More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bpro_0070 on replicon NC_007948
Organism: Polaromonas sp. JS666



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007948  Bpro_0070  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 
296 aa  589  1e-167  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0134  transcriptional regulator, LysR family  69.15 
 
 
296 aa  407  1.0000000000000001e-112  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1047  LysR family transcriptional regulator  69.36 
 
 
298 aa  405  1.0000000000000001e-112  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1767  LysR family transcriptional regulator  56.61 
 
 
294 aa  313  1.9999999999999998e-84  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.422305 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3526  LysR family transcriptional regulator  55.89 
 
 
294 aa  309  4e-83  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4604  LysR family transcriptional regulator  54.55 
 
 
294 aa  305  4.0000000000000004e-82  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6686  LysR family transcriptional regulator  54.18 
 
 
294 aa  303  3.0000000000000004e-81  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.111777  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3615  transcriptional regulator, LysR family  53.72 
 
 
294 aa  299  4e-80  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4307  LysR family transcriptional regulator  54.74 
 
 
294 aa  298  6e-80  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0280475  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3293  transcriptional regulator, LysR family  53.72 
 
 
294 aa  298  7e-80  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3122  LysR family transcriptional regulator  53.79 
 
 
294 aa  297  2e-79  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4979  LysR family transcriptional regulator  53.79 
 
 
294 aa  296  3e-79  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.398741  normal  0.422466 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3170  LysR family transcriptional regulator  54.48 
 
 
294 aa  295  4e-79  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4529  LysR family transcriptional regulator  54.48 
 
 
294 aa  293  2e-78  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.393903  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5149  LysR family transcriptional regulator  53.79 
 
 
294 aa  293  3e-78  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5710  LysR family transcriptional regulator  53.79 
 
 
294 aa  293  3e-78  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.0762258 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2280  LysR family transcriptional regulator  53.22 
 
 
293 aa  262  4.999999999999999e-69  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.197799 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2364  LysR family transcriptional regulator  51.53 
 
 
293 aa  259  3e-68  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2101  LysR family transcriptional regulator  51.88 
 
 
292 aa  257  2e-67  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.205668  normal  0.510937 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3632  LysR family transcriptional regulator  51.36 
 
 
292 aa  254  1.0000000000000001e-66  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.486007  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0996  LysR family transcriptional regulator  44.03 
 
 
298 aa  200  3e-50  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3156  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  35.02 
 
 
325 aa  163  4.0000000000000004e-39  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.46065  normal  0.121521 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3322  transcriptional regulator, LysR family  33.22 
 
 
296 aa  151  2e-35  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0151906  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3436  LysR family transcriptional regulator  36.08 
 
 
294 aa  148  1.0000000000000001e-34  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3123  transcriptional regulator, LysR family  30.14 
 
 
293 aa  139  6e-32  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1236  transcriptional regulator, LysR family  34.46 
 
 
292 aa  137  2e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.387856  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1370  transcriptional regulator, LysR family  34.26 
 
 
313 aa  136  4e-31  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.173382  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1323  transcriptional regulator, LysR family  31.89 
 
 
292 aa  134  9.999999999999999e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.672802  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_17790  LysR family transcriptional regulator  31.97 
 
 
295 aa  119  4.9999999999999996e-26  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1548  putative transcriptional regulator  31.97 
 
 
295 aa  117  3e-25  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1309  LysR family transcriptional regulator  29.69 
 
 
303 aa  115  1.0000000000000001e-24  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2994  LysR family transcriptional regulator  32.53 
 
 
314 aa  114  2.0000000000000002e-24  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.735848  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3273  LysR family transcriptional regulator  32.31 
 
 
293 aa  112  9e-24  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.215219 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1244  transcriptional regulator, LysR family  32.17 
 
 
286 aa  111  1.0000000000000001e-23  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0595  transcriptional regulator, LysR family  34.01 
 
 
315 aa  111  2.0000000000000002e-23  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.553167 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0474  LysR family transcriptional regulator  29.63 
 
 
293 aa  110  2.0000000000000002e-23  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.316429  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1877  LysR family transcriptional regulator  31.69 
 
 
297 aa  110  3e-23  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000269934  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0383  transcriptional regulator, LysR family  32.42 
 
 
297 aa  110  4.0000000000000004e-23  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.715241  normal  0.903063 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1825  LysR family transcriptional regulator  31.97 
 
 
302 aa  109  4.0000000000000004e-23  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.705034  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2087  LysR family transcriptional regulator  28.14 
 
 
299 aa  109  7.000000000000001e-23  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.589785  normal  0.993199 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2011  LysR family transcriptional regulator  32.38 
 
 
297 aa  108  8.000000000000001e-23  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.174937  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23730  LysR family transcriptional regulator  32.38 
 
 
297 aa  108  8.000000000000001e-23  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.0194065 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1282  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 
286 aa  108  1e-22  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.497428  n/a   
 
 
-
 
NC_008739  Maqu_3989  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 
286 aa  108  1e-22  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.333459  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3238  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 
286 aa  108  1e-22  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1554  transcriptional regulator, LysR family  26.8 
 
 
309 aa  107  2e-22  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.15921 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5225  transcriptional regulator, LysR family  32.79 
 
 
316 aa  107  2e-22  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1566  LysR family transcriptional regulator  27.4 
 
 
295 aa  107  2e-22  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.939992  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1708  LysR family transcriptional regulator  31.29 
 
