More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bind_2962 on replicon NC_010581
Organism: Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010581  Bind_2962  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 291 aa  578  1e-164  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.710612 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3081  LysR family transcriptional regulator  41.76 
 
 		 323 aa  178  9e-44  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7727  LysR family transcriptional regulator  38.73 
 
 		 298 aa  177  2e-43  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.840004  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2980  LysR family transcriptional regulator  36.56 
 
 		 311 aa  173  2.9999999999999996e-42  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0695506  normal  0.804372 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1461  transcriptional regulator, LysR family  37.79 
 
 		 301 aa  172  3.9999999999999995e-42  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1845  LysR family transcriptional regulator  37.63 
 
 		 303 aa  170  3e-41  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000102688 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3829  LysR family transcriptional regulator  37.86 
 
 		 289 aa  158  8e-38  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.19019  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0877  transcriptional regulator, LysR family  36.25 
 
 		 287 aa  157  3e-37  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.672229  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0795  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  34.62 
 
 		 291 aa  154  2e-36  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0482  transcriptional regulator, LysR family  34.32 
 
 		 322 aa  150  2e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0438  transcriptional regulator, LysR family  34.32 
 
 		 322 aa  150  3e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2046  LysR family transcriptional regulator  36.63 
 
 		 287 aa  146  4.0000000000000006e-34  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.396353  normal  0.96684 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2204  LysR family transcriptional regulator  37.97 
 
 		 306 aa  145  6e-34  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.150057 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1273  transcriptional regulator, LysR family  33.46 
 
 		 309 aa  144  1e-33  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0230632  normal  0.266535 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1393  transcriptional regulator, LysR family  34.52 
 
 		 309 aa  144  1e-33  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00391228  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0745  LysR family transcriptional regulator  34.4 
 
 		 287 aa  143  3e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2757  LysR family transcriptional regulator  35.59 
 
 		 292 aa  143  4e-33  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.486201  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_32360  lysR family transcriptional regulator  36.94 
 
 		 292 aa  141  9.999999999999999e-33  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0231568  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0405  LysR family transcriptional regulator  34.31 
 
 		 298 aa  141  9.999999999999999e-33  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4450  LysR family transcriptional regulator  35.2 
 
 		 283 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2019  LysR family transcriptional regulator  31.27 
 
 		 285 aa  140  1.9999999999999998e-32  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.682077  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1559  LysR family transcriptional regulator  35.89 
 
 		 310 aa  140  1.9999999999999998e-32  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.30474  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0384  LysR family transcriptional regulator  32.14 
 
 		 316 aa  140  1.9999999999999998e-32  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1452  transcriptional regulator LrhA  35.89 
 
 		 309 aa  140  3e-32  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1817  LysR-family transcriptional regulatory protein  35.89 
 
 		 309 aa  140  3e-32  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0818  transcriptional regulator, LysR family  33.48 
 
 		 280 aa  140  3.9999999999999997e-32  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0971009  normal  0.428032 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2477  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 290 aa  139  4.999999999999999e-32  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0301  LysR family transcriptional regulator  38.04 
 
 		 294 aa  139  7e-32  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3983  transcriptional regulator, LysR family  30.43 
 
 		 285 aa  138  8.999999999999999e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.272698 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2879  LysR family transcriptional regulator  36.86 
 
 		 284 aa  138  1e-31  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.624518 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2125  HTH-type transcriptional regulator  31.66 
 
 		 298 aa  138  1e-31  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2773  transcriptional regulator, LysR family  32.66 
 
 		 316 aa  137  2e-31  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.785949  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4236  transcriptional regulator  31.69 
 
 		 309 aa  136  4e-31  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.999782  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2391  transcriptional regulator, LysR family  32.53 
 
 		 293 aa  136  5e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.586074 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_49640  transcriptional regulator  31.34 
 
 		 300 aa  136  5e-31  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.097129  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1326  LysR family transcriptional regulator  33.21 
 
 		 284 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0433346  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2551  transcriptional regulator, LysR family  32.66 
 
 		 311 aa  133  3e-30  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.405251  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6020  LysR family transcriptional regulator  34.9 
 
 		 279 aa  133  3e-30  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0301148 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2141  transcriptional regulator, LysR family  34.52 
 
 		 299 aa  133  3.9999999999999996e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.882286  normal  0.197682 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2995  LysR family transcriptional regulator  34.78 
 
 		 321 aa  132  6.999999999999999e-30  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0804  LysR family transcriptional regulator  36.15 
 
 		 288 aa  132  6.999999999999999e-30  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0513022 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3167  LysR family transcriptional regulator  33.58 
 
 		 283 aa  132  7.999999999999999e-30  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3309  LysR family transcriptional regulator  32.68 
 
 		 311 aa  131  1.0000000000000001e-29  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  unclonable  0.000000000301615  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1491  transcriptional regulator, LysR family  32.8 
 
 		 316 aa  131  1.0000000000000001e-29  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0087  LysR family transcriptional regulator  30.1 
 
 		 301 aa  130  2.0000000000000002e-29  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7267  transcriptional regulator, LysR family  35.2 
 
 		 290 aa  130  2.0000000000000002e-29  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0323  LysR family transcriptional regulator  33.2 
 
 		 283 aa  130  3e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5843  LysR family transcriptional regulator  32.08 
 
 		 282 aa  130  3e-29  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0765  LysR family transcriptional regulator  34.8 
 
 		 322 aa  130  4.0000000000000003e-29  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.144728  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1129  transcriptional regulator, LysR family  33.08 
 
 		 289 aa  130  4.0000000000000003e-29  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.412971  normal  0.826624 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1319  transcriptional regulator, LysR family  33.33 
 
