More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_4883 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_4883  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 301 aa  604  9.999999999999999e-173  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2354  LysR family transcriptional regulator  54.18 
 
 		 288 aa  284  2.0000000000000002e-75  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3081  LysR family transcriptional regulator  38.21 
 
 		 323 aa  177  2e-43  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0765  LysR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 322 aa  169  4e-41  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.144728  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0795  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  36.24 
 
 		 291 aa  169  4e-41  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1273  transcriptional regulator, LysR family  38.29 
 
 		 309 aa  169  6e-41  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0230632  normal  0.266535 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2824  LysR family transcriptional regulator  40.15 
 
 		 306 aa  169  7e-41  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_27280  LysR family transcriptional regulator  39.57 
 
 		 284 aa  169  8e-41  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2995  LysR family transcriptional regulator  38.61 
 
 		 321 aa  168  9e-41  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3829  LysR family transcriptional regulator  39.75 
 
 		 289 aa  167  2e-40  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.19019  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2309  putative transcriptional regulator  38.85 
 
 		 284 aa  165  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0301  LysR family transcriptional regulator  37.88 
 
 		 294 aa  162  7e-39  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0717  transcriptional regulator, LysR family  37.32 
 
 		 292 aa  160  2e-38  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.313627  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0438  transcriptional regulator, LysR family  36 
 
 		 322 aa  159  5e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0482  transcriptional regulator, LysR family  36 
 
 		 322 aa  159  5e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1647  LysR family transcriptional regulator  42.32 
 
 		 289 aa  158  1e-37  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2477  LysR family transcriptional regulator  36.9 
 
 		 290 aa  156  4e-37  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1438  LysR family transcriptional regulator  37.16 
 
 		 283 aa  154  2e-36  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.371072  normal  0.234333 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0183  LysR family transcriptional regulator  35.79 
 
 		 319 aa  154  2e-36  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1863  LysR family transcriptional regulator  37.45 
 
 		 283 aa  154  2.9999999999999998e-36  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0321846  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2757  LysR family transcriptional regulator  37.21 
 
 		 292 aa  154  2.9999999999999998e-36  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.486201  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3851  LysR family transcriptional regulator  37.45 
 
 		 283 aa  154  2.9999999999999998e-36  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.522354  normal  0.130982 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0185  LysR family transcriptional regulator  37.08 
 
 		 299 aa  153  4e-36  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0384  LysR family transcriptional regulator  34.54 
 
 		 316 aa  152  5e-36  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2045  transcriptional regulator, LysR family  35.38 
 
 		 285 aa  152  5.9999999999999996e-36  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000182672 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2674  LysR family transcriptional regulator  34.62 
 
 		 294 aa  152  8.999999999999999e-36  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3993  LysR family transcriptional regulator  36.9 
 
 		 296 aa  151  1e-35  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00243747  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4417  LysR family transcriptional regulator  35.16 
 
 		 294 aa  151  1e-35  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0255776 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3618  transcriptional regulator, LysR family  36.02 
 
 		 284 aa  151  1e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1473  LysR family transcriptional regulator  37.21 
 
 		 283 aa  150  2e-35  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.551192  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4450  LysR family transcriptional regulator  33.21 
 
 		 283 aa  150  2e-35  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0087  LysR family transcriptional regulator  33.83 
 
 		 301 aa  150  2e-35  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2133  LysR family transcriptional regulator  35.77 
 
 		 284 aa  151  2e-35  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  decreased coverage  0.00732746  normal  0.30911 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3319  transcriptional regulator, LysR family  36.02 
 
 		 284 aa  150  3e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.914032  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2053  LysR family transcriptional regulator  37.55 
 
 		 282 aa  150  3e-35  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1238  LysR family transcriptional regulator  37.8 
 
 		 282 aa  150  3e-35  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.804975  normal  0.249608 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1319  transcriptional regulator, LysR family  37.68 
 
 		 299 aa  149  5e-35  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.232258  normal  0.131151 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1144  LysR family transcriptional regulator  38.19 
 
 		 282 aa  149  5e-35  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1266  LysR family transcriptional regulator  37.8 
 
 		 328 aa  149  5e-35  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.496224  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0106  LysR family transcriptional regulator  38.46 
 
 		 283 aa  149  6e-35  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4935  LysR family transcriptional regulator  34.8 
 
 		 285 aa  149  6e-35  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.929926  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2551  transcriptional regulator, LysR family  31.99 
 
 		 311 aa  149  6e-35  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.405251  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4825  transcriptional regulator, LysR family  36.05 
 
 		 293 aa  149  7e-35  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0864247  normal  0.0253512 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1156  LysR family transcriptional regulator  37.55 
 
 		 282 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.243733 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0785  LysR family transcriptional regulator  37.4 
 
 		 282 aa  147  1.0000000000000001e-34  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_12140  putative transcriptional regulator  38.91 
 
 		 297 aa  148  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA3040  LysR family transcriptional regulator  37.55 
 
 		 282 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.165856  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1578  LysR family transcriptional regulator  37.55 
 
 		 367 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.170227  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0535  LysR family transcriptional regulator  37.55 
 
 		 286 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.605661  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1838  LysR family transcriptional regulator  35.66 
 
 		 296 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.8381  normal  0.487096 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1478  LysR family transcriptional regulator  37.55 
 
