More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_1220 on replicon NC_012856
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012856  Rpic12D_1220  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 289 aa  594  1e-169  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.286254  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1129  transcriptional regulator, LysR family  98.27 
 
 		 289 aa  584  1e-166  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.412971  normal  0.826624 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3972  transcriptional regulator, LysR family  51.61 
 
 		 290 aa  306  2.0000000000000002e-82  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.539767  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2043  LysR family transcriptional regulator  50.91 
 
 		 301 aa  295  6e-79  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.0201239 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4138  LysR family transcriptional regulator  50.36 
 
 		 292 aa  293  2e-78  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.151589 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_21400  Transcriptional regulator, LysR family  50 
 
 		 317 aa  293  3e-78  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3167  LysR family transcriptional regulator  49.64 
 
 		 283 aa  291  1e-77  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2626  transcriptional regulator, LysR family  48.72 
 
 		 290 aa  289  3e-77  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.117522  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0274  LysR family transcriptional regulator  50.19 
 
 		 286 aa  273  2.0000000000000002e-72  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2551  transcriptional regulator, LysR family  45.29 
 
 		 311 aa  256  2e-67  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.405251  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1817  LysR-family transcriptional regulatory protein  47.08 
 
 		 309 aa  252  4.0000000000000004e-66  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1452  transcriptional regulator LrhA  47.08 
 
 		 309 aa  252  4.0000000000000004e-66  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2773  transcriptional regulator, LysR family  45.05 
 
 		 316 aa  249  3e-65  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.785949  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1559  LysR family transcriptional regulator  47.08 
 
 		 310 aa  248  1e-64  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.30474  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1393  transcriptional regulator, LysR family  46.36 
 
 		 309 aa  244  9.999999999999999e-64  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00391228  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1491  transcriptional regulator, LysR family  47.47 
 
 		 316 aa  242  3.9999999999999997e-63  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3309  LysR family transcriptional regulator  44.89 
 
 		 311 aa  241  9e-63  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  unclonable  0.000000000301615  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2833  LysR family transcriptional regulator  43.43 
 
 		 312 aa  234  1.0000000000000001e-60  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.000597917  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1367  transcriptional regulator, LysR family  42.75 
 
 		 312 aa  231  8.000000000000001e-60  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.189941  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2514  HTH-type transcriptional regulator PecT  43.48 
 
 		 312 aa  231  8.000000000000001e-60  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.00051335  normal  0.704874 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2469  HTH-type transcriptional regulator PecT  43.48 
 
 		 312 aa  231  8.000000000000001e-60  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  unclonable  0.00000000000182505  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2676  HTH-type transcriptional regulator PecT  43.48 
 
 		 312 aa  231  8.000000000000001e-60  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  decreased coverage  0.00370653  normal  0.784227 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2558  HTH-type transcriptional regulator PecT  43.48 
 
 		 312 aa  231  1e-59  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  unclonable  0.00000175067  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3428  transcriptional regulator LrhA  42.39 
 
 		 312 aa  231  1e-59  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0286077  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2582  transcriptional regulator LrhA  42.39 
 
 		 312 aa  231  1e-59  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.210285  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2665  transcriptional regulator LrhA  42.39 
 
 		 312 aa  231  1e-59  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0194806  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02214  DNA-binding transcriptional repressor of flagellar, motility and chemotaxis genes  42.03 
 
 		 312 aa  229  4e-59  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2438  transcriptional regulator LrhA  42.03 
 
 		 312 aa  229  4e-59  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.340717  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02174  hypothetical protein  42.03 
 
 		 312 aa  229  4e-59  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1363  LysR family transcriptional regulator  42.03 
 
 		 312 aa  229  4e-59  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.556937 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2444  transcriptional regulator LrhA  42.03 
 
 		 312 aa  229  4e-59  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.531383  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2569  HTH-type transcriptional regulator PecT  43.12 
 
 		 312 aa  228  8e-59  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  decreased coverage  0.00146874  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4190  LysR family transcriptional regulator  43.63 
 
 		 282 aa  218  7e-56  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0252504  normal  0.417297 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3930  LysR family transcriptional regulator  39.77 
 
 		 283 aa  204  2e-51  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.983373  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2309  putative transcriptional regulator  37.63 
 
 		 284 aa  185  8e-46  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_27280  LysR family transcriptional regulator  37.28 
 
 		 284 aa  183  3e-45  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1168  LysR family transcriptional regulator  35.93 
 
 		 291 aa  172  3.9999999999999995e-42  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.851796  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1473  LysR family transcriptional regulator  38.66 
 
 		 283 aa  170  2e-41  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.551192  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1863  LysR family transcriptional regulator  37.92 
 
 		 283 aa  167  2e-40  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0321846  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0525  LysR family transcriptional regulator  37.22 
 
 		 316 aa  167  2e-40  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3851  LysR family transcriptional regulator  37.92 
 
 		 283 aa  167  2e-40  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.522354  normal  0.130982 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1438  LysR family transcriptional regulator  39.39 
 
 		 283 aa  167  2e-40  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.371072  normal  0.234333 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2383  LysR family transcriptional regulator  35.13 
 
 		 294 aa  163  2.0000000000000002e-39  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2204  LysR family transcriptional regulator  36.67 
 
 		 306 aa  164  2.0000000000000002e-39  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.150057 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3081  LysR family transcriptional regulator  37.31 
 
 		 323 aa  163  3e-39  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0301  LysR family transcriptional regulator  38.21 
 
 		 294 aa  163  3e-39  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0795  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  34.07 
 
 		 291 aa  162  6e-39  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3993  LysR family transcriptional regulator  36.19 
 
 		 296 aa  161  1e-38  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00243747  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2337  LysR family transcriptional regulator  33.82 
 
