More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Veis_3101 on replicon NC_008786
Organism: Verminephrobacter eiseniae EF01-2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008786  Veis_3101  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 306 aa  615  1e-175  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.04033 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0961  LysR family transcriptional regulator  37.45 
 
 		 289 aa  179  8e-44  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3993  LysR family transcriptional regulator  36.73 
 
 		 296 aa  174  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00243747  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2133  LysR family transcriptional regulator  39.64 
 
 		 284 aa  167  2e-40  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  decreased coverage  0.00732746  normal  0.30911 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1863  LysR family transcriptional regulator  36.33 
 
 		 283 aa  164  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0321846  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3624  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  36.07 
 
 		 296 aa  165  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.00214713  normal  0.293437 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3851  LysR family transcriptional regulator  36.33 
 
 		 283 aa  164  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.522354  normal  0.130982 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_27280  LysR family transcriptional regulator  38.55 
 
 		 284 aa  165  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4222  transcriptional regulator, LysR family  38.57 
 
 		 293 aa  164  2.0000000000000002e-39  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2309  putative transcriptional regulator  38.18 
 
 		 284 aa  164  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1473  LysR family transcriptional regulator  34.89 
 
 		 283 aa  162  9e-39  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.551192  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1438  LysR family transcriptional regulator  35.61 
 
 		 283 aa  161  1e-38  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.371072  normal  0.234333 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2951  transcriptional regulator, LysR family  34.38 
 
 		 304 aa  160  2e-38  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2839  LysR family transcriptional regulator  35.36 
 
 		 304 aa  160  3e-38  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2773  transcriptional regulator, LysR family  33.56 
 
 		 316 aa  159  8e-38  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.785949  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2043  LysR family transcriptional regulator  39.38 
 
 		 301 aa  159  8e-38  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.0201239 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3972  transcriptional regulator, LysR family  37.63 
 
 		 290 aa  158  1e-37  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.539767  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1770  transcriptional regulator, LysR family  35.71 
 
 		 284 aa  157  2e-37  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1913  LysR family transcriptional regulator  33.93 
 
 		 290 aa  156  3e-37  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.980095  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4138  LysR family transcriptional regulator  37.72 
 
 		 292 aa  154  2e-36  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.151589 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2551  transcriptional regulator, LysR family  36.4 
 
 		 311 aa  153  2.9999999999999998e-36  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.405251  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1273  transcriptional regulator, LysR family  36.15 
 
 		 309 aa  153  4e-36  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0230632  normal  0.266535 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1491  transcriptional regulator, LysR family  33 
 
 		 316 aa  153  4e-36  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2757  LysR family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 292 aa  148  1.0000000000000001e-34  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.486201  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0877  transcriptional regulator, LysR family  37.32 
 
 		 287 aa  147  2.0000000000000003e-34  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.672229  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0087  LysR family transcriptional regulator  34.13 
 
 		 301 aa  146  3e-34  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1788  LysR family transcriptional regulator  35.81 
 
 		 298 aa  147  3e-34  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00324618 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6433  transcriptional regulator, LysR family  34.4 
 
 		 291 aa  146  4.0000000000000006e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00757839 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1393  transcriptional regulator, LysR family  36.68 
 
 		 309 aa  146  5e-34  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00391228  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1559  LysR family transcriptional regulator  36.05 
 
 		 310 aa  145  9e-34  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.30474  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1867  LysR family transcriptional regulator  34.12 
 
 		 306 aa  145  1e-33  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1452  transcriptional regulator LrhA  36.05 
 
 		 309 aa  144  1e-33  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1817  LysR-family transcriptional regulatory protein  36.05 
 
 		 309 aa  144  1e-33  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1326  LysR family transcriptional regulator  36.3 
 
 		 284 aa  144  2e-33  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0433346  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3309  LysR family transcriptional regulator  35.52 
 
 		 311 aa  143  3e-33  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  unclonable  0.000000000301615  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4490  transcriptional regulator, LysR family  35.11 
 
 		 302 aa  144  3e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2833  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 312 aa  140  1.9999999999999998e-32  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.000597917  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1479  LysR family transcriptional regulator  36.74 
 
 		 294 aa  140  3.9999999999999997e-32  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0277632  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4450  LysR family transcriptional regulator  30.66 
 
 		 283 aa  139  4.999999999999999e-32  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2204  LysR family transcriptional regulator  35.91 
 
 		 306 aa  139  7.999999999999999e-32  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.150057 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6020  LysR family transcriptional regulator  35.32 
 
 		 279 aa  138  8.999999999999999e-32  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0301148 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4271  LysR family transcriptional regulator  33 
 
 		 303 aa  138  1e-31  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2626  transcriptional regulator, LysR family  34.05 
 
 		 290 aa  137  2e-31  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.117522  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2469  HTH-type transcriptional regulator PecT  33.1 
 
 		 312 aa  137  2e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  unclonable  0.00000000000182505  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3636  transcriptional regulator, LysR family  35.48 
 
 		 295 aa  137  2e-31  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2514  HTH-type transcriptional regulator PecT  33.1 
 
 		 312 aa  137  2e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.00051335  normal  0.704874 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2558  HTH-type transcriptional regulator PecT  33.1 
 
 		 312 aa  137  2e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  unclonable  0.00000175067  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2676  HTH-type transcriptional regulator PecT  33.1 
 
 		 312 aa  137  2e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  decreased coverage  0.00370653  normal  0.784227 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3312  transcriptional regulator, LysR family  35.48 
 
 		 294 aa  137  3.0000000000000003e-31  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_21400  Transcriptional regulator, LysR family  33.08 
 
 		 317 aa  137  3.0000000000000003e-31  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0438  transcriptional regulator, LysR family  32.81 
 
