More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BamMC406_5448 on replicon NC_010552
Organism: Burkholderia ambifaria MC40-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010552  BamMC406_5448  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 288 aa  579  1e-164  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.778769 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4898  LysR family transcriptional regulator  99.65 
 
 		 288 aa  575  1.0000000000000001e-163  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.552051 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0070  LysR family transcriptional regulator  94.76 
 
 		 286 aa  538  9.999999999999999e-153  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5238  LysR family transcriptional regulator  93.71 
 
 		 287 aa  536  1e-151  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5621  LysR family transcriptional regulator  93.71 
 
 		 287 aa  536  1e-151  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0412955 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4609  LysR family transcriptional regulator  93.01 
 
 		 287 aa  531  1e-150  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.46805  hitchhiker  0.000318313 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3226  LysR family transcriptional regulator  90.56 
 
 		 306 aa  524  1e-148  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.60856 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2391  transcriptional regulator, LysR family  75.09 
 
 		 293 aa  441  1e-123  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.586074 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3053  LysR family transcriptional regulator  71.38 
 
 		 307 aa  416  9.999999999999999e-116  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4236  transcriptional regulator  69.47 
 
 		 309 aa  409  1e-113  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.999782  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3534  LysR family transcriptional regulator  70.21 
 
 		 293 aa  406  1.0000000000000001e-112  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.154456  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2239  LysR family transcriptional regulator  70.21 
 
 		 293 aa  406  1.0000000000000001e-112  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_49640  transcriptional regulator  69.12 
 
 		 300 aa  406  1.0000000000000001e-112  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.097129  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2390  LysR family transcriptional regulator  69.15 
 
 		 293 aa  402  1e-111  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.610355 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3591  LysR family transcriptional regulator  63.41 
 
 		 292 aa  373  1e-102  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.449761 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2346  transcriptional regulator, LysR family  62.5 
 
 		 293 aa  357  9e-98  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.886093 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1284  LysR family transcriptional regulator  50.72 
 
 		 283 aa  282  4.0000000000000003e-75  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.32576  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2204  LysR family transcriptional regulator  50.58 
 
 		 306 aa  250  2e-65  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.150057 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1326  LysR family transcriptional regulator  47.64 
 
 		 284 aa  246  4e-64  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0433346  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0745  LysR family transcriptional regulator  45.49 
 
 		 287 aa  239  5e-62  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0105  LysR family transcriptional regulator  48.25 
 
 		 284 aa  238  6.999999999999999e-62  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0877  transcriptional regulator, LysR family  43.62 
 
 		 287 aa  227  1e-58  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.672229  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_32360  lysR family transcriptional regulator  47.01 
 
 		 292 aa  222  4.9999999999999996e-57  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0231568  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0804  LysR family transcriptional regulator  44.96 
 
 		 288 aa  216  2.9999999999999998e-55  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0513022 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2046  LysR family transcriptional regulator  50.88 
 
 		 287 aa  216  2.9999999999999998e-55  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.396353  normal  0.96684 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5384  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  50.81 
 
 		 300 aa  214  9.999999999999999e-55  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.629114  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4056  transcriptional regulator, LysR family  44.44 
 
 		 295 aa  214  9.999999999999999e-55  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.772372  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3943  transcriptional regulator, LysR family  44.44 
 
 		 295 aa  214  9.999999999999999e-55  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.691658  normal  0.897444 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2742  putative transcriptional regulator  47.39 
 
 		 292 aa  213  2.9999999999999995e-54  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3803  LysR family transcriptional regulator  42.61 
 
 		 285 aa  208  6e-53  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.180645 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0242  LysR family transcriptional regulator  43.57 
 
 		 287 aa  202  4e-51  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.546914  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5843  LysR family transcriptional regulator  44.13 
 
 		 282 aa  198  7.999999999999999e-50  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0323  LysR family transcriptional regulator  43.09 
 
 		 283 aa  194  2e-48  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1058  LysR family transcriptional regulator  44.53 
 
 		 288 aa  192  7e-48  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0405  LysR family transcriptional regulator  37.72 
 
 		 298 aa  188  9e-47  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3829  LysR family transcriptional regulator  40.15 
 
 		 289 aa  182  5.0000000000000004e-45  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.19019  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2662  LysR family transcriptional regulator  42.92 
 
 		 307 aa  182  8.000000000000001e-45  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2921  LysR family transcriptional regulator  41.22 
 
 		 283 aa  178  8e-44  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.739146 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2757  LysR family transcriptional regulator  40.35 
 
 		 292 aa  177  3e-43  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.486201  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2477  LysR family transcriptional regulator  36.3 
 
 		 290 aa  170  2e-41  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4450  LysR family transcriptional regulator  39.53 
 
 		 283 aa  171  2e-41  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0717  transcriptional regulator, LysR family  42.49 
 
 		 292 aa  167  2e-40  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.313627  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2002  transcriptional regulator, LysR family  37.19 
 
 		 292 aa  167  2e-40  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1683  LysR substrate-binding  36.84 
 
 		 292 aa  166  4e-40  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5304  transcriptional regulator, LysR family  34.03 
 
 		 289 aa  166  5.9999999999999996e-40  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3882  LysR family transcriptional regulator  34.86 
 
 		 284 aa  164  2.0000000000000002e-39  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0384  LysR family transcriptional regulator  35.66 
 
 		 316 aa  162  8.000000000000001e-39  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0438  transcriptional regulator, LysR family  35.31 
 
 		 322 aa  160  2e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0482  transcriptional regulator, LysR family  35.31 
 
