More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Veis_0434 on replicon NC_008786
Organism: Verminephrobacter eiseniae EF01-2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008786  Veis_0434  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 303 aa  592  1e-168  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.306618 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1220  LysR family transcriptional regulator  49.48 
 
 		 329 aa  242  7e-63  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3031  LysR family transcriptional regulator  31.16 
 
 		 324 aa  97.4  3e-19  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0317613  normal  0.872582 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4418  LysR family transcriptional regulator  28.72 
 
 		 322 aa  92.8  7e-18  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3964  LysR family transcriptional regulator  31.6 
 
 		 315 aa  84.3  0.000000000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0923381  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5247  LysR family transcriptional regulator  29.48 
 
 		 323 aa  84.7  0.000000000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0614606  normal  0.32448 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0863  LysR family transcriptional regulator  23.43 
 
 		 322 aa  84  0.000000000000003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.267188 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2337  pca operon transcriptional activator PcaQ  32.43 
 
 		 309 aa  82.4  0.000000000000008  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.269299  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1848  LysR family transcriptional regulator  24.03 
 
 		 314 aa  82  0.00000000000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3272  transcriptional regulator, LysR family  27.66 
 
 		 302 aa  81.6  0.00000000000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.592818 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2121  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  31.98 
 
 		 306 aa  80.1  0.00000000000004  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.547513  normal  0.230532 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2435  LysR family transcriptional regulator  27.66 
 
 		 318 aa  79  0.00000000000008  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1765  LysR family transcriptional regulator  31.2 
 
 		 315 aa  78.6  0.0000000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.111845 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2667  LysR family transcriptional regulator  30.45 
 
 		 320 aa  78.2  0.0000000000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3891  LysR family transcriptional regulator  30.64 
 
 		 305 aa  78.2  0.0000000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.314742  normal  0.132364 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2486  LysR family transcriptional regulator  31.49 
 
 		 296 aa  78.2  0.0000000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.521552  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6042  LysR family transcriptional regulator  32.16 
 
 		 419 aa  78.2  0.0000000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.137483 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5745  transcriptional regulator, LysR family  30.51 
 
 		 331 aa  77.4  0.0000000000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6812  transcriptional regulator, LysR family  28.52 
 
 		 321 aa  77  0.0000000000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.062616  hitchhiker  0.00583234 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3375  LysR family transcriptional regulator  31.36 
 
 		 314 aa  76.6  0.0000000000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.477325  normal  0.253133 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3983  LysR family transcriptional regulator  32.28 
 
 		 330 aa  75.9  0.0000000000008  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4144  LysR family transcriptional regulator  31.36 
 
 		 314 aa  75.9  0.0000000000009  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.11543  normal  0.0506604 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4222  LysR family transcriptional regulator  31.36 
 
 		 314 aa  75.9  0.0000000000009  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.638032  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1777  LysR family transcriptional regulator  31.23 
 
 		 351 aa  75.5  0.000000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.142089  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0515  putative DNA-binding transcriptional regulator  23.69 
 
 		 298 aa  75.5  0.000000000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.523289  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2547  LysR family transcriptional regulator  29.46 
 
 		 310 aa  74.3  0.000000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.372947 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4080  LysR family transcriptional regulator  29.18 
 
 		 327 aa  74.7  0.000000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5141  LysR family transcriptional regulator  24.57 
 
 		 320 aa  74.7  0.000000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.0705436 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3056  LysR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 293 aa  74.3  0.000000000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.20426 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5744  transcriptional regulator, LysR family  30.54 
 
 		 434 aa  73.9  0.000000000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0821476  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2257  LysR family transcriptional regulator  29.08 
 
 		 320 aa  73.9  0.000000000003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.206337  hitchhiker  0.000000365434 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0145  LysR family transcriptional regulator  28.01 
 
 		 307 aa  73.9  0.000000000003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00685524 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0094  LysR family substrate-binding transcriptional regulator  29.35 
 
