More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_2361 on replicon NC_012856
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012856  Rpic12D_2361  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 294 aa  580  1.0000000000000001e-165  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.369632 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2765  transcriptional regulator, LysR family  97.28 
 
 		 294 aa  565  1e-160  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.405486  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0824  LysR family transcriptional regulator  60.92 
 
 		 294 aa  301  8.000000000000001e-81  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0474626 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0843  LysR family transcriptional regulator  57.68 
 
 		 294 aa  292  5e-78  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6654  LysR family transcriptional regulator  50.52 
 
 		 293 aa  261  1e-68  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.640944  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1448  LysR family transcriptional regulator  46.9 
 
 		 300 aa  254  1.0000000000000001e-66  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0273001  normal  0.589236 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5953  transcriptional regulator, LysR family  48.39 
 
 		 297 aa  250  3e-65  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.799703  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4562  LysR family transcriptional regulator  44.33 
 
 		 294 aa  232  7.000000000000001e-60  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0821586  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4722  LysR family transcriptional regulator  46.21 
 
 		 292 aa  229  4e-59  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.422329  normal  0.859213 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3850  transcriptional regulator, LysR family  38.33 
 
 		 290 aa  177  2e-43  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0588074  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3964  transcriptional regulator, LysR family  38.33 
 
 		 290 aa  177  2e-43  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  decreased coverage  0.00150668  normal  0.033592 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4506  LysR family transcriptional regulator  40.52 
 
 		 290 aa  173  2.9999999999999996e-42  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.964558  normal  0.619285 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4146  LysR family transcriptional regulator  40 
 
 		 291 aa  172  5e-42  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1899  LysR family transcriptional regulator  39.11 
 
 		 286 aa  172  7.999999999999999e-42  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.690335  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2074  LysR family transcriptional regulator  36.99 
 
 		 316 aa  171  9e-42  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.281167  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5878  transcriptional regulator, LysR family  37.33 
 
 		 294 aa  171  1e-41  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1363  LysR family transcriptional regulator  38.81 
 
 		 296 aa  167  1e-40  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.450515  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0881  LysR family transcriptional regulator  38.81 
 
 		 296 aa  167  1e-40  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0140129  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1341  LysR family transcriptional regulator  40.15 
 
 		 296 aa  166  4e-40  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.545162  normal  0.0460764 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0288  transcriptional regulator, LysR family  35.44 
 
 		 293 aa  165  8e-40  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5027  transcriptional regulator, LysR family  39.33 
 
 		 288 aa  165  9e-40  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0307  transcriptional regulator, LysR family  34.74 
 
 		 293 aa  164  2.0000000000000002e-39  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0158849  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3619  LysR family transcriptional regulator  35.09 
 
 		 292 aa  162  4.0000000000000004e-39  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.517887  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3231  transcriptional regulator, LysR family  38.24 
 
 		 291 aa  160  3e-38  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.421625  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4065  LysR family transcriptional regulator  37.63 
 
 		 299 aa  159  4e-38  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8674  transcriptional regulator, LysR family  36.9 
 
 		 306 aa  158  8e-38  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.441291  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2277  transcriptional regulator, LysR family  38.49 
 
 		 301 aa  158  1e-37  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6838  transcriptional regulator, LysR family  37.37 
 
 		 294 aa  156  4e-37  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2929  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  37.5 
 
 		 290 aa  156  4e-37  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.000376093  normal  1 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8676  transcriptional regulator, LysR family  38.6 
 
 		 303 aa  156  4e-37  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.241599  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2240  LysR family transcriptional regulator  38.38 
 
 		 292 aa  153  2.9999999999999998e-36  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4905  putative LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 301 aa  151  1e-35  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00441942  hitchhiker  0.00167298 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1094  transcriptional regulatory DNA-binding transcription regulator protein  37.89 
 
 		 311 aa  149  5e-35  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.827537 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4682  transcriptional regulator, LysR family  39.66 
 
 		 291 aa  149  8e-35  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.16132  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3560  LysR family transcriptional regulator  35.14 
 
 		 287 aa  148  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2214  LysR family transcriptional regulator  35.14 
 
 		 287 aa  148  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.598338  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2014  LysR family transcriptional regulator  41.45 
 
 		 289 aa  148  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0382671  normal  0.0477069 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2361  LysR family transcriptional regulator  35.64 
 
 		 287 aa  146  4.0000000000000006e-34  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.709154  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3973  LysR family transcriptional regulator  36.21 
 
 		 296 aa  146  4.0000000000000006e-34  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.981589 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_6165  LysR family transcriptional regulator  33.79 
 
 		 298 aa  143  3e-33  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0309424  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3893  LysR family transcriptional regulator  33.79 
 
 		 298 aa  143  3e-33  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.199081  normal  0.0200217 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3812  LysR family transcriptional regulator  36.21 
 
 		 321 aa  141  1.9999999999999998e-32  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0817  transcriptional regulator, LysR family  40.08 
 
 		 297 aa  140  3e-32  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4703  transcriptional regulator  37.9 
 
 		 294 aa  139  7.999999999999999e-32  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1693  LysR family transcriptional regulator  37.71 
 
 		 294 aa  138  1e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.185338  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5611  transcriptional regulator, LysR family  34.62 
 
 		 300 aa  138  1e-31  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_53720  transcriptional regulator  37.9 
 
 		 294 aa  138  1e-31  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0163638  hitchhiker  0.00327626 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3733  LysR family transcriptional regulator  37.29 
 
 		 316 aa  138  1e-31  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4207  LysR family transcriptional regulator  37.29 
 
 		 316 aa  137  2e-31  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.165273 
 
 
-
 
NC_009959  Dshi_4198  LysR family transcriptional regulator  36.1 
 
 		 303 aa  136  5e-31  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.982202 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6263  transcriptional regulator, LysR family  36.07 
 
