More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_0877 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_0877  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 287 aa  573  1.0000000000000001e-162  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.672229  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0745  LysR family transcriptional regulator  78.4 
 
 		 287 aa  459  9.999999999999999e-129  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0804  LysR family transcriptional regulator  77.78 
 
 		 288 aa  432  1e-120  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0513022 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0242  LysR family transcriptional regulator  74.91 
 
 		 287 aa  406  1.0000000000000001e-112  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.546914  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2046  LysR family transcriptional regulator  51.79 
 
 		 287 aa  264  1e-69  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.396353  normal  0.96684 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3943  transcriptional regulator, LysR family  49.47 
 
 		 295 aa  250  2e-65  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.691658  normal  0.897444 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4056  transcriptional regulator, LysR family  49.47 
 
 		 295 aa  250  2e-65  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.772372  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2204  LysR family transcriptional regulator  47.39 
 
 		 306 aa  246  3e-64  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.150057 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_32360  lysR family transcriptional regulator  49.29 
 
 		 292 aa  245  4.9999999999999997e-64  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0231568  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3226  LysR family transcriptional regulator  45.55 
 
 		 306 aa  243  3e-63  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.60856 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0070  LysR family transcriptional regulator  43.93 
 
 		 286 aa  236  5.0000000000000005e-61  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1326  LysR family transcriptional regulator  45.61 
 
 		 284 aa  235  5.0000000000000005e-61  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0433346  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2391  transcriptional regulator, LysR family  45.22 
 
 		 293 aa  236  5.0000000000000005e-61  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.586074 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4609  LysR family transcriptional regulator  43.57 
 
 		 287 aa  234  1.0000000000000001e-60  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.46805  hitchhiker  0.000318313 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0323  LysR family transcriptional regulator  46.79 
 
 		 283 aa  234  2.0000000000000002e-60  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5238  LysR family transcriptional regulator  43.57 
 
 		 287 aa  234  2.0000000000000002e-60  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5621  LysR family transcriptional regulator  43.57 
 
 		 287 aa  234  2.0000000000000002e-60  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0412955 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5843  LysR family transcriptional regulator  46.59 
 
 		 282 aa  232  5e-60  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_49640  transcriptional regulator  43.42 
 
 		 300 aa  232  5e-60  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.097129  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4236  transcriptional regulator  43.42 
 
 		 309 aa  231  7.000000000000001e-60  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.999782  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2742  putative transcriptional regulator  49.82 
 
 		 292 aa  232  7.000000000000001e-60  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3803  LysR family transcriptional regulator  48.09 
 
 		 285 aa  230  2e-59  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.180645 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5448  LysR family transcriptional regulator  43.62 
 
 		 288 aa  227  1e-58  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.778769 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4898  LysR family transcriptional regulator  43.62 
 
 		 288 aa  226  3e-58  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.552051 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3534  LysR family transcriptional regulator  42.81 
 
 		 293 aa  225  6e-58  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.154456  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2239  LysR family transcriptional regulator  42.81 
 
 		 293 aa  225  6e-58  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2390  LysR family transcriptional regulator  42.81 
 
 		 293 aa  225  8e-58  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.610355 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3053  LysR family transcriptional regulator  42.5 
 
 		 307 aa  224  2e-57  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3591  LysR family transcriptional regulator  44 
 
 		 292 aa  223  3e-57  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.449761 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0405  LysR family transcriptional regulator  43.42 
 
 		 298 aa  213  1.9999999999999998e-54  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5384  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  45.36 
 
 		 300 aa  210  3e-53  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.629114  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2346  transcriptional regulator, LysR family  41.82 
 
 		 293 aa  209  5e-53  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.886093 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1284  LysR family transcriptional regulator  40.65 
 
 		 283 aa  207  2e-52  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.32576  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0105  LysR family transcriptional regulator  45.74 
 
 		 284 aa  191  8e-48  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3829  LysR family transcriptional regulator  41.52 
 
 		 289 aa  191  1e-47  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.19019  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2477  LysR family transcriptional regulator  40.58 
 
 		 290 aa  189  4e-47  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2662  LysR family transcriptional regulator  39.65 
 
 		 307 aa  182  6e-45  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0818  transcriptional regulator, LysR family  40.3 
 
 		 280 aa  179  5.999999999999999e-44  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0971009  normal  0.428032 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1473  LysR family transcriptional regulator  39.57 
 
 		 283 aa  177  2e-43  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.551192  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3081  LysR family transcriptional regulator  38.15 
 
 		 323 aa  176  3e-43  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1438  LysR family transcriptional regulator  38.85 
 
 		 283 aa  176  5e-43  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.371072  normal  0.234333 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2757  LysR family transcriptional regulator  38.66 
 
 		 292 aa  174  9.999999999999999e-43  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.486201  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2824  LysR family transcriptional regulator  38.55 
 
 		 306 aa  174  9.999999999999999e-43  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1863  LysR family transcriptional regulator  38.49 
 
 		 283 aa  174  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0321846  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3851  LysR family transcriptional regulator  38.49 
 
 		 283 aa  174  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.522354  normal  0.130982 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0185  LysR family transcriptional regulator  39.69 
 
 		 299 aa  174  1.9999999999999998e-42  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4450  LysR family transcriptional regulator  37.86 
 
 		 283 aa  172  5e-42  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_27280  LysR family transcriptional regulator  37.41 
 
 		 284 aa  172  5e-42  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2309  putative transcriptional regulator  37.41 
 
 		 284 aa  172  5e-42  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3993  LysR family transcriptional regulator  36.33 
 
