More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_2647 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009636  Smed_2647  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 326 aa  659    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.865704  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4490  transcriptional regulator, LysR family  52.98 
 
 		 302 aa  290  2e-77  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6433  transcriptional regulator, LysR family  53.95 
 
 		 291 aa  284  1.0000000000000001e-75  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00757839 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0095  LysR family transcriptional regulator  48.94 
 
 		 291 aa  266  5e-70  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4450  LysR family transcriptional regulator  38.49 
 
 		 283 aa  186  5e-46  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7267  transcriptional regulator, LysR family  39.44 
 
 		 290 aa  177  2e-43  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2995  LysR family transcriptional regulator  39.16 
 
 		 321 aa  176  5e-43  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5807  LysR family transcriptional regulator  36.65 
 
 		 283 aa  176  5e-43  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5787  LysR family transcriptional regulator  36.17 
 
 		 282 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6152  LysR family transcriptional regulator  36.17 
 
 		 282 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.824926  normal  0.461056 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6037  LysR family transcriptional regulator  36.3 
 
 		 283 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2309  putative transcriptional regulator  36.88 
 
 		 284 aa  174  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0765  LysR family transcriptional regulator  38.46 
 
 		 322 aa  173  2.9999999999999996e-42  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.144728  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6632  LysR family transcriptional regulator  35.46 
 
 		 282 aa  172  7.999999999999999e-42  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.994606 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1863  LysR family transcriptional regulator  35.89 
 
 		 283 aa  172  1e-41  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0321846  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3851  LysR family transcriptional regulator  35.89 
 
 		 283 aa  172  1e-41  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.522354  normal  0.130982 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_27280  LysR family transcriptional regulator  36.52 
 
 		 284 aa  172  1e-41  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1473  LysR family transcriptional regulator  35.54 
 
 		 283 aa  170  3e-41  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.551192  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5304  transcriptional regulator, LysR family  38.79 
 
 		 289 aa  170  4e-41  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1438  LysR family transcriptional regulator  35.54 
 
 		 283 aa  169  5e-41  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.371072  normal  0.234333 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0438  transcriptional regulator, LysR family  38.43 
 
 		 322 aa  169  7e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0482  transcriptional regulator, LysR family  38.43 
 
 		 322 aa  169  8e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0384  LysR family transcriptional regulator  38.3 
 
 		 316 aa  167  2e-40  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7706  LysR family transcriptional regulator  34.52 
 
 		 283 aa  167  2.9999999999999998e-40  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.364073  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3993  LysR family transcriptional regulator  35.02 
 
 		 296 aa  166  5e-40  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00243747  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3396  LysR family transcriptional regulator  38.87 
 
 		 290 aa  164  2.0000000000000002e-39  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.356453  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0615  transcription regulator protein  37.94 
 
 		 289 aa  162  5.0000000000000005e-39  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.528971 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4271  LysR family transcriptional regulator  36.5 
 
 		 303 aa  162  1e-38  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1788  LysR family transcriptional regulator  37.32 
 
 		 298 aa  160  3e-38  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00324618 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5162  LysR family transcriptional regulator  36.43 
 
 		 291 aa  159  7e-38  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3317  LysR family transcriptional regulator  36.43 
 
 		 291 aa  159  8e-38  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.176434 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5774  transcriptional regulator LysR family  38.16 
 
 		 332 aa  159  8e-38  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2133  LysR family transcriptional regulator  34.75 
 
 		 284 aa  159  8e-38  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  decreased coverage  0.00732746  normal  0.30911 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3624  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  35.11 
 
 		 296 aa  158  1e-37  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.00214713  normal  0.293437 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1300  LysR family transcriptional regulator  38.8 
 
 		 299 aa  157  2e-37  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.841181  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0183  LysR family transcriptional regulator  38.21 
 
 		 319 aa  157  3e-37  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1806  LysR family transcriptional regulator  36.62 
 
 		 284 aa  156  5.0000000000000005e-37  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.712022 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6020  LysR family transcriptional regulator  37.36 
 
 		 279 aa  156  5.0000000000000005e-37  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0301148 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1608  LysR family transcriptional regulator  38.29 
 
 		 287 aa  155  8e-37  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4785  LysR family transcriptional regulator  35.36 
 
 		 291 aa  155  9e-37  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.285424  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4134  LysR family transcriptional regulator  35.36 
 
 		 291 aa  155  9e-37  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.949354 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3382  LysR family transcriptional regulator  35.36 
 
 		 291 aa  155  9e-37  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5203  LysR family transcriptional regulator  36.84 
 
 		 291 aa  155  1e-36  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.715781  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2821  LysR family transcriptional regulator  35.36 
 
 		 291 aa  154  2e-36  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2141  transcriptional regulator, LysR family  37.41 
 
 		 299 aa  153  2.9999999999999998e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.882286  normal  0.197682 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1867  LysR family transcriptional regulator  36.4 
 
 		 306 aa  153  2.9999999999999998e-36  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0683  LysR family transcriptional regulator  35.11 
 
 		 283 aa  153  5e-36  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1479  LysR family transcriptional regulator  37.81 
 
 		 294 aa  151  1e-35  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0277632  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2385  transcriptional regulator, LysR family  36.71 
 
 		 313 aa  150  2e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0284947  hitchhiker  0.00966213 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4219  LysR family transcriptional regulator  36.8 
 
 		 283 aa  150  2e-35  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1326  LysR family transcriptional regulator  35.74 
 
 		 284 aa  150  2e-35  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0433346  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3081  LysR family transcriptional regulator  35.27 
 
