204 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_4216 on replicon NC_012857
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012857  Rpic12D_4216  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 161 aa  316  7e-86  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4176  LysR family transcriptional regulator  81.37 
 
 		 298 aa  263  8.999999999999999e-70  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.661797 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4303  LysR family transcriptional regulator  69.38 
 
 		 293 aa  228  4e-59  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2246  transcriptional regulator, LysR family  67.31 
 
 		 286 aa  208  2e-53  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2022  LysR family transcriptional regulator  65.38 
 
 		 286 aa  205  3e-52  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6616  LysR family transcriptional regulator  61.29 
 
 		 286 aa  196  7.999999999999999e-50  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3907  LysR family transcriptional regulator  61.54 
 
 		 289 aa  190  7e-48  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4369  LysR family transcriptional regulator  61.54 
 
 		 289 aa  188  2e-47  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1410  LysR family transcriptional regulator  62.34 
 
 		 286 aa  187  5e-47  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3319  transcriptional regulator, LysR family  45.6 
 
 		 284 aa  95.9  2e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.914032  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3618  transcriptional regulator, LysR family  42.67 
 
 		 284 aa  94  9e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4938  transcriptional regulator, LysR family  38.78 
 
 		 283 aa  90.9  7e-18  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3573  hypothetical protein  42.03 
 
 		 288 aa  89.7  1e-17  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2650  LysR family transcriptional regulator  38.78 
 
 		 283 aa  89.4  2e-17  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.221886 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2713  LysR family transcriptional regulator  42.4 
 
 		 281 aa  89  2e-17  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0696841  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0109  transcriptional regulator, LysR family  37.76 
 
 		 292 aa  88.6  3e-17  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4131  transcriptional regulator, LysR family  42.57 
 
 		 289 aa  85.1  3e-16  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3823  LysR substrate-binding  42.57 
 
 		 289 aa  85.1  3e-16  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3715  transcriptional regulator, LysR family  41.1 
 
 		 288 aa  84.3  6e-16  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0587379 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0984  LysR family transcriptional regulator  39.68 
 
 		 287 aa  82.8  0.000000000000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.95626  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3176  LysR family transcriptional regulator  40.52 
 
 		 289 aa  82.4  0.000000000000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0678  transcriptional regulator, LysR family  41.04 
 
 		 290 aa  82  0.000000000000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.149422  normal  0.525189 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4203  LysR family transcriptional regulator  37.91 
 
 		 288 aa  81.3  0.000000000000005  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.202546 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3882  LysR family transcriptional regulator  31.3 
 
 		 284 aa  72  0.000000000003  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3167  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 283 aa  69.7  0.00000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3829  LysR family transcriptional regulator  36.18 
 
 		 289 aa  69.3  0.00000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.19019  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2043  LysR family transcriptional regulator  33.58 
 
 		 301 aa  69.3  0.00000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.0201239 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2517  transcriptional regulator, LysR family  32.35 
 
 		 291 aa  69.3  0.00000000002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.0282756 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3972  transcriptional regulator, LysR family  33.12 
 
 		 290 aa  69.3  0.00000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.539767  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3671  transcriptional regulator, LysR family  30.53 
 
 		 288 aa  68.2  0.00000000005  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0818  transcriptional regulator, LysR family  30.41 
 
 		 280 aa  67.4  0.00000000007  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0971009  normal  0.428032 
 
 
-
 
NC_006348  BMA3040  LysR family transcriptional regulator  36.3 
 
 		 282 aa  67.4  0.00000000008  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.165856  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1578  LysR family transcriptional regulator  36.3 
 
 		 367 aa  67.4  0.00000000008  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.170227  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1252  LysR family transcriptional regulator  36.3 
 
 		 286 aa  67.4  0.00000000008  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0618  LysR family transcriptional regulator  36.3 
 
 		 286 aa  67.4  0.00000000008  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1478  LysR family transcriptional regulator  36.3 
 
 		 286 aa  67.4  0.00000000008  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0535  LysR family transcriptional regulator  36.3 
 
 		 286 aa  67.4  0.00000000008  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.605661  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2757  LysR family transcriptional regulator  30.53 
 
 		 292 aa  67.4  0.00000000009  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.486201  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1099  LysR family transcriptional regulator  44.85 
 
 		 304 aa  67  0.00000000009  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.421675  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0274  LysR family transcriptional regulator  36.8 
 
 		 286 aa  66.6  0.0000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1448  LysR family transcriptional regulator  36.3 
 
 		 321 aa  66.6  0.0000000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.427766  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3930  LysR family transcriptional regulator  34.25 
 
 		 283 aa  66.2  0.0000000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.983373  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0405  LysR family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 298 aa  65.1  0.0000000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4138  LysR family transcriptional regulator  32.08 
 
 		 292 aa  63.5  0.000000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.151589 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1367  transcriptional regulator, LysR family  29.03 
 
 		 312 aa  62.4  0.000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.189941  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2476  transcriptional regulator, LysR family  37.5 
 
 		 295 aa  63.2  0.000000002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.985162  normal  0.348723 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0277  hypothetical protein  31.65 
 
 		 283 aa  62.8  0.000000002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3428  transcriptional regulator LrhA  29.84 
 
 		 312 aa  62.8  0.000000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0286077  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2582  transcriptional regulator LrhA  29.84 
 
 		 312 aa  62.8  0.000000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.210285  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0717  transcriptional regulator, LysR family  27.63 
 
 		 292 aa  62.4  0.000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.313627  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2665  transcriptional regulator LrhA  29.84 
 
