More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_2125 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009952  Dshi_2125  HTH-type transcriptional regulator  100 
 
 		 298 aa  616  1e-175  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1020  LysR family transcriptional regulator  46.45 
 
 		 297 aa  276  2e-73  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2477  LysR family transcriptional regulator  36.33 
 
 		 290 aa  183  2.0000000000000003e-45  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4450  LysR family transcriptional regulator  34.88 
 
 		 283 aa  181  2e-44  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0482  transcriptional regulator, LysR family  36.17 
 
 		 322 aa  175  7e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0438  transcriptional regulator, LysR family  36.17 
 
 		 322 aa  175  8e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0384  LysR family transcriptional regulator  36.54 
 
 		 316 aa  174  9.999999999999999e-43  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2046  LysR family transcriptional regulator  35.46 
 
 		 287 aa  173  2.9999999999999996e-42  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.396353  normal  0.96684 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7267  transcriptional regulator, LysR family  36.43 
 
 		 290 aa  169  6e-41  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3993  LysR family transcriptional regulator  33.69 
 
 		 296 aa  169  7e-41  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00243747  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1273  transcriptional regulator, LysR family  35.77 
 
 		 309 aa  169  8e-41  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0230632  normal  0.266535 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3593  LysR family transcriptional regulator  35.27 
 
 		 283 aa  168  9e-41  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0765  LysR family transcriptional regulator  33.68 
 
 		 322 aa  167  2e-40  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.144728  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1913  LysR family transcriptional regulator  35.58 
 
 		 290 aa  167  2e-40  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.980095  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2951  transcriptional regulator, LysR family  34.06 
 
 		 304 aa  167  2e-40  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1559  LysR family transcriptional regulator  37.98 
 
 		 310 aa  166  2.9999999999999998e-40  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.30474  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1479  LysR family transcriptional regulator  34.09 
 
 		 294 aa  166  4e-40  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0277632  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3829  LysR family transcriptional regulator  32.06 
 
 		 289 aa  166  4e-40  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.19019  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4222  transcriptional regulator, LysR family  35.34 
 
 		 293 aa  166  4e-40  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4271  LysR family transcriptional regulator  35.54 
 
 		 303 aa  166  4e-40  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1817  LysR-family transcriptional regulatory protein  37.98 
 
 		 309 aa  165  1.0000000000000001e-39  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1452  transcriptional regulator LrhA  37.98 
 
 		 309 aa  165  1.0000000000000001e-39  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2995  LysR family transcriptional regulator  32.4 
 
 		 321 aa  164  1.0000000000000001e-39  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2757  LysR family transcriptional regulator  32.07 
 
 		 292 aa  163  3e-39  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.486201  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4138  LysR family transcriptional regulator  33.8 
 
 		 292 aa  162  7e-39  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.151589 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5774  transcriptional regulator LysR family  36.65 
 
 		 332 aa  161  1e-38  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0301  LysR family transcriptional regulator  32.76 
 
 		 294 aa  160  2e-38  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2309  putative transcriptional regulator  33.45 
 
 		 284 aa  161  2e-38  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_27280  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 284 aa  160  2e-38  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3972  transcriptional regulator, LysR family  33.57 
 
 		 290 aa  160  3e-38  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.539767  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1863  LysR family transcriptional regulator  34.22 
 
 		 283 aa  159  4e-38  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0321846  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0877  transcriptional regulator, LysR family  32.73 
 
 		 287 aa  159  4e-38  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.672229  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3851  LysR family transcriptional regulator  34.22 
 
 		 283 aa  159  4e-38  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.522354  normal  0.130982 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1319  transcriptional regulator, LysR family  33.79 
 
 		 299 aa  159  7e-38  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.232258  normal  0.131151 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0525  LysR family transcriptional regulator  34.19 
 
 		 316 aa  159  7e-38  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3167  LysR family transcriptional regulator  34.6 
 
 		 283 aa  158  8e-38  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6020  LysR family transcriptional regulator  34.65 
 
 		 279 aa  159  8e-38  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0301148 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1438  LysR family transcriptional regulator  34.22 
 
 		 283 aa  158  1e-37  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.371072  normal  0.234333 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_32360  lysR family transcriptional regulator  36.68 
 
 		 292 aa  158  1e-37  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0231568  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2839  LysR family transcriptional regulator  32.07 
 
 		 304 aa  157  2e-37  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0717  transcriptional regulator, LysR family  34.75 
 
 		 292 aa  157  2e-37  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.313627  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1220  transcriptional regulator, LysR family  33.33 
 
 		 289 aa  156  3e-37  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.286254  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1129  transcriptional regulator, LysR family  32.75 
 
 		 289 aa  157  3e-37  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.412971  normal  0.826624 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0745  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 287 aa  156  4e-37  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1473  LysR family transcriptional regulator  33.46 
 
 		 283 aa  155  5.0000000000000005e-37  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.551192  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_21400  Transcriptional regulator, LysR family  33.33 
 
 		 317 aa  155  1e-36  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2551  transcriptional regulator, LysR family  34.88 
 
 		 311 aa  154  2e-36  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.405251  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2773  transcriptional regulator, LysR family  33.73 
 
 		 316 aa  154  2e-36  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.785949  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1491  transcriptional regulator, LysR family  34.12 
 
 		 316 aa  153  2.9999999999999998e-36  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0405  LysR family transcriptional regulator  32.95 
 
 		 298 aa  153  2.9999999999999998e-36  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1393  transcriptional regulator, LysR family  33.72 
 
 		 309 aa  153  4e-36  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00391228  n/a   
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6433  transcriptional regulator, LysR family  32 
 
