More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dde_0087 on replicon NC_007519
Organism: Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007519  Dde_0087  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 301 aa  605  9.999999999999999e-173  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2757  LysR family transcriptional regulator  39.13 
 
 		 292 aa  205  9e-52  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.486201  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0717  transcriptional regulator, LysR family  37.99 
 
 		 292 aa  179  4e-44  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.313627  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2477  LysR family transcriptional regulator  38.66 
 
 		 290 aa  178  9e-44  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1683  LysR substrate-binding  36.15 
 
 		 292 aa  174  1.9999999999999998e-42  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2002  transcriptional regulator, LysR family  36.69 
 
 		 292 aa  173  2.9999999999999996e-42  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3829  LysR family transcriptional regulator  35.91 
 
 		 289 aa  167  2e-40  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.19019  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0482  transcriptional regulator, LysR family  32.99 
 
 		 322 aa  166  5.9999999999999996e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0438  transcriptional regulator, LysR family  32.99 
 
 		 322 aa  166  5.9999999999999996e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3882  LysR family transcriptional regulator  36.01 
 
 		 284 aa  164  1.0000000000000001e-39  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3671  transcriptional regulator, LysR family  35.31 
 
 		 288 aa  164  2.0000000000000002e-39  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2354  LysR family transcriptional regulator  34.89 
 
 		 288 aa  163  3e-39  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_32360  lysR family transcriptional regulator  35.84 
 
 		 292 aa  163  3e-39  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0231568  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0405  LysR family transcriptional regulator  36.58 
 
 		 298 aa  162  7e-39  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_26470  LysR family transcriptional regulator protein  40 
 
 		 317 aa  162  8.000000000000001e-39  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.170925  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1273  transcriptional regulator, LysR family  32.32 
 
 		 309 aa  162  9e-39  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0230632  normal  0.266535 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_12140  putative transcriptional regulator  37.58 
 
 		 297 aa  161  1e-38  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0384  LysR family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 316 aa  160  3e-38  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2713  LysR family transcriptional regulator  34.36 
 
 		 281 aa  160  3e-38  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0696841  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0106  LysR family transcriptional regulator  36.97 
 
 		 283 aa  159  4e-38  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0301  LysR family transcriptional regulator  34.32 
 
 		 294 aa  158  1e-37  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1326  LysR family transcriptional regulator  34.67 
 
 		 284 aa  158  1e-37  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0433346  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2391  transcriptional regulator, LysR family  32.55 
 
 		 293 aa  156  5.0000000000000005e-37  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.586074 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0877  transcriptional regulator, LysR family  34.59 
 
 		 287 aa  155  7e-37  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.672229  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3053  LysR family transcriptional regulator  34.07 
 
 		 307 aa  155  9e-37  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1114  putative transcriptional regulator  36.91 
 
 		 301 aa  154  1e-36  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0282  hypothetical protein  33.56 
 
 		 283 aa  155  1e-36  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2337  LysR family transcriptional regulator  35.86 
 
 		 296 aa  155  1e-36  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0745  LysR family transcriptional regulator  33.21 
 
 		 287 aa  154  1e-36  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3573  hypothetical protein  34.65 
 
 		 288 aa  154  1e-36  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3803  LysR family transcriptional regulator  34.22 
 
 		 285 aa  154  2e-36  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.180645 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2995  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 321 aa  154  2e-36  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3618  transcriptional regulator, LysR family  36.08 
 
 		 284 aa  154  2.9999999999999998e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0818  transcriptional regulator, LysR family  35.91 
 
 		 280 aa  153  2.9999999999999998e-36  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0971009  normal  0.428032 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3319  transcriptional regulator, LysR family  36.08 
 
 		 284 aa  153  4e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.914032  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3534  LysR family transcriptional regulator  34.07 
 
 		 293 aa  152  5.9999999999999996e-36  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.154456  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2239  LysR family transcriptional regulator  34.07 
 
 		 293 aa  152  5.9999999999999996e-36  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2742  putative transcriptional regulator  35.84 
 
 		 292 aa  152  8e-36  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3943  transcriptional regulator, LysR family  34.29 
 
 		 295 aa  152  8e-36  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.691658  normal  0.897444 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4056  transcriptional regulator, LysR family  34.29 
 
 		 295 aa  152  8e-36  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.772372  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3993  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 296 aa  152  8.999999999999999e-36  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00243747  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0765  LysR family transcriptional regulator  32.88 
 
 		 322 aa  151  1e-35  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.144728  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0277  hypothetical protein  31.99 
 
 		 283 aa  151  1e-35  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5843  LysR family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 282 aa  151  1e-35  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3226  LysR family transcriptional regulator  34.93 
 
 		 306 aa  151  1e-35  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.60856 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2773  transcriptional regulator, LysR family  32.14 
 
 		 316 aa  151  1e-35  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.785949  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2390  LysR family transcriptional regulator  33.82 
 
 		 293 aa  151  1e-35  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.610355 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2551  transcriptional regulator, LysR family  33.46 
 
 		 311 aa  150  2e-35  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.405251  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4138  LysR family transcriptional regulator  32.21 
 
 		 292 aa  151  2e-35  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.151589 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3167  LysR family transcriptional regulator  34.3 
 
 		 283 aa  150  4e-35  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0525  LysR family transcriptional regulator  33.21 
 
