More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Veis_0178 on replicon NC_008786
Organism: Verminephrobacter eiseniae EF01-2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008786  Veis_0178  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 303 aa  598  1e-170  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.758946 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0778  LysR family transcriptional regulator  71.24 
 
 		 306 aa  407  1.0000000000000001e-112  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1817  LysR family transcriptional regulator  63.58 
 
 		 310 aa  368  1e-101  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.330978  hitchhiker  0.00360584 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3825  LysR family transcriptional regulator  51.02 
 
 		 306 aa  308  5e-83  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.363475 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4035  transcriptional regulator, LysR family  53.64 
 
 		 305 aa  296  3e-79  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.176512  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4144  LysR family transcriptional regulator  51.16 
 
 		 307 aa  296  3e-79  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3921  transcriptional regulator, LysR family  53.64 
 
 		 305 aa  296  3e-79  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4735  LysR family transcriptional regulator  47.26 
 
 		 305 aa  273  2.0000000000000002e-72  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.52327  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0711  transcriptional regulator, LysR family  46.31 
 
 		 304 aa  270  2e-71  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2826  LysR family transcriptional regulator  50.33 
 
 		 302 aa  263  2e-69  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.123766 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1656  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  47.6 
 
 		 321 aa  259  4e-68  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.227102  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2577  transcriptional regulator, LysR family  46.28 
 
 		 297 aa  258  1e-67  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.216536  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2268  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  45.51 
 
 		 302 aa  253  2.0000000000000002e-66  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.170931  normal  0.112201 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1158  LysR family transcriptional regulator  46.58 
 
 		 301 aa  251  9.000000000000001e-66  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1507  LysR family transcriptional regulator  45.73 
 
 		 317 aa  247  1e-64  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1646  LysR family transcriptional regulator  45.05 
 
 		 317 aa  243  1.9999999999999999e-63  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1487  LysR family transcriptional regulator  45.05 
 
 		 317 aa  243  3e-63  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.235813  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4729  LysR family transcriptional regulator  44.71 
 
 		 317 aa  243  3.9999999999999997e-63  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.417319  normal  0.651457 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1765  transcriptional regulator, LysR family  42.41 
 
 		 320 aa  239  2.9999999999999997e-62  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.348978  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1568  LysR family transcriptional regulator  44.03 
 
 		 317 aa  236  3e-61  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.841213  normal  0.890695 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5122  transcriptional regulator, LysR family  45.04 
 
 		 298 aa  236  3e-61  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1111  LysR family transcriptional regulator  44.37 
 
 		 317 aa  236  3e-61  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1591  LysR family transcriptional regulator  44.37 
 
 		 324 aa  236  3e-61  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0175342  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3236  transcriptional regulator, LysR family  41.02 
 
 		 307 aa  226  4e-58  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4382  LysR family transcriptional regulator  43.73 
 
 		 300 aa  225  7e-58  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3652  transcriptional regulator, LysR family  44.07 
 
 		 301 aa  224  1e-57  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0887356  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1264  LysR family transcriptional regulator  42.76 
 
 		 317 aa  223  3e-57  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1340  LysR family transcriptional regulator  42.42 
 
 		 317 aa  222  4.9999999999999996e-57  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.875316  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2518  LysR family regulatory protein  42.42 
 
 		 311 aa  220  3e-56  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1720  LysR family transcriptional regulator  43.1 
 
 		 304 aa  219  3.9999999999999997e-56  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.501523 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2975  LysR family transcriptional regulator  42.71 
 
 		 297 aa  217  2e-55  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.819316  normal  0.0269268 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1674  transcriptional regulator, LysR family  41.4 
 
 		 312 aa  202  7e-51  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.247325  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2928  transcriptional regulator, LysR family  36.27 
 
 		 309 aa  202  8e-51  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3118  transcriptional regulator, LysR family  36.43 
 
 		 313 aa  184  1.0000000000000001e-45  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.752623  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3122  LysR family transcriptional regulator  39.74 
 
 		 315 aa  184  2.0000000000000003e-45  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2216  transcriptional regulator, LysR family  37.29 
 
 		 311 aa  183  3e-45  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3501  transcriptional regulator, LysR family  34.24 
 
 		 310 aa  182  6e-45  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.7374  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2528  transcriptional regulator, LysR family  37.11 
 
 		 310 aa  180  2.9999999999999997e-44  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3624  transcriptional regulator, LysR family  34.68 
 
 		 310 aa  179  7e-44  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4153  LysR family transcriptional regulator  32.2 
 
 		 299 aa  174  9.999999999999999e-43  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1590  LysR family transcriptional regulator  35.02 
 
 		 302 aa  153  2.9999999999999998e-36  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1272  LysR family transcriptional regulator  38.07 
 
 		 295 aa  153  4e-36  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0963  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 334 aa  151  1e-35  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2416  transcriptional regulator, substrate-binding of LysR family protein  28.87 
 
 		 297 aa  150  3e-35  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  decreased coverage  0.0000387203  decreased coverage  0.000000509864 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_02870  putative transcriptional regulator  34.52 
 
 		 313 aa  145  6e-34  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00238694 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1679  transcriptional regulator, LysR family  34.22 
 
 		 316 aa  145  1e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.409194  normal  0.896834 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1185  LysR family transcriptional regulator  34.48 
 
 		 310 aa  144  2e-33  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00000000537468  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1293  LysR family transcriptional regulator  34.07 
 
 		 320 aa  144  3e-33  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  decreased coverage  0.00171024  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3501  LysR family transcriptional regulator  33.89 
 