 		 322 aa  136  3.0000000000000003e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0482  transcriptional regulator, LysR family  32.81 
 
 		 322 aa  136  4e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1683  LysR substrate-binding  33.94 
 
 		 292 aa  135  7.000000000000001e-31  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1647  LysR family transcriptional regulator  35.66 
 
 		 289 aa  135  8e-31  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2383  LysR family transcriptional regulator  35.14 
 
 		 294 aa  135  8e-31  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2002  transcriptional regulator, LysR family  33.94 
 
 		 292 aa  135  9e-31  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2742  putative transcriptional regulator  37.77 
 
 		 292 aa  134  9.999999999999999e-31  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2569  HTH-type transcriptional regulator PecT  32.75 
 
 		 312 aa  135  9.999999999999999e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  decreased coverage  0.00146874  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2125  HTH-type transcriptional regulator  32.29 
 
 		 298 aa  135  9.999999999999999e-31  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_32360  lysR family transcriptional regulator  36.59 
 
 		 292 aa  135  9.999999999999999e-31  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0231568  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1284  LysR family transcriptional regulator  33.09 
 
 		 283 aa  135  9.999999999999999e-31  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.32576  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5384  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  37.86 
 
 		 300 aa  134  1.9999999999999998e-30  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.629114  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0274  LysR family transcriptional regulator  36.03 
 
 		 286 aa  134  1.9999999999999998e-30  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3943  transcriptional regulator, LysR family  35.71 
 
 		 295 aa  133  3e-30  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.691658  normal  0.897444 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0717  transcriptional regulator, LysR family  34.39 
 
 		 292 aa  134  3e-30  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.313627  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4056  transcriptional regulator, LysR family  35.71 
 
 		 295 aa  133  3e-30  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.772372  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1300  LysR family transcriptional regulator  31.5 
 
 		 299 aa  132  7.999999999999999e-30  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.841181  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7267  transcriptional regulator, LysR family  34.51 
 
 		 290 aa  132  7.999999999999999e-30  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3167  LysR family transcriptional regulator  33.85 
 
 		 283 aa  132  9e-30  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2354  LysR family transcriptional regulator  32.98 
 
 		 288 aa  132  9e-30  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02214  DNA-binding transcriptional repressor of flagellar, motility and chemotaxis genes  32.74 
 
 		 312 aa  131  1.0000000000000001e-29  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1363  LysR family transcriptional regulator  32.74 
 
 		 312 aa  131  1.0000000000000001e-29  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.556937 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4883  transcriptional regulator, LysR family  34.88 
 
 		 301 aa  131  1.0000000000000001e-29  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5091  LysR family transcriptional regulator  36.64 
 
 		 295 aa  132  1.0000000000000001e-29  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0219442 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4653  LysR family transcriptional regulator  34.02 
 
 		 317 aa  132  1.0000000000000001e-29  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.519057 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02174  hypothetical protein  32.74 
 
 		 312 aa  131  1.0000000000000001e-29  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2444  transcriptional regulator LrhA  32.74 
 
 		 312 aa  131  1.0000000000000001e-29  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.531383  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2438  transcriptional regulator LrhA  32.74 
 
 		 312 aa  131  1.0000000000000001e-29  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.340717  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2582  transcriptional regulator LrhA  32.74 
 
 		 312 aa  131  1.0000000000000001e-29  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.210285  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2665  transcriptional regulator LrhA  32.74 
 
 		 312 aa  131  1.0000000000000001e-29  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0194806  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1367  transcriptional regulator, LysR family  32.74 
 
 		 312 aa  131  2.0000000000000002e-29  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.189941  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1838  LysR family transcriptional regulator  36.23 
 
 		 296 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.8381  normal  0.487096 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3428  transcriptional regulator LrhA  32.74 
 
 		 312 aa  131  2.0000000000000002e-29  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0286077  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2046  LysR family transcriptional regulator  33.85 
 
 		 287 aa  130  2.0000000000000002e-29  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.396353  normal  0.96684 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_12140  putative transcriptional regulator  35.83 
 
 		 297 aa  130  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1278  LysR family transcriptional regulator  33.73 
 
 		 316 aa  130  3e-29  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4409  LysR family transcriptional regulator  34.98 
 
 		 282 aa  130  4.0000000000000003e-29  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2053  LysR family transcriptional regulator  34.6 
 
 		 282 aa  130  4.0000000000000003e-29  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4825  transcriptional regulator, LysR family  35.85 
 
 		 293 aa  129  5.0000000000000004e-29  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0864247  normal  0.0253512 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2824  LysR family transcriptional regulator  33.97 
 
 		 306 aa  129  5.0000000000000004e-29  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5203  LysR family transcriptional regulator  35.31 
 
 		 291 aa  129  6e-29  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.715781  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0615  transcription regulator protein  35.02 
 
 		 289 aa  129  7.000000000000001e-29  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.528971 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0765  LysR family transcriptional regulator  31.29 
 
 		 322 aa  129  7.000000000000001e-29  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.144728  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3829  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 289 aa  129  7.000000000000001e-29  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.19019  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5676  LysR family transcriptional regulator  34.83 
 
 		 292 aa  129  8.000000000000001e-29  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6040  LysR family transcriptional regulator  34.83 
 
 		 292 aa  129  8.000000000000001e-29  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.061034 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6042  LysR family transcriptional regulator  33.73 
 
 		 302 aa  129  9.000000000000001e-29  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.957083 
 
 
-
 
NC_006348  BMA3040  LysR family transcriptional regulator  33.84 
 
 		 282 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.165856  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1478  LysR family transcriptional regulator  33.84 
 
 		 286 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1448  LysR family transcriptional regulator  33.84 
 
 		 321 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.427766  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>