More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bind_2540 on replicon NC_010581
Organism: Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010581  Bind_2540  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 296 aa  591  1e-168  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1639  LysR family transcriptional regulator  44.06 
 
 		 291 aa  256  2e-67  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3423  LysR family transcriptional regulator  46.04 
 
 		 295 aa  251  8.000000000000001e-66  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6172  transcriptional regulator, LysR family  47.08 
 
 		 290 aa  250  2e-65  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.442907  normal  0.0562293 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3812  LysR family transcriptional regulator  46.02 
 
 		 321 aa  244  9e-64  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2061  LysR family transcriptional regulator  44.49 
 
 		 289 aa  236  4e-61  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.255505  normal  0.159895 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3081  LysR family transcriptional regulator  44.49 
 
 		 293 aa  232  5e-60  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.294093  normal  0.575157 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3436  LysR family transcriptional regulator  44.49 
 
 		 293 aa  232  5e-60  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.223747  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3899  transcriptional regulator, LysR family  42.09 
 
 		 305 aa  220  3e-56  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.531376  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6263  transcriptional regulator, LysR family  42.05 
 
 		 304 aa  216  4e-55  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3510  LysR family transcriptional regulator  41.3 
 
 		 305 aa  214  1.9999999999999998e-54  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.499049 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3047  LysR family transcriptional regulator  40.43 
 
 		 296 aa  205  7e-52  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.229406 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0912  LysR family transcriptional regulator  40.14 
 
 		 303 aa  203  3e-51  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.520788  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2404  LysR family transcriptional regulator  37.54 
 
 		 291 aa  197  1.0000000000000001e-49  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.229553  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0630  LysR family transcriptional regulator  36.97 
 
 		 292 aa  159  6e-38  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.977268 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5637  LysR family transcriptional regulator  40.08 
 
 		 284 aa  154  1e-36  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00214014 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06369  transcriptional regulator  37.97 
 
 		 313 aa  149  6e-35  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4682  transcriptional regulator, LysR family  37.45 
 
 		 291 aa  149  6e-35  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.16132  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2414  LysR family transcriptional regulator  35.02 
 
 		 297 aa  145  1e-33  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2074  LysR family transcriptional regulator  34.94 
 
 		 316 aa  144  3e-33  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.281167  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5027  transcriptional regulator, LysR family  33.84 
 
 		 288 aa  141  9.999999999999999e-33  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5878  transcriptional regulator, LysR family  34.94 
 
 		 294 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_53720  transcriptional regulator  36.25 
 
 		 294 aa  140  3e-32  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0163638  hitchhiker  0.00327626 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4703  transcriptional regulator  36.25 
 
 		 294 aa  140  3.9999999999999997e-32  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3299  LysR family transcriptional regulator  35.34 
 
 		 291 aa  139  4.999999999999999e-32  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.11085 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3973  LysR family transcriptional regulator  29.76 
 
 		 296 aa  137  2e-31  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.981589 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3619  LysR family transcriptional regulator  34.18 
 
 		 292 aa  134  9.999999999999999e-31  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.517887  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3850  transcriptional regulator, LysR family  32.83 
 
 		 290 aa  133  3.9999999999999996e-30  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0588074  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3964  transcriptional regulator, LysR family  32.83 
 
 		 290 aa  133  3.9999999999999996e-30  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  decreased coverage  0.00150668  normal  0.033592 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2014  LysR family transcriptional regulator  31.18 
 
 		 289 aa  132  6.999999999999999e-30  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0382671  normal  0.0477069 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6838  transcriptional regulator, LysR family  32.71 
 
 		 294 aa  132  9e-30  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4146  LysR family transcriptional regulator  32.58 
 
 		 291 aa  130  4.0000000000000003e-29  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8676  transcriptional regulator, LysR family  34.87 
 
 		 303 aa  129  5.0000000000000004e-29  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.241599  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_6165  LysR family transcriptional regulator  28.28 
 
 		 298 aa  128  1.0000000000000001e-28  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0309424  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3893  LysR family transcriptional regulator  28.28 
 
 		 298 aa  128  1.0000000000000001e-28  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.199081  normal  0.0200217 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2277  transcriptional regulator, LysR family  32.45 
 
 		 301 aa  126  4.0000000000000003e-28  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1899  LysR family transcriptional regulator  33.61 
 
 		 286 aa  126  5e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.690335  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0288  transcriptional regulator, LysR family  29.96 
 
 		 293 aa  126  5e-28  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0817  transcriptional regulator, LysR family  34.2 
 
 		 297 aa  125  7e-28  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2240  LysR family transcriptional regulator  31.2 
 
 		 292 aa  125  7e-28  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8674  transcriptional regulator, LysR family  30.34 
 
 		 306 aa  124  2e-27  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.441291  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0307  transcriptional regulator, LysR family  30.67 
 
 		 293 aa  124  3e-27  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0158849  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2361  LysR family transcriptional regulator  34.45 
 
 		 287 aa  123  4e-27  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.709154  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3484  LysR family transcriptional regulator  30.08 
 
 		 304 aa  122  6e-27  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.719553  normal  0.357365 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4506  LysR family transcriptional regulator  29.81 
 
 		 290 aa  122  7e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.964558  normal  0.619285 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3231  transcriptional regulator, LysR family  30.33 
 
 		 291 aa  121  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.421625  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1094  transcriptional regulatory DNA-binding transcription regulator protein  32.07 
 
 		 311 aa  120  3e-26  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.827537 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2765  transcriptional regulator, LysR family  33.33 
 
 		 294 aa  120  3e-26  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.405486  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3560  LysR family transcriptional regulator  32.77 
 
 		 287 aa  119  6e-26  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2361  transcriptional regulator, LysR family  32.03 
 