 		 296 aa  161  1e-38  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3624  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  35.44 
 
 		 296 aa  159  4e-38  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.00214713  normal  0.293437 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2133  LysR family transcriptional regulator  37.69 
 
 		 284 aa  158  8e-38  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  decreased coverage  0.00732746  normal  0.30911 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2125  HTH-type transcriptional regulator  33.33 
 
 		 298 aa  156  3e-37  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2995  LysR family transcriptional regulator  32.86 
 
 		 321 aa  156  4e-37  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4222  transcriptional regulator, LysR family  35.58 
 
 		 293 aa  156  4e-37  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1319  transcriptional regulator, LysR family  35.96 
 
 		 299 aa  156  4e-37  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.232258  normal  0.131151 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0765  LysR family transcriptional regulator  32.86 
 
 		 322 aa  156  5.0000000000000005e-37  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.144728  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0482  transcriptional regulator, LysR family  35 
 
 		 322 aa  155  7e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0438  transcriptional regulator, LysR family  35 
 
 		 322 aa  155  8e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4935  LysR family transcriptional regulator  37.84 
 
 		 285 aa  155  8e-37  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.929926  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2477  LysR family transcriptional regulator  35.04 
 
 		 290 aa  155  8e-37  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2757  LysR family transcriptional regulator  34.39 
 
 		 292 aa  155  9e-37  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.486201  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1838  LysR family transcriptional regulator  36.25 
 
 		 296 aa  154  2e-36  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.8381  normal  0.487096 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0405  LysR family transcriptional regulator  32.71 
 
 		 298 aa  153  2.9999999999999998e-36  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0384  LysR family transcriptional regulator  35.77 
 
 		 316 aa  152  5e-36  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1913  LysR family transcriptional regulator  33.21 
 
 		 290 aa  152  8e-36  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.980095  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4825  transcriptional regulator, LysR family  35.86 
 
 		 293 aa  151  1e-35  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0864247  normal  0.0253512 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4417  LysR family transcriptional regulator  36.05 
 
 		 294 aa  151  1e-35  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0255776 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1845  LysR family transcriptional regulator  35.53 
 
 		 303 aa  151  1e-35  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000102688 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4450  LysR family transcriptional regulator  33.1 
 
 		 283 aa  150  2e-35  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0666  LysR family transcriptional regulator  36.19 
 
 		 294 aa  150  3e-35  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.659834  normal  0.452137 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5283  LysR family transcriptional regulator  35.41 
 
 		 285 aa  149  5e-35  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.287276  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3312  transcriptional regulator, LysR family  31.03 
 
 		 294 aa  149  7e-35  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2980  LysR family transcriptional regulator  36.33 
 
 		 311 aa  148  8e-35  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0695506  normal  0.804372 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1467  LysR family transcriptional regulator  35.55 
 
 		 285 aa  148  8e-35  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.398942 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3363  LysR family transcriptional regulator  35.41 
 
 		 294 aa  148  9e-35  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.443471  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5004  LysR family transcriptional regulator  35.41 
 
 		 294 aa  148  9e-35  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.492991  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3829  LysR family transcriptional regulator  32.22 
 
 		 289 aa  147  2.0000000000000003e-34  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.19019  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0425  LysR family transcriptional regulator  32.96 
 
 		 281 aa  147  2.0000000000000003e-34  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1770  LysR family transcriptional regulator  34.33 
 
 		 293 aa  147  2.0000000000000003e-34  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.103333  normal  0.0253433 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1770  transcriptional regulator, LysR family  35.04 
 
 		 284 aa  146  4.0000000000000006e-34  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0607  transcriptional regulator, LysR family  33.88 
 
 		 298 aa  145  6e-34  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2046  LysR family transcriptional regulator  32.35 
 
 		 287 aa  144  1e-33  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.396353  normal  0.96684 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3636  transcriptional regulator, LysR family  31.69 
 
 		 295 aa  145  1e-33  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0717  transcriptional regulator, LysR family  33.86 
 
 		 292 aa  144  1e-33  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.313627  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0877  transcriptional regulator, LysR family  32.71 
 
 		 287 aa  144  1e-33  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.672229  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2045  transcriptional regulator, LysR family  33.58 
 
 		 285 aa  144  1e-33  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000182672 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2586  transcriptional regulator LysR family  34.7 
 
 		 324 aa  144  2e-33  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2674  LysR family transcriptional regulator  33.46 
 
 		 294 aa  144  2e-33  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2994  LysR family transcriptional regulator  32.13 
 
 		 348 aa  144  2e-33  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2857  LysR family transcriptional regulator  31.8 
 
 		 348 aa  143  3e-33  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.682675 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0185  LysR family transcriptional regulator  33.7 
 
 		 299 aa  143  3e-33  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1461  transcriptional regulator, LysR family  34.59 
 
 		 301 aa  143  3e-33  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1788  LysR family transcriptional regulator  33.09 
 
 		 298 aa  143  3e-33  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00324618 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1273  transcriptional regulator, LysR family  33.98 
 
 		 309 aa  143  4e-33  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0230632  normal  0.266535 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3585  transcriptional regulator, LysR family  33.33 
 
 		 298 aa  143  4e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0651173 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1867  LysR family transcriptional regulator  33.1 
 
 		 306 aa  142  8e-33  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1647  LysR family transcriptional regulator  33.7 
 
 		 289 aa  141  9.999999999999999e-33  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5774  transcriptional regulator LysR family  35.25 
 
 		 332 aa  141  9.999999999999999e-33  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2879  LysR family transcriptional regulator  32.96 
 
 		 284 aa  141  9.999999999999999e-33  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.624518 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1020  LysR family transcriptional regulator  33.68 
 
 		 297 aa  141  9.999999999999999e-33  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>