 		 286 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0618  LysR family transcriptional regulator  37.55 
 
 		 286 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1393  transcriptional regulator, LysR family  33.73 
 
 		 309 aa  147  2.0000000000000003e-34  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00391228  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0984  LysR family transcriptional regulator  34.66 
 
 		 287 aa  147  2.0000000000000003e-34  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.95626  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1252  LysR family transcriptional regulator  37.55 
 
 		 286 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1448  LysR family transcriptional regulator  37.55 
 
 		 321 aa  146  3e-34  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.427766  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3671  transcriptional regulator, LysR family  33.59 
 
 		 288 aa  146  3e-34  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2713  LysR family transcriptional regulator  36.02 
 
 		 281 aa  147  3e-34  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0696841  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1788  LysR family transcriptional regulator  36.5 
 
 		 298 aa  146  4.0000000000000006e-34  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00324618 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5283  LysR family transcriptional regulator  34.62 
 
 		 285 aa  145  6e-34  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.287276  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1683  LysR substrate-binding  35.4 
 
 		 292 aa  145  8.000000000000001e-34  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1284  LysR family transcriptional regulator  37.1 
 
 		 283 aa  145  9e-34  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.32576  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5091  LysR family transcriptional regulator  34.88 
 
 		 295 aa  144  1e-33  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0219442 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4409  LysR family transcriptional regulator  36.76 
 
 		 282 aa  145  1e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5774  transcriptional regulator LysR family  36.8 
 
 		 332 aa  144  1e-33  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2806  LysR family transcriptional regulator  36.76 
 
 		 286 aa  144  1e-33  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.469753  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2879  LysR family transcriptional regulator  37.74 
 
 		 284 aa  144  1e-33  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.624518 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_26470  LysR family transcriptional regulator protein  40.23 
 
 		 317 aa  145  1e-33  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.170925  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4760  LysR family transcriptional regulator  35.5 
 
 		 296 aa  144  1e-33  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3972  transcriptional regulator, LysR family  33.46 
 
 		 290 aa  145  1e-33  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.539767  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1479  LysR family transcriptional regulator  32.86 
 
 		 294 aa  144  2e-33  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0277632  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5090  LysR family transcriptional regulator  34.07 
 
 		 285 aa  144  2e-33  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1129  transcriptional regulator, LysR family  34.88 
 
 		 289 aa  144  2e-33  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.412971  normal  0.826624 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0525  LysR family transcriptional regulator  33.85 
 
 		 316 aa  144  2e-33  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3363  LysR family transcriptional regulator  34.23 
 
 		 294 aa  144  2e-33  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.443471  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4138  LysR family transcriptional regulator  33.2 
 
 		 292 aa  144  2e-33  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.151589 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2002  transcriptional regulator, LysR family  35.66 
 
 		 292 aa  144  2e-33  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4203  LysR family transcriptional regulator  37.64 
 
 		 288 aa  144  2e-33  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.202546 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5004  LysR family transcriptional regulator  34.23 
 
 		 294 aa  144  2e-33  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.492991  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1220  transcriptional regulator, LysR family  34.88 
 
 		 289 aa  143  3e-33  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.286254  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3167  LysR family transcriptional regulator  32.3 
 
 		 283 aa  143  3e-33  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0800  LysR family transcriptional regulator  38.76 
 
 		 298 aa  143  3e-33  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1114  putative transcriptional regulator  37.89 
 
 		 301 aa  143  4e-33  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2626  transcriptional regulator, LysR family  33.46 
 
 		 290 aa  143  4e-33  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.117522  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3624  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  36.43 
 
 		 296 aa  143  4e-33  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.00214713  normal  0.293437 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0683  LysR family transcriptional regulator  35.93 
 
 		 283 aa  143  4e-33  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2857  LysR family transcriptional regulator  33.97 
 
 		 348 aa  142  6e-33  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.682675 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4134  LysR family transcriptional regulator  35.27 
 
 		 291 aa  142  6e-33  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.949354 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4785  LysR family transcriptional regulator  35.27 
 
 		 291 aa  142  6e-33  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.285424  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3382  LysR family transcriptional regulator  35.27 
 
 		 291 aa  142  6e-33  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3636  transcriptional regulator, LysR family  32.97 
 
 		 295 aa  142  8e-33  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1913  LysR family transcriptional regulator  33.46 
 
 		 290 aa  142  9e-33  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.980095  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2833  LysR family transcriptional regulator  33.46 
 
 		 312 aa  142  9e-33  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.000597917  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2821  LysR family transcriptional regulator  34.88 
 
 		 291 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2043  LysR family transcriptional regulator  33.59 
 
 		 301 aa  141  9.999999999999999e-33  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.0201239 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0274  LysR family transcriptional regulator  34.15 
 
 		 286 aa  141  9.999999999999999e-33  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2383  LysR family transcriptional regulator  37.89 
 
 		 294 aa  141  9.999999999999999e-33  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0996  LysR family transcriptional regulator  38.76 
 
 		 298 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.257819  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2773  transcriptional regulator, LysR family  31.71 
 
 		 316 aa  141  9.999999999999999e-33  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.785949  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2951  transcriptional regulator, LysR family  33.59 
 
 		 304 aa  141  9.999999999999999e-33  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>