More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Jann_3973 on replicon NC_007802
Organism: Jannaschia sp. CCS1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007802  Jann_3973  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 
296 aa  588  1e-167  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.981589 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3893  LysR family transcriptional regulator  50.35 
 
 
298 aa  284  1.0000000000000001e-75  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.199081  normal  0.0200217 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_6165  LysR family transcriptional regulator  50.35 
 
 
298 aa  284  1.0000000000000001e-75  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0309424  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8674  transcriptional regulator, LysR family  38.83 
 
 
306 aa  177  1e-43  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.441291  n/a   
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6172  transcriptional regulator, LysR family  36.33 
 
 
290 aa  167  2e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.442907  normal  0.0562293 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6838  transcriptional regulator, LysR family  39.31 
 
 
294 aa  166  4e-40  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3081  LysR family transcriptional regulator  38.13 
 
 
293 aa  165  9e-40  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.294093  normal  0.575157 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3436  LysR family transcriptional regulator  38.13 
 
 
293 aa  165  9e-40  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.223747  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2061  LysR family transcriptional regulator  37.35 
 
 
289 aa  162  7e-39  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.255505  normal  0.159895 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4703  transcriptional regulator  36.61 
 
 
294 aa  160  2e-38  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_53720  transcriptional regulator  36.61 
 
 
294 aa  160  2e-38  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0163638  hitchhiker  0.00327626 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3423  LysR family transcriptional regulator  36.86 
 
 
295 aa  160  3e-38  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8676  transcriptional regulator, LysR family  37.96 
 
 
303 aa  159  5e-38  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.241599  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1693  LysR family transcriptional regulator  37.92 
 
 
294 aa  159  5e-38  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.185338  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4682  transcriptional regulator, LysR family  37.94 
 
 
291 aa  158  9e-38  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.16132  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1094  transcriptional regulatory DNA-binding transcription regulator protein  40.17 
 
 
311 aa  156  3e-37  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.827537 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5611  transcriptional regulator, LysR family  33.45 
 
 
300 aa  155  5.0000000000000005e-37  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4506  LysR family transcriptional regulator  34.69 
 
 
290 aa  155  7e-37  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.964558  normal  0.619285 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4207  LysR family transcriptional regulator  37.92 
 
 
316 aa  154  2e-36  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.165273 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1639  LysR family transcriptional regulator  35.13 
 
 
291 aa  154  2e-36  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3733  LysR family transcriptional regulator  37.92 
 
 
316 aa  154  2e-36  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2361  LysR family transcriptional regulator  40.34 
 
 
287 aa  153  2.9999999999999998e-36  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.709154  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3560  LysR family transcriptional regulator  39.92 
 
 
287 aa  153  4e-36  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2214  LysR family transcriptional regulator  39.92 
 
 
287 aa  153  4e-36  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.598338  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0307  transcriptional regulator, LysR family  35.71 
 
 
293 aa  153  4e-36  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0158849  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0288  transcriptional regulator, LysR family  35.71 
 
 
293 aa  152  8e-36  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0817  transcriptional regulator, LysR family  41.18 
 
 
297 aa  152  8e-36  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1899  LysR family transcriptional regulator  41.42 
 
 
286 aa  151  1e-35  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.690335  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2508  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 
295 aa  151  1e-35  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  decreased coverage  0.000736174  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2240  LysR family transcriptional regulator  36.47 
 
 
292 aa  150  2e-35  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4048  LysR family transcriptional regulator  36.91 
 
 
318 aa  150  2e-35  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4318  LysR family transcriptional regulator  36.91 
 
 
318 aa  150  2e-35  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.485382  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3619  LysR family transcriptional regulator  37.66 
 
 
292 aa  150  3e-35  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.517887  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0881  LysR family transcriptional regulator  34.59 
 
 
296 aa  148  9e-35  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0140129  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1363  LysR family transcriptional regulator  34.59 
 
 
296 aa  148  9e-35  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.450515  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3231  transcriptional regulator, LysR family  34.96 
 
 
291 aa  147  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.421625  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2404  LysR family transcriptional regulator  33.21 
 
 
291 aa  147  2.0000000000000003e-34  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.229553  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2765  transcriptional regulator, LysR family  36.55 
 
 
294 aa  147  2.0000000000000003e-34  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.405486  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4065  LysR family transcriptional regulator  34.46 
 
 
299 aa  146  3e-34  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009959  Dshi_4198  LysR family transcriptional regulator  35.29 
 
 
303 aa  146  3e-34  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.982202 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2361  transcriptional regulator, LysR family  36.21 
 
 
294 aa  146  4.0000000000000006e-34  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.369632 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1341  LysR family transcriptional regulator  33.9 
 
 
296 aa  145  7.0000000000000006e-34  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.545162  normal  0.0460764 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5027  transcriptional regulator, LysR family  33.45 
 
 
288 aa  143  3e-33  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3899  transcriptional regulator, LysR family  33.69 
 
 
305 aa  142  7e-33  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.531376  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3812  LysR family transcriptional regulator  31.84 
 
 
321 aa  142  9e-33  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4146  LysR family transcriptional regulator  33.57 
 
 
291 aa  140  1.9999999999999998e-32  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3415  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 
386 aa  140  1.9999999999999998e-32  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2929  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  34.38 
 
 
290 aa  140  3.9999999999999997e-32  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.000376093  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3047  LysR family transcriptional regulator  34.96 
 
 
296 aa  139  6e-32  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.229406 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3299  LysR family transcriptional regulator  32.52 
 
