More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene M446_3299 on replicon NC_010511
Organism: Methylobacterium sp. 4-46



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010511  M446_3299  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 291 aa  565  1e-160  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.11085 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3812  LysR family transcriptional regulator  38.14 
 
 		 321 aa  177  2e-43  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6263  transcriptional regulator, LysR family  38.21 
 
 		 304 aa  173  3.9999999999999995e-42  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3423  LysR family transcriptional regulator  39.24 
 
 		 295 aa  171  2e-41  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1639  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 291 aa  166  2.9999999999999998e-40  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6172  transcriptional regulator, LysR family  37.14 
 
 		 290 aa  166  4e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.442907  normal  0.0562293 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3081  LysR family transcriptional regulator  38.93 
 
 		 293 aa  162  4.0000000000000004e-39  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.294093  normal  0.575157 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3436  LysR family transcriptional regulator  38.93 
 
 		 293 aa  162  4.0000000000000004e-39  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.223747  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2404  LysR family transcriptional regulator  36.33 
 
 		 291 aa  161  1e-38  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.229553  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2061  LysR family transcriptional regulator  36.24 
 
 		 289 aa  156  5.0000000000000005e-37  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.255505  normal  0.159895 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3899  transcriptional regulator, LysR family  35 
 
 		 305 aa  155  7e-37  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.531376  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2277  transcriptional regulator, LysR family  36.17 
 
 		 301 aa  154  2e-36  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2414  LysR family transcriptional regulator  32.88 
 
 		 297 aa  154  2e-36  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4682  transcriptional regulator, LysR family  33.46 
 
 		 291 aa  153  2.9999999999999998e-36  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.16132  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4703  transcriptional regulator  37.41 
 
 		 294 aa  153  4e-36  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5637  LysR family transcriptional regulator  39.16 
 
 		 284 aa  152  7e-36  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00214014 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2540  LysR family transcriptional regulator  35.34 
 
 		 296 aa  152  7e-36  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_53720  transcriptional regulator  36.19 
 
 		 294 aa  151  1e-35  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0163638  hitchhiker  0.00327626 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3510  LysR family transcriptional regulator  33.21 
 
 		 305 aa  150  2e-35  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.499049 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4905  putative LysR family transcriptional regulator  35.21 
 
 		 301 aa  148  8e-35  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00441942  hitchhiker  0.00167298 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3973  LysR family transcriptional regulator  32.52 
 
 		 296 aa  145  1e-33  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.981589 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0630  LysR family transcriptional regulator  36.24 
 
 		 292 aa  144  2e-33  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.977268 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1363  LysR family transcriptional regulator  33.96 
 
 		 296 aa  142  7e-33  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.450515  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0881  LysR family transcriptional regulator  33.96 
 
 		 296 aa  142  7e-33  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0140129  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1341  LysR family transcriptional regulator  33.96 
 
 		 296 aa  142  9e-33  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.545162  normal  0.0460764 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3231  transcriptional regulator, LysR family  33.08 
 
 		 291 aa  141  9.999999999999999e-33  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.421625  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3047  LysR family transcriptional regulator  36.55 
 
 		 296 aa  140  1.9999999999999998e-32  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.229406 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2929  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  33.83 
 
 		 290 aa  140  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.000376093  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3893  LysR family transcriptional regulator  31.83 
 
 		 298 aa  139  6e-32  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.199081  normal  0.0200217 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_6165  LysR family transcriptional regulator  31.83 
 
 		 298 aa  139  6e-32  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0309424  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2074  LysR family transcriptional regulator  32.84 
 
 		 316 aa  139  6e-32  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.281167  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0307  transcriptional regulator, LysR family  35.71 
 
 		 293 aa  138  7.999999999999999e-32  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0158849  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5878  transcriptional regulator, LysR family  33.57 
 
 		 294 aa  138  8.999999999999999e-32  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3964  transcriptional regulator, LysR family  33.58 
 
 		 290 aa  136  3.0000000000000003e-31  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  decreased coverage  0.00150668  normal  0.033592 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8676  transcriptional regulator, LysR family  36.06 
 
 		 303 aa  137  3.0000000000000003e-31  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.241599  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3850  transcriptional regulator, LysR family  33.58 
 
 		 290 aa  136  3.0000000000000003e-31  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0588074  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4506  LysR family transcriptional regulator  32.08 
 
 		 290 aa  136  4e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.964558  normal  0.619285 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8674  transcriptional regulator, LysR family  31.67 
 
 		 306 aa  136  5e-31  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.441291  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0288  transcriptional regulator, LysR family  36.13 
 
 		 293 aa  135  8e-31  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2240  LysR family transcriptional regulator  32.32 
 
 		 292 aa  135  9e-31  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0468  LysR family transcriptional regulator  38.66 
 
 		 281 aa  133  3.9999999999999996e-30  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4146  LysR family transcriptional regulator  32.46 
 
 		 291 aa  132  6e-30  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06369  transcriptional regulator  35.42 
 
 		 313 aa  131  1.0000000000000001e-29  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5027  transcriptional regulator, LysR family  31.82 
 
 		 288 aa  131  2.0000000000000002e-29  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6838  transcriptional regulator, LysR family  33.58 
 
 		 294 aa  128  1.0000000000000001e-28  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4065  LysR family transcriptional regulator  30.19 
 
 		 299 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3415  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 386 aa  127  2.0000000000000002e-28  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2508  LysR family transcriptional regulator  30.21 
 
 		 295 aa  125  9e-28  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  decreased coverage  0.000736174  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0912  LysR family transcriptional regulator  30.74 
 