 		 322 aa  160  2e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0615  transcription regulator protein  35.02 
 
 		 289 aa  160  3e-38  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.528971 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1273  transcriptional regulator, LysR family  35.77 
 
 		 309 aa  160  3e-38  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0230632  normal  0.266535 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0109  transcriptional regulator, LysR family  34.66 
 
 		 292 aa  159  6e-38  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5774  transcriptional regulator LysR family  36.71 
 
 		 332 aa  158  1e-37  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0818  transcriptional regulator, LysR family  32.85 
 
 		 280 aa  157  2e-37  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0971009  normal  0.428032 
 
 
-
 
NC_006348  BMA3040  LysR family transcriptional regulator  36.86 
 
 		 282 aa  155  6e-37  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.165856  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0535  LysR family transcriptional regulator  36.86 
 
 		 286 aa  155  7e-37  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.605661  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1478  LysR family transcriptional regulator  36.86 
 
 		 286 aa  155  7e-37  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1252  LysR family transcriptional regulator  36.86 
 
 		 286 aa  155  7e-37  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0618  LysR family transcriptional regulator  36.86 
 
 		 286 aa  155  7e-37  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1578  LysR family transcriptional regulator  37.16 
 
 		 367 aa  155  1e-36  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.170227  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1448  LysR family transcriptional regulator  37.16 
 
 		 321 aa  155  1e-36  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.427766  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3671  transcriptional regulator, LysR family  32.5 
 
 		 288 aa  153  4e-36  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2995  LysR family transcriptional regulator  38.02 
 
 		 321 aa  153  4e-36  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4760  LysR family transcriptional regulator  35.92 
 
 		 296 aa  152  4e-36  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2806  LysR family transcriptional regulator  39.38 
 
 		 286 aa  152  5.9999999999999996e-36  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.469753  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0795  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  37.14 
 
 		 291 aa  152  5.9999999999999996e-36  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0765  LysR family transcriptional regulator  38.4 
 
 		 322 aa  151  1e-35  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.144728  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4012  transcriptional regulator, LysR family  34.75 
 
 		 285 aa  151  1e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0664049 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7267  transcriptional regulator, LysR family  36.07 
 
 		 290 aa  150  2e-35  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3916  LysR family transcriptional regulator  34.34 
 
 		 300 aa  151  2e-35  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0255667  normal  0.120293 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3319  transcriptional regulator, LysR family  39.22 
 
 		 284 aa  150  3e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.914032  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2951  transcriptional regulator, LysR family  33.1 
 
 		 304 aa  148  8e-35  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5091  LysR family transcriptional regulator  32.16 
 
 		 295 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0219442 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3618  transcriptional regulator, LysR family  36.82 
 
 		 284 aa  148  1.0000000000000001e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6020  LysR family transcriptional regulator  36.3 
 
 		 279 aa  147  1.0000000000000001e-34  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0301148 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0301  LysR family transcriptional regulator  34.64 
 
 		 294 aa  147  1.0000000000000001e-34  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0678  transcriptional regulator, LysR family  34.06 
 
 		 290 aa  145  6e-34  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.149422  normal  0.525189 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0087  LysR family transcriptional regulator  34.8 
 
 		 301 aa  145  7.0000000000000006e-34  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2125  HTH-type transcriptional regulator  32.56 
 
 		 298 aa  145  8.000000000000001e-34  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2476  transcriptional regulator, LysR family  34.28 
 
 		 295 aa  145  9e-34  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.985162  normal  0.348723 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3081  LysR family transcriptional regulator  36.06 
 
 		 323 aa  144  1e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1838  LysR family transcriptional regulator  31.45 
 
 		 296 aa  144  2e-33  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.8381  normal  0.487096 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2713  LysR family transcriptional regulator  36.33 
 
 		 281 aa  144  2e-33  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0696841  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2053  LysR family transcriptional regulator  39.13 
 
 		 282 aa  144  2e-33  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6433  transcriptional regulator, LysR family  31.8 
 
 		 291 aa  143  3e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00757839 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4490  transcriptional regulator, LysR family  32.16 
 
 		 302 aa  143  3e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4409  LysR family transcriptional regulator  37.39 
 
 		 282 aa  142  4e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3715  transcriptional regulator, LysR family  40 
 
 		 288 aa  143  4e-33  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0587379 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2839  LysR family transcriptional regulator  34.33 
 
 		 304 aa  142  6e-33  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4825  transcriptional regulator, LysR family  31.1 
 
 		 293 aa  142  6e-33  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0864247  normal  0.0253512 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1913  LysR family transcriptional regulator  33.04 
 
 		 290 aa  142  7e-33  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.980095  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1156  LysR family transcriptional regulator  37.39 
 
 		 282 aa  142  7e-33  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.243733 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0185  LysR family transcriptional regulator  36.62 
 
 		 299 aa  142  8e-33  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1266  LysR family transcriptional regulator  37.61 
 
 		 328 aa  142  9e-33  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.496224  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1238  LysR family transcriptional regulator  37.61 
 
 		 282 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.804975  normal  0.249608 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2045  transcriptional regulator, LysR family  32.71 
 
 		 285 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000182672 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2337  LysR family transcriptional regulator  32.52 
 
 		 296 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1845  LysR family transcriptional regulator  38.86 
 
 		 303 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000102688 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1144  LysR family transcriptional regulator  37.61 
 
 		 282 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3823  LysR substrate-binding  35.14 
 
 		 289 aa  140  1.9999999999999998e-32  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>