More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_2586 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011989  Avi_2586  transcriptional regulator LysR family  100 
 
 		 324 aa  663    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1788  LysR family transcriptional regulator  56.54 
 
 		 298 aa  343  2.9999999999999997e-93  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00324618 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2141  transcriptional regulator, LysR family  51.36 
 
 		 299 aa  313  2.9999999999999996e-84  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.882286  normal  0.197682 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2385  transcriptional regulator, LysR family  51.02 
 
 		 313 aa  310  2e-83  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0284947  hitchhiker  0.00966213 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1867  LysR family transcriptional regulator  54.42 
 
 		 306 aa  308  1.0000000000000001e-82  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1300  LysR family transcriptional regulator  54.37 
 
 		 299 aa  303  4.0000000000000003e-81  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.841181  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1278  LysR family transcriptional regulator  51.83 
 
 		 316 aa  298  1e-79  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1479  LysR family transcriptional regulator  46.79 
 
 		 294 aa  242  7e-63  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0277632  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3396  LysR family transcriptional regulator  44.17 
 
 		 290 aa  225  1e-57  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.356453  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5053  transcriptional regulator, LysR family  41.82 
 
 		 295 aa  189  7e-47  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.426603  normal  0.786248 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4540  LysR substrate-binding  41.3 
 
 		 295 aa  177  3e-43  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.225114 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5000  transcriptional regulator, LysR family  41.3 
 
 		 295 aa  175  8e-43  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3829  LysR family transcriptional regulator  36.43 
 
 		 289 aa  175  9.999999999999999e-43  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.19019  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4450  LysR family transcriptional regulator  38.04 
 
 		 283 aa  170  2e-41  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0384  LysR family transcriptional regulator  35.82 
 
 		 316 aa  170  3e-41  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7706  LysR family transcriptional regulator  37.91 
 
 		 283 aa  170  3e-41  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.364073  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6037  LysR family transcriptional regulator  37.55 
 
 		 283 aa  170  3e-41  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3993  LysR family transcriptional regulator  37.59 
 
 		 296 aa  170  4e-41  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00243747  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6632  LysR family transcriptional regulator  36.23 
 
 		 282 aa  169  6e-41  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.994606 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5807  LysR family transcriptional regulator  37.55 
 
 		 283 aa  168  9e-41  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6152  LysR family transcriptional regulator  35.87 
 
 		 282 aa  168  1e-40  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.824926  normal  0.461056 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5787  LysR family transcriptional regulator  35.87 
 
 		 282 aa  168  1e-40  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5162  LysR family transcriptional regulator  37.41 
 
 		 291 aa  166  6.9999999999999995e-40  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3317  LysR family transcriptional regulator  37.41 
 
 		 291 aa  165  1.0000000000000001e-39  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.176434 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1806  LysR family transcriptional regulator  36.69 
 
 		 284 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.712022 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1473  LysR family transcriptional regulator  38.27 
 
 		 283 aa  164  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.551192  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0482  transcriptional regulator, LysR family  35.88 
 
 		 322 aa  164  2.0000000000000002e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0438  transcriptional regulator, LysR family  35.88 
 
 		 322 aa  164  2.0000000000000002e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0405  LysR family transcriptional regulator  37 
 
 		 298 aa  163  3e-39  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1863  LysR family transcriptional regulator  37.91 
 
 		 283 aa  163  4.0000000000000004e-39  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0321846  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3851  LysR family transcriptional regulator  37.91 
 
 		 283 aa  163  4.0000000000000004e-39  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.522354  normal  0.130982 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4134  LysR family transcriptional regulator  36.69 
 
 		 291 aa  162  5.0000000000000005e-39  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.949354 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4785  LysR family transcriptional regulator  36.69 
 
 		 291 aa  162  5.0000000000000005e-39  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.285424  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3382  LysR family transcriptional regulator  36.69 
 
 		 291 aa  162  5.0000000000000005e-39  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1438  LysR family transcriptional regulator  37.91 
 
 		 283 aa  162  7e-39  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.371072  normal  0.234333 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2821  LysR family transcriptional regulator  36.33 
 
 		 291 aa  161  1e-38  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4653  LysR family transcriptional regulator  39 
 
 		 317 aa  161  2e-38  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.519057 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5203  LysR family transcriptional regulator  36.69 
 
 		 291 aa  160  2e-38  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.715781  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2995  LysR family transcriptional regulator  36.05 
 
 		 321 aa  159  5e-38  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5774  transcriptional regulator LysR family  34.01 
 
 		 332 aa  159  8e-38  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2879  LysR family transcriptional regulator  36.52 
 
 		 284 aa  158  1e-37  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.624518 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0765  LysR family transcriptional regulator  37.25 
 
 		 322 aa  157  2e-37  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.144728  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7267  transcriptional regulator, LysR family  37.85 
 
 		 290 aa  157  2e-37  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5091  LysR family transcriptional regulator  35.19 
 
 		 295 aa  157  3e-37  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0219442 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3624  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  36.52 
 
 		 296 aa  156  6e-37  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.00214713  normal  0.293437 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1838  LysR family transcriptional regulator  35.5 
 
 		 296 aa  156  6e-37  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.8381  normal  0.487096 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6020  LysR family transcriptional regulator  37.18 
 
 		 279 aa  155  7e-37  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0301148 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3636  transcriptional regulator, LysR family  35.38 
 
 		 295 aa  155  8e-37  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4825  transcriptional regulator, LysR family  34.53 
 
