More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cphy_1783 on replicon NC_010001
Organism: Clostridium phytofermentans ISDg



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010001  Cphy_1783  MarR family transcriptional regulator  100 
 
 		 302 aa  617  1e-176  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  0.00000000134706  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1902  LysR family transcriptional regulator  39.16 
 
 		 292 aa  215  7e-55  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1191  putative transcriptional regulator  37.76 
 
 		 290 aa  212  5.999999999999999e-54  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0284  LysR family transcriptional regulator  36.99 
 
 		 294 aa  194  2e-48  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1726  LysR family transcriptional regulator  37.37 
 
 		 294 aa  194  2e-48  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  decreased coverage  0.000000302117  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05450  transcriptional regulator, LysR family  35.89 
 
 		 296 aa  192  8e-48  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0434511  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1454  LysR family transcriptional regulator  36.7 
 
 		 294 aa  187  3e-46  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0215589  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1184  LysR family transcriptional regulator  30.82 
 
 		 308 aa  163  3e-39  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.204393 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0411  LysR family transcriptional regulator  31.85 
 
 		 308 aa  161  1e-38  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1292  LysR family transcriptional regulator  30.58 
 
 		 308 aa  161  1e-38  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.781932 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0726  LysR family transcriptional regulator  31.23 
 
 		 308 aa  160  2e-38  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.414898  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4022  LysR family transcriptional regulator  30.48 
 
 		 308 aa  157  1e-37  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000162423 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1791  LysR family transcriptional regulator  30.39 
 
 		 290 aa  158  1e-37  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.027343 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1239  LysR family transcriptional regulator  30.48 
 
 		 308 aa  157  2e-37  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.603267  hitchhiker  0.00000000418584 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1637  LysR family transcriptional regulator  30.14 
 
 		 308 aa  156  3e-37  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.841057  normal  0.105618 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4080  LysR family transcriptional regulator  30.14 
 
 		 308 aa  157  3e-37  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4025  transcriptional regulator, LysR family  30.14 
 
 		 308 aa  156  4e-37  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.854112  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1732  putative transcriptional regulator  28.62 
 
 		 308 aa  155  5.0000000000000005e-37  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.470848  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1386  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  30.14 
 
 		 308 aa  155  7e-37  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1717  transcriptional regulator  28.57 
 
 		 314 aa  154  1e-36  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_20130  LysR family transcriptional regulator  28.28 
 
 		 308 aa  154  2e-36  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0127  LysR family transcriptional regulator  29.21 
 
 		 308 aa  152  5.9999999999999996e-36  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_38480  FinR, transcriptional regulator, LysR-family  30.67 
 
 		 308 aa  151  1e-35  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0449  LysR family transcriptional regulator  29.66 
 
 		 307 aa  151  1e-35  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00010985  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2159  transcriptional regulator, LysR family  29.7 
 
 		 308 aa  150  2e-35  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.597139  hitchhiker  0.0000167573 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2531  transcriptional regulator, LysR family  29.7 
 
 		 308 aa  150  2e-35  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.351481  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1597  putative transcriptional regulator LysR-type  30.45 
 
 		 308 aa  150  3e-35  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2680  transcriptional regulator, LysR family  31.14 
 
 		 308 aa  149  5e-35  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.578382  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0186  LysR family transcriptional regulator  28.14 
 
 		 296 aa  149  6e-35  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000312054  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1985  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  31.06 
 
 		 300 aa  149  7e-35  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.464368 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0657  LysR family transcriptional regulator  29.59 
 
 		 297 aa  148  9e-35  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0325779  normal  0.831688 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2885  LysR family transcriptional regulator  32.72 
 
 		 298 aa  146  4.0000000000000006e-34  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0745668  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1763  LysR family transcriptional regulator  30.56 
 
 		 296 aa  145  1e-33  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1443  LysR family transcriptional regulator  30.23 
 
 		 303 aa  143  3e-33  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1615  LysR family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 299 aa  143  4e-33  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.979938  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2817  LysR family transcriptional regulator  28.91 
 