 		 294 aa  119  6e-26  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.369632 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2214  LysR family transcriptional regulator  32.77 
 
 		 287 aa  119  6e-26  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.598338  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0881  LysR family transcriptional regulator  30.19 
 
 		 296 aa  119  6e-26  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0140129  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1363  LysR family transcriptional regulator  30.19 
 
 		 296 aa  119  6e-26  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.450515  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4905  putative LysR family transcriptional regulator  29.74 
 
 		 301 aa  119  7.999999999999999e-26  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00441942  hitchhiker  0.00167298 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1341  LysR family transcriptional regulator  30.89 
 
 		 296 aa  119  9e-26  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.545162  normal  0.0460764 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0468  LysR family transcriptional regulator  32.07 
 
 		 281 aa  118  9.999999999999999e-26  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2929  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  29.28 
 
 		 290 aa  117  3e-25  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.000376093  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4065  LysR family transcriptional regulator  29.63 
 
 		 299 aa  117  3e-25  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1693  LysR family transcriptional regulator  31.48 
 
 		 294 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.185338  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4207  LysR family transcriptional regulator  31.85 
 
 		 316 aa  113  3e-24  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.165273 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3733  LysR family transcriptional regulator  31.85 
 
 		 316 aa  114  3e-24  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1448  LysR family transcriptional regulator  31.09 
 
 		 300 aa  112  8.000000000000001e-24  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0273001  normal  0.589236 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4562  LysR family transcriptional regulator  28.82 
 
 		 294 aa  111  1.0000000000000001e-23  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0821586  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4048  LysR family transcriptional regulator  30.74 
 
 		 318 aa  110  2.0000000000000002e-23  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4318  LysR family transcriptional regulator  30.74 
 
 		 318 aa  110  2.0000000000000002e-23  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.485382  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4722  LysR family transcriptional regulator  30.34 
 
 		 292 aa  106  4e-22  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.422329  normal  0.859213 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3213  LysR family transcriptional regulator  27.2 
 
 		 283 aa  103  3e-21  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.146504  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5953  transcriptional regulator, LysR family  29.56 
 
 		 297 aa  103  5e-21  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.799703  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5611  transcriptional regulator, LysR family  27.48 
 
 		 300 aa  102  8e-21  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009959  Dshi_4198  LysR family transcriptional regulator  28.88 
 
 		 303 aa  102  8e-21  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.982202 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3267  LysR family transcriptional regulator  26.54 
 
 		 283 aa  101  1e-20  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.486644  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3211  LysR family transcriptional regulator  25.29 
 
 		 283 aa  102  1e-20  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0071  putative transcriptional regulator LysR-type  30.58 
 
 		 292 aa  101  2e-20  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000000000120497  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1747  transcriptional regulator, LysR family  26.44 
 
 		 283 aa  101  2e-20  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.337394  normal  0.482419 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0843  LysR family transcriptional regulator  31.58 
 
 		 294 aa  100  3e-20  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3297  LysR family transcriptional regulator  25.29 
 
 		 283 aa  100  4e-20  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3514  transcriptional regulator, LysR family  25.29 
 
 		 283 aa  100  4e-20  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3557  LysR family transcriptional regulator  25.29 
 
 		 283 aa  100  4e-20  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.423553  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3522  transcriptional regulator, LysR family  26.07 
 
 		 283 aa  99.4  6e-20  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1939  transcriptional regulator, LysR family  29.6 
 
 		 290 aa  98.6  1e-19  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.514267  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8459  LysR family transcriptional regulator  29.63 
 
 		 310 aa  98.6  1e-19  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.983783  normal  1 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5919  transcriptional regulator, LysR family  31.52 
 
 		 296 aa  97.8  2e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2188  LysR family transcriptional regulator  24.82 
 
 		 300 aa  97.1  3e-19  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.540994  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2533  transcriptional regulator, LysR family  24.82 
 
 		 300 aa  97.4  3e-19  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00448001  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3501  transcriptional regulator, LysR family  25.95 
 
 		 283 aa  97.4  3e-19  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2231  LysR family transcriptional regulator  24.1 
 
 		 300 aa  96.7  4e-19  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000245311  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2455  transcriptional regulator, LysR family  23.74 
 
 		 300 aa  96.7  5e-19  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2469  LysR family transcriptional regulator  24.1 
 
 		 300 aa  95.9  6e-19  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.36421  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2508  LysR family transcriptional regulator  25.71 
 
 		 295 aa  94.7  1e-18  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  decreased coverage  0.000736174  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2067  LysR family transcriptional regulator  26.95 
 
 		 291 aa  95.1  1e-18  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0408016  normal  0.72371 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4970  transcriptional regulator, LysR family  31.4 
 
 		 296 aa  95.5  1e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6562  transcriptional regulator, LysR family  31.4 
 
 		 296 aa  94.4  2e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0657  transcriptional regulator, LysR family  31.54 
 
 		 305 aa  94.4  2e-18  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3511  LysR family transcriptional regulator  25 
 
 		 283 aa  94.7  2e-18  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2271  LysR family transcriptional regulator  23.38 
 
 		 300 aa  94.4  2e-18  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.865675  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2439  LysR family transcriptional regulator  23.38 
 
 		 300 aa  94.4  2e-18  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.763594  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0247  transcriptional regulator, LysR family  26.86 
 
 		 288 aa  93.6  3e-18  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1778  hydrogen peroxide-inducible genes activator  27.76 
 
 		 296 aa  94  3e-18  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1668  transcriptional regulator, LysR family  28.01 
 
 		 296 aa  93.6  3e-18  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0188  LysR family transcriptional regulator  26.74 
 
 		 288 aa  94  3e-18  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>