More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_4056 on replicon NC_012857
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012857  Rpic12D_4056  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 295 aa  585  1e-166  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.772372  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3943  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 295 aa  585  1e-166  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.691658  normal  0.897444 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_32360  lysR family transcriptional regulator  75.26 
 
 		 292 aa  427  1e-119  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0231568  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2742  putative transcriptional regulator  76.11 
 
 		 292 aa  414  9.999999999999999e-116  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2204  LysR family transcriptional regulator  52.98 
 
 		 306 aa  264  1e-69  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.150057 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1326  LysR family transcriptional regulator  50.18 
 
 		 284 aa  261  1e-68  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0433346  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0745  LysR family transcriptional regulator  50.53 
 
 		 287 aa  254  9e-67  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0877  transcriptional regulator, LysR family  49.47 
 
 		 287 aa  250  2e-65  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.672229  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0804  LysR family transcriptional regulator  49.3 
 
 		 288 aa  236  3e-61  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0513022 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_49640  transcriptional regulator  46.55 
 
 		 300 aa  235  8e-61  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.097129  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2390  LysR family transcriptional regulator  44.56 
 
 		 293 aa  232  5e-60  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.610355 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2239  LysR family transcriptional regulator  44.21 
 
 		 293 aa  231  9e-60  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3534  LysR family transcriptional regulator  44.21 
 
 		 293 aa  231  9e-60  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.154456  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3591  LysR family transcriptional regulator  44.33 
 
 		 292 aa  229  4e-59  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.449761 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4236  transcriptional regulator  46.18 
 
 		 309 aa  229  4e-59  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.999782  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5384  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  47.87 
 
 		 300 aa  228  1e-58  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.629114  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2391  transcriptional regulator, LysR family  45.04 
 
 		 293 aa  226  3e-58  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.586074 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3226  LysR family transcriptional regulator  43.97 
 
 		 306 aa  223  4e-57  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.60856 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3053  LysR family transcriptional regulator  45.09 
 
 		 307 aa  222  4.9999999999999996e-57  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1284  LysR family transcriptional regulator  44.87 
 
 		 283 aa  222  6e-57  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.32576  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5238  LysR family transcriptional regulator  43.97 
 
 		 287 aa  221  8e-57  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5621  LysR family transcriptional regulator  43.97 
 
 		 287 aa  221  8e-57  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0412955 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0242  LysR family transcriptional regulator  47.06 
 
 		 287 aa  221  9.999999999999999e-57  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.546914  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4609  LysR family transcriptional regulator  43.97 
 
 		 287 aa  221  9.999999999999999e-57  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.46805  hitchhiker  0.000318313 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0070  LysR family transcriptional regulator  44.61 
 
 		 286 aa  218  7e-56  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4898  LysR family transcriptional regulator  44.81 
 
 		 288 aa  217  2e-55  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.552051 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5448  LysR family transcriptional regulator  44.44 
 
 		 288 aa  214  1.9999999999999998e-54  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.778769 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2346  transcriptional regulator, LysR family  44.57 
 
 		 293 aa  213  1.9999999999999998e-54  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.886093 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0105  LysR family transcriptional regulator  48.76 
 
 		 284 aa  213  3.9999999999999995e-54  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2046  LysR family transcriptional regulator  47.91 
 
 		 287 aa  208  9e-53  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.396353  normal  0.96684 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2662  LysR family transcriptional regulator  45.25 
 
 		 307 aa  206  5e-52  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1058  LysR family transcriptional regulator  42.49 
 
 		 288 aa  196  3e-49  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3803  LysR family transcriptional regulator  43.07 
 
 		 285 aa  189  5.999999999999999e-47  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.180645 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0323  LysR family transcriptional regulator  41.13 
 
 		 283 aa  183  3e-45  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0405  LysR family transcriptional regulator  43.07 
 
 		 298 aa  183  3e-45  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5843  LysR family transcriptional regulator  38.38 
 
 		 282 aa  173  2.9999999999999996e-42  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2477  LysR family transcriptional regulator  39.13 
 
 		 290 aa  171  1e-41  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4450  LysR family transcriptional regulator  39 
 
 		 283 aa  166  2.9999999999999998e-40  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2626  transcriptional regulator, LysR family  38.35 
 
 		 290 aa  166  4e-40  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.117522  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2921  LysR family transcriptional regulator  42.08 
 
 		 283 aa  166  5.9999999999999996e-40  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.739146 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3829  LysR family transcriptional regulator  38.65 
 
 		 289 aa  164  1.0000000000000001e-39  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.19019  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1273  transcriptional regulator, LysR family  37.12 
 
 		 309 aa  164  2.0000000000000002e-39  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0230632  normal  0.266535 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0185  LysR family transcriptional regulator  37.92 
 
 		 299 aa  163  3e-39  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0384  LysR family transcriptional regulator  35.58 
 
 		 316 aa  162  6e-39  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0438  transcriptional regulator, LysR family  35.09 
 
 		 322 aa  160  2e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0482  transcriptional regulator, LysR family  35.09 
 
 		 322 aa  160  2e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2002  transcriptional regulator, LysR family  38.15 
 
 		 292 aa  160  2e-38  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1683  LysR substrate-binding  38.15 
 
 		 292 aa  160  2e-38  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2757  LysR family transcriptional regulator  38.87 
 
