More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_3591 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010322  PputGB1_3591  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 292 aa  600  1.0000000000000001e-171  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.449761 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2390  LysR family transcriptional regulator  64.93 
 
 		 293 aa  392  1e-108  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.610355 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3534  LysR family transcriptional regulator  64.93 
 
 		 293 aa  393  1e-108  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.154456  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4236  transcriptional regulator  64.24 
 
 		 309 aa  391  1e-108  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.999782  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3053  LysR family transcriptional regulator  65.28 
 
 		 307 aa  394  1e-108  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2239  LysR family transcriptional regulator  64.93 
 
 		 293 aa  393  1e-108  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_49640  transcriptional regulator  64.24 
 
 		 300 aa  388  1e-107  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.097129  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3226  LysR family transcriptional regulator  64.58 
 
 		 306 aa  385  1e-106  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.60856 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2391  transcriptional regulator, LysR family  62.5 
 
 		 293 aa  381  1e-105  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.586074 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0070  LysR family transcriptional regulator  63.73 
 
 		 286 aa  379  1e-104  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5238  LysR family transcriptional regulator  63.73 
 
 		 287 aa  379  1e-104  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5621  LysR family transcriptional regulator  63.73 
 
 		 287 aa  379  1e-104  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0412955 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4609  LysR family transcriptional regulator  63.38 
 
 		 287 aa  377  1e-103  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.46805  hitchhiker  0.000318313 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5448  LysR family transcriptional regulator  63.41 
 
 		 288 aa  373  1e-102  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.778769 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4898  LysR family transcriptional regulator  63.41 
 
 		 288 aa  372  1e-102  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.552051 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2346  transcriptional regulator, LysR family  59.15 
 
 		 293 aa  348  5e-95  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.886093 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1284  LysR family transcriptional regulator  49.82 
 
 		 283 aa  268  8.999999999999999e-71  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.32576  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2204  LysR family transcriptional regulator  47.47 
 
 		 306 aa  240  2e-62  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.150057 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1326  LysR family transcriptional regulator  46.91 
 
 		 284 aa  239  4e-62  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0433346  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4056  transcriptional regulator, LysR family  44.33 
 
 		 295 aa  229  4e-59  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.772372  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3943  transcriptional regulator, LysR family  44.33 
 
 		 295 aa  229  4e-59  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.691658  normal  0.897444 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_32360  lysR family transcriptional regulator  47.19 
 
 		 292 aa  226  3e-58  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0231568  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0745  LysR family transcriptional regulator  42.91 
 
 		 287 aa  226  5.0000000000000005e-58  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0877  transcriptional regulator, LysR family  44 
 
 		 287 aa  223  3e-57  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.672229  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0105  LysR family transcriptional regulator  44.17 
 
 		 284 aa  221  9.999999999999999e-57  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2742  putative transcriptional regulator  47.19 
 
 		 292 aa  214  9.999999999999999e-55  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0804  LysR family transcriptional regulator  44.2 
 
 		 288 aa  211  2e-53  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0513022 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5384  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  44.29 
 
 		 300 aa  206  3e-52  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.629114  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2662  LysR family transcriptional regulator  43.25 
 
 		 307 aa  201  8e-51  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0242  LysR family transcriptional regulator  42.09 
 
 		 287 aa  199  6e-50  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.546914  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3803  LysR family transcriptional regulator  45.45 
 
 		 285 aa  196  5.000000000000001e-49  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.180645 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2046  LysR family transcriptional regulator  41.16 
 
 		 287 aa  192  5e-48  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.396353  normal  0.96684 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5843  LysR family transcriptional regulator  42.98 
 
 		 282 aa  187  1e-46  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0323  LysR family transcriptional regulator  41.63 
 
 		 283 aa  187  2e-46  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1058  LysR family transcriptional regulator  43.7 
 
 		 288 aa  186  5e-46  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0405  LysR family transcriptional regulator  35.52 
 
 		 298 aa  176  5e-43  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2921  LysR family transcriptional regulator  42.2 
 
 		 283 aa  173  2.9999999999999996e-42  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.739146 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2757  LysR family transcriptional regulator  36.59 
 
 		 292 aa  162  8.000000000000001e-39  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.486201  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0717  transcriptional regulator, LysR family  37.41 
 
 		 292 aa  162  8.000000000000001e-39  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.313627  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2477  LysR family transcriptional regulator  36.43 
 
 		 290 aa  160  2e-38  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2002  transcriptional regulator, LysR family  36.33 
 
 		 292 aa  160  2e-38  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1683  LysR substrate-binding  35.97 
 
 		 292 aa  159  6e-38  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4012  transcriptional regulator, LysR family  35.52 
 
 		 285 aa  156  3e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0664049 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1273  transcriptional regulator, LysR family  35.02 
 
 		 309 aa  155  7e-37  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0230632  normal  0.266535 
 
 
-
 
NC_006348  BMA3040  LysR family transcriptional regulator  36.22 
 
 		 282 aa  151  1e-35  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.165856  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1578  LysR family transcriptional regulator  36.22 
 
 		 367 aa  151  1e-35  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.170227  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1448  LysR family transcriptional regulator  36.22 
 
 		 321 aa  151  1e-35  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.427766  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0535  LysR family transcriptional regulator  36.22 
 
 		 286 aa  151  1e-35  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.605661  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1478  LysR family transcriptional regulator  36.22 
 
 		 286 aa  151  1e-35  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1252  LysR family transcriptional regulator  36.22 
 
