More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mext_4540 on replicon NC_010172
Organism: Methylobacterium extorquens PA1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010172  Mext_4540  LysR substrate-binding  100 
 
 		 295 aa  575  1.0000000000000001e-163  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.225114 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5000  transcriptional regulator, LysR family  99.66 
 
 		 295 aa  572  1.0000000000000001e-162  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5053  transcriptional regulator, LysR family  91.19 
 
 		 295 aa  514  1.0000000000000001e-145  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.426603  normal  0.786248 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3396  LysR family transcriptional regulator  51.8 
 
 		 290 aa  259  5.0000000000000005e-68  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.356453  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1479  LysR family transcriptional regulator  49.14 
 
 		 294 aa  250  2e-65  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0277632  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1867  LysR family transcriptional regulator  44.29 
 
 		 306 aa  223  2e-57  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1300  LysR family transcriptional regulator  46.12 
 
 		 299 aa  223  3e-57  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.841181  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1788  LysR family transcriptional regulator  43.26 
 
 		 298 aa  222  7e-57  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00324618 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1278  LysR family transcriptional regulator  47 
 
 		 316 aa  219  3e-56  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2141  transcriptional regulator, LysR family  44.84 
 
 		 299 aa  209  4e-53  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.882286  normal  0.197682 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2385  transcriptional regulator, LysR family  44.13 
 
 		 313 aa  206  4e-52  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0284947  hitchhiker  0.00966213 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2586  transcriptional regulator LysR family  41.3 
 
 		 324 aa  196  3e-49  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1319  transcriptional regulator, LysR family  43.06 
 
 		 299 aa  181  1e-44  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.232258  normal  0.131151 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0384  LysR family transcriptional regulator  38.04 
 
 		 316 aa  181  1e-44  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2477  LysR family transcriptional regulator  42.09 
 
 		 290 aa  179  4e-44  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0482  transcriptional regulator, LysR family  39.13 
 
 		 322 aa  178  9e-44  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0438  transcriptional regulator, LysR family  39.13 
 
 		 322 aa  178  1e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4653  LysR family transcriptional regulator  41.16 
 
 		 317 aa  173  3.9999999999999995e-42  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.519057 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0765  LysR family transcriptional regulator  38.73 
 
 		 322 aa  169  5e-41  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.144728  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3081  LysR family transcriptional regulator  38.97 
 
 		 323 aa  169  7e-41  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5774  transcriptional regulator LysR family  37.33 
 
 		 332 aa  168  1e-40  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2309  putative transcriptional regulator  39.5 
 
 		 284 aa  167  2e-40  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4450  LysR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 283 aa  166  2.9999999999999998e-40  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_27280  LysR family transcriptional regulator  39.15 
 
 		 284 aa  165  6.9999999999999995e-40  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3993  LysR family transcriptional regulator  36.88 
 
 		 296 aa  165  9e-40  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00243747  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3829  LysR family transcriptional regulator  37.77 
 
 		 289 aa  165  9e-40  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.19019  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2879  LysR family transcriptional regulator  41.73 
 
 		 284 aa  164  1.0000000000000001e-39  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.624518 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4219  LysR family transcriptional regulator  44.4 
 
 		 283 aa  164  1.0000000000000001e-39  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2995  LysR family transcriptional regulator  37.68 
 
 		 321 aa  164  1.0000000000000001e-39  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1863  LysR family transcriptional regulator  38.52 
 
 		 283 aa  164  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0321846  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1438  LysR family transcriptional regulator  38.52 
 
 		 283 aa  164  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.371072  normal  0.234333 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3851  LysR family transcriptional regulator  38.52 
 
 		 283 aa  164  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.522354  normal  0.130982 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1473  LysR family transcriptional regulator  38.52 
 
 		 283 aa  163  3e-39  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.551192  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2821  LysR family transcriptional regulator  40.43 
 
 		 291 aa  163  4.0000000000000004e-39  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5203  LysR family transcriptional regulator  40.43 
 
 		 291 aa  161  1e-38  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.715781  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4785  LysR family transcriptional regulator  40 
 
 		 291 aa  161  1e-38  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.285424  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3382  LysR family transcriptional regulator  40 
 
 		 291 aa  161  1e-38  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4134  LysR family transcriptional regulator  40 
 
 		 291 aa  161  1e-38  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.949354 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4012  transcriptional regulator, LysR family  36.36 
 
 		 285 aa  160  2e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0664049 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5787  LysR family transcriptional regulator  36.88 
 
 		 282 aa  160  3e-38  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6152  LysR family transcriptional regulator  36.88 
 
 		 282 aa  160  3e-38  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.824926  normal  0.461056 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5807  LysR family transcriptional regulator  37.81 
 
 		 283 aa  159  6e-38  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1806  LysR family transcriptional regulator  41.13 
 
 		 284 aa  158  9e-38  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.712022 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4357  transcriptional regulator, LysR family  40.59 
 
 		 283 aa  157  1e-37  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0818  transcriptional regulator, LysR family  34.29 
 
 		 280 aa  158  1e-37  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0971009  normal  0.428032 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6632  LysR family transcriptional regulator  36.52 
 
 		 282 aa  158  1e-37  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.994606 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5162  LysR family transcriptional regulator  39.13 
 
 		 291 aa  157  1e-37  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0525  LysR family transcriptional regulator  40.87 
 
 		 316 aa  157  2e-37  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1608  LysR family transcriptional regulator  36.43 
 
