More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic_3615 on replicon NC_010682
Organism: Ralstonia pickettii 12J



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010682  Rpic_3615  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 294 aa  579  1e-164  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3293  transcriptional regulator, LysR family  98.64 
 
 		 294 aa  574  1.0000000000000001e-163  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4604  LysR family transcriptional regulator  83.22 
 
 		 294 aa  481  1e-135  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1767  LysR family transcriptional regulator  83.9 
 
 		 294 aa  481  1e-135  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.422305 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6686  LysR family transcriptional regulator  83.22 
 
 		 294 aa  482  1e-135  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.111777  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3526  LysR family transcriptional regulator  80.14 
 
 		 294 aa  465  9.999999999999999e-131  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4529  LysR family transcriptional regulator  77.21 
 
 		 294 aa  439  9.999999999999999e-123  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.393903  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3170  LysR family transcriptional regulator  75.85 
 
 		 294 aa  438  9.999999999999999e-123  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5149  LysR family transcriptional regulator  76.53 
 
 		 294 aa  438  9.999999999999999e-123  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3122  LysR family transcriptional regulator  75.51 
 
 		 294 aa  440  9.999999999999999e-123  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4979  LysR family transcriptional regulator  75.51 
 
 		 294 aa  439  9.999999999999999e-123  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.398741  normal  0.422466 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5710  LysR family transcriptional regulator  76.53 
 
 		 294 aa  438  9.999999999999999e-123  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0762258 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3632  LysR family transcriptional regulator  68.49 
 
 		 292 aa  368  1e-101  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.486007  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2101  LysR family transcriptional regulator  69.1 
 
 		 292 aa  369  1e-101  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.205668  normal  0.510937 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2280  LysR family transcriptional regulator  68.84 
 
 		 293 aa  370  1e-101  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.197799 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2364  LysR family transcriptional regulator  66.44 
 
 		 293 aa  358  7e-98  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4307  LysR family transcriptional regulator  61.56 
 
 		 294 aa  346  3e-94  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0280475  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1047  LysR family transcriptional regulator  55.7 
 
 		 298 aa  307  1.0000000000000001e-82  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0134  transcriptional regulator, LysR family  53.74 
 
 		 296 aa  301  1e-80  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0070  LysR family transcriptional regulator  53.72 
 
 		 296 aa  299  4e-80  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0996  LysR family transcriptional regulator  42.7 
 
 		 298 aa  182  8.000000000000001e-45  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3156  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  36.27 
 
 		 325 aa  162  7e-39  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.46065  normal  0.121521 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3322  transcriptional regulator, LysR family  33.9 
 
 		 296 aa  152  8.999999999999999e-36  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0151906  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3123  transcriptional regulator, LysR family  32.97 
 
 		 293 aa  131  2.0000000000000002e-29  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3436  LysR family transcriptional regulator  33.09 
 
 		 294 aa  129  7.000000000000001e-29  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1236  transcriptional regulator, LysR family  33.68 
 
 		 292 aa  126  4.0000000000000003e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.387856  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1323  transcriptional regulator, LysR family  32.99 
 
 		 292 aa  124  2e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.672802  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1370  transcriptional regulator, LysR family  30.27 
 
 		 313 aa  119  6e-26  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.173382  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5225  transcriptional regulator, LysR family  32.48 
 
 		 316 aa  112  6e-24  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1855  transcriptional regulator, LysR family  30.28 
 
 		 308 aa  112  1.0000000000000001e-23  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1279  LysR family transcriptional regulator  32 
 
 		 310 aa  110  2.0000000000000002e-23  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.574858 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0383  transcriptional regulator, LysR family  32.25 
 
 		 297 aa  107  2e-22  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.715241  normal  0.903063 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3464  LysR family transcriptional regulator  31.53 
 
 		 316 aa  107  2e-22  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2994  LysR family transcriptional regulator  31.29 
 
 		 314 aa  106  4e-22  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.735848  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0271  LysR family transcriptional regulator  28.68 
 
 		 295 aa  105  9e-22  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0648353  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8459  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 310 aa  105  1e-21  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.983783  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4666  LysR family regulatory protein  27.49 
 
 		 295 aa  105  1e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.54567  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4523  LysR family regulatory protein  27.49 
 
 		 295 aa  105  1e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4614  LysR family regulatory protein  27.49 
 
 		 295 aa  105  1e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.342206 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4616  LysR family regulatory protein  27.49 
 
 		 295 aa  105  1e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4531  LysR family regulatory protein  27.49 
 
 		 295 aa  105  1e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4632  transcriptional regulator, LysR family  32.53 
 
 		 295 aa  104  2e-21  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5504  LysR family transcriptional regulator  28.88 
 
 		 300 aa  103  3e-21  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4335  LysR family transcriptional regulator  33.46 
 
 		 297 aa  103  3e-21  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.385889  normal  0.337801 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1110  LysR family transcriptional regulator  29.85 
 
 		 300 aa  103  4e-21  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.138088  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1508  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 307 aa  102  6e-21  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000000734154  hitchhiker  0.000350474 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1309  LysR family transcriptional regulator  29.35 
 
 		 303 aa  102  6e-21  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0448  LysR family transcriptional regulator  29.15 
 
 		 297 aa  102  9e-21  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1842  LysR family transcriptional regulator  32.21 
 
 		 307 aa  102  1e-20  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.330776  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2323  oxidative stress transcriptional regulator  31.65 
 