 		 312 aa  62.8  0.000000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0194806  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02214  DNA-binding transcriptional repressor of flagellar, motility and chemotaxis genes  29.84 
 
 		 312 aa  62.4  0.000000003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1363  LysR family transcriptional regulator  29.84 
 
 		 312 aa  62.4  0.000000003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.556937 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2444  transcriptional regulator LrhA  29.84 
 
 		 312 aa  62.4  0.000000003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.531383  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02174  hypothetical protein  29.84 
 
 		 312 aa  62.4  0.000000003  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2438  transcriptional regulator LrhA  29.84 
 
 		 312 aa  62.4  0.000000003  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.340717  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4450  LysR family transcriptional regulator  31.9 
 
 		 283 aa  61.6  0.000000005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2569  HTH-type transcriptional regulator PecT  29.51 
 
 		 312 aa  61.2  0.000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  decreased coverage  0.00146874  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2477  LysR family transcriptional regulator  36.6 
 
 		 290 aa  61.2  0.000000005  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2806  LysR family transcriptional regulator  34.93 
 
 		 286 aa  60.8  0.000000007  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.469753  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_26470  LysR family transcriptional regulator protein  31.82 
 
 		 317 aa  60.8  0.000000008  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.170925  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2469  HTH-type transcriptional regulator PecT  29.03 
 
 		 312 aa  60.5  0.00000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  unclonable  0.00000000000182505  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2626  transcriptional regulator, LysR family  29.45 
 
 		 290 aa  60.5  0.00000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.117522  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0282  hypothetical protein  30.99 
 
 		 283 aa  60.5  0.00000001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2053  LysR family transcriptional regulator  34.09 
 
 		 282 aa  60.1  0.00000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2514  HTH-type transcriptional regulator PecT  29.03 
 
 		 312 aa  60.5  0.00000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.00051335  normal  0.704874 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1144  LysR family transcriptional regulator  34.09 
 
 		 282 aa  60.5  0.00000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2558  HTH-type transcriptional regulator PecT  29.03 
 
 		 312 aa  60.1  0.00000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  unclonable  0.00000175067  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1156  LysR family transcriptional regulator  34.09 
 
 		 282 aa  60.1  0.00000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.243733 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2676  HTH-type transcriptional regulator PecT  29.03 
 
 		 312 aa  60.5  0.00000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  decreased coverage  0.00370653  normal  0.784227 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4409  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 282 aa  59.7  0.00000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1238  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 282 aa  59.7  0.00000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.804975  normal  0.249608 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0785  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 282 aa  59.3  0.00000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1266  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 328 aa  59.3  0.00000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.496224  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1129  transcriptional regulator, LysR family  27.64 
 
 		 289 aa  59.3  0.00000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.412971  normal  0.826624 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1220  transcriptional regulator, LysR family  26.49 
 
 		 289 aa  59.7  0.00000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.286254  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0185  LysR family transcriptional regulator  34.9 
 
 		 299 aa  58.5  0.00000004  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1168  LysR family transcriptional regulator  31.79 
 
 		 291 aa  58.2  0.00000004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.851796  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1683  LysR substrate-binding  27.63 
 
 		 292 aa  57.8  0.00000006  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_21400  Transcriptional regulator, LysR family  30.08 
 
 		 317 aa  57.4  0.00000007  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_12140  putative transcriptional regulator  32.9 
 
 		 297 aa  57.4  0.00000008  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2951  transcriptional regulator, LysR family  27.33 
 
 		 304 aa  56.6  0.0000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2002  transcriptional regulator, LysR family  26.97 
 
 		 292 aa  56.6  0.0000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1431  LysR family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 289 aa  55.8  0.0000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0524  LysR family transcriptional regulator  39.1 
 
 		 280 aa  55.8  0.0000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1647  LysR family transcriptional regulator  33.75 
 
 		 289 aa  55.8  0.0000003  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0996  LysR family transcriptional regulator  32.92 
 
 		 298 aa  55.5  0.0000003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.257819  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1913  LysR family transcriptional regulator  32.54 
 
 		 290 aa  55.1  0.0000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.980095  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0800  LysR family transcriptional regulator  31.01 
 
 		 298 aa  54.7  0.0000005  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0607  transcriptional regulator, LysR family  39.29 
 
 		 298 aa  54.7  0.0000005  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1770  LysR family transcriptional regulator  26.76 
 
 		 293 aa  54.7  0.0000006  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.103333  normal  0.0253433 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1961  LysR family transcriptional regulator  32.92 
 
 		 298 aa  54.3  0.0000007  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1157  LysR family transcriptional regulator  32.92 
 
 		 298 aa  54.3  0.0000007  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0953  LysR family transcriptional regulator  32.92 
 
 		 298 aa  54.3  0.0000007  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0872  LysR family transcriptional regulator  32.92 
 
 		 298 aa  54.3  0.0000007  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1003  LysR family transcriptional regulator  32.92 
 
 		 298 aa  54.3  0.0000007  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0276  LysR family transcriptional regulator  32.92 
 
 		 298 aa  54.3  0.0000007  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  decreased coverage  0.000191888  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2833  LysR family transcriptional regulator  26.61 
 
 		 312 aa  54.3  0.0000007  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.000597917  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0243  LysR family transcriptional regulator  27.59 
 
 		 289 aa  54.3  0.0000007  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4355  transcriptional regulator, LysR family  29.13 
 
 		 297 aa  53.9  0.000001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>