 
311 aa  107  2e-22  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00211796 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_01751  putative Rubisco transcriptional regulator  29.03 
 
 
317 aa  107  3e-22  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.348697  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2097  transcriptional regulator, LysR family  33.47 
 
 
302 aa  107  3e-22  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0528  LysR family transcriptional regulator  30.72 
 
 
301 aa  107  3e-22  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000454001 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_01641  putative Rubisco transcriptional regulator  28.23 
 
 
314 aa  107  3e-22  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.569388  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0114  LysR family transcriptional regulator  28.67 
 
 
294 aa  107  3e-22  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5504  LysR family transcriptional regulator  30.33 
 
 
300 aa  106  4e-22  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02614  transcriptional regulator LysR family  33.2 
 
 
296 aa  106  4e-22  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0509  transcriptional regulator, LysR family  31.12 
 
 
293 aa  106  4e-22  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.187244  hitchhiker  0.00160332 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_01661  putative Rubisco transcriptional regulator  28.23 
 
 
314 aa  106  5e-22  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_26681  putative Rubisco transcriptional regulator  29.44 
 
 
323 aa  106  5e-22  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0953  transcriptional regulator, LysR family  33.33 
 
 
294 aa  106  6e-22  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1883  transcriptional regulator, LysR family  26.46 
 
 
309 aa  105  7e-22  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0687382  normal  0.7379 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1543  transcriptional regulator, LysR family  29.92 
 
 
298 aa  105  8e-22  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.114968 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0883  transcriptional regulator, LysR family  30.29 
 
 
291 aa  105  8e-22  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000429967 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0274  hypothetical protein  30.99 
 
 
294 aa  105  9e-22  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0284  LysR family transcriptional regulator  28.16 
 
 
294 aa  105  1e-21  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0269  hypothetical protein  30.99 
 
 
294 aa  105  1e-21  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2724  LysR family transcriptional regulator  31.28 
 
 
293 aa  104  2e-21  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0713788  normal  0.0834627 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2398  putative Rubisco transcriptional regulator  29.74 
 
 
329 aa  104  2e-21  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0149  putative Rubisco transcriptional regulator  28.19 
 
 
319 aa  104  2e-21  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4070  LysR family transcriptional regulator  33.2 
 
 
297 aa  104  2e-21  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.409277  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4637  LysR family transcriptional regulator  29.93 
 
 
306 aa  104  2e-21  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2608  LysR family transcriptional regulator  30.24 
 
 
300 aa  103  3e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2282  LysR family transcriptional regulator  27.85 
 
 
302 aa  103  5e-21  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.0266423 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_01621  putative Rubisco transcriptional regulator  28.41 
 
 
322 aa  103  5e-21  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0411  LysR family transcriptional regulator  27.05 
 
 
308 aa  103  5e-21  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8459  LysR family transcriptional regulator  32 
 
 
310 aa  102  6e-21  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.983783  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1308  LysR family transcriptional regulator  33.6 
 
 
302 aa  102  6e-21  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.565063 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0295  putative Rubisco transcriptional regulator  28.48 
 
 
331 aa  102  6e-21  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0657  transcriptional regulator, LysR family  32.71 
 
 
305 aa  102  6e-21  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3257  translation initiation factor IF-2  31.65 
 
 
297 aa  102  7e-21  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.22333 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0664  LysR family transcriptional regulator  32.24 
 
 
295 aa  102  8e-21  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.0825274 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6318  LysR family transcriptional regulator  29.15 
 
 
296 aa  102  8e-21  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.149291  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1791  LysR family transcriptional regulator  31.12 
 
 
290 aa  102  8e-21  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.027343 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1036  transcriptional regulator, LysR family  27.15 
 
 
300 aa  101  1e-20  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4630  LysR family transcriptional regulator  31.84 
 
 
295 aa  101  1e-20  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.133598  hitchhiker  0.000277503 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6619  transcriptional regulator, LysR family  29.44 
 
 
300 aa  101  1e-20  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2179  LysR family transcriptional regulator  29.85 
 
 
300 aa  101  1e-20  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2223  transcriptional regulator, LysR family  28.81 
 
 
302 aa  101  1e-20  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2803  LysR family transcriptional regulator  32.42 
 
 
316 aa  101  1e-20  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.765199 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5916  LysR family transcriptional regulator  29.85 
 
 
308 aa  101  1e-20  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2161  LysR family transcriptional regulator  29.85 
 
 
308 aa  101  1e-20  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3313  LysR family transcriptional regulator  28.28 
 
 
302 aa  102  1e-20  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.600178  normal  0.236469 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0468  transcriptional regulator, LysR family  28.21 
 
 
327 aa  101  2e-20  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0767  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  30.24 
 
 
306 aa  100  2e-20  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.342253 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0482  transcriptional regulator, LysR family  28.21 
 
 
327 aa  101  2e-20  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.545808  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1711  LysR family transcriptional regulator  31 
 
 
311 aa  100  3e-20  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.316204  normal  0.702777 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0715  LysR family transcriptional regulator  28.62 
 
 
293 aa  100  3e-20  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3831  LysR family transcriptional regulator  33.2 
 
 
302 aa  100  3e-20  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4333  LysR family transcriptional regulator  28.98 
 
 
325 aa  100  3e-20  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4537  LysR family transcriptional regulator  33.2 
 
 
302 aa  100  3e-20  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.309073  normal  0.1504 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>