 		 286 aa  151  1e-35  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0618  LysR family transcriptional regulator  36.22 
 
 		 286 aa  151  1e-35  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0615  transcription regulator protein  33.73 
 
 		 289 aa  150  2e-35  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.528971 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5774  transcriptional regulator LysR family  35.19 
 
 		 332 aa  149  7e-35  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0678  transcriptional regulator, LysR family  36.59 
 
 		 290 aa  149  8e-35  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.149422  normal  0.525189 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0482  transcriptional regulator, LysR family  33.59 
 
 		 322 aa  148  9e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2806  LysR family transcriptional regulator  37.23 
 
 		 286 aa  147  1.0000000000000001e-34  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.469753  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0438  transcriptional regulator, LysR family  33.59 
 
 		 322 aa  148  1.0000000000000001e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0785  LysR family transcriptional regulator  36.91 
 
 		 282 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1647  LysR family transcriptional regulator  38.15 
 
 		 289 aa  147  2.0000000000000003e-34  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0185  LysR family transcriptional regulator  37.26 
 
 		 299 aa  145  7.0000000000000006e-34  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3882  LysR family transcriptional regulator  31.77 
 
 		 284 aa  145  9e-34  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3829  LysR family transcriptional regulator  38.2 
 
 		 289 aa  145  1e-33  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.19019  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0765  LysR family transcriptional regulator  36.69 
 
 		 322 aa  144  2e-33  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.144728  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2995  LysR family transcriptional regulator  34.16 
 
 		 321 aa  144  2e-33  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0384  LysR family transcriptional regulator  32.71 
 
 		 316 aa  144  2e-33  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3167  LysR family transcriptional regulator  35.42 
 
 		 283 aa  144  2e-33  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4450  LysR family transcriptional regulator  35.66 
 
 		 283 aa  144  2e-33  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0087  LysR family transcriptional regulator  30.63 
 
 		 301 aa  143  3e-33  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1238  LysR family transcriptional regulator  36.48 
 
 		 282 aa  143  3e-33  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.804975  normal  0.249608 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1266  LysR family transcriptional regulator  36.48 
 
 		 328 aa  143  3e-33  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.496224  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6020  LysR family transcriptional regulator  33.46 
 
 		 279 aa  143  4e-33  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0301148 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1156  LysR family transcriptional regulator  36.48 
 
 		 282 aa  142  5e-33  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.243733 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1144  LysR family transcriptional regulator  36.48 
 
 		 282 aa  142  5e-33  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2951  transcriptional regulator, LysR family  29.96 
 
 		 304 aa  142  6e-33  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4409  LysR family transcriptional regulator  36.48 
 
 		 282 aa  142  6e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7267  transcriptional regulator, LysR family  33.71 
 
 		 290 aa  141  9.999999999999999e-33  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3618  transcriptional regulator, LysR family  38.2 
 
 		 284 aa  141  9.999999999999999e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3319  transcriptional regulator, LysR family  37.83 
 
 		 284 aa  141  9.999999999999999e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.914032  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3823  LysR substrate-binding  35.9 
 
 		 289 aa  140  1.9999999999999998e-32  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3573  hypothetical protein  35.45 
 
 		 288 aa  140  1.9999999999999998e-32  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3671  transcriptional regulator, LysR family  30.32 
 
 		 288 aa  140  3.9999999999999997e-32  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2053  LysR family transcriptional regulator  36.48 
 
 		 282 aa  140  3.9999999999999997e-32  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_21400  Transcriptional regulator, LysR family  32.97 
 
 		 317 aa  139  4.999999999999999e-32  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5304  transcriptional regulator, LysR family  35.09 
 
 		 289 aa  138  8.999999999999999e-32  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0109  transcriptional regulator, LysR family  33.94 
 
 		 292 aa  138  1e-31  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4131  transcriptional regulator, LysR family  35.16 
 
 		 289 aa  138  1e-31  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3176  LysR family transcriptional regulator  33.98 
 
 		 289 aa  137  2e-31  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2626  transcriptional regulator, LysR family  32.63 
 
 		 290 aa  136  3.0000000000000003e-31  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.117522  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0301  LysR family transcriptional regulator  32.75 
 
 		 294 aa  136  3.0000000000000003e-31  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3715  transcriptional regulator, LysR family  37.74 
 
 		 288 aa  136  5e-31  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0587379 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2839  LysR family transcriptional regulator  29.2 
 
 		 304 aa  136  5e-31  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2125  HTH-type transcriptional regulator  30.74 
 
 		 298 aa  136  5e-31  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1319  transcriptional regulator, LysR family  35.97 
 
 		 299 aa  135  6.0000000000000005e-31  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.232258  normal  0.131151 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2337  LysR family transcriptional regulator  31.93 
 
 		 296 aa  135  7.000000000000001e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3624  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  32.25 
 
 		 296 aa  135  8e-31  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.00214713  normal  0.293437 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1461  transcriptional regulator, LysR family  35.63 
 
 		 301 aa  134  9.999999999999999e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3081  LysR family transcriptional regulator  34.5 
 
 		 323 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2882  LysR family transcriptional regulator  31.72 
 
 		 315 aa  134  9.999999999999999e-31  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.241105  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2043  LysR family transcriptional regulator  31.23 
 
 		 301 aa  134  1.9999999999999998e-30  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.0201239 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0795  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  33.2 
 
 		 291 aa  133  3e-30  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>