 		 304 aa  134  1.9999999999999998e-30  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2061  LysR family transcriptional regulator  37.13 
 
 		 289 aa  133  3.9999999999999996e-30  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.255505  normal  0.159895 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4318  LysR family transcriptional regulator  36.86 
 
 		 318 aa  132  6e-30  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.485382  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4048  LysR family transcriptional regulator  36.86 
 
 		 318 aa  132  6e-30  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3436  LysR family transcriptional regulator  34.74 
 
 		 293 aa  130  2.0000000000000002e-29  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.223747  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3081  LysR family transcriptional regulator  34.74 
 
 		 293 aa  130  2.0000000000000002e-29  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.294093  normal  0.575157 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3415  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 386 aa  130  3e-29  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6172  transcriptional regulator, LysR family  32.99 
 
 		 290 aa  128  1.0000000000000001e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.442907  normal  0.0562293 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3423  LysR family transcriptional regulator  34.04 
 
 		 295 aa  127  2.0000000000000002e-28  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2508  LysR family transcriptional regulator  31.58 
 
 		 295 aa  127  3e-28  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  decreased coverage  0.000736174  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3047  LysR family transcriptional regulator  36.44 
 
 		 296 aa  123  5e-27  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.229406 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1639  LysR family transcriptional regulator  31.05 
 
 		 291 aa  122  7e-27  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2404  LysR family transcriptional regulator  30.69 
 
 		 291 aa  120  1.9999999999999998e-26  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.229553  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2540  LysR family transcriptional regulator  32.03 
 
 		 296 aa  119  6e-26  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3899  transcriptional regulator, LysR family  31.69 
 
 		 305 aa  119  7.999999999999999e-26  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.531376  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0630  LysR family transcriptional regulator  32.74 
 
 		 292 aa  117  1.9999999999999998e-25  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.977268 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06369  transcriptional regulator  32.77 
 
 		 313 aa  117  1.9999999999999998e-25  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3484  LysR family transcriptional regulator  28.67 
 
 		 304 aa  111  2.0000000000000002e-23  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.719553  normal  0.357365 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3299  LysR family transcriptional regulator  32.21 
 
 		 291 aa  109  4.0000000000000004e-23  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.11085 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3123  transcriptional regulator, LysR family  31.53 
 
 		 293 aa  108  1e-22  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3156  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  31.76 
 
 		 325 aa  105  8e-22  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.46065  normal  0.121521 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0912  LysR family transcriptional regulator  29.18 
 
 		 303 aa  100  2e-20  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.520788  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3510  LysR family transcriptional regulator  30.45 
 
 		 305 aa  100  3e-20  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.499049 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2067  LysR family transcriptional regulator  27.56 
 
 		 291 aa  99.4  7e-20  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0408016  normal  0.72371 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0309  transcriptional regulator, LysR family protein  25.34 
 
 		 289 aa  98.6  1e-19  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2469  LysR family transcriptional regulator  23.65 
 
 		 300 aa  98.2  1e-19  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.36421  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5637  LysR family transcriptional regulator  33.62 
 
 		 284 aa  98.2  1e-19  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00214014 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3322  transcriptional regulator, LysR family  30.23 
 
 		 296 aa  98.2  2e-19  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0151906  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0468  LysR family transcriptional regulator  30.22 
 
 		 281 aa  97.4  3e-19  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2271  LysR family transcriptional regulator  24.46 
 
 		 300 aa  96.3  5e-19  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.865675  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2439  LysR family transcriptional regulator  24.46 
 
 		 300 aa  96.3  5e-19  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.763594  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2188  LysR family transcriptional regulator  24.1 
 
 		 300 aa  95.5  9e-19  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.540994  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2396  transcriptional regulator, LysR family  23.49 
 
 		 300 aa  95.1  1e-18  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2086  transcriptional regulator, LysR family  30.43 
 
 		 307 aa  95.1  1e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.363313  normal  0.654508 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2231  LysR family transcriptional regulator  24.1 
 
 		 300 aa  95.1  1e-18  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000245311  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2994  LysR family transcriptional regulator  31.74 
 
 		 314 aa  94.7  1e-18  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.735848  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1309  LysR family transcriptional regulator  30.1 
 
 		 303 aa  95.5  1e-18  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2455  transcriptional regulator, LysR family  23.74 
 
 		 300 aa  95.1  1e-18  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2323  transcriptional regulator, LysR family  29.72 
 
 		 307 aa  94.4  2e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_17090  Transcriptional regulator, LysR family  28.08 
 
 		 299 aa  94  2e-18  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1855  transcriptional regulator, LysR family  32 
 
 		 308 aa  94.4  2e-18  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2937  transcriptional regulator, LysR family  23.31 
 
 		 300 aa  94.4  2e-18  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0387356  hitchhiker  0.00000808392 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2533  transcriptional regulator, LysR family  23.74 
 
 		 300 aa  94  3e-18  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00448001  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2087  LysR family transcriptional regulator  29.93 
 
 		 299 aa  93.6  3e-18  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.589785  normal  0.993199 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2240  LysR family transcriptional regulator  25.42 
 
 		 290 aa  93.6  4e-18  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.074644  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8459  LysR family transcriptional regulator  31.38 
 
 		 310 aa  93.6  4e-18  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.983783  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02400  transcriptional regulator  28.93 
 
 		 300 aa  92.8  6e-18  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2244  LysR family transcriptional regulator  23.31 
 
 		 305 aa  92  9e-18  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1355  LysR family transcriptional regulator  28.05 
 
 		 296 aa  92  1e-17  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0404  LysR family transcriptional regulator  30.94 
 
 		 311 aa  91.7  1e-17  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.480543  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>