More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pput_2239 on replicon NC_009512
Organism: Pseudomonas putida F1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002947  PP_3534  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 
293 aa  594  1e-169  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.154456  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2239  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 
293 aa  594  1e-169  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2390  LysR family transcriptional regulator  98.98 
 
 
293 aa  590  1e-167  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.610355 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3053  LysR family transcriptional regulator  95.22 
 
 
307 aa  567  1e-161  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2391  transcriptional regulator, LysR family  70.14 
 
 
293 aa  429  1e-119  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.586074 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4236  transcriptional regulator  70.59 
 
 
309 aa  428  1e-119  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.999782  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_49640  transcriptional regulator  71.28 
 
 
300 aa  430  1e-119  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.097129  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3226  LysR family transcriptional regulator  69.82 
 
 
306 aa  419  1e-116  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.60856 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4609  LysR family transcriptional regulator  70.82 
 
 
287 aa  416  9.999999999999999e-116  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.46805  hitchhiker  0.000318313 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5238  LysR family transcriptional regulator  70.82 
 
 
287 aa  416  9.999999999999999e-116  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5621  LysR family transcriptional regulator  70.82 
 
 
287 aa  416  9.999999999999999e-116  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.0412955 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0070  LysR family transcriptional regulator  70.11 
 
 
286 aa  413  1e-114  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5448  LysR family transcriptional regulator  70.21 
 
 
288 aa  406  1.0000000000000001e-112  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.778769 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4898  LysR family transcriptional regulator  70.21 
 
 
288 aa  405  1.0000000000000001e-112  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.552051 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3591  LysR family transcriptional regulator  64.93 
 
 
292 aa  393  1e-108  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.449761 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2346  transcriptional regulator, LysR family  67.26 
 
 
293 aa  390  1e-107  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.886093 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1284  LysR family transcriptional regulator  53.43 
 
 
283 aa  300  3e-80  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.32576  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1326  LysR family transcriptional regulator  45.07 
 
 
284 aa  240  2e-62  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0433346  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2204  LysR family transcriptional regulator  46.74 
 
 
306 aa  238  1e-61  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.150057 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0745  LysR family transcriptional regulator  43.53 
 
 
287 aa  232  7.000000000000001e-60  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3943  transcriptional regulator, LysR family  44.21 
 
 
295 aa  231  9e-60  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.691658  normal  0.897444 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4056  transcriptional regulator, LysR family  44.21 
 
 
295 aa  231  9e-60  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.772372  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0105  LysR family transcriptional regulator  47.43 
 
 
284 aa  231  1e-59  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_32360  lysR family transcriptional regulator  46.07 
 
 
292 aa  228  7e-59  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0231568  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0877  transcriptional regulator, LysR family  42.81 
 
 
287 aa  225  6e-58  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.672229  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5384  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  47.14 
 
 
300 aa  224  9e-58  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.629114  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2742  putative transcriptional regulator  46.45 
 
 
292 aa  220  1.9999999999999999e-56  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3803  LysR family transcriptional regulator  44.66 
 
 
285 aa  210  2e-53  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.180645 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0804  LysR family transcriptional regulator  42.29 
 
 
288 aa  210  3e-53  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.0513022 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2046  LysR family transcriptional regulator  43.19 
 
 
287 aa  205  6e-52  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.396353  normal  0.96684 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0242  LysR family transcriptional regulator  42.7 
 
 
287 aa  204  2e-51  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.546914  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2662  LysR family transcriptional regulator  44.91 
 
 
307 aa  203  4e-51  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0323  LysR family transcriptional regulator  42.8 
 
 
283 aa  201  9.999999999999999e-51  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5843  LysR family transcriptional regulator  41.44 
 
 
282 aa  197  1.0000000000000001e-49  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0405  LysR family transcriptional regulator  40.23 
 
 
298 aa  190  2.9999999999999997e-47  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1058  LysR family transcriptional regulator  45.76 
 
 
288 aa  190  2.9999999999999997e-47  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2477  LysR family transcriptional regulator  39.38 
 
 
290 aa  184  2.0000000000000003e-45  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2757  LysR family transcriptional regulator  40.57 
 
 
292 aa  181  1e-44  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.486201  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0717  transcriptional regulator, LysR family  39.72 
 
 
292 aa  178  1e-43  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.313627  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2921  LysR family transcriptional regulator  46.61 
 
 
283 aa  177  2e-43  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.739146 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1683  LysR substrate-binding  38.65 
 
 
292 aa  172  3.9999999999999995e-42  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2002  transcriptional regulator, LysR family  38.65 
 
 
292 aa  172  6.999999999999999e-42  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3618  transcriptional regulator, LysR family  40.21 
 
 
284 aa  170  2e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3319  transcriptional regulator, LysR family  39.43 
 
 
284 aa  169  7e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.914032  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1273  transcriptional regulator, LysR family  36.08 
 
 
309 aa  168  8e-41  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0230632  normal  0.266535 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3829  LysR family transcriptional regulator  35.97 
 
 
289 aa  167  2e-40  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.19019  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0818  transcriptional regulator, LysR family  34.78 
 
 
280 aa  161  1e-38  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0971009  normal  0.428032 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2713  LysR family transcriptional regulator  39.22 
 
 
281 aa  159  4e-38  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0696841  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4825  transcriptional regulator, LysR family  33.57 
 
