More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BBta_0804 on replicon NC_009485
Organism: Bradyrhizobium sp. BTAi1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009485  BBta_0804  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 
288 aa  574  1.0000000000000001e-163  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.0513022 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0745  LysR family transcriptional regulator  77.08 
 
 
287 aa  449  1e-125  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0877  transcriptional regulator, LysR family  77.78 
 
 
287 aa  449  1e-125  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.672229  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0242  LysR family transcriptional regulator  75 
 
 
287 aa  412  1e-114  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.546914  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2046  LysR family transcriptional regulator  51.77 
 
 
287 aa  265  8.999999999999999e-70  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.396353  normal  0.96684 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3226  LysR family transcriptional regulator  47.18 
 
 
306 aa  252  6e-66  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.60856 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_32360  lysR family transcriptional regulator  49.47 
 
 
292 aa  247  1e-64  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0231568  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3943  transcriptional regulator, LysR family  49.3 
 
 
295 aa  248  1e-64  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.691658  normal  0.897444 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4056  transcriptional regulator, LysR family  49.3 
 
 
295 aa  248  1e-64  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.772372  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0070  LysR family transcriptional regulator  44.84 
 
 
286 aa  240  2e-62  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2204  LysR family transcriptional regulator  46.53 
 
 
306 aa  240  2e-62  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.150057 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5238  LysR family transcriptional regulator  45.04 
 
 
287 aa  239  4e-62  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5621  LysR family transcriptional regulator  45.04 
 
 
287 aa  239  4e-62  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.0412955 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4609  LysR family transcriptional regulator  44.48 
 
 
287 aa  237  1e-61  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.46805  hitchhiker  0.000318313 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3803  LysR family transcriptional regulator  50.57 
 
 
285 aa  234  1.0000000000000001e-60  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.180645 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5843  LysR family transcriptional regulator  47.92 
 
 
282 aa  233  3e-60  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2742  putative transcriptional regulator  50.53 
 
 
292 aa  233  3e-60  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0323  LysR family transcriptional regulator  48.12 
 
 
283 aa  231  1e-59  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4236  transcriptional regulator  46.15 
 
 
309 aa  230  2e-59  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.999782  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1326  LysR family transcriptional regulator  45.26 
 
 
284 aa  229  3e-59  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0433346  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_49640  transcriptional regulator  46.15 
 
 
300 aa  230  3e-59  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.097129  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5448  LysR family transcriptional regulator  44.96 
 
 
288 aa  229  3e-59  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.778769 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4898  LysR family transcriptional regulator  45.52 
 
 
288 aa  228  7e-59  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.552051 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2391  transcriptional regulator, LysR family  43.43 
 
 
293 aa  226  3e-58  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.586074 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3534  LysR family transcriptional regulator  42.29 
 
 
293 aa  223  4e-57  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.154456  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3591  LysR family transcriptional regulator  44.2 
 
 
292 aa  223  4e-57  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.449761 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2239  LysR family transcriptional regulator  42.29 
 
 
293 aa  223  4e-57  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2390  LysR family transcriptional regulator  42.29 
 
 
293 aa  221  9.999999999999999e-57  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.610355 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3053  LysR family transcriptional regulator  41.64 
 
 
307 aa  219  3e-56  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0405  LysR family transcriptional regulator  43.66 
 
 
298 aa  211  2e-53  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5384  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  44.84 
 
 
300 aa  210  3e-53  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.629114  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2346  transcriptional regulator, LysR family  43.12 
 
 
293 aa  210  3e-53  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.886093 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0105  LysR family transcriptional regulator  47.5 
 
 
284 aa  206  3e-52  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1284  LysR family transcriptional regulator  42.14 
 
 
283 aa  206  3e-52  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.32576  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2477  LysR family transcriptional regulator  40.94 
 
 
290 aa  196  4.0000000000000005e-49  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3829  LysR family transcriptional regulator  43.85 
 
 
289 aa  190  2.9999999999999997e-47  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.19019  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0818  transcriptional regulator, LysR family  39.78 
 
 
280 aa  184  1.0000000000000001e-45  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0971009  normal  0.428032 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2662  LysR family transcriptional regulator  39.08 
 
 
307 aa  181  1e-44  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0765  LysR family transcriptional regulator  42 
 
 
322 aa  177  2e-43  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.144728  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1273  transcriptional regulator, LysR family  36.92 
 
 
309 aa  176  3e-43  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0230632  normal  0.266535 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0438  transcriptional regulator, LysR family  35.09 
 
 
322 aa  176  4e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0482  transcriptional regulator, LysR family  35.09 
 
 
322 aa  176  5e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4450  LysR family transcriptional regulator  39.64 
 
 
283 aa  176  5e-43  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2995  LysR family transcriptional regulator  41.77 
 
 
321 aa  176  5e-43  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0384  LysR family transcriptional regulator  34.46 
 
 
316 aa  171  1e-41  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4222  transcriptional regulator, LysR family  40.08 
 
 
293 aa  171  1e-41  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2951  transcriptional regulator, LysR family  36.33 
 
 
304 aa  167  1e-40  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5774  transcriptional regulator LysR family  34.84 
 
 
332 aa  166  2.9999999999999998e-40  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3081  LysR family transcriptional regulator  36.9 
 
 
323 aa  166  2.9999999999999998e-40  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3624  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  37.18 
 