 		 303 aa  125  1e-27  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.520788  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3560  LysR family transcriptional regulator  31.14 
 
 		 287 aa  122  9e-27  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2214  LysR family transcriptional regulator  31.14 
 
 		 287 aa  122  9e-27  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.598338  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2765  transcriptional regulator, LysR family  32.89 
 
 		 294 aa  121  1.9999999999999998e-26  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.405486  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4562  LysR family transcriptional regulator  31.29 
 
 		 294 aa  120  3e-26  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0821586  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2361  transcriptional regulator, LysR family  32.21 
 
 		 294 aa  118  9e-26  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.369632 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5611  transcriptional regulator, LysR family  28.57 
 
 		 300 aa  118  9e-26  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2361  LysR family transcriptional regulator  30.8 
 
 		 287 aa  117  3e-25  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.709154  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3484  LysR family transcriptional regulator  28.81 
 
 		 304 aa  116  3.9999999999999997e-25  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.719553  normal  0.357365 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1733  LysR family transcriptional regulator  30.74 
 
 		 321 aa  114  2.0000000000000002e-24  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0192173  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4307  LysR family transcriptional regulator  34.8 
 
 		 294 aa  114  3e-24  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0280475  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0817  transcriptional regulator, LysR family  35.71 
 
 		 297 aa  113  3e-24  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1448  LysR family transcriptional regulator  30.14 
 
 		 300 aa  113  3e-24  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0273001  normal  0.589236 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4207  LysR family transcriptional regulator  31.87 
 
 		 316 aa  113  3e-24  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.165273 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1094  transcriptional regulatory DNA-binding transcription regulator protein  34.6 
 
 		 311 aa  112  5e-24  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.827537 
 
 
-
 
NC_009959  Dshi_4198  LysR family transcriptional regulator  29.67 
 
 		 303 aa  112  7.000000000000001e-24  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.982202 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3733  LysR family transcriptional regulator  31.5 
 
 		 316 aa  112  9e-24  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4318  LysR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 318 aa  109  5e-23  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.485382  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5953  transcriptional regulator, LysR family  28.89 
 
 		 297 aa  109  5e-23  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.799703  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4048  LysR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 318 aa  109  5e-23  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4722  LysR family transcriptional regulator  32 
 
 		 292 aa  107  2e-22  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.422329  normal  0.859213 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2014  LysR family transcriptional regulator  29.89 
 
 		 289 aa  107  2e-22  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0382671  normal  0.0477069 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3619  LysR family transcriptional regulator  27.85 
 
 		 292 aa  106  5e-22  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.517887  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1693  LysR family transcriptional regulator  29.67 
 
 		 294 aa  103  5e-21  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.185338  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2803  LysR family transcriptional regulator  36.11 
 
 		 316 aa  101  1e-20  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.765199 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1553  LysR family transcriptional regulator  36.9 
 
 		 305 aa  101  2e-20  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2396  transcriptional regulator, LysR family  25.37 
 
 		 300 aa  99  8e-20  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6654  LysR family transcriptional regulator  32.72 
 
 		 293 aa  98.2  1e-19  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.640944  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0824  LysR family transcriptional regulator  30.9 
 
 		 294 aa  98.2  1e-19  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0474626 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0843  LysR family transcriptional regulator  29.37 
 
 		 294 aa  97.1  3e-19  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1899  LysR family transcriptional regulator  27.85 
 
 		 286 aa  97.1  3e-19  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.690335  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2937  transcriptional regulator, LysR family  25 
 
 		 300 aa  96.7  4e-19  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0387356  hitchhiker  0.00000808392 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4149  LysR family transcriptional regulator  27.46 
 
 		 307 aa  95.9  7e-19  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.438214  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2244  LysR family transcriptional regulator  24.63 
 
 		 305 aa  95.9  8e-19  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0640  LysR family transcriptional regulator  35.06 
 
 		 318 aa  95.5  8e-19  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.404969  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4604  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 294 aa  95.1  1e-18  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1767  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 294 aa  94  2e-18  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.422305 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0595  transcriptional regulator, LysR family  32.4 
 
 		 315 aa  94  3e-18  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.553167 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4979  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 294 aa  93.2  5e-18  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.398741  normal  0.422466 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2648  transcriptional regulator, LysR family  34.66 
 
 		 306 aa  92  9e-18  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.276708  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2231  LysR family transcriptional regulator  23.9 
 
 		 300 aa  91.7  1e-17  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000245311  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2184  LysR family transcriptional regulator  25.81 
 
 		 290 aa  92  1e-17  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.529425  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3122  LysR family transcriptional regulator  33.09 
 
 		 294 aa  92  1e-17  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3615  transcriptional regulator, LysR family  32.36 
 
 		 294 aa  91.7  1e-17  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3293  transcriptional regulator, LysR family  32.36 
 
 		 294 aa  91.7  1e-17  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2454  lysR family transcriptional regulator  29.96 
 
 		 317 aa  90.9  2e-17  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6686  LysR family transcriptional regulator  31.97 
 
 		 294 aa  91.3  2e-17  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.111777  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0395  LysR family transcriptional regulator  32.13 
 
 		 299 aa  90.5  3e-17  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0883  transcriptional regulator, LysR family  29.92 
 
 		 291 aa  90.1  4e-17  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000429967 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5071  LysR family transcriptional regulator  32.13 
 
 		 299 aa  90.1  4e-17  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.112048  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2533  transcriptional regulator, LysR family  23.9 
 
 		 300 aa  90.1  4e-17  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00448001  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3170  LysR family transcriptional regulator  33.7 
 
 		 294 aa  89.7  4e-17  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>