More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Daci_2501 on replicon NC_010002
Organism: Delftia acidovorans SPH-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010002  Daci_2501  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 322 aa  643    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.972743 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3495  LysR family transcriptional regulator  56.09 
 
 		 328 aa  354  8.999999999999999e-97  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.563303 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4027  LysR family transcriptional regulator  56.09 
 
 		 328 aa  354  1e-96  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.424589  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4461  LysR family transcriptional regulator  56.13 
 
 		 323 aa  353  2.9999999999999997e-96  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.860585  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4981  LysR family transcriptional regulator  55.81 
 
 		 323 aa  340  2e-92  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.275923  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2663  LysR family transcriptional regulator  56.73 
 
 		 323 aa  340  2.9999999999999998e-92  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3964  LysR family transcriptional regulator  39.33 
 
 		 315 aa  186  5e-46  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0923381  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4033  putative LysR family transcriptional regulator  37.86 
 
 		 326 aa  180  2e-44  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.652401 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1777  LysR family transcriptional regulator  32.5 
 
 		 351 aa  128  1.0000000000000001e-28  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.142089  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4635  LysR family transcriptional regulator  33.9 
 
 		 318 aa  115  7.999999999999999e-25  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2294  LysR family transcriptional regulator  28.05 
 
 		 318 aa  115  1.0000000000000001e-24  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.666839 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1620  LysR family transcriptional regulator  29.26 
 
 		 312 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1954  transcriptional regulator, LysR family  30.31 
 
 		 313 aa  113  5e-24  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.176573  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6715  LysR family transcriptional regulator  30.95 
 
 		 316 aa  112  6e-24  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.674594  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2394  LysR family transcriptional regulator  30.07 
 
 		 314 aa  112  7.000000000000001e-24  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3084  putative transcriptional regulator  30.6 
 
 		 315 aa  111  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.654919  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3514  LysR family transcriptional regulator  28.25 
 
 		 321 aa  111  2.0000000000000002e-23  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.17891  normal  0.0678834 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5141  LysR family transcriptional regulator  27.24 
 
 		 320 aa  110  2.0000000000000002e-23  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.0705436 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_36180  LysR family transcriptional regulator  30.6 
 
 		 315 aa  111  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.682607  hitchhiker  0.00107493 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3983  LysR family transcriptional regulator  30.35 
 
 		 330 aa  110  4.0000000000000004e-23  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7100  LysR family transcriptional regulator  33.75 
 
 		 305 aa  110  4.0000000000000004e-23  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4576  transcriptional regulator, LysR family  30.48 
 
 		 327 aa  109  6e-23  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0917681  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4394  LysR family transcriptional regulator  29.7 
 
 		 306 aa  109  8.000000000000001e-23  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6812  transcriptional regulator, LysR family  29.54 
 
 		 321 aa  108  8.000000000000001e-23  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.062616  hitchhiker  0.00583234 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3807  LysR family transcriptional regulator  24.71 
 
 		 326 aa  108  1e-22  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3574  LysR family transcriptional regulator  30.66 
 
 		 356 aa  108  1e-22  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.108458 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0289  LysR family transcriptional regulator  29.11 
 
 		 339 aa  108  1e-22  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.6572  normal  1 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8659  transcriptional regulator, LysR family  31.29 
 
 		 304 aa  107  2e-22  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0494  LysR family transcriptional regulator  29.35 
 
 		 312 aa  107  3e-22  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.574474 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5481  LysR family transcriptional regulator  30.95 
 
 		 316 aa  105  1e-21  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0046066 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3902  transcriptional regulator LysR family  28.47 
 
 		 310 aa  105  1e-21  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5247  LysR family transcriptional regulator  32.6 
 
 		 323 aa  105  1e-21  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0614606  normal  0.32448 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4926  LysR family transcriptional regulator  30.95 
 
 		 316 aa  105  1e-21  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.181761 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4248  LysR family transcriptional regulator  32.03 
 
 		 317 aa  105  1e-21  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.409634 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1633  LysR family transcriptional regulator  32.6 
 
 		 331 aa  104  2e-21  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.749714  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0898  LysR family transcriptional regulator  27.45 
 
 		 324 aa  104  2e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.189766  normal  0.288462 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3518  LysR family transcriptional regulator  32.62 
 
 		 321 aa  104  3e-21  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.625066  normal  0.0991501 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1032  LysR family transcriptional regulator  31.8 
 
 		 333 aa  103  4e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.277484 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5497  LysR family transcriptional regulator  26.92 
 
 		 315 aa  102  7e-21  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5745  transcriptional regulator, LysR family  28.57 
 
 		 331 aa  102  8e-21  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4418  LysR family transcriptional regulator  34.24 
 
 		 322 aa  102  8e-21  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1464  transcriptional regulator, LysR family  30.21 
 
 		 325 aa  102  9e-21  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5687  transcriptional regulator, LysR family  31.42 
 
 		 335 aa  102  1e-20  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0040  LysR family transcriptional regulator  30.47 
 
 		 316 aa  101  1e-20  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2349  LysR family transcriptional regulator  28.05 
 
 		 323 aa  101  1e-20  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1757  LysR family transcriptional regulator  31.72 
 
 		 317 aa  101  2e-20  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0458817  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4584  LysR family transcriptional regulator  29.69 
 
 		 316 aa  100  3e-20  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000974851 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5214  LysR family transcriptional regulator  29.69 
 
 		 316 aa  100  3e-20  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5645  LysR family transcriptional regulator  29.69 
 
 		 316 aa  100  3e-20  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0239097  normal  0.200885 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_09120  Transcriptional regulator, LysR family  27.57 
 