 
291 aa  139  7e-32  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.11085 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4905  putative LysR family transcriptional regulator  32.25 
 
 
301 aa  139  7.999999999999999e-32  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00441942  hitchhiker  0.00167298 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2074  LysR family transcriptional regulator  33.21 
 
 
316 aa  137  2e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.281167  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2540  LysR family transcriptional regulator  29.76 
 
 
296 aa  137  2e-31  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2014  LysR family transcriptional regulator  36.05 
 
 
289 aa  136  3.0000000000000003e-31  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0382671  normal  0.0477069 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0912  LysR family transcriptional regulator  33.2 
 
 
303 aa  135  9.999999999999999e-31  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.520788  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3484  LysR family transcriptional regulator  30.88 
 
 
304 aa  135  9.999999999999999e-31  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.719553  normal  0.357365 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0630  LysR family transcriptional regulator  34 
 
 
292 aa  134  3e-30  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.977268 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3510  LysR family transcriptional regulator  31.31 
 
 
305 aa  133  3.9999999999999996e-30  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.499049 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5878  transcriptional regulator, LysR family  32.84 
 
 
294 aa  132  5e-30  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0843  LysR family transcriptional regulator  37.87 
 
 
294 aa  131  1.0000000000000001e-29  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06369  transcriptional regulator  34.85 
 
 
313 aa  131  1.0000000000000001e-29  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5637  LysR family transcriptional regulator  33.69 
 
 
284 aa  131  2.0000000000000002e-29  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00214014 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6263  transcriptional regulator, LysR family  31.46 
 
 
304 aa  130  3e-29  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3964  transcriptional regulator, LysR family  31.2 
 
 
290 aa  129  4.0000000000000003e-29  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  decreased coverage  0.00150668  normal  0.033592 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3850  transcriptional regulator, LysR family  31.2 
 
 
290 aa  129  4.0000000000000003e-29  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0588074  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4562  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 
294 aa  127  2.0000000000000002e-28  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0821586  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4722  LysR family transcriptional regulator  35.41 
 
 
292 aa  126  4.0000000000000003e-28  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.422329  normal  0.859213 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5953  transcriptional regulator, LysR family  35.37 
 
 
297 aa  126  5e-28  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.799703  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2277  transcriptional regulator, LysR family  33.09 
 
 
301 aa  124  2e-27  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2414  LysR family transcriptional regulator  33.1 
 
 
297 aa  117  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1265  LysR family transcriptional regulator  34.03 
 
 
294 aa  117  1.9999999999999998e-25  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0824  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 
294 aa  116  3e-25  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.0474626 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2549  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  27.42 
 
 
298 aa  110  2.0000000000000002e-23  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.512449  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1448  LysR family transcriptional regulator  32.64 
 
 
300 aa  111  2.0000000000000002e-23  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0273001  normal  0.589236 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2340  transcriptional regulator, LysR family  31.77 
 
 
313 aa  110  3e-23  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2067  LysR family transcriptional regulator  28.28 
 
 
291 aa  109  6e-23  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0408016  normal  0.72371 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1279  LysR family transcriptional regulator  29.41 
 
 
310 aa  108  7.000000000000001e-23  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.574858 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1236  transcriptional regulator, LysR family  31.93 
 
 
292 aa  108  9.000000000000001e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.387856  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0383  transcriptional regulator, LysR family  32.42 
 
 
297 aa  108  1e-22  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.715241  normal  0.903063 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1778  hydrogen peroxide-inducible genes activator  29.86 
 
 
296 aa  105  8e-22  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4028  LysR family transcriptional regulator  27.6 
 
 
323 aa  105  9e-22  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6654  LysR family transcriptional regulator  33.61 
 
 
293 aa  104  2e-21  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.640944  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4076  LysR family transcriptional regulator  32.69 
 
 
295 aa  104  2e-21  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1779  hydrogen peroxide-inducible genes activator  29.26 
 
 
296 aa  103  3e-21  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3170  LysR family transcriptional regulator  31.49 
 
 
294 aa  103  3e-21  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1323  transcriptional regulator, LysR family  30.63 
 
 
292 aa  103  3e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.672802  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3244  LysR family transcriptional regulator  28.66 
 
 
306 aa  103  4e-21  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4307  LysR family transcriptional regulator  31.84 
 
 
294 aa  103  5e-21  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0280475  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0020  LysR family transcriptional regulator  28.33 
 
 
330 aa  103  5e-21  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0002  transcriptional regulator, LysR family  27.6 
 
 
316 aa  102  8e-21  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3122  LysR family transcriptional regulator  31.58 
 
 
294 aa  102  9e-21  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3156  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  31.31 
 
 
325 aa  102  1e-20  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.46065  normal  0.121521 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0834  LysR, substrate-binding  32.07 
 
 
330 aa  101  1e-20  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1501  LysR family transcriptional regulator  31.27 
 
 
311 aa  101  1e-20  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0468  LysR family transcriptional regulator  29.83 
 
 
281 aa  102  1e-20  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_08961  transcriptional regulator, LysR family protein  26.89 
 
 
312 aa  101  1e-20  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4767  LysR family transcriptional regulator  26.4 
 
 
313 aa  101  2e-20  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3497  transcriptional regulator, substrate-binding, LysR family protein  26.67 
 
 
301 aa  101  2e-20  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.794623  hitchhiker  0.0000380526 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4979  LysR family transcriptional regulator  31.58 
 
 
294 aa  101  2e-20  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.398741  normal  0.422466 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3322  transcriptional regulator, LysR family  29.9 
 
 
296 aa  100  3e-20  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0151906  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>