 		 299 aa  129  4.0000000000000003e-29  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.232258  normal  0.131151 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2385  transcriptional regulator, LysR family  33.73 
 
 		 313 aa  129  5.0000000000000004e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0284947  hitchhiker  0.00966213 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2390  LysR family transcriptional regulator  32.51 
 
 		 293 aa  129  5.0000000000000004e-29  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.610355 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1220  transcriptional regulator, LysR family  32.17 
 
 		 289 aa  129  5.0000000000000004e-29  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.286254  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2586  transcriptional regulator LysR family  33.6 
 
 		 324 aa  129  6e-29  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3534  LysR family transcriptional regulator  32.16 
 
 		 293 aa  129  6e-29  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.154456  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0070  LysR family transcriptional regulator  34.14 
 
 		 286 aa  129  6e-29  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2239  LysR family transcriptional regulator  32.16 
 
 		 293 aa  129  6e-29  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1284  LysR family transcriptional regulator  32.14 
 
 		 283 aa  129  7.000000000000001e-29  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.32576  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0242  LysR family transcriptional regulator  34.06 
 
 		 287 aa  129  7.000000000000001e-29  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.546914  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5238  LysR family transcriptional regulator  34.14 
 
 		 287 aa  129  7.000000000000001e-29  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5621  LysR family transcriptional regulator  34.14 
 
 		 287 aa  129  7.000000000000001e-29  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0412955 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1479  LysR family transcriptional regulator  32.54 
 
 		 294 aa  129  8.000000000000001e-29  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0277632  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5774  transcriptional regulator LysR family  33.96 
 
 		 332 aa  129  8.000000000000001e-29  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2742  putative transcriptional regulator  36.73 
 
 		 292 aa  128  9.000000000000001e-29  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1788  LysR family transcriptional regulator  31.82 
 
 		 298 aa  128  9.000000000000001e-29  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00324618 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4609  LysR family transcriptional regulator  34.14 
 
 		 287 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.46805  hitchhiker  0.000318313 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0525  LysR family transcriptional regulator  33.06 
 
 		 316 aa  128  1.0000000000000001e-28  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1168  LysR family transcriptional regulator  32.92 
 
 		 291 aa  127  2.0000000000000002e-28  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.851796  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3053  LysR family transcriptional regulator  30.5 
 
 		 307 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0615  transcription regulator protein  31.47 
 
 		 289 aa  127  3e-28  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.528971 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1867  LysR family transcriptional regulator  33.19 
 
 		 306 aa  127  3e-28  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3226  LysR family transcriptional regulator  33.73 
 
 		 306 aa  127  3e-28  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.60856 
 
 
-
 
NC_006348  BMA3040  LysR family transcriptional regulator  33.8 
 
 		 282 aa  126  4.0000000000000003e-28  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.165856  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3671  transcriptional regulator, LysR family  28.72 
 
 		 288 aa  126  4.0000000000000003e-28  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0618  LysR family transcriptional regulator  33.8 
 
 		 286 aa  126  5e-28  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1478  LysR family transcriptional regulator  33.8 
 
 		 286 aa  126  5e-28  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0535  LysR family transcriptional regulator  33.8 
 
 		 286 aa  126  5e-28  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.605661  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1252  LysR family transcriptional regulator  33.8 
 
 		 286 aa  126  5e-28  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1448  LysR family transcriptional regulator  33.8 
 
 		 321 aa  125  6e-28  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.427766  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2469  HTH-type transcriptional regulator PecT  32.93 
 
 		 312 aa  125  7e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  unclonable  0.00000000000182505  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1578  LysR family transcriptional regulator  33.1 
 
 		 367 aa  125  7e-28  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.170227  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3803  LysR family transcriptional regulator  34.26 
 
 		 285 aa  125  7e-28  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.180645 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2676  HTH-type transcriptional regulator PecT  32.93 
 
 		 312 aa  125  7e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  decreased coverage  0.00370653  normal  0.784227 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2514  HTH-type transcriptional regulator PecT  32.93 
 
 		 312 aa  125  7e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.00051335  normal  0.704874 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2558  HTH-type transcriptional regulator PecT  32.93 
 
 		 312 aa  125  8.000000000000001e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  unclonable  0.00000175067  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3624  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  31 
 
 		 296 aa  124  1e-27  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.00214713  normal  0.293437 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2337  LysR family transcriptional regulator  33.07 
 
 		 296 aa  125  1e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2674  LysR family transcriptional regulator  33.86 
 
 		 294 aa  125  1e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1683  LysR substrate-binding  29.5 
 
 		 292 aa  124  1e-27  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0717  transcriptional regulator, LysR family  29.54 
 
 		 292 aa  125  1e-27  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.313627  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2045  transcriptional regulator, LysR family  34.63 
 
 		 285 aa  124  2e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000182672 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0277  hypothetical protein  32.03 
 
 		 283 aa  124  2e-27  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2806  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 286 aa  124  2e-27  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.469753  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0425  LysR family transcriptional regulator  33.19 
 
 		 281 aa  124  2e-27  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2002  transcriptional regulator, LysR family  29.5 
 
 		 292 aa  124  2e-27  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0274  LysR family transcriptional regulator  32.6 
 
 		 286 aa  124  2e-27  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4649  transcriptional activator  34.17 
 
 		 282 aa  124  2e-27  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.12309  normal  0.140815 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3972  transcriptional regulator, LysR family  31.71 
 
 		 290 aa  123  3e-27  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.539767  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0282  hypothetical protein  32.03 
 
 		 283 aa  123  4e-27  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>