 		 292 aa  158  1e-37  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.486201  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3167  LysR family transcriptional regulator  37.59 
 
 		 283 aa  155  7e-37  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0818  transcriptional regulator, LysR family  35.74 
 
 		 280 aa  154  1e-36  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0971009  normal  0.428032 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_21400  Transcriptional regulator, LysR family  35.71 
 
 		 317 aa  154  2e-36  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0765  LysR family transcriptional regulator  38.37 
 
 		 322 aa  153  2.9999999999999998e-36  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.144728  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2995  LysR family transcriptional regulator  37.98 
 
 		 321 aa  153  4e-36  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2125  HTH-type transcriptional regulator  37.12 
 
 		 298 aa  153  4e-36  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0717  transcriptional regulator, LysR family  37.4 
 
 		 292 aa  152  8e-36  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.313627  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0087  LysR family transcriptional regulator  34.29 
 
 		 301 aa  152  8e-36  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1238  LysR family transcriptional regulator  38.13 
 
 		 282 aa  150  3e-35  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.804975  normal  0.249608 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2053  LysR family transcriptional regulator  38.52 
 
 		 282 aa  150  3e-35  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1266  LysR family transcriptional regulator  38.13 
 
 		 328 aa  149  4e-35  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.496224  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3972  transcriptional regulator, LysR family  37.12 
 
 		 290 aa  149  5e-35  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.539767  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2806  LysR family transcriptional regulator  37.74 
 
 		 286 aa  149  6e-35  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.469753  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4409  LysR family transcriptional regulator  38.13 
 
 		 282 aa  149  7e-35  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1461  transcriptional regulator, LysR family  38.11 
 
 		 301 aa  149  7e-35  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1144  LysR family transcriptional regulator  38.13 
 
 		 282 aa  149  7e-35  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1156  LysR family transcriptional regulator  38.13 
 
 		 282 aa  149  7e-35  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.243733 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0618  LysR family transcriptional regulator  38.13 
 
 		 286 aa  148  9e-35  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1478  LysR family transcriptional regulator  38.13 
 
 		 286 aa  148  9e-35  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1252  LysR family transcriptional regulator  38.13 
 
 		 286 aa  148  9e-35  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0535  LysR family transcriptional regulator  38.13 
 
 		 286 aa  148  9e-35  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.605661  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3040  LysR family transcriptional regulator  38.13 
 
 		 282 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.165856  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1578  LysR family transcriptional regulator  38.13 
 
 		 367 aa  147  1.0000000000000001e-34  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.170227  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1448  LysR family transcriptional regulator  38.13 
 
 		 321 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.427766  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3618  transcriptional regulator, LysR family  36.86 
 
 		 284 aa  148  1.0000000000000001e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0785  LysR family transcriptional regulator  37.74 
 
 		 282 aa  147  1.0000000000000001e-34  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0106  LysR family transcriptional regulator  36.84 
 
 		 283 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0282  hypothetical protein  35.83 
 
 		 283 aa  146  4.0000000000000006e-34  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3319  transcriptional regulator, LysR family  37.27 
 
 		 284 aa  146  4.0000000000000006e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.914032  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1020  LysR family transcriptional regulator  35.74 
 
 		 297 aa  146  4.0000000000000006e-34  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2713  LysR family transcriptional regulator  37.02 
 
 		 281 aa  145  7.0000000000000006e-34  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0696841  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1647  LysR family transcriptional regulator  40.15 
 
 		 289 aa  145  9e-34  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2824  LysR family transcriptional regulator  36.17 
 
 		 306 aa  145  9e-34  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3624  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  37.17 
 
 		 296 aa  144  2e-33  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.00214713  normal  0.293437 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0683  LysR family transcriptional regulator  36.4 
 
 		 283 aa  144  2e-33  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1845  LysR family transcriptional regulator  38.11 
 
 		 303 aa  144  2e-33  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000102688 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4012  transcriptional regulator, LysR family  36.09 
 
 		 285 aa  144  2e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0664049 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0301  LysR family transcriptional regulator  36.33 
 
 		 294 aa  143  3e-33  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1473  LysR family transcriptional regulator  36.78 
 
 		 283 aa  143  3e-33  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.551192  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0512  transcriptional regulator LysR family  36.4 
 
 		 287 aa  143  3e-33  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.440355  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1114  putative transcriptional regulator  34.72 
 
 		 301 aa  143  4e-33  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0678  transcriptional regulator, LysR family  36.75 
 
 		 290 aa  142  5e-33  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.149422  normal  0.525189 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2383  LysR family transcriptional regulator  34.04 
 
 		 294 aa  142  5e-33  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_12140  putative transcriptional regulator  36.23 
 
 		 297 aa  142  5e-33  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5774  transcriptional regulator LysR family  35.58 
 
 		 332 aa  142  6e-33  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4590  LysR family transcriptional regulator  38.49 
 
 		 318 aa  142  7e-33  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2354  LysR family transcriptional regulator  34.04 
 
 		 288 aa  142  9e-33  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4357  transcriptional regulator, LysR family  36.02 
 
 		 283 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0615  transcription regulator protein  35.88 
 
 		 289 aa  140  1.9999999999999998e-32  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.528971 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_27280  LysR family transcriptional regulator  39.03 
 
 		 284 aa  140  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4138  LysR family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 292 aa  140  3e-32  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.151589 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>