 		 314 aa  100  4e-20  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.267768  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1489  LysR family transcriptional regulator  27.31 
 
 		 332 aa  99.8  6e-20  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.442641  normal  0.818656 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4280  LysR family transcriptional regulator  31.74 
 
 		 313 aa  99  9e-20  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5194  LysR family transcriptional regulator  29.28 
 
 		 354 aa  99  9e-20  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.215668 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2084  LysR family transcriptional regulator  28.52 
 
 		 308 aa  97.8  2e-19  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0859391  normal  0.308177 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1209  LysR family transcriptional regulator  28.18 
 
 		 314 aa  97.8  2e-19  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3466  LysR family transcriptional regulator  27.94 
 
 		 321 aa  98.2  2e-19  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.935879  normal  0.213991 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0863  LysR family transcriptional regulator  30.21 
 
 		 322 aa  97.8  2e-19  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.267188 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0457  LysR family transcriptional regulator  27.51 
 
 		 328 aa  97.4  3e-19  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.973452  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3272  transcriptional regulator, LysR family  28.63 
 
 		 302 aa  97.1  4e-19  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.592818 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7648  LysR family transcriptional regulator  29.74 
 
 		 341 aa  96.3  6e-19  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2949  LysR family transcriptional regulator  29.89 
 
 		 317 aa  95.9  9e-19  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.440503  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2435  LysR family transcriptional regulator  28.63 
 
 		 318 aa  95.1  1e-18  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0640  LysR family transcriptional regulator  29.85 
 
 		 341 aa  95.5  1e-18  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.674011  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3201  LysR family transcriptional regulator  30.74 
 
 		 316 aa  95.1  1e-18  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0942378 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2856  LysR family transcriptional regulator  29.77 
 
 		 323 aa  94.4  2e-18  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.996776  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2649  LysR family transcriptional regulator  28.97 
 
 		 313 aa  94.4  2e-18  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2833  LysR family transcriptional regulator  29.5 
 
 		 323 aa  94.4  2e-18  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0496338  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3375  LysR family transcriptional regulator  29.69 
 
 		 314 aa  94.4  2e-18  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.477325  normal  0.253133 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1107  transcriptional regulator, LysR family  28.81 
 
 		 299 aa  94.4  2e-18  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.423986  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0145  LysR family transcriptional regulator  31.84 
 
 		 307 aa  94  3e-18  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00685524 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2667  LysR family transcriptional regulator  30.26 
 
 		 320 aa  94  3e-18  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3958  transcriptional regulator, LysR family  28.79 
 
 		 325 aa  94  3e-18  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00354063  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4222  LysR family transcriptional regulator  29.69 
 
 		 314 aa  94  3e-18  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.638032  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4144  LysR family transcriptional regulator  29.69 
 
 		 314 aa  94  3e-18  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.11543  normal  0.0506604 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1220  LysR family transcriptional regulator  31.16 
 
 		 329 aa  94  3e-18  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2156  LysR family transcriptional regulator  28.12 
 
 		 313 aa  93.6  4e-18  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1890  LysR family transcriptional regulator  28.82 
 
 		 314 aa  93.2  5e-18  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.329804 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2833  LysR family transcriptional regulator  28.26 
 
 		 339 aa  92.8  7e-18  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.823205  normal  0.100227 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5865  LysR family transcriptional regulator  31.3 
 
 		 313 aa  92.4  8e-18  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.813492  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2311  LysR family transcriptional regulator  32.02 
 
 		 321 aa  92.4  8e-18  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00283875 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2023  LysR family transcriptional regulator  31.12 
 
 		 306 aa  92.4  8e-18  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.14781  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3156  LysR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 313 aa  92.4  1e-17  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0331  LysR family transcriptional regulator  28.42 
 
 		 417 aa  91.7  1e-17  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1018  LysR family transcriptional regulator  28.29 
 
 		 317 aa  92.4  1e-17  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.379655  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8309  transcriptional regulator, LysR family  28.87 
 
 		 318 aa  90.9  2e-17  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.207125  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0222  LysR family transcriptional regulator  29.63 
 
 		 307 aa  90.5  3e-17  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3439  LysR family transcriptional regulator  27.46 
 
 		 311 aa  90.1  4e-17  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.444229  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4103  LysR family transcriptional regulator  28.92 
 
 		 316 aa  90.1  5e-17  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000348034 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3914  LysR family transcriptional regulator  25.93 
 
 		 321 aa  89.7  6e-17  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.21984  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4979  LysR family transcriptional regulator  28.41 
 
 		 318 aa  89.7  7e-17  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00118  galactose-binding protein regulator  29.2 
 
 		 302 aa  89.4  8e-17  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.260191  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6759  transcriptional regulator, LysR family  28.2 
 
 		 327 aa  89.4  8e-17  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.405841 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1856  LysR family transcriptional regulator  30.59 
 
 		 328 aa  89.4  8e-17  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.397268  normal  0.189017 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3113  LysR family transcriptional regulator  29.44 
 
 		 314 aa  89.4  8e-17  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.781375  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4443  LysR family transcriptional regulator  29.78 
 
 		 314 aa  89  1e-16  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.917968 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2618  LysR substrate-binding  23.23 
 
 		 292 aa  89  1e-16  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2565  LysR family transcriptional regulator  23.23 
 
 		 292 aa  89  1e-16  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2769  transcriptional regulator  29.3 
 
 		 304 aa  87.8  2e-16  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.347316  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2168  transcriptional regulator, LysR family  29.07 
 
 		 310 aa  87.8  2e-16  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2686  LysR family transcriptional regulator  27.39 
 
 		 303 aa  87.8  2e-16  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.247375 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>