 		 304 aa  143  3e-33  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.829127  normal  0.0458146 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4662  transcriptional regulator, LysR family  31.96 
 
 		 329 aa  142  7e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0319  putative transcriptional regulator  34.51 
 
 		 313 aa  141  9.999999999999999e-33  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.404994  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0223  transcriptional regulator, LysR family  33.57 
 
 		 308 aa  139  6e-32  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.0239924 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2041  transcriptional regulator, LysR family  33.21 
 
 		 301 aa  138  1e-31  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.416222 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6622  LysR family transcriptional regulator  34.69 
 
 		 318 aa  138  1e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.536281  normal  0.255489 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0548  LysR family transcriptional regulator  34.15 
 
 		 316 aa  137  2e-31  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5121  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  33.33 
 
 		 306 aa  137  2e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1092  transcriptional regulator, LysR family  36.77 
 
 		 301 aa  137  2e-31  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0509948  normal  0.0429857 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1722  LysR substrate-binding  32.82 
 
 		 301 aa  137  3.0000000000000003e-31  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0793479  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5497  transcriptional regulator, LysR family  31.38 
 
 		 316 aa  136  3.0000000000000003e-31  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.315237  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6694  LysR family transcriptional regulator  36.39 
 
 		 321 aa  136  4e-31  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.32621 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4629  transcriptional regulator, LysR family  35.58 
 
 		 332 aa  136  4e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.31234 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3756  LysR family transcriptional regulator  28.47 
 
 		 301 aa  136  5e-31  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.231956  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0395  LysR family transcriptional regulator  36.27 
 
 		 315 aa  136  5e-31  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.662274 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1338  putative transcriptional regulator  32.65 
 
 		 311 aa  135  9.999999999999999e-31  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0140  LysR family transcriptional regulator  29.68 
 
 		 300 aa  134  9.999999999999999e-31  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.273009  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_15210  LysR family transcriptional regulator  32.65 
 
 		 311 aa  135  9.999999999999999e-31  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.017601  hitchhiker  0.00000000286911 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6218  LysR family transcriptional regulator  36.05 
 
 		 321 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00215178 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5851  LysR family transcriptional regulator  36.05 
 
 		 321 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.121988  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1472  LysR family transcriptional regulator  31.68 
 
 		 300 aa  133  3e-30  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.166956  normal  0.322339 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3176  LysR family transcriptional regulator  30.85 
 
 		 304 aa  132  7.999999999999999e-30  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.594001  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4825  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 303 aa  131  1.0000000000000001e-29  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.861271  normal  0.185461 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4570  LysR family transcriptional regulator  34.88 
 
 		 298 aa  131  1.0000000000000001e-29  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0907  transcriptional regulator, LysR family  32.42 
 
 		 302 aa  130  2.0000000000000002e-29  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1344  LysR family transcriptional regulator  34.25 
 
 		 298 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.749958  normal  0.0693843 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3548  transcriptional regulator LysR family  30.74 
 
 		 318 aa  130  3e-29  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.280114  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0761  transcriptional regulator, LysR family  32.42 
 
 		 316 aa  130  3e-29  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.211674  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3225  transcriptional regulator, LysR family  31.97 
 
 		 300 aa  129  7.000000000000001e-29  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.456811 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2787  LysR family transcriptional regulator  32.08 
 
 		 305 aa  129  9.000000000000001e-29  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1036  transcriptional regulator, LysR family  31.29 
 
 		 300 aa  128  1.0000000000000001e-28  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4202  transcriptional regulator, LysR family  31.92 
 
 		 302 aa  128  1.0000000000000001e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0884  LysR family transcriptional regulator  33.9 
 
 		 298 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1366  LysR family transcriptional regulator  33.9 
 
 		 298 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4492  transcriptional regulator, LysR family  30.54 
 
 		 306 aa  127  2.0000000000000002e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.957194 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3380  LysR family transcriptional regulator  32.3 
 
 		 323 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.846396 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4509  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 298 aa  127  3e-28  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.391554 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1269  LysR family transcriptional regulator  34.25 
 
 		 298 aa  126  5e-28  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.151838 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1259  transcriptional regulator, LysR family  34.24 
 
 		 300 aa  126  5e-28  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1243  LysR family transcriptional regulator  34.25 
 
 		 298 aa  126  5e-28  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3187  LysR family transcriptional regulator  29.21 
 
 		 307 aa  125  7e-28  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1930  LysR family transcriptional regulator  34.6 
 
 		 297 aa  123  3e-27  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0417087 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5630  LysR family transcriptional regulator  28.62 
 
 		 302 aa  123  3e-27  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0341867 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4657  LysR family transcriptional regulator  28.62 
 
 		 302 aa  123  3e-27  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.501857  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3711  LysR family transcriptional regulator  28.62 
 
 		 302 aa  123  3e-27  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.282395  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0659  LysR family transcriptional regulator  34 
 
 		 314 aa  123  4e-27  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0513  LysR family transcriptional regulator  31.54 
 
 		 302 aa  123  4e-27  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.810346  normal  0.24806 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2271  LysR family transcriptional regulator  30.54 
 
 		 300 aa  123  5e-27  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.865675  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2439  LysR family transcriptional regulator  30.54 
 
 		 300 aa  123  5e-27  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.763594  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5847  LysR family transcriptional regulator  28.28 
 
 		 302 aa  122  5e-27  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.632072  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6323  MarR family transcriptional regulator  30.8 
 
 		 294 aa  122  6e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.482978  normal  0.771209 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2850  LysR family substrate binding transcriptional regulator  27.34 
 
 		 290 aa  122  9e-27  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.46504  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>