 		 316 aa  149  4e-35  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4450  LysR family transcriptional regulator  32.34 
 
 		 283 aa  149  5e-35  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3972  transcriptional regulator, LysR family  31.76 
 
 		 290 aa  147  1.0000000000000001e-34  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.539767  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2133  LysR family transcriptional regulator  31.96 
 
 		 284 aa  148  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  decreased coverage  0.00732746  normal  0.30911 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2476  transcriptional regulator, LysR family  33.56 
 
 		 295 aa  147  2.0000000000000003e-34  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.985162  normal  0.348723 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2204  LysR family transcriptional regulator  37.27 
 
 		 306 aa  147  2.0000000000000003e-34  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.150057 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5238  LysR family transcriptional regulator  33.82 
 
 		 287 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5621  LysR family transcriptional regulator  33.82 
 
 		 287 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0412955 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0070  LysR family transcriptional regulator  33.46 
 
 		 286 aa  147  3e-34  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5774  transcriptional regulator LysR family  33.33 
 
 		 332 aa  147  3e-34  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3101  LysR family transcriptional regulator  34.13 
 
 		 306 aa  146  3e-34  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.04033 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4609  LysR family transcriptional regulator  33.82 
 
 		 287 aa  146  5e-34  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.46805  hitchhiker  0.000318313 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1284  LysR family transcriptional regulator  32.37 
 
 		 283 aa  146  5e-34  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.32576  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2626  transcriptional regulator, LysR family  31.18 
 
 		 290 aa  145  6e-34  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.117522  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3309  LysR family transcriptional regulator  33.09 
 
 		 311 aa  145  7.0000000000000006e-34  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  unclonable  0.000000000301615  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5448  LysR family transcriptional regulator  34.8 
 
 		 288 aa  145  7.0000000000000006e-34  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.778769 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0804  LysR family transcriptional regulator  31.9 
 
 		 288 aa  145  9e-34  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0513022 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1393  transcriptional regulator, LysR family  32.23 
 
 		 309 aa  145  1e-33  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00391228  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1491  transcriptional regulator, LysR family  32.5 
 
 		 316 aa  145  1e-33  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6616  LysR family transcriptional regulator  35.11 
 
 		 286 aa  145  1e-33  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4898  LysR family transcriptional regulator  34.8 
 
 		 288 aa  145  1e-33  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.552051 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_49640  transcriptional regulator  32.97 
 
 		 300 aa  145  1e-33  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.097129  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4236  transcriptional regulator  32.97 
 
 		 309 aa  144  1e-33  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.999782  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3636  transcriptional regulator, LysR family  32.78 
 
 		 295 aa  144  2e-33  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3081  LysR family transcriptional regulator  31.29 
 
 		 323 aa  143  3e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3591  LysR family transcriptional regulator  30.63 
 
 		 292 aa  143  3e-33  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.449761 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0274  LysR family transcriptional regulator  31.62 
 
 		 286 aa  143  4e-33  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2346  transcriptional regulator, LysR family  32.2 
 
 		 293 aa  142  5e-33  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.886093 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1647  LysR family transcriptional regulator  34.56 
 
 		 289 aa  142  5e-33  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2046  LysR family transcriptional regulator  35.07 
 
 		 287 aa  142  6e-33  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.396353  normal  0.96684 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0795  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  30.95 
 
 		 291 aa  142  6e-33  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1319  transcriptional regulator, LysR family  33.33 
 
 		 299 aa  142  6e-33  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.232258  normal  0.131151 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1913  LysR family transcriptional regulator  31.27 
 
 		 290 aa  142  6e-33  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.980095  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1770  transcriptional regulator, LysR family  33.7 
 
 		 284 aa  142  8e-33  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4883  transcriptional regulator, LysR family  33.83 
 
 		 301 aa  142  8e-33  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3585  transcriptional regulator, LysR family  31.88 
 
 		 298 aa  142  8e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0651173 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1300  LysR family transcriptional regulator  32 
 
 		 299 aa  141  9.999999999999999e-33  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.841181  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_21400  Transcriptional regulator, LysR family  31.07 
 
 		 317 aa  141  9.999999999999999e-33  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2824  LysR family transcriptional regulator  33.46 
 
 		 306 aa  141  1.9999999999999998e-32  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0323  LysR family transcriptional regulator  34 
 
 		 283 aa  141  1.9999999999999998e-32  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2309  putative transcriptional regulator  31.16 
 
 		 284 aa  140  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1961  LysR family transcriptional regulator  37.32 
 
 		 298 aa  140  3e-32  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0953  LysR family transcriptional regulator  37.32 
 
 		 298 aa  140  3e-32  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1157  LysR family transcriptional regulator  37.32 
 
 		 298 aa  140  3e-32  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0276  LysR family transcriptional regulator  37.32 
 
 		 298 aa  140  3e-32  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  decreased coverage  0.000191888  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0872  LysR family transcriptional regulator  37.32 
 
 		 298 aa  140  3e-32  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1003  LysR family transcriptional regulator  37.32 
 
 		 298 aa  140  3e-32  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2951  transcriptional regulator, LysR family  29.97 
 
 		 304 aa  140  3e-32  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_27280  LysR family transcriptional regulator  31.16 
 
 		 284 aa  140  3.9999999999999997e-32  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4222  transcriptional regulator, LysR family  30.74 
 
 		 293 aa  139  4.999999999999999e-32  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>