More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bphyt_1461 on replicon NC_010681
Organism: Burkholderia phytofirmans PsJN



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010681  Bphyt_1461  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 
301 aa  588  1e-167  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2980  LysR family transcriptional regulator  92.28 
 
 
311 aa  539  9.999999999999999e-153  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0695506  normal  0.804372 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1845  LysR family transcriptional regulator  77.16 
 
 
303 aa  440  9.999999999999999e-123  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000102688 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7727  LysR family transcriptional regulator  56.55 
 
 
298 aa  307  2.0000000000000002e-82  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.840004  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1273  transcriptional regulator, LysR family  39.53 
 
 
309 aa  194  2e-48  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0230632  normal  0.266535 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3983  transcriptional regulator, LysR family  36.29 
 
 
285 aa  179  4.999999999999999e-44  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.272698 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2962  LysR family transcriptional regulator  37.79 
 
 
291 aa  172  3.9999999999999995e-42  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.710612 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2019  LysR family transcriptional regulator  35.74 
 
 
285 aa  172  5.999999999999999e-42  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.682077  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0877  transcriptional regulator, LysR family  37.68 
 
 
287 aa  168  9e-41  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.672229  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1438  LysR family transcriptional regulator  38.64 
 
 
283 aa  154  2e-36  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.371072  normal  0.234333 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4012  transcriptional regulator, LysR family  34.29 
 
 
285 aa  154  2e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0664049 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4649  transcriptional activator  38.58 
 
 
282 aa  153  2.9999999999999998e-36  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.12309  normal  0.140815 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0438  transcriptional regulator, LysR family  34.47 
 
 
322 aa  153  2.9999999999999998e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0482  transcriptional regulator, LysR family  34.47 
 
 
322 aa  153  2.9999999999999998e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1863  LysR family transcriptional regulator  38.26 
 
 
283 aa  153  4e-36  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0321846  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0525  LysR family transcriptional regulator  34.25 
 
 
316 aa  153  4e-36  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1974  transcriptional regulator, LysR family  38.7 
 
 
281 aa  153  4e-36  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.601585  normal  0.717354 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_27280  LysR family transcriptional regulator  35.76 
 
 
284 aa  153  4e-36  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3851  LysR family transcriptional regulator  38.26 
 
 
283 aa  153  4e-36  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.522354  normal  0.130982 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2309  putative transcriptional regulator  35.42 
 
 
284 aa  152  5.9999999999999996e-36  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2141  transcriptional regulator, LysR family  34.93 
 
 
299 aa  151  1e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.882286  normal  0.197682 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3829  LysR family transcriptional regulator  36.6 
 
 
289 aa  151  1e-35  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.19019  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1473  LysR family transcriptional regulator  37.74 
 
 
283 aa  151  1e-35  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.551192  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6020  LysR family transcriptional regulator  38.8 
 
 
279 aa  150  2e-35  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0301148 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3993  LysR family transcriptional regulator  36.43 
 
 
296 aa  150  2e-35  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00243747  normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7471  LysR family transcriptional regulator  35.77 
 
 
292 aa  150  2e-35  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2477  LysR family transcriptional regulator  34.93 
 
 
290 aa  150  2e-35  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2046  LysR family transcriptional regulator  36.82 
 
 
287 aa  150  2e-35  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.396353  normal  0.96684 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3081  LysR family transcriptional regulator  35.66 
 
 
323 aa  150  3e-35  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3943  transcriptional regulator, LysR family  38.11 
 
 
295 aa  149  7e-35  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.691658  normal  0.897444 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4056  transcriptional regulator, LysR family  38.11 
 
 
295 aa  149  7e-35  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.772372  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2385  transcriptional regulator, LysR family  34.19 
 
 
313 aa  149  8e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0284947  hitchhiker  0.00966213 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0405  LysR family transcriptional regulator  35.21 
 
 
298 aa  148  9e-35  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1319  transcriptional regulator, LysR family  37.54 
 
 
299 aa  147  2.0000000000000003e-34  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.232258  normal  0.131151 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1911  LysR family transcriptional regulator  35.45 
 
 
305 aa  146  4.0000000000000006e-34  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0765  LysR family transcriptional regulator  34.88 
 
 
322 aa  146  5e-34  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.144728  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3636  transcriptional regulator, LysR family  33.58 
 
 
295 aa  146  5e-34  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0106  LysR family transcriptional regulator  36.63 
 
 
283 aa  146  5e-34  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2995  LysR family transcriptional regulator  32.98 
 
 
321 aa  146  5e-34  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0717  transcriptional regulator, LysR family  35.11 
 
 
292 aa  145  7.0000000000000006e-34  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.313627  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3312  transcriptional regulator, LysR family  33.84 
 
 
294 aa  145  7.0000000000000006e-34  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0384  LysR family transcriptional regulator  32.98 
 
 
316 aa  144  1e-33  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2354  LysR family transcriptional regulator  36.3 
 
 
288 aa  144  1e-33  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2383  LysR family transcriptional regulator  33.81 
 
 
294 aa  144  1e-33  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3244  transcriptional regulator, LysR family  36.36 
 
 
280 aa  145  1e-33  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.386133  hitchhiker  0.00725959 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1788  LysR family transcriptional regulator  34.8 
 
 
298 aa  145  1e-33  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00324618 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0615  transcription regulator protein  34.48 
 
 
289 aa  144  2e-33  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.528971 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1129  transcriptional regulator, LysR family  35.21 
 
 
289 aa  144  2e-33  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.412971  normal  0.826624 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2777  putative transcriptional regulator  35.5 
 
