More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Daci_1220 on replicon NC_010002
Organism: Delftia acidovorans SPH-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010002  Daci_1220  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 329 aa  654    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0434  LysR family transcriptional regulator  49.48 
 
 		 303 aa  254  1.0000000000000001e-66  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.306618 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3031  LysR family transcriptional regulator  33.94 
 
 		 324 aa  142  6e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0317613  normal  0.872582 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3983  LysR family transcriptional regulator  34.47 
 
 		 330 aa  134  1.9999999999999998e-30  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4635  LysR family transcriptional regulator  35.76 
 
 		 318 aa  133  3e-30  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5745  transcriptional regulator, LysR family  36.13 
 
 		 331 aa  123  4e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3514  LysR family transcriptional regulator  33.79 
 
 		 321 aa  123  5e-27  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.17891  normal  0.0678834 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5247  LysR family transcriptional regulator  32.54 
 
 		 323 aa  120  1.9999999999999998e-26  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0614606  normal  0.32448 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6812  transcriptional regulator, LysR family  33.47 
 
 		 321 aa  117  3.9999999999999997e-25  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.062616  hitchhiker  0.00583234 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1464  transcriptional regulator, LysR family  34.27 
 
 		 325 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5497  LysR family transcriptional regulator  32.04 
 
 		 315 aa  114  3e-24  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5141  LysR family transcriptional regulator  30.2 
 
 		 320 aa  114  3e-24  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.0705436 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7648  LysR family transcriptional regulator  35.18 
 
 		 341 aa  113  6e-24  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0515  putative DNA-binding transcriptional regulator  31.94 
 
 		 298 aa  112  6e-24  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.523289  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00118  galactose-binding protein regulator  35.11 
 
 		 302 aa  111  2.0000000000000002e-23  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.260191  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2435  LysR family transcriptional regulator  30.71 
 
 		 318 aa  110  2.0000000000000002e-23  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3272  transcriptional regulator, LysR family  29.88 
 
 		 302 aa  110  2.0000000000000002e-23  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.592818 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2394  LysR family transcriptional regulator  32.7 
 
 		 314 aa  111  2.0000000000000002e-23  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3156  LysR family transcriptional regulator  35.46 
 
 		 313 aa  110  3e-23  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4418  LysR family transcriptional regulator  30.28 
 
 		 322 aa  110  3e-23  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1620  LysR family transcriptional regulator  32.42 
 
 		 312 aa  109  6e-23  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2649  LysR family transcriptional regulator  35.06 
 
 		 313 aa  108  1e-22  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2156  LysR family transcriptional regulator  35.06 
 
 		 313 aa  108  1e-22  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5194  LysR family transcriptional regulator  33.61 
 
 		 354 aa  108  1e-22  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.215668 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1777  LysR family transcriptional regulator  36.18 
 
 		 351 aa  107  2e-22  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.142089  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3495  LysR family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 328 aa  106  6e-22  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.563303 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4027  LysR family transcriptional regulator  30.92 
 
 		 328 aa  105  1e-21  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.424589  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2084  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 308 aa  105  1e-21  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0859391  normal  0.308177 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2501  LysR family transcriptional regulator  31.16 
 
 		 322 aa  104  2e-21  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.972743 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0396  putative DNA-binding transcriptional regulator  32.08 
 
 		 298 aa  104  2e-21  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5865  LysR family transcriptional regulator  31.2 
 
 		 313 aa  104  2e-21  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.813492  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4981  LysR family transcriptional regulator  30.1 
 
 		 323 aa  103  3e-21  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.275923  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1954  transcriptional regulator, LysR family  31.98 
 
 		 313 aa  104  3e-21  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.176573  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04629  transcriptional regulator  32.48 
 
 		 328 aa  103  3e-21  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4461  LysR family transcriptional regulator  30.45 
 
 		 323 aa  104  3e-21  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.860585  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1757  LysR family transcriptional regulator  34.35 
 
 		 317 aa  103  5e-21  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0458817  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2949  LysR family transcriptional regulator  28.09 
 
 		 317 aa  102  9e-21  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.440503  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0289  LysR family transcriptional regulator  29.47 
 
 		 339 aa  102  1e-20  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.6572  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3964  LysR family transcriptional regulator  35.14 
 
 		 315 aa  102  1e-20  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0923381  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3806  LysR family transcriptional regulator  28.9 
 
 		 307 aa  101  1e-20  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.335856 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2294  LysR family transcriptional regulator  28.74 
 
 		 318 aa  101  2e-20  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.666839 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2585  LysR family transcriptional regulator  32.81 
 
 		 306 aa  101  2e-20  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2663  LysR family transcriptional regulator  31.38 
 
 		 323 aa  100  4e-20  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2711  LysR family transcriptional regulator  30.63 
 
 		 306 aa  100  4e-20  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4552  LysR family transcriptional regulator  28.52 
 
 		 307 aa  100  5e-20  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2833  LysR family transcriptional regulator  29 
 
 		 323 aa  99.8  6e-20  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0496338  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2856  LysR family transcriptional regulator  29 
 
 		 323 aa  99.4  8e-20  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.996776  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1042  transcriptional regulator, LysR family  31.95 
 
 		 319 aa  99  9e-20  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.429419  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2667  LysR family transcriptional regulator  32.33 
 
 		 320 aa  98.6  1e-19  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_09120  Transcriptional regulator, LysR family  28.23 
 
 		 314 aa  98.6  1e-19  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.267768  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2459  LysR family transcriptional regulator  32.26 
 
 		 310 aa  98.2  2e-19  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000478231 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2832  LysR family transcriptional regulator  32.7 
 