 
293 aa  158  9e-38  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0864247  normal  0.0253512 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0185  LysR family transcriptional regulator  37.97 
 
 
299 aa  158  1e-37  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4450  LysR family transcriptional regulator  36.9 
 
 
283 aa  157  3e-37  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0678  transcriptional regulator, LysR family  35.59 
 
 
290 aa  156  5.0000000000000005e-37  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.149422  normal  0.525189 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1838  LysR family transcriptional regulator  34.42 
 
 
296 aa  156  5.0000000000000005e-37  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.8381  normal  0.487096 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0109  transcriptional regulator, LysR family  38.14 
 
 
292 aa  155  9e-37  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3882  LysR family transcriptional regulator  31.79 
 
 
284 aa  152  4e-36  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0615  transcription regulator protein  33.94 
 
 
289 aa  152  5e-36  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.528971 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5091  LysR family transcriptional regulator  32.49 
 
 
295 aa  152  5e-36  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.0219442 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0087  LysR family transcriptional regulator  34.07 
 
 
301 aa  152  5.9999999999999996e-36  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0482  transcriptional regulator, LysR family  32.82 
 
 
322 aa  152  5.9999999999999996e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0438  transcriptional regulator, LysR family  32.82 
 
 
322 aa  152  5.9999999999999996e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3573  hypothetical protein  37.5 
 
 
288 aa  152  7e-36  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4760  LysR family transcriptional regulator  34.38 
 
 
296 aa  152  8e-36  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1845  LysR family transcriptional regulator  38.3 
 
 
303 aa  152  8.999999999999999e-36  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000102688 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3671  transcriptional regulator, LysR family  31.07 
 
 
288 aa  151  1e-35  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3715  transcriptional regulator, LysR family  38.85 
 
 
288 aa  151  2e-35  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0587379 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1479  LysR family transcriptional regulator  31.63 
 
 
294 aa  150  2e-35  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0277632  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0795  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  37.17 
 
 
291 aa  149  4e-35  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0535  LysR family transcriptional regulator  35.83 
 
 
286 aa  149  6e-35  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.605661  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3040  LysR family transcriptional regulator  35.83 
 
 
282 aa  149  6e-35  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.165856  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0618  LysR family transcriptional regulator  35.83 
 
 
286 aa  149  6e-35  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1252  LysR family transcriptional regulator  35.83 
 
 
286 aa  149  6e-35  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1478  LysR family transcriptional regulator  35.83 
 
 
286 aa  149  6e-35  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1578  LysR family transcriptional regulator  35.83 
 
 
367 aa  149  8e-35  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.170227  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1319  transcriptional regulator, LysR family  36.17 
 
 
299 aa  148  9e-35  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.232258  normal  0.131151 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1448  LysR family transcriptional regulator  35.83 
 
 
321 aa  148  9e-35  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.427766  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1647  LysR family transcriptional regulator  37.79 
 
 
289 aa  148  1.0000000000000001e-34  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3624  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  33.85 
 
 
296 aa  147  3e-34  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.00214713  normal  0.293437 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2951  transcriptional regulator, LysR family  30.18 
 
 
304 aa  146  3e-34  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0785  LysR family transcriptional regulator  36.84 
 
 
282 aa  146  4.0000000000000006e-34  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1788  LysR family transcriptional regulator  31.93 
 
 
298 aa  146  4.0000000000000006e-34  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00324618 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2806  LysR family transcriptional regulator  37.05 
 
 
286 aa  145  5e-34  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.469753  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0384  LysR family transcriptional regulator  32.82 
 
 
316 aa  146  5e-34  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7471  LysR family transcriptional regulator  37.07 
 
 
292 aa  145  8.000000000000001e-34  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3993  LysR family transcriptional regulator  33.46 
 
 
296 aa  145  9e-34  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00243747  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2125  HTH-type transcriptional regulator  33.7 
 
 
298 aa  145  1e-33  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2476  transcriptional regulator, LysR family  34.1 
 
 
295 aa  145  1e-33  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.985162  normal  0.348723 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5304  transcriptional regulator, LysR family  31.58 
 
 
289 aa  144  1e-33  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6530  LysR family transcriptional regulator  35.36 
 
 
292 aa  144  1e-33  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.165496 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3176  LysR family transcriptional regulator  35.59 
 
 
289 aa  144  2e-33  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5676  LysR family transcriptional regulator  35.36 
 
 
292 aa  144  2e-33  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3823  LysR substrate-binding  34.84 
 
 
289 aa  144  2e-33  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6040  LysR family transcriptional regulator  35.36 
 
 
292 aa  144  2e-33  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.061034 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1913  LysR family transcriptional regulator  32.14 
 
 
290 aa  143  4e-33  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.980095  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4409  LysR family transcriptional regulator  36.47 
 
 
282 aa  143  4e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1238  LysR family transcriptional regulator  36.47 
 
 
282 aa  142  5e-33  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.804975  normal  0.249608 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4131  transcriptional regulator, LysR family  34.84 
 
 
289 aa  142  5e-33  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2053  LysR family transcriptional regulator  36.84 
 
 
282 aa  142  6e-33  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1266  LysR family transcriptional regulator  36.47 
 
 
328 aa  142  6e-33  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.496224  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4012  transcriptional regulator, LysR family  32.97 
 
 
285 aa  142  7e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0664049 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1156  LysR family transcriptional regulator  36.47 
 
 
282 aa  142  7e-33  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.243733 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>