 		 323 aa  149  6e-35  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2477  LysR family transcriptional regulator  37.02 
 
 		 290 aa  149  6e-35  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4357  transcriptional regulator, LysR family  36.06 
 
 		 283 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2879  LysR family transcriptional regulator  35.92 
 
 		 284 aa  148  1.0000000000000001e-34  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.624518 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2204  LysR family transcriptional regulator  36.7 
 
 		 306 aa  147  2.0000000000000003e-34  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.150057 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4653  LysR family transcriptional regulator  37.55 
 
 		 317 aa  147  3e-34  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.519057 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2951  transcriptional regulator, LysR family  32.04 
 
 		 304 aa  146  5e-34  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1770  transcriptional regulator, LysR family  32.98 
 
 		 284 aa  145  1e-33  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3916  LysR family transcriptional regulator  35.51 
 
 		 300 aa  145  1e-33  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0255667  normal  0.120293 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2839  LysR family transcriptional regulator  30.39 
 
 		 304 aa  144  2e-33  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5091  LysR family transcriptional regulator  34.91 
 
 		 295 aa  143  4e-33  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0219442 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0877  transcriptional regulator, LysR family  33.33 
 
 		 287 aa  141  9.999999999999999e-33  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.672229  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1838  LysR family transcriptional regulator  34.53 
 
 		 296 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.8381  normal  0.487096 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4825  transcriptional regulator, LysR family  34.53 
 
 		 293 aa  142  9.999999999999999e-33  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0864247  normal  0.0253512 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0185  LysR family transcriptional regulator  36.82 
 
 		 299 aa  141  1.9999999999999998e-32  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1492  transcriptional regulator, LysR family  36.15 
 
 		 271 aa  140  1.9999999999999998e-32  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.403981  hitchhiker  0.0000917621 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2586  transcriptional regulator LysR family  35.13 
 
 		 324 aa  140  1.9999999999999998e-32  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1273  transcriptional regulator, LysR family  32.51 
 
 		 309 aa  140  3e-32  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0230632  normal  0.266535 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1278  LysR family transcriptional regulator  36.75 
 
 		 316 aa  139  4.999999999999999e-32  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1913  LysR family transcriptional regulator  32.13 
 
 		 290 aa  138  1e-31  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.980095  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0795  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  30.82 
 
 		 291 aa  137  2e-31  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5283  LysR family transcriptional regulator  32.4 
 
 		 285 aa  137  2e-31  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.287276  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2674  LysR family transcriptional regulator  32.01 
 
 		 294 aa  137  2e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3363  LysR family transcriptional regulator  32.51 
 
 		 294 aa  137  3.0000000000000003e-31  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.443471  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3636  transcriptional regulator, LysR family  32.52 
 
 		 295 aa  137  3.0000000000000003e-31  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5004  LysR family transcriptional regulator  32.51 
 
 		 294 aa  137  3.0000000000000003e-31  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.492991  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2045  transcriptional regulator, LysR family  31.65 
 
 		 285 aa  136  6.0000000000000005e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000182672 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0804  LysR family transcriptional regulator  35.38 
 
 		 288 aa  135  7.000000000000001e-31  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0513022 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1319  transcriptional regulator, LysR family  34.21 
 
 		 299 aa  134  9.999999999999999e-31  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.232258  normal  0.131151 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5090  LysR family transcriptional regulator  31.93 
 
 		 285 aa  135  9.999999999999999e-31  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4417  LysR family transcriptional regulator  33.09 
 
 		 294 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0255776 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1467  LysR family transcriptional regulator  37.65 
 
 		 285 aa  134  1.9999999999999998e-30  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.398942 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2757  LysR family transcriptional regulator  34.73 
 
 		 292 aa  134  1.9999999999999998e-30  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.486201  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2773  transcriptional regulator, LysR family  34.27 
 
 		 316 aa  134  3e-30  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.785949  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5053  transcriptional regulator, LysR family  36.11 
 
 		 295 aa  134  3e-30  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.426603  normal  0.786248 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2383  LysR family transcriptional regulator  32.76 
 
 		 294 aa  133  3.9999999999999996e-30  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0666  LysR family transcriptional regulator  32.37 
 
 		 294 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.659834  normal  0.452137 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2824  LysR family transcriptional regulator  31.19 
 
 		 306 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2354  LysR family transcriptional regulator  31.64 
 
 		 288 aa  131  1.0000000000000001e-29  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3312  transcriptional regulator, LysR family  33.33 
 
 		 294 aa  131  2.0000000000000002e-29  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1559  LysR family transcriptional regulator  30.6 
 
 		 310 aa  131  2.0000000000000002e-29  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.30474  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1452  transcriptional regulator LrhA  30.96 
 
 		 309 aa  130  3e-29  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1491  transcriptional regulator, LysR family  34.65 
 
 		 316 aa  130  3e-29  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1817  LysR-family transcriptional regulatory protein  30.96 
 
 		 309 aa  130  3e-29  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2551  transcriptional regulator, LysR family  31.56 
 
 		 311 aa  129  5.0000000000000004e-29  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.405251  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4935  LysR family transcriptional regulator  32.39 
 
 		 285 aa  129  7.000000000000001e-29  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.929926  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0717  transcriptional regulator, LysR family  31.6 
 
 		 292 aa  129  7.000000000000001e-29  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.313627  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4222  transcriptional regulator, LysR family  33.81 
 
 		 293 aa  128  1.0000000000000001e-28  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0961  LysR family transcriptional regulator  29.93 
 
 		 289 aa  129  1.0000000000000001e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>