 		 411 aa  73.6  0.000000000004  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0095  LysR family substrate binding transcriptional regulator  29.35 
 
 		 411 aa  73.6  0.000000000004  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4205  LysR family transcriptional regulator  28.83 
 
 		 316 aa  73.6  0.000000000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1455  putative DNA-binding transcriptional regulator  26.27 
 
 		 302 aa  73.2  0.000000000005  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4119  LysR family transcriptional regulator  29.35 
 
 		 392 aa  73.2  0.000000000005  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2473  LysR, substrate-binding  29.69 
 
 		 345 aa  73.2  0.000000000005  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.206697  normal  0.35717 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2305  transcriptional regulator, LysR family  26.27 
 
 		 302 aa  72.8  0.000000000006  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.661434  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01316  predicted DNA-binding transcriptional regulator  26.27 
 
 		 302 aa  72.8  0.000000000007  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.789583  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1783  putative DNA-binding transcriptional regulator  26.27 
 
 		 302 aa  72.8  0.000000000007  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1553  putative DNA-binding transcriptional regulator  26.27 
 
 		 302 aa  72.8  0.000000000007  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.381755  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1986  putative DNA-binding transcriptional regulator  26.27 
 
 		 302 aa  72.8  0.000000000007  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.388332 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1582  putative DNA-binding transcriptional regulator  26.27 
 
 		 302 aa  72.8  0.000000000007  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01326  hypothetical protein  26.27 
 
 		 302 aa  72.8  0.000000000007  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.688177  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2286  putative DNA-binding transcriptional regulator  26.27 
 
 		 302 aa  72.8  0.000000000007  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2269  transcriptional regulator, LysR family  30.32 
 
 		 303 aa  72  0.00000000001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0230  transcriptional regulator PcaQ  29.47 
 
 		 305 aa  72  0.00000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1262  LysR family transcriptional regulator  28.52 
 
 		 310 aa  72.4  0.00000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0948373  normal  0.0721838 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5807  LysR family transcriptional regulator  28.26 
 
 		 315 aa  71.6  0.00000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.540169  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1954  transcriptional regulator, LysR family  32.76 
 
 		 313 aa  72  0.00000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.176573  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7575  LysR family transcriptional regulator  30.84 
 
 		 417 aa  72.4  0.00000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4979  LysR family transcriptional regulator  28.11 
 
 		 318 aa  71.6  0.00000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5053  LysR family transcriptional regulator  28.26 
 
 		 315 aa  71.6  0.00000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.173473  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_01890  transcriptional regulator PcaQ  29.53 
 
 		 275 aa  72  0.00000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.536002  normal  0.885717 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4006  LysR family transcriptional regulator  27.82 
 
 		 310 aa  71.2  0.00000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.00309329  normal  0.374097 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1381  transcriptional regulator, LysR family  28.92 
 
 		 314 aa  71.2  0.00000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.31695  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2394  LysR family transcriptional regulator  26.07 
 
 		 314 aa  71.2  0.00000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3806  LysR family transcriptional regulator  28.46 
 
 		 307 aa  70.9  0.00000000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.335856 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4199  putative DNA-binding transcriptional regulator  23.87 
 
 		 298 aa  71.2  0.00000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3084  putative transcriptional regulator  26.58 
 
 		 315 aa  70.9  0.00000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.654919  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3958  transcriptional regulator, LysR family  26.9 
 
 		 325 aa  71.2  0.00000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00354063  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_36180  LysR family transcriptional regulator  26.58 
 
 		 315 aa  70.9  0.00000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.682607  hitchhiker  0.00107493 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4372  LysR family transcriptional regulator  27.9 
 
 		 315 aa  70.5  0.00000000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5865  LysR family transcriptional regulator  27.09 
 
 		 313 aa  70.9  0.00000000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.813492  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2077  LysR family transcriptional regulator  28.34 
 
 		 296 aa  70.9  0.00000000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.235572  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1305  LysR family transcriptional regulator  27.82 
 