 		 287 aa  157  2e-37  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7706  LysR family transcriptional regulator  37.1 
 
 		 283 aa  157  2e-37  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.364073  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0301  LysR family transcriptional regulator  39 
 
 		 294 aa  157  2e-37  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3317  LysR family transcriptional regulator  39.13 
 
 		 291 aa  157  2e-37  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.176434 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0405  LysR family transcriptional regulator  37.45 
 
 		 298 aa  157  3e-37  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1431  LysR family transcriptional regulator  39.22 
 
 		 289 aa  156  4e-37  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1273  transcriptional regulator, LysR family  34.63 
 
 		 309 aa  155  6e-37  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0230632  normal  0.266535 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5304  transcriptional regulator, LysR family  39.02 
 
 		 289 aa  155  1e-36  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6037  LysR family transcriptional regulator  37.46 
 
 		 283 aa  155  1e-36  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0795  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  38.78 
 
 		 291 aa  154  1e-36  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2777  putative transcriptional regulator  37.89 
 
 		 284 aa  154  2e-36  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.214783  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2045  transcriptional regulator, LysR family  37.55 
 
 		 285 aa  154  2e-36  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000182672 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3636  transcriptional regulator, LysR family  37.41 
 
 		 295 aa  154  2e-36  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1911  LysR family transcriptional regulator  37.7 
 
 		 305 aa  153  2.9999999999999998e-36  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2133  LysR family transcriptional regulator  36.46 
 
 		 284 aa  152  5e-36  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  decreased coverage  0.00732746  normal  0.30911 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3823  LysR substrate-binding  38.24 
 
 		 289 aa  152  7e-36  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0683  LysR family transcriptional regulator  38.7 
 
 		 283 aa  152  8.999999999999999e-36  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5283  LysR family transcriptional regulator  38.08 
 
 		 285 aa  151  1e-35  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.287276  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7267  transcriptional regulator, LysR family  43.22 
 
 		 290 aa  151  1e-35  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4131  transcriptional regulator, LysR family  37.1 
 
 		 289 aa  151  1e-35  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6020  LysR family transcriptional regulator  41.16 
 
 		 279 aa  151  1e-35  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0301148 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0666  LysR family transcriptional regulator  42.36 
 
 		 294 aa  150  2e-35  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.659834  normal  0.452137 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2674  LysR family transcriptional regulator  37.55 
 
 		 294 aa  150  3e-35  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1770  transcriptional regulator, LysR family  35.79 
 
 		 284 aa  149  4e-35  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3363  LysR family transcriptional regulator  37.72 
 
 		 294 aa  150  4e-35  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.443471  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4271  LysR family transcriptional regulator  39.32 
 
 		 303 aa  150  4e-35  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5004  LysR family transcriptional regulator  37.72 
 
 		 294 aa  150  4e-35  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.492991  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1467  LysR family transcriptional regulator  40 
 
 		 285 aa  149  7e-35  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.398942 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0607  transcriptional regulator, LysR family  37.77 
 
 		 298 aa  149  8e-35  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3585  transcriptional regulator, LysR family  39.13 
 
 		 298 aa  148  9e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0651173 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4417  LysR family transcriptional regulator  37.91 
 
 		 294 aa  148  9e-35  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0255776 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0183  LysR family transcriptional regulator  37.23 
 
 		 319 aa  147  1.0000000000000001e-34  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3624  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  35.46 
 
 		 296 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.00214713  normal  0.293437 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3312  transcriptional regulator, LysR family  39.57 
 
 		 294 aa  147  2.0000000000000003e-34  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4825  transcriptional regulator, LysR family  38.84 
 
 		 293 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0864247  normal  0.0253512 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0538  LysR family transcriptional regulator  39.62 
 
 		 311 aa  147  2.0000000000000003e-34  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2839  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 304 aa  146  4.0000000000000006e-34  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0095  LysR family transcriptional regulator  34.49 
 
 		 291 aa  146  5e-34  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1838  LysR family transcriptional regulator  39.48 
 
 		 296 aa  145  6e-34  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.8381  normal  0.487096 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0745  LysR family transcriptional regulator  37.55 
 
 		 287 aa  144  1e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5091  LysR family transcriptional regulator  38.2 
 
 		 295 aa  145  1e-33  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0219442 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4935  LysR family transcriptional regulator  38.31 
 
 		 285 aa  145  1e-33  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.929926  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1890  LysR family transcriptional regulator  39.13 
 
 		 322 aa  144  2e-33  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4222  transcriptional regulator, LysR family  35.69 
 
 		 293 aa  144  2e-33  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3284  transcriptional regulator, LysR family  39.72 
 
 		 298 aa  144  2e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2951  transcriptional regulator, LysR family  33.45 
 
 		 304 aa  144  2e-33  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0615  transcription regulator protein  37.55 
 
 		 289 aa  143  3e-33  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.528971 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0160  transcriptional regulator, LysR family  40.57 
 
 		 291 aa  143  3e-33  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0804  LysR family transcriptional regulator  42.18 
 
 		 288 aa  143  4e-33  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0513022 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1492  transcriptional regulator, LysR family  36.48 
 
 		 271 aa  143  4e-33  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.403981  hitchhiker  0.0000917621 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00857  putative regulatory protein LysR Family  31.62 
 
 		 282 aa  142  5e-33  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.977241  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3309  LysR family transcriptional regulator  33.47 
 
 		 311 aa  142  7e-33  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  unclonable  0.000000000301615  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>