 		 293 aa  155  1e-36  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0864247  normal  0.0253512 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2309  putative transcriptional regulator  36.92 
 
 		 284 aa  154  1e-36  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4271  LysR family transcriptional regulator  37.16 
 
 		 303 aa  154  2e-36  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1273  transcriptional regulator, LysR family  35.91 
 
 		 309 aa  153  2.9999999999999998e-36  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0230632  normal  0.266535 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1608  LysR family transcriptional regulator  35.25 
 
 		 287 aa  153  4e-36  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0745  LysR family transcriptional regulator  35.87 
 
 		 287 aa  153  4e-36  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3312  transcriptional regulator, LysR family  36.43 
 
 		 294 aa  153  4e-36  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_27280  LysR family transcriptional regulator  36.56 
 
 		 284 aa  152  7e-36  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2133  LysR family transcriptional regulator  35.48 
 
 		 284 aa  152  8e-36  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  decreased coverage  0.00732746  normal  0.30911 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2477  LysR family transcriptional regulator  34.88 
 
 		 290 aa  150  2e-35  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3081  LysR family transcriptional regulator  34.8 
 
 		 323 aa  150  3e-35  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2773  transcriptional regulator, LysR family  33.08 
 
 		 316 aa  150  3e-35  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.785949  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0877  transcriptional regulator, LysR family  34.55 
 
 		 287 aa  150  3e-35  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.672229  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3167  LysR family transcriptional regulator  34.04 
 
 		 283 aa  149  5e-35  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0095  LysR family transcriptional regulator  35.86 
 
 		 291 aa  149  8e-35  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1319  transcriptional regulator, LysR family  40 
 
 		 299 aa  149  9e-35  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.232258  normal  0.131151 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1770  transcriptional regulator, LysR family  35.11 
 
 		 284 aa  147  3e-34  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4219  LysR family transcriptional regulator  36.54 
 
 		 283 aa  147  3e-34  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_21400  Transcriptional regulator, LysR family  31.53 
 
 		 317 aa  146  4.0000000000000006e-34  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2551  transcriptional regulator, LysR family  32.36 
 
 		 311 aa  145  6e-34  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.405251  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1491  transcriptional regulator, LysR family  32.83 
 
 		 316 aa  145  1e-33  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1220  transcriptional regulator, LysR family  34.7 
 
 		 289 aa  144  2e-33  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.286254  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5304  transcriptional regulator, LysR family  36.75 
 
 		 289 aa  144  2e-33  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0818  transcriptional regulator, LysR family  32.03 
 
 		 280 aa  143  3e-33  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0971009  normal  0.428032 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0368  LysR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 285 aa  143  3e-33  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2626  transcriptional regulator, LysR family  34.65 
 
 		 290 aa  143  4e-33  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.117522  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4590  LysR family transcriptional regulator  33.89 
 
 		 318 aa  143  4e-33  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1452  transcriptional regulator LrhA  34.22 
 
 		 309 aa  143  4e-33  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1817  LysR-family transcriptional regulatory protein  34.22 
 
 		 309 aa  143  4e-33  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0525  LysR family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 316 aa  143  4e-33  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4012  transcriptional regulator, LysR family  35 
 
 		 285 aa  143  5e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0664049 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0425  LysR family transcriptional regulator  30.74 
 
 		 281 aa  142  7e-33  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1559  LysR family transcriptional regulator  34.22 
 
 		 310 aa  142  8e-33  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.30474  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0277  hypothetical protein  30.32 
 
 		 283 aa  141  9.999999999999999e-33  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4357  transcriptional regulator, LysR family  33.57 
 
 		 283 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6433  transcriptional regulator, LysR family  35.09 
 
 		 291 aa  141  9.999999999999999e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00757839 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4222  transcriptional regulator, LysR family  35.69 
 
 		 293 aa  141  9.999999999999999e-33  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0615  transcription regulator protein  36.64 
 
 		 289 aa  141  1.9999999999999998e-32  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.528971 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0804  LysR family transcriptional regulator  34.53 
 
 		 288 aa  141  1.9999999999999998e-32  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0513022 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0683  LysR family transcriptional regulator  33.57 
 
 		 283 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2647  LysR family transcriptional regulator  35.13 
 
 		 326 aa  140  1.9999999999999998e-32  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.865704  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1129  transcriptional regulator, LysR family  35.06 
 
 		 289 aa  140  3e-32  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.412971  normal  0.826624 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1467  LysR family transcriptional regulator  35.04 
 
 		 285 aa  140  3e-32  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.398942 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1492  transcriptional regulator, LysR family  34.2 
 
 		 271 aa  139  4.999999999999999e-32  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.403981  hitchhiker  0.0000917621 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05533  transcriptional regulator  31.33 
 
 		 276 aa  139  7e-32  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0282  hypothetical protein  30.32 
 
 		 283 aa  139  7.999999999999999e-32  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2046  LysR family transcriptional regulator  34.55 
 
 		 287 aa  138  1e-31  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.396353  normal  0.96684 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0795  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  33.71 
 
 		 291 aa  138  1e-31  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4490  transcriptional regulator, LysR family  33.57 
 
 		 302 aa  137  2e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3309  LysR family transcriptional regulator  33.58 
 
 		 311 aa  138  2e-31  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  unclonable  0.000000000301615  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3916  LysR family transcriptional regulator  36.13 
 
 		 300 aa  136  4e-31  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0255667  normal  0.120293 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0666  LysR family transcriptional regulator  32.98 
 
 		 294 aa  136  4e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.659834  normal  0.452137 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>