 		 301 aa  101  1e-20  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.523521  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1405  LysR family transcriptional regulator  32.38 
 
 		 302 aa  100  2e-20  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.893483  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1553  LysR family transcriptional regulator  31.6 
 
 		 305 aa  100  2e-20  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0274  hypothetical protein  32.35 
 
 		 294 aa  100  3e-20  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0411  LysR family transcriptional regulator  26.79 
 
 		 308 aa  100  4e-20  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2072  LysR family transcriptional regulator  28.73 
 
 		 300 aa  99.4  6e-20  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2061  LysR family transcriptional regulator  32.01 
 
 		 306 aa  99.4  6e-20  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0269  hypothetical protein  32.35 
 
 		 294 aa  99.4  7e-20  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1708  LysR family transcriptional regulator  31.21 
 
 		 311 aa  98.2  1e-19  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00211796 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_46680  Transcriptional regulator, LysR-family  31.21 
 
 		 297 aa  98.2  1e-19  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2198  LysR family transcriptional regulator  28.73 
 
 		 300 aa  98.6  1e-19  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1477  LysR family transcriptional regulator  30.24 
 
 		 314 aa  97.4  2e-19  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.490418  normal  0.438801 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0595  transcriptional regulator, LysR family  33.85 
 
 		 315 aa  97.8  2e-19  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.553167 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2097  transcriptional regulator, LysR family  31.58 
 
 		 302 aa  97.4  2e-19  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6318  LysR family transcriptional regulator  27.37 
 
 		 296 aa  97.4  2e-19  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.149291  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4611  LysR family transcriptional regulator  27.8 
 
 		 293 aa  97.1  3e-19  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0937251  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0055  LysR family transcriptional regulator  31.76 
 
 		 309 aa  97.1  3e-19  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1781  transcriptional regulator, LysR family  30.12 
 
 		 297 aa  97.1  3e-19  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2521  putative transcriptional regulator  25.52 
 
 		 292 aa  97.4  3e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.47835 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3995  LysR family transcriptional regulator  31.18 
 
 		 297 aa  97.4  3e-19  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5916  LysR family transcriptional regulator  29.21 
 
 		 308 aa  97.4  3e-19  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2161  LysR family transcriptional regulator  29.21 
 
 		 308 aa  97.4  3e-19  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1825  LysR family transcriptional regulator  28.69 
 
 		 302 aa  96.7  4e-19  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.705034  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1711  LysR family transcriptional regulator  30.14 
 
 		 311 aa  96.7  4e-19  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.316204  normal  0.702777 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3313  LysR family transcriptional regulator  25.88 
 
 		 302 aa  96.7  4e-19  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.600178  normal  0.236469 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0266  LysR family transcriptional regulator  25.68 
 
 		 307 aa  96.3  5e-19  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5470  LysR family transcriptional regulator  28.84 
 
 		 300 aa  96.3  5e-19  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.000367157  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1244  transcriptional regulator, LysR family  32.79 
 
 		 286 aa  96.3  5e-19  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2509  putative transcriptional regulator  25.52 
 
 		 292 aa  95.9  7e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2179  LysR family transcriptional regulator  29.21 
 
 		 300 aa  95.9  7e-19  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3924  transcriptional regulator, LysR family  30.55 
 
 		 316 aa  95.9  7e-19  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1374  LysR family transcriptional regulator  31.54 
 
 		 314 aa  95.9  7e-19  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2361  LysR family transcriptional regulator  33.06 
 
 		 287 aa  95.9  8e-19  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.709154  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1408  LysR family transcriptional regulator  31.88 
 
 		 323 aa  95.9  8e-19  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.185298  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1392  LysR family transcriptional regulator  31.54 
 
 		 306 aa  95.5  8e-19  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0389535  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2048  transcriptional regulator, LysR family  30.12 
 
 		 297 aa  95.1  1e-18  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3560  LysR family transcriptional regulator  33.2 
 
 		 287 aa  94.7  1e-18  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01554  hypothetical protein  30.12 
 
 		 297 aa  95.1  1e-18  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2035  LysR family transcriptional regulator  30.12 
 
 		 297 aa  95.1  1e-18  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2214  LysR family transcriptional regulator  33.2 
 
 		 287 aa  94.7  1e-18  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.598338  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2417  putative transcriptional regulator  25.52 
 
 		 292 aa  95.5  1e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4970  transcriptional regulator, LysR family  31.58 
 
 		 298 aa  95.1  1e-18  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.126085  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2253  transcriptional regulator, LysR family  29.92 
 
 		 303 aa  95.1  1e-18  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.105468  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2625  putative transcriptional regulator  25.52 
 
 		 292 aa  95.5  1e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.351429 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1713  transcriptional regulator, LysR family  26.78 
 
 		 304 aa  94.7  1e-18  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6597  transcriptional regulator, LysR family  30.96 
 
 		 295 aa  94.7  1e-18  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0290538  normal  0.188655 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1877  LysR family transcriptional regulator  29.62 
 
 		 297 aa  95.5  1e-18  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000269934  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3757  LysR family transcriptional regulator  30.2 
 
 		 316 aa  94.7  1e-18  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.634887 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3007  LysR family transcriptional regulator  26.28 
 
 		 308 aa  95.1  1e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2466  putative transcriptional regulator  25.52 
 
 		 292 aa  95.5  1e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.11864 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02614  transcriptional regulator LysR family  31.1 
 
 		 296 aa  95.1  1e-18  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>