 
284 aa  144  2e-33  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.214783  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6530  LysR family transcriptional regulator  35 
 
 
292 aa  144  2e-33  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.165496 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3053  LysR family transcriptional regulator  35.13 
 
 
307 aa  144  2e-33  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5774  transcriptional regulator LysR family  36.09 
 
 
332 aa  143  3e-33  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1220  transcriptional regulator, LysR family  34.59 
 
 
289 aa  143  3e-33  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.286254  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2879  LysR family transcriptional regulator  39.25 
 
 
284 aa  143  3e-33  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.624518 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1168  LysR family transcriptional regulator  32.64 
 
 
291 aa  143  3e-33  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.851796  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0804  LysR family transcriptional regulator  37.75 
 
 
288 aa  144  3e-33  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.0513022 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2517  transcriptional regulator, LysR family  36.19 
 
 
291 aa  143  4e-33  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.0282756 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5676  LysR family transcriptional regulator  34.62 
 
 
292 aa  142  5e-33  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2773  transcriptional regulator, LysR family  34.5 
 
 
316 aa  142  5e-33  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.785949  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6040  LysR family transcriptional regulator  34.62 
 
 
292 aa  142  5e-33  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.061034 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4825  transcriptional regulator, LysR family  37.14 
 
 
293 aa  142  6e-33  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0864247  normal  0.0253512 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4590  LysR family transcriptional regulator  36.69 
 
 
318 aa  142  7e-33  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3309  LysR family transcriptional regulator  33.09 
 
 
311 aa  142  8e-33  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  unclonable  0.000000000301615  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_12140  putative transcriptional regulator  34.89 
 
 
297 aa  142  8e-33  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_32360  lysR family transcriptional regulator  39.16 
 
 
292 aa  142  8e-33  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0231568  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3534  LysR family transcriptional regulator  35.38 
 
 
293 aa  141  9.999999999999999e-33  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.154456  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2239  LysR family transcriptional regulator  35.38 
 
 
293 aa  141  9.999999999999999e-33  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1683  LysR substrate-binding  36.3 
 
 
292 aa  142  9.999999999999999e-33  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0301  LysR family transcriptional regulator  35.86 
 
 
294 aa  141  9.999999999999999e-33  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4653  LysR family transcriptional regulator  38.02 
 
 
317 aa  141  9.999999999999999e-33  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.519057 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1838  LysR family transcriptional regulator  36.79 
 
 
296 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.8381  normal  0.487096 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0961  LysR family transcriptional regulator  31.99 
 
 
289 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2833  LysR family transcriptional regulator  35.53 
 
 
312 aa  141  9.999999999999999e-33  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.000597917  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2002  transcriptional regulator, LysR family  36.3 
 
 
292 aa  140  1.9999999999999998e-32  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2346  transcriptional regulator, LysR family  36.33 
 
 
293 aa  141  1.9999999999999998e-32  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.886093 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2531  LysR family transcriptional regulator  35.64 
 
 
297 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4450  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 
283 aa  140  3e-32  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0800  LysR family transcriptional regulator  36.23 
 
 
298 aa  140  3e-32  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2390  LysR family transcriptional regulator  35.74 
 
 
293 aa  140  3e-32  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.610355 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1452  transcriptional regulator LrhA  34.75 
 
 
309 aa  140  3e-32  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2133  LysR family transcriptional regulator  34.86 
 
 
284 aa  140  3e-32  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  decreased coverage  0.00732746  normal  0.30911 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1114  putative transcriptional regulator  34.41 
 
 
301 aa  140  3e-32  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1817  LysR-family transcriptional regulatory protein  34.75 
 
 
309 aa  140  3e-32  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0185  LysR family transcriptional regulator  35.63 
 
 
299 aa  139  3.9999999999999997e-32  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2551  transcriptional regulator, LysR family  33.33 
 
 
311 aa  139  4.999999999999999e-32  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.405251  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1871  LysR family transcriptional regulator  34.91 
 
 
307 aa  139  4.999999999999999e-32  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2482  LysR family transcriptional regulator  34.91 
 
 
307 aa  139  4.999999999999999e-32  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0449258  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1230  LysR family transcriptional regulator  32.59 
 
 
284 aa  139  6e-32  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.69463  normal  0.27329 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2043  LysR family transcriptional regulator  34.47 
 
 
301 aa  139  6e-32  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.0201239 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1393  transcriptional regulator, LysR family  33.72 
 
 
309 aa  139  6e-32  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00391228  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1559  LysR family transcriptional regulator  34.75 
 
 
310 aa  139  6e-32  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.30474  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0538  LysR family transcriptional regulator  36.12 
 
 
311 aa  139  7.999999999999999e-32  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0745  LysR family transcriptional regulator  35.48 
 
 
287 aa  138  8.999999999999999e-32  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2391  transcriptional regulator, LysR family  36.15 
 
 
293 aa  138  1e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.586074 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1890  LysR family transcriptional regulator  36.12 
 
 
322 aa  138  1e-31  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2757  LysR family transcriptional regulator  35.46 
 
 
292 aa  138  1e-31  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.486201  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5238  LysR family transcriptional regulator  34.18 
 
 
287 aa  138  1e-31  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1300  LysR family transcriptional regulator  33.07 
 
 
299 aa  138  1e-31  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.841181  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0813  LysR family transcriptional regulator  35.27 
 
 
303 aa  137  1e-31  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.192119  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5621  LysR family transcriptional regulator  34.18 
 
 
287 aa  138  1e-31  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.0412955 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>