 		 291 aa  153  4e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00757839 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4056  transcriptional regulator, LysR family  37.12 
 
 		 295 aa  153  4e-36  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.772372  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3943  transcriptional regulator, LysR family  37.12 
 
 		 295 aa  153  4e-36  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.691658  normal  0.897444 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2626  transcriptional regulator, LysR family  32.73 
 
 		 290 aa  152  5e-36  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.117522  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4609  LysR family transcriptional regulator  33.82 
 
 		 287 aa  152  5e-36  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.46805  hitchhiker  0.000318313 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3624  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  33.21 
 
 		 296 aa  152  5.9999999999999996e-36  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.00214713  normal  0.293437 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3226  LysR family transcriptional regulator  34.5 
 
 		 306 aa  152  5.9999999999999996e-36  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.60856 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4490  transcriptional regulator, LysR family  31.94 
 
 		 302 aa  152  5.9999999999999996e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00857  putative regulatory protein LysR Family  34.5 
 
 		 282 aa  152  7e-36  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.977241  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2133  LysR family transcriptional regulator  31.71 
 
 		 284 aa  152  8e-36  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  decreased coverage  0.00732746  normal  0.30911 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0818  transcriptional regulator, LysR family  33.09 
 
 		 280 aa  151  1e-35  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0971009  normal  0.428032 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5238  LysR family transcriptional regulator  33.07 
 
 		 287 aa  152  1e-35  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5621  LysR family transcriptional regulator  33.07 
 
 		 287 aa  152  1e-35  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0412955 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3309  LysR family transcriptional regulator  32.82 
 
 		 311 aa  150  2e-35  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  unclonable  0.000000000301615  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2204  LysR family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 306 aa  150  2e-35  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.150057 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1284  LysR family transcriptional regulator  33.6 
 
 		 283 aa  150  2e-35  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.32576  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_49640  transcriptional regulator  35.02 
 
 		 300 aa  151  2e-35  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.097129  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4236  transcriptional regulator  35.02 
 
 		 309 aa  149  4e-35  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.999782  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2002  transcriptional regulator, LysR family  32.44 
 
 		 292 aa  149  5e-35  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1683  LysR substrate-binding  32.44 
 
 		 292 aa  149  5e-35  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0185  LysR family transcriptional regulator  33.81 
 
 		 299 aa  149  7e-35  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0070  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 286 aa  148  9e-35  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0183  LysR family transcriptional regulator  32.63 
 
 		 319 aa  148  9e-35  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0804  LysR family transcriptional regulator  33.1 
 
 		 288 aa  148  1.0000000000000001e-34  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0513022 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1300  LysR family transcriptional regulator  31.01 
 
 		 299 aa  148  1.0000000000000001e-34  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.841181  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4127  putative transcriptional regulator  31.14 
 
 		 294 aa  148  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0482297  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0274  LysR family transcriptional regulator  33.86 
 
 		 286 aa  147  2.0000000000000003e-34  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2391  transcriptional regulator, LysR family  33.72 
 
 		 293 aa  146  4.0000000000000006e-34  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.586074 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2742  putative transcriptional regulator  37.45 
 
 		 292 aa  146  4.0000000000000006e-34  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4898  LysR family transcriptional regulator  32.56 
 
 		 288 aa  145  7.0000000000000006e-34  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.552051 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5448  LysR family transcriptional regulator  32.56 
 
 		 288 aa  145  9e-34  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.778769 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2390  LysR family transcriptional regulator  34.07 
 
 		 293 aa  145  9e-34  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.610355 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47880  putative transcriptional regulator  31.14 
 
 		 288 aa  145  9e-34  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000178644  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3534  LysR family transcriptional regulator  33.7 
 
 		 293 aa  145  1e-33  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.154456  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2239  LysR family transcriptional regulator  33.7 
 
 		 293 aa  145  1e-33  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2043  LysR family transcriptional regulator  30.98 
 
 		 301 aa  144  2e-33  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.0201239 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2383  LysR family transcriptional regulator  31.45 
 
 		 294 aa  144  2e-33  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4653  LysR family transcriptional regulator  32.13 
 
 		 317 aa  143  4e-33  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.519057 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1770  transcriptional regulator, LysR family  30.3 
 
 		 284 aa  142  8e-33  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2514  HTH-type transcriptional regulator PecT  31.4 
 
 		 312 aa  142  8e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.00051335  normal  0.704874 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2676  HTH-type transcriptional regulator PecT  31.4 
 
 		 312 aa  142  8e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  decreased coverage  0.00370653  normal  0.784227 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2656  LysR family transcriptional regulator  37.88 
 
 		 277 aa  142  8e-33  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.543187 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2469  HTH-type transcriptional regulator PecT  31.4 
 
 		 312 aa  142  8e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  unclonable  0.00000000000182505  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3053  LysR family transcriptional regulator  33.57 
 
 		 307 aa  142  8e-33  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2444  transcriptional regulator LrhA  31.7 
 
 		 312 aa  141  9.999999999999999e-33  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.531383  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2665  transcriptional regulator LrhA  31.7 
 
 		 312 aa  141  9.999999999999999e-33  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0194806  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1363  LysR family transcriptional regulator  31.7 
 
 		 312 aa  141  9.999999999999999e-33  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.556937 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2882  LysR family transcriptional regulator  32.85 
 
 		 315 aa  141  9.999999999999999e-33  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.241105  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2438  transcriptional regulator LrhA  31.7 
 
 		 312 aa  141  9.999999999999999e-33  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.340717  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>