 		 315 aa  97.8  2e-19  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.144397  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7100  LysR family transcriptional regulator  32.47 
 
 		 305 aa  97.8  2e-19  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4979  LysR family transcriptional regulator  29.78 
 
 		 318 aa  97.8  2e-19  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_36180  LysR family transcriptional regulator  30 
 
 		 315 aa  97.8  2e-19  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.682607  hitchhiker  0.00107493 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2857  LysR family transcriptional regulator  33.08 
 
 		 315 aa  98.2  2e-19  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.67216  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3084  putative transcriptional regulator  30 
 
 		 315 aa  97.4  3e-19  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.654919  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1018  LysR family transcriptional regulator  28.99 
 
 		 317 aa  97.4  3e-19  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.379655  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6715  LysR family transcriptional regulator  30.54 
 
 		 316 aa  97.1  4e-19  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.674594  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1209  LysR family transcriptional regulator  29.12 
 
 		 314 aa  96.7  5e-19  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0222  LysR family transcriptional regulator  31.51 
 
 		 307 aa  96.7  5e-19  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2257  LysR family transcriptional regulator  31.12 
 
 		 320 aa  96.7  5e-19  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.206337  hitchhiker  0.000000365434 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0494  LysR family transcriptional regulator  30.33 
 
 		 312 aa  96.3  7e-19  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.574474 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8659  transcriptional regulator, LysR family  29.23 
 
 		 304 aa  95.1  1e-18  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2769  transcriptional regulator  31.06 
 
 		 304 aa  95.1  1e-18  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.347316  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1848  LysR family transcriptional regulator  28.87 
 
 		 314 aa  95.5  1e-18  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_32700  transcriptional regulator  31.06 
 
 		 304 aa  95.1  1e-18  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0685887  hitchhiker  0.0000452911 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3375  LysR family transcriptional regulator  31.47 
 
 		 314 aa  95.1  1e-18  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.477325  normal  0.253133 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3466  LysR family transcriptional regulator  31.84 
 
 		 321 aa  95.1  1e-18  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.935879  normal  0.213991 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1890  LysR family transcriptional regulator  30.9 
 
 		 314 aa  94.4  2e-18  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.329804 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1596  LysR family transcriptional regulator  27.39 
 
 		 321 aa  94.4  2e-18  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.49  normal  0.186614 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3811  LysR family transcriptional regulator  30.24 
 
 		 426 aa  94.7  2e-18  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.775008  normal  0.310651 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1317  transcriptional regulator, LysR family  30.2 
 
 		 314 aa  94.7  2e-18  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.754776  normal  0.339821 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2521  putative transcriptional regulator  27.31 
 
 		 292 aa  94  3e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.47835 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4443  LysR family transcriptional regulator  34.5 
 
 		 314 aa  94  3e-18  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.917968 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1032  LysR family transcriptional regulator  30.15 
 
 		 333 aa  94.4  3e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.277484 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3958  transcriptional regulator, LysR family  26.15 
 
 		 325 aa  94  3e-18  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00354063  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1740  LysR family transcriptional regulator  31.27 
 
 		 301 aa  93.6  4e-18  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.0545937  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4199  putative DNA-binding transcriptional regulator  28.26 
 
 		 298 aa  93.6  5e-18  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4033  putative LysR family transcriptional regulator  33.21 
 
 		 326 aa  93.2  5e-18  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.652401 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2343  transcriptional regulator, LysR family  35.15 
 
 		 237 aa  92.8  6e-18  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.988261  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4103  LysR family transcriptional regulator  29.36 
 
 		 316 aa  93.2  6e-18  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000348034 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3576  LysR family transcriptional regulator  29.8 
 
 		 305 aa  92.8  8e-18  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.300569  normal  0.06186 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2594  transcriptional regulator, LysR family  31.78 
 
 		 314 aa  92.4  8e-18  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.437006  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2417  putative transcriptional regulator  27.34 
 
 		 292 aa  92.4  9e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2625  putative transcriptional regulator  27.34 
 
 		 292 aa  92.4  9e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.351429 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2509  putative transcriptional regulator  27.34 
 
 		 292 aa  92.4  9e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2466  putative transcriptional regulator  27.34 
 
 		 292 aa  92.4  9e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.11864 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2286  putative DNA-binding transcriptional regulator  26.48 
 
 		 302 aa  92  1e-17  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2305  transcriptional regulator, LysR family  26.48 
 
 		 302 aa  92  1e-17  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.661434  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2950  LysR family transcriptional regulator  31.94 
 
 		 315 aa  92.4  1e-17  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.12495  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3213  LysR family transcriptional regulator  31.97 
 
 		 316 aa  92  1e-17  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.329095  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0863  LysR family transcriptional regulator  26.88 
 
 		 322 aa  91.7  1e-17  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.267188 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1986  putative DNA-binding transcriptional regulator  26.48 
 
 		 302 aa  92  1e-17  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.388332 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1582  putative DNA-binding transcriptional regulator  27.36 
 
 		 302 aa  91.7  1e-17  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1783  putative DNA-binding transcriptional regulator  26.48 
 
 		 302 aa  92  1e-17  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5687  transcriptional regulator, LysR family  29.84 
 
 		 335 aa  92  1e-17  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1455  putative DNA-binding transcriptional regulator  26.48 
 
 		 302 aa  92  1e-17  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5481  LysR family transcriptional regulator  30.54 
 
 		 316 aa  92  1e-17  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0046066 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1553  putative DNA-binding transcriptional regulator  26.48 
 
 		 302 aa  92  1e-17  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.381755  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>