More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Daci_4307 on replicon NC_010002
Organism: Delftia acidovorans SPH-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010002  Daci_4307  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 294 aa  572  1.0000000000000001e-162  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0280475  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3122  LysR family transcriptional regulator  62.93 
 
 		 294 aa  364  1e-100  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4979  LysR family transcriptional regulator  63.27 
 
 		 294 aa  365  1e-100  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.398741  normal  0.422466 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4529  LysR family transcriptional regulator  62.93 
 
 		 294 aa  355  3.9999999999999996e-97  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.393903  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5710  LysR family transcriptional regulator  62.59 
 
 		 294 aa  354  8.999999999999999e-97  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0762258 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5149  LysR family transcriptional regulator  62.59 
 
 		 294 aa  354  8.999999999999999e-97  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4604  LysR family transcriptional regulator  61.64 
 
 		 294 aa  353  2e-96  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6686  LysR family transcriptional regulator  60.62 
 
 		 294 aa  348  5e-95  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.111777  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3170  LysR family transcriptional regulator  61.22 
 
 		 294 aa  348  5e-95  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3615  transcriptional regulator, LysR family  61.56 
 
 		 294 aa  346  3e-94  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3526  LysR family transcriptional regulator  61.64 
 
 		 294 aa  346  3e-94  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3293  transcriptional regulator, LysR family  61.22 
 
 		 294 aa  345  6e-94  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1767  LysR family transcriptional regulator  60.62 
 
 		 294 aa  343  2.9999999999999997e-93  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.422305 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3632  LysR family transcriptional regulator  60.62 
 
 		 292 aa  311  5.999999999999999e-84  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.486007  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2101  LysR family transcriptional regulator  60.76 
 
 		 292 aa  309  4e-83  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.205668  normal  0.510937 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1047  LysR family transcriptional regulator  55.85 
 
 		 298 aa  308  5.9999999999999995e-83  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2364  LysR family transcriptional regulator  58.9 
 
 		 293 aa  306  4.0000000000000004e-82  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0134  transcriptional regulator, LysR family  54.42 
 
 		 296 aa  304  1.0000000000000001e-81  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2280  LysR family transcriptional regulator  58.56 
 
 		 293 aa  299  4e-80  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.197799 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0070  LysR family transcriptional regulator  54.74 
 
 		 296 aa  298  5e-80  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0996  LysR family transcriptional regulator  43.73 
 
 		 298 aa  192  6e-48  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3156  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  34.92 
 
 		 325 aa  154  2e-36  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.46065  normal  0.121521 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3322  transcriptional regulator, LysR family  33.11 
 
 		 296 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0151906  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3436  LysR family transcriptional regulator  33.21 
 
 		 294 aa  131  1.0000000000000001e-29  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3123  transcriptional regulator, LysR family  32.07 
 
 		 293 aa  129  7.000000000000001e-29  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1236  transcriptional regulator, LysR family  34.93 
 
 		 292 aa  127  2.0000000000000002e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.387856  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1323  transcriptional regulator, LysR family  34.19 
 
 		 292 aa  122  5e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.672802  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1370  transcriptional regulator, LysR family  30.24 
 
 		 313 aa  119  7e-26  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.173382  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1993  transcriptional regulator, LysR family  31.94 
 
 		 319 aa  111  1.0000000000000001e-23  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0595  transcriptional regulator, LysR family  34.47 
 
 		 315 aa  110  2.0000000000000002e-23  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.553167 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0448  LysR family transcriptional regulator  29.15 
 
 		 297 aa  110  2.0000000000000002e-23  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1309  LysR family transcriptional regulator  30.69 
 
 		 303 aa  110  2.0000000000000002e-23  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0815  LysR family transcriptional regulator  31.01 
 
 		 288 aa  109  7.000000000000001e-23  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1244  transcriptional regulator, LysR family  31.86 
 
 		 286 aa  109  7.000000000000001e-23  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0383  transcriptional regulator, LysR family  33.81 
 
 		 297 aa  108  7.000000000000001e-23  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.715241  normal  0.903063 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4632  transcriptional regulator, LysR family  32.53 
 
 		 295 aa  107  2e-22  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3716  LysR family transcriptional regulator  28.46 
 
 		 297 aa  107  2e-22  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0820  transcriptional regulator, LysR family  27.74 
 
 		 307 aa  107  3e-22  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02614  transcriptional regulator LysR family  32.35 
 
 		 296 aa  107  3e-22  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2253  transcriptional regulator, LysR family  35.42 
 
 		 303 aa  107  4e-22  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.105468  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5225  transcriptional regulator, LysR family  32.13 
 
 		 316 aa  106  4e-22  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5293  transcriptional regulator, LysR family  27.24 
 
 		 297 aa  106  5e-22  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5338  transcriptional regulator, LysR family  27.64 
 
 		 297 aa  105  9e-22  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5263  transcriptional regulator, LysR family  32.16 
 
 		 297 aa  105  9e-22  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5280  LysR family transcriptional regulator  32.16 
 
 		 297 aa  105  1e-21  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS5025  LysR family transcriptional regulator  32.16 
 
 		 297 aa  104  1e-21  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4855  LysR family transcriptional regulator  32.16 
 
 		 297 aa  104  1e-21  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4870  LysR family transcriptional regulator  32.16 
 
 		 297 aa  104  1e-21  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5406  LysR family transcriptional regulator  32.16 
 
 		 297 aa  104  1e-21  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1279  LysR family transcriptional regulator  31.29 
 
 		 310 aa  104  2e-21  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.574858 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1717  transcriptional regulator  28.31 
 