 		 310 aa  70.9  0.00000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000111615  normal  0.494502 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3574  LysR family transcriptional regulator  31.56 
 
 		 356 aa  70.5  0.00000000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.108458 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2856  LysR family transcriptional regulator  24.07 
 
 		 323 aa  70.5  0.00000000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.996776  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1713  LysR family transcriptional regulator  27.82 
 
 		 310 aa  70.5  0.00000000004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0202364 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2459  LysR family transcriptional regulator  26.94 
 
 		 310 aa  70.5  0.00000000004  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000478231 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4394  LysR family transcriptional regulator  28.78 
 
 		 306 aa  70.5  0.00000000004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4972  LysR family transcriptional regulator  31.37 
 
 		 306 aa  70.1  0.00000000004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.884957  normal  0.156049 
 
 
-
 
NC_009508  Swit_5051  LysR family transcriptional regulator  28.86 
 
 		 306 aa  70.1  0.00000000005  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.443716  normal  0.966436 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_32700  transcriptional regulator  29.52 
 
 		 304 aa  69.7  0.00000000005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0685887  hitchhiker  0.0000452911 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0898  transcriptional regulator, LysR family  28.4 
 
 		 293 aa  70.1  0.00000000005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0178  LysR family transcriptional regulator  28.05 
 
 		 303 aa  69.7  0.00000000006  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.758946 
 
 
-
 
NC_003296  RS03093  transcription regulator protein  29.93 
 
 		 297 aa  69.3  0.00000000007  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.386003 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5135  LysR family transcriptional regulator  30.14 
 
 		 296 aa  69.3  0.00000000007  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.428363 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3572  transcriptional regulator, LysR family  26.46 
 
 		 322 aa  69.3  0.00000000007  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5073  LysR family transcriptional regulator  29.18 
 
 		 316 aa  69.3  0.00000000007  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7648  LysR family transcriptional regulator  26.95 
 
 		 341 aa  69.3  0.00000000008  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3724  LysR family transcriptional regulator  28.7 
 
 		 304 aa  68.9  0.00000000009  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1620  LysR family transcriptional regulator  29.39 
 
 		 312 aa  68.9  0.00000000009  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2833  LysR family transcriptional regulator  23.7 
 
 		 323 aa  68.9  0.0000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0496338  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0396  putative DNA-binding transcriptional regulator  25.43 
 
 		 298 aa  68.6  0.0000000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2998  LysR family transcriptional regulator  27.84 
 
 		 312 aa  68.6  0.0000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.412337 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0494  LysR family transcriptional regulator  25.17 
 
 		 312 aa  68.9  0.0000000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.574474 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5310  LysR family transcriptional regulator  29.9 
 
 		 296 aa  68.2  0.0000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1890  LysR family transcriptional regulator  32.51 
 
 		 314 aa  67.8  0.0000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.329804 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2503  LysR family transcriptional regulator  35.85 
 
 		 328 aa  68.2  0.0000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1464  transcriptional regulator, LysR family  28.74 
 
 		 325 aa  67.8  0.0000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1317  transcriptional regulator, LysR family  28.67 
 
 		 314 aa  67.8  0.0000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.754776  normal  0.339821 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1141  LysR family transcriptional regulator  30.17 
 
 		 297 aa  68.2  0.0000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.387698 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4443  LysR family transcriptional regulator  31.68 
 
 		 314 aa  67.4  0.0000000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.917968 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3489  LysR family transcriptional regulator  27.18 
 
 		 330 aa  67  0.0000000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.371565 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_38270  pca operon transcription factor PcaQ  27.37 
 
 		 310 aa  67  0.0000000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3113  LysR family transcriptional regulator  24.81 
 
 		 314 aa  66.6  0.0000000004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.781375  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00118  galactose-binding protein regulator  32.92 
 
 		 302 aa  66.6  0.0000000004  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.260191  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5194  LysR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 354 aa  67  0.0000000004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.215668 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>