 
296 aa  166  5e-40  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.00214713  normal  0.293437 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_27280  LysR family transcriptional regulator  36.56 
 
 
284 aa  165  8e-40  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2757  LysR family transcriptional regulator  38.61 
 
 
292 aa  164  1.0000000000000001e-39  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.486201  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2839  LysR family transcriptional regulator  35.64 
 
 
304 aa  165  1.0000000000000001e-39  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4653  LysR family transcriptional regulator  40.38 
 
 
317 aa  162  4.0000000000000004e-39  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.519057 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3993  LysR family transcriptional regulator  34.77 
 
 
296 aa  162  5.0000000000000005e-39  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00243747  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2309  putative transcriptional regulator  36.2 
 
 
284 aa  162  7e-39  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1319  transcriptional regulator, LysR family  35.84 
 
 
299 aa  162  8.000000000000001e-39  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.232258  normal  0.131151 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2383  LysR family transcriptional regulator  35.92 
 
 
294 aa  161  1e-38  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0185  LysR family transcriptional regulator  38.4 
 
 
299 aa  160  2e-38  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3167  LysR family transcriptional regulator  38.31 
 
 
283 aa  160  3e-38  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1863  LysR family transcriptional regulator  36.92 
 
 
283 aa  159  4e-38  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0321846  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3851  LysR family transcriptional regulator  36.92 
 
 
283 aa  159  4e-38  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.522354  normal  0.130982 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1867  LysR family transcriptional regulator  34.53 
 
 
306 aa  159  6e-38  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1431  LysR family transcriptional regulator  39.22 
 
 
289 aa  159  7e-38  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1479  LysR family transcriptional regulator  36.5 
 
 
294 aa  159  7e-38  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0277632  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1845  LysR family transcriptional regulator  38.55 
 
 
303 aa  159  7e-38  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000102688 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1058  LysR family transcriptional regulator  39.83 
 
 
288 aa  158  9e-38  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1473  LysR family transcriptional regulator  36.56 
 
 
283 aa  157  1e-37  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.551192  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2125  HTH-type transcriptional regulator  33.1 
 
 
298 aa  158  1e-37  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6433  transcriptional regulator, LysR family  35.27 
 
 
291 aa  157  1e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00757839 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0282  hypothetical protein  38.7 
 
 
283 aa  157  2e-37  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2385  transcriptional regulator, LysR family  35.17 
 
 
313 aa  157  2e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0284947  hitchhiker  0.00966213 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1438  LysR family transcriptional regulator  36.2 
 
 
283 aa  157  2e-37  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.371072  normal  0.234333 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1020  LysR family transcriptional regulator  34.28 
 
 
297 aa  156  3e-37  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2626  transcriptional regulator, LysR family  38.31 
 
 
290 aa  156  4e-37  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.117522  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5091  LysR family transcriptional regulator  36.78 
 
 
295 aa  156  4e-37  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.0219442 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7267  transcriptional regulator, LysR family  38.3 
 
 
290 aa  155  6e-37  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0717  transcriptional regulator, LysR family  36.78 
 
 
292 aa  155  6e-37  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.313627  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2141  transcriptional regulator, LysR family  34.48 
 
 
299 aa  154  1e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.882286  normal  0.197682 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2824  LysR family transcriptional regulator  37.12 
 
 
306 aa  154  1e-36  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0087  LysR family transcriptional regulator  31.9 
 
 
301 aa  154  1e-36  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0277  hypothetical protein  37.83 
 
 
283 aa  154  2e-36  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4271  LysR family transcriptional regulator  39.3 
 
 
303 aa  154  2e-36  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1461  transcriptional regulator, LysR family  37.75 
 
 
301 aa  154  2e-36  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0615  transcription regulator protein  36.78 
 
 
289 aa  153  2.9999999999999998e-36  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.528971 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2002  transcriptional regulator, LysR family  35.46 
 
 
292 aa  153  2.9999999999999998e-36  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4490  transcriptional regulator, LysR family  35.27 
 
 
302 aa  153  2.9999999999999998e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0301  LysR family transcriptional regulator  35.23 
 
 
294 aa  153  2.9999999999999998e-36  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2980  LysR family transcriptional regulator  37.35 
 
 
311 aa  153  2.9999999999999998e-36  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0695506  normal  0.804372 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_21400  Transcriptional regulator, LysR family  34.93 
 
 
317 aa  153  2.9999999999999998e-36  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1683  LysR substrate-binding  35.96 
 
 
292 aa  153  2.9999999999999998e-36  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1300  LysR family transcriptional regulator  34.98 
 
 
299 aa  153  2.9999999999999998e-36  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.841181  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1788  LysR family transcriptional regulator  32.87 
 
 
298 aa  153  4e-36  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00324618 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7727  LysR family transcriptional regulator  37.39 
 
 
298 aa  152  8e-36  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.840004  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0525  LysR family transcriptional regulator  35.25 
 
 
316 aa  151  1e-35  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1278  LysR family transcriptional regulator  35.97 
 
 
316 aa  150  2e-35  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4012  transcriptional regulator, LysR family  36.76 
 
 
285 aa  150  2e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0664049 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1770  transcriptional regulator, LysR family  35.46 
 
 
284 aa  150  3e-35  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2019  LysR family transcriptional regulator  35.9 
 
 
285 aa  150  3e-35  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.682077  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0795  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  34.62 
 
 
291 aa  150  3e-35  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>