 		 314 aa  103  2e-21  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3464  LysR family transcriptional regulator  31.54 
 
 		 316 aa  104  2e-21  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5664  transcriptional regulator, LysR family  26.83 
 
 		 297 aa  104  2e-21  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3973  LysR family transcriptional regulator  31.84 
 
 		 296 aa  103  5e-21  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.981589 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4969  LysR family transcriptional regulator  27.64 
 
 		 297 aa  103  5e-21  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1855  transcriptional regulator, LysR family  28 
 
 		 308 aa  102  6e-21  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3812  LysR family transcriptional regulator  32.1 
 
 		 321 aa  102  6e-21  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2994  LysR family transcriptional regulator  32.25 
 
 		 314 aa  102  8e-21  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.735848  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2199  transcriptional regulator, LysR family  25.21 
 
 		 298 aa  102  9e-21  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3560  LysR family transcriptional regulator  32.08 
 
 		 287 aa  101  1e-20  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1443  transcriptional regulator, LysR family  27.02 
 
 		 299 aa  101  1e-20  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.181358  normal  0.808865 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3299  LysR family transcriptional regulator  34.8 
 
 		 291 aa  102  1e-20  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.11085 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2361  LysR family transcriptional regulator  31.7 
 
 		 287 aa  101  1e-20  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.709154  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2214  LysR family transcriptional regulator  32.08 
 
 		 287 aa  101  1e-20  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.598338  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1379  transcriptional regulator, LysR family  27.02 
 
 		 299 aa  102  1e-20  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.884009  normal  0.119976 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2404  LysR family transcriptional regulator  31.99 
 
 		 291 aa  101  2e-20  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.229553  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1985  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  28.82 
 
 		 300 aa  99.8  5e-20  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.464368 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1877  LysR family transcriptional regulator  29.96 
 
 		 297 aa  99.8  5e-20  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000269934  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0970  LysR family transcriptional regulator  27.09 
 
 		 303 aa  99.8  5e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0205462  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0630  LysR family transcriptional regulator  32.66 
 
 		 292 aa  99.4  6e-20  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.977268 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2087  LysR family transcriptional regulator  27.93 
 
 		 299 aa  99.4  6e-20  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.589785  normal  0.993199 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3313  LysR family transcriptional regulator  28.11 
 
 		 302 aa  99.4  7e-20  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.600178  normal  0.236469 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2454  lysR family transcriptional regulator  31.54 
 
 		 317 aa  98.6  1e-19  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4601  LysR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 298 aa  98.6  1e-19  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.829145  normal  0.12385 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2090  LysR family transcriptional regulator  27.86 
 
 		 293 aa  98.6  1e-19  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.115384  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3767  LysR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 298 aa  98.6  1e-19  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3178  LysR family transcriptional regulator  28.42 
 
 		 305 aa  98.6  1e-19  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.125712  normal  0.0310919 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3033  transcriptional regulator, LysR family  35.04 
 
 		 325 aa  98.6  1e-19  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  hitchhiker  0.0089298  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1711  LysR family transcriptional regulator  28.26 
 
 		 311 aa  97.4  2e-19  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.316204  normal  0.702777 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4836  LysR family transcriptional regulator  34.45 
 
 		 328 aa  97.8  2e-19  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0281  LysR family transcriptional regulator  37.34 
 
 		 307 aa  97.4  2e-19  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0263  transcriptional regulator, LysR family  27.85 
 
 		 322 aa  97.1  3e-19  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_4062  hypothetical protein  32.55 
 
 		 302 aa  96.7  4e-19  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.228225  normal  0.120917 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1708  LysR family transcriptional regulator  29.03 
 
 		 311 aa  96.7  4e-19  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00211796 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8459  LysR family transcriptional regulator  31.16 
 
 		 310 aa  96.7  4e-19  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.983783  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0528  LysR family transcriptional regulator  30.91 
 
 		 301 aa  97.1  4e-19  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000454001 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2531  transcriptional regulator, LysR family  26.55 
 
 		 308 aa  96.3  5e-19  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.351481  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0831  LysR family transcriptional regulator  27.87 
 
 		 298 aa  96.3  5e-19  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2159  transcriptional regulator, LysR family  26.55 
 
 		 308 aa  96.3  5e-19  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.597139  hitchhiker  0.0000167573 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4045  LysR family transcriptional regulator  28.74 
 
 		 300 aa  96.3  5e-19  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.603685 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5703  LysR family transcriptional regulator  28.16 
 
 		 298 aa  96.3  6e-19  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00199598 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4438  LysR family transcriptional regulator  28.98 
 
 		 295 aa  95.9  7e-19  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000948245 
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_4060  hypothetical protein  32.13 
 
 		 311 aa  95.5  8e-19  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0282036  normal  0.215669 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3479  LysR family transcriptional regulator  28.98 
 
 		 306 aa  95.5  9e-19  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.35259  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0486  LysR substrate-binding  31.58 
 
 		 298 aa  95.5  9e-19  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008739  Maqu_3989  LysR family transcriptional regulator  31.97 
 
 		 286 aa  95.1  1e-18  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.333459  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1243  LysR family transcriptional regulator  28.16 
 
 		 298 aa  95.1  1e-18  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.115332  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1617  LysR family transcriptional regulator  29.27 
 
 		 298 aa  95.5  1e-18  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0228191  normal  0.551931 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1466  LysR family transcriptional regulator  30.61 
 
 		 314 aa  95.1  1e-18  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4958  LysR family transcriptional regulator  28.98 
 
 		 295 aa  94.7  1e-18  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.468232 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>