  37.72 
 
 		 294 aa  157  2e-37  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.659834  normal  0.452137 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2824  LysR family transcriptional regulator  35.16 
 
 		 306 aa  157  2e-37  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0185  LysR family transcriptional regulator  38.93 
 
 		 299 aa  156  3e-37  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0615  transcription regulator protein  36.43 
 
 		 289 aa  156  4e-37  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.528971 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4490  transcriptional regulator, LysR family  36.56 
 
 		 302 aa  156  4e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4935  LysR family transcriptional regulator  38.49 
 
 		 285 aa  156  4e-37  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.929926  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0795  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  36.54 
 
 		 291 aa  155  6e-37  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1326  LysR family transcriptional regulator  34.89 
 
 		 284 aa  155  7e-37  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0433346  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0277  hypothetical protein  36.33 
 
 		 283 aa  155  9e-37  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2045  transcriptional regulator, LysR family  39.41 
 
 		 285 aa  155  1e-36  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000182672 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_32360  lysR family transcriptional regulator  34.64 
 
 		 292 aa  154  1e-36  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0231568  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0877  transcriptional regulator, LysR family  34.89 
 
 		 287 aa  154  2e-36  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.672229  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1608  LysR family transcriptional regulator  34.87 
 
 		 287 aa  153  4e-36  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4357  transcriptional regulator, LysR family  35.63 
 
 		 283 aa  152  5e-36  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2674  LysR family transcriptional regulator  38.98 
 
 		 294 aa  152  5e-36  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3309  LysR family transcriptional regulator  33.96 
 
 		 311 aa  152  7e-36  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  unclonable  0.000000000301615  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0301  LysR family transcriptional regulator  39.3 
 
 		 294 aa  152  8.999999999999999e-36  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0683  LysR family transcriptional regulator  35.63 
 
 		 283 aa  151  1e-35  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1647  LysR family transcriptional regulator  38.11 
 
 		 289 aa  150  2e-35  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2204  LysR family transcriptional regulator  33.92 
 
 		 306 aa  150  3e-35  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.150057 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0512  transcriptional regulator LysR family  39.52 
 
 		 287 aa  149  8e-35  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.440355  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1467  LysR family transcriptional regulator  41.48 
 
 		 285 aa  148  8e-35  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.398942 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0095  LysR family transcriptional regulator  34.52 
 
 		 291 aa  148  1.0000000000000001e-34  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1492  transcriptional regulator, LysR family  36.51 
 
 		 271 aa  148  1.0000000000000001e-34  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.403981  hitchhiker  0.0000917621 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0717  transcriptional regulator, LysR family  36 
 
 		 292 aa  147  1.0000000000000001e-34  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.313627  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3081  LysR family transcriptional regulator  34.66 
 
 		 323 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0087  LysR family transcriptional regulator  32.78 
 
 		 301 aa  147  2.0000000000000003e-34  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2980  LysR family transcriptional regulator  37.9 
 
 		 311 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0695506  normal  0.804372 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>