 		 296 aa  143  5e-33  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0630  transcriptional regulator, LysR family  32.74 
 
 		 299 aa  142  7e-33  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.0000148774  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1537  LysR family transcriptional regulator  31.49 
 
 		 307 aa  141  9.999999999999999e-33  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000000000701673  normal  0.891545 
 
 
-
 
NC_013732  Slin_6941  transcriptional regulator, LysR family  30.61 
 
 		 298 aa  140  1.9999999999999998e-32  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4466  LysR family transcriptional regulator  29.6 
 
 		 316 aa  141  1.9999999999999998e-32  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2710  transcriptional regulator, LysR family  28.32 
 
 		 309 aa  140  3e-32  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.79073 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3406  transcriptional regulator, LysR family  28.32 
 
 		 309 aa  140  3e-32  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4630  LysR family transcriptional regulator  28.03 
 
 		 302 aa  139  4.999999999999999e-32  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2193  transcriptional regulator, LysR family  30 
 
 		 292 aa  139  6e-32  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.35809  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1857  LysR family transcriptional regulator  30.38 
 
 		 301 aa  138  1e-31  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.110484  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4870  transcriptional regulator, LysR family  30.83 
 
 		 298 aa  137  2e-31  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0456  LysR family transcriptional regulator  26.99 
 
 		 294 aa  137  2e-31  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1555  LysR family transcriptional regulator  28.04 
 
 		 318 aa  136  4e-31  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000214293  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0678  HTH-type transciptional regulator, LysR-family  27.3 
 
 		 291 aa  135  6.0000000000000005e-31  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0849029  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1907  LysR family transcriptional regulator  26.78 
 
 		 304 aa  135  8e-31  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2180  LysR family transcriptional regulator  27.21 
 
 		 297 aa  135  8e-31  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.000148525  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1657  putative DNA-binding transcriptional regulator  29.12 
 
 		 290 aa  135  9e-31  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0307226  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0820  transcriptional regulator, LysR family  27.8 
 
 		 307 aa  134  1.9999999999999998e-30  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0953  transcriptional regulator, LysR family  29.73 
 
 		 294 aa  134  1.9999999999999998e-30  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1817  transcriptional regulator, LysR family  28.12 
 
 		 303 aa  134  1.9999999999999998e-30  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4369  LysR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 324 aa  134  1.9999999999999998e-30  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1877  LysR family transcriptional regulator  28.42 
 
 		 297 aa  134  1.9999999999999998e-30  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000269934  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2158  transcriptional regulator, LysR family  28.12 
 
 		 301 aa  134  1.9999999999999998e-30  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2158  LysR family transcriptional regulator  28.67 
 
 		 298 aa  133  3e-30  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000000128289  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3384  LysR family transcriptional regulator  29.02 
 
 		 295 aa  132  6.999999999999999e-30  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.478481  normal  0.271127 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2640  RuBisCO operon transcriptional regulator  27.68 
 
 		 305 aa  132  7.999999999999999e-30  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3816  transcriptional regulator, LysR family  28.07 
 
 		 313 aa  131  1.0000000000000001e-29  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0677379  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5945  transcriptional regulator, LysR family  27.12 
 
 		 307 aa  131  1.0000000000000001e-29  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.626175  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3776  transcriptional regulator, LysR family  29.35 
 
 		 314 aa  132  1.0000000000000001e-29  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.988638  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA3039  rubisco operon transcriptional regulator  31.58 
 
 		 318 aa  130  2.0000000000000002e-29  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.670925  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2284  LysR family transcriptional regulator  27.95 
 
 		 305 aa  130  3e-29  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.471609  hitchhiker  0.00164938 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0783  transcriptional regulator, LysR family protein  26.91 
 
 		 300 aa  129  4.0000000000000003e-29  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2242  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  27.84 
 
 		 303 aa  129  5.0000000000000004e-29  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_4062  hypothetical protein  26.69 
 