 		 296 aa  172  5.999999999999999e-42  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00243747  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1273  transcriptional regulator, LysR family  36.12 
 
 		 309 aa  172  5.999999999999999e-42  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0230632  normal  0.266535 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2980  LysR family transcriptional regulator  37.54 
 
 		 311 aa  172  7.999999999999999e-42  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0695506  normal  0.804372 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1845  LysR family transcriptional regulator  38.52 
 
 		 303 aa  172  7.999999999999999e-42  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000102688 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4222  transcriptional regulator, LysR family  39.31 
 
 		 293 aa  171  1e-41  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1461  transcriptional regulator, LysR family  37.68 
 
 		 301 aa  168  8e-41  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1058  LysR family transcriptional regulator  43.48 
 
 		 288 aa  168  9e-41  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0438  transcriptional regulator, LysR family  33.71 
 
 		 322 aa  167  2e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0482  transcriptional regulator, LysR family  33.71 
 
 		 322 aa  167  2.9999999999999998e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3624  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  37.28 
 
 		 296 aa  166  5e-40  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.00214713  normal  0.293437 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1319  transcriptional regulator, LysR family  37.46 
 
 		 299 aa  164  1.0000000000000001e-39  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.232258  normal  0.131151 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0384  LysR family transcriptional regulator  33.08 
 
 		 316 aa  164  1.0000000000000001e-39  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1867  LysR family transcriptional regulator  36.04 
 
 		 306 aa  164  1.0000000000000001e-39  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2383  LysR family transcriptional regulator  36.3 
 
 		 294 aa  164  2.0000000000000002e-39  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2626  transcriptional regulator, LysR family  39.52 
 
 		 290 aa  162  4.0000000000000004e-39  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.117522  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0282  hypothetical protein  35.69 
 
 		 283 aa  163  4.0000000000000004e-39  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2043  LysR family transcriptional regulator  37.45 
 
 		 301 aa  162  7e-39  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.0201239 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0795  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  36.88 
 
 		 291 aa  162  8.000000000000001e-39  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3167  LysR family transcriptional regulator  38.31 
 
 		 283 aa  161  1e-38  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2385  transcriptional regulator, LysR family  35.17 
 
 		 313 aa  160  2e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0284947  hitchhiker  0.00966213 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0717  transcriptional regulator, LysR family  36.36 
 
 		 292 aa  160  2e-38  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.313627  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2125  HTH-type transcriptional regulator  32.73 
 
 		 298 aa  159  4e-38  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1300  LysR family transcriptional regulator  35.63 
 
 		 299 aa  159  4e-38  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.841181  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0765  LysR family transcriptional regulator  37.65 
 
 		 322 aa  159  7e-38  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.144728  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0160  transcriptional regulator, LysR family  39.73 
 
 		 291 aa  159  7e-38  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_21400  Transcriptional regulator, LysR family  35.79 
 
 		 317 aa  158  8e-38  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0277  hypothetical protein  34.57 
 
 		 283 aa  158  1e-37  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2839  LysR family transcriptional regulator  35.51 
 
 		 304 aa  158  1e-37  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2141  transcriptional regulator, LysR family  34.48 
 
 		 299 aa  157  1e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.882286  normal  0.197682 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3972  transcriptional regulator, LysR family  39.92 
 
 		 290 aa  157  1e-37  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.539767  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1020  LysR family transcriptional regulator  35.51 
 
 		 297 aa  158  1e-37  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5774  transcriptional regulator LysR family  33.57 
 
 		 332 aa  157  1e-37  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1647  LysR family transcriptional regulator  39.38 
 
 		 289 aa  157  3e-37  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2962  LysR family transcriptional regulator  36.25 
 
 		 291 aa  157  3e-37  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.710612 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1683  LysR substrate-binding  35.74 
 
 		 292 aa  156  3e-37  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2002  transcriptional regulator, LysR family  35.74 
 
 		 292 aa  157  3e-37  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2995  LysR family transcriptional regulator  36.84 
 
 		 321 aa  155  5.0000000000000005e-37  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0087  LysR family transcriptional regulator  34.59 
 
 		 301 aa  155  7e-37  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6433  transcriptional regulator, LysR family  34.24 
 
 		 291 aa  155  7e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00757839 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0301  LysR family transcriptional regulator  37.1 
 
 		 294 aa  155  8e-37  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2951  transcriptional regulator, LysR family  34.42 
 
 		 304 aa  155  8e-37  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2133  LysR family transcriptional regulator  37.77 
 
 		 284 aa  154  1e-36  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  decreased coverage  0.00732746  normal  0.30911 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4760  LysR family transcriptional regulator  36.8 
 
 		 296 aa  154  1e-36  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4138  LysR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 292 aa  154  2e-36  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.151589 
 
 
-
 
NC_006348  BMA3040  LysR family transcriptional regulator  38.58 
 
 		 282 aa  154  2e-36  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.165856  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4012  transcriptional regulator, LysR family  35.97 
 
 		 285 aa  154  2e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0664049 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0535  LysR family transcriptional regulator  38.58 
 
 		 286 aa  154  2e-36  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.605661  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1478  LysR family transcriptional regulator  38.58 
 
 		 286 aa  154  2e-36  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0618  LysR family transcriptional regulator  38.58 
 
 		 286 aa  154  2e-36  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1252  LysR family transcriptional regulator  38.58 
 
 		 286 aa  154  2e-36  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0961  LysR family transcriptional regulator  34.16 
 
 		 289 aa  153  2.9999999999999998e-36  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>