 		 302 aa  129  6e-29  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.228225  normal  0.120917 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0269  LysR substrate-binding  30.32 
 
 		 298 aa  129  6e-29  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.670723  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0953  transcriptional regulator, LysR family  26.78 
 
 		 311 aa  129  7.000000000000001e-29  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0145345  decreased coverage  0.00704929 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1928  putative DNA-binding transcriptional regulator  27.37 
 
 		 290 aa  129  8.000000000000001e-29  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0121617  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5262  LysR family transcriptional regulator  28.77 
 
 		 296 aa  128  1.0000000000000001e-28  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0804009  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2199  transcriptional regulator, LysR family  28.46 
 
 		 298 aa  128  1.0000000000000001e-28  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0478  transcriptional regulator, LysR family  29.82 
 
 		 290 aa  128  1.0000000000000001e-28  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.0101609  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1993  transcriptional regulator, LysR family  26.44 
 
 		 319 aa  128  1.0000000000000001e-28  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2419  putative DNA-binding transcriptional regulator  28.52 
 
 		 292 aa  128  1.0000000000000001e-28  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4465  transcriptional regulator, LysR family  29.97 
 
 		 319 aa  128  1.0000000000000001e-28  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  hitchhiker  0.00192923  normal  0.232029 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1148  transcriptional regulator, LysR family  25.85 
 
 		 303 aa  128  1.0000000000000001e-28  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.00000000000000219344  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3732  transcriptional regulator, LysR family  27.61 
 
 		 300 aa  127  2.0000000000000002e-28  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.00000000560912  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4402  transcriptional regulator, LysR family  29.64 
 
 		 319 aa  127  2.0000000000000002e-28  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3204  transcriptional regulator, LysR family  26.33 
 
 		 326 aa  127  2.0000000000000002e-28  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0357264  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0509  transcriptional regulator, LysR family  27.72 
 
 		 293 aa  127  3e-28  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.187244  hitchhiker  0.00160332 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0809  putative DNA-binding transcriptional regulator  25.96 
 
 		 293 aa  126  4.0000000000000003e-28  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0637  transcriptional regulator, LysR family  27.89 
 
 		 312 aa  126  4.0000000000000003e-28  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.0000713061  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2471  LysR family transcriptional regulator  26.6 
 
 		 301 aa  126  4.0000000000000003e-28  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.643373 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02086  predicted DNA-binding transcriptional regulator  25.96 
 
 		 293 aa  126  5e-28  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0640427  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3716  LysR family transcriptional regulator  28.04 
 
 		 297 aa  126  5e-28  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2324  putative DNA-binding transcriptional regulator  27.82 
 
 		 286 aa  126  5e-28  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3312  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  24.83 
 
 		 317 aa  126  5e-28  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.404557 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1050  transcriptional regulator, LysR family  26.71 
 
 		 308 aa  126  5e-28  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0198617  normal  0.025944 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3293  putative DNA-binding transcriptional regulator  25.96 
 
 		 293 aa  126  5e-28  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.020887  normal  0.438576 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02045  hypothetical protein  25.96 
 
 		 293 aa  126  5e-28  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.074382  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2454  putative DNA-binding transcriptional regulator  25.96 
 
 		 293 aa  126  5e-28  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2304  putative DNA-binding transcriptional regulator  25.96 
 
 		 293 aa  126  5e-28  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00791446 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2293  putative DNA-binding transcriptional regulator  25.96 
 
 		 293 aa  126  5e-28  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6168  putative transcriptional regulator  27.46 
 
 		 296 aa  126  6e-28  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.220915  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0861  LysR family transcriptional regulator  27.37 
 
 		 325 aa  125  6e-28  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.278142  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3855  transcriptional regulator, LysR family  28.16 
 
 		 316 aa  126  6e-28  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1110  transcriptional regulatory DNA-binding transcription regulator protein  25.96 
 
 		 306 aa  125  7e-28  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.00000488361  normal  0.138015 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>