More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BamMC406_4692 on replicon NC_010552
Organism: Burkholderia ambifaria MC40-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010552  BamMC406_4692  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 347 aa  686    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4170  LysR family transcriptional regulator  96.08 
 
 		 349 aa  623  1e-177  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4785  LysR family transcriptional regulator  87.32 
 
 		 342 aa  583  1.0000000000000001e-165  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0237769  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3582  LysR family transcriptional regulator  87.32 
 
 		 342 aa  583  1.0000000000000001e-165  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.283353  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0927  LysR family transcriptional regulator  88.86 
 
 		 348 aa  572  1.0000000000000001e-162  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5498  LysR family transcriptional regulator  96.21 
 
 		 345 aa  564  1e-160  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.232176 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3815  LysR family transcriptional regulator  87.54 
 
 		 361 aa  543  1e-153  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000407942 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1443  LysR family transcriptional regulator  59.42 
 
 		 311 aa  311  9e-84  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.748078 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4763  LysR family transcriptional regulator  52.92 
 
 		 307 aa  288  9e-77  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4468  LysR family transcriptional regulator  49.08 
 
 		 315 aa  267  2.9999999999999995e-70  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.996518 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1403  LysR family transcriptional regulator  41.67 
 
 		 303 aa  226  6e-58  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.311386  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4579  LysR family transcriptional regulator  43.96 
 
 		 303 aa  224  1e-57  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.263741  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1310  LysR family transcriptional regulator  43.96 
 
 		 303 aa  223  3e-57  Pseudomonas putida F1  Bacteria  decreased coverage  0.000494191  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3879  LysR family transcriptional regulator  43.22 
 
 		 303 aa  223  3e-57  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4100  LysR family transcriptional regulator  43.59 
 
 		 303 aa  222  6e-57  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.733  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_37220  LysR family transcriptional regulator  43.25 
 
 		 317 aa  218  1e-55  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.923921  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3195  putative transcriptional regulator  43.25 
 
 		 363 aa  218  1e-55  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1729  LysR family transcriptional regulator  36.99 
 
 		 291 aa  207  2e-52  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0978912  normal  0.139934 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1667  LysR family transcriptional regulator  39.35 
 
 		 321 aa  206  3e-52  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1946  transcriptional regulator, LysR family  39.41 
 
 		 316 aa  205  1e-51  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4745  LysR family transcriptional regulator  38.69 
 
 		 313 aa  203  3e-51  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.729487  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3045  LysR family transcriptional regulator  40.41 
 
 		 296 aa  197  2.0000000000000003e-49  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.458337  normal  0.369645 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3400  LysR family transcriptional regulator  40.41 
 
 		 296 aa  197  3e-49  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0974424  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0007  LysR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 324 aa  194  1e-48  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.702355 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1096  transcriptional regulator, LysR family  37.55 
 
 		 297 aa  194  3e-48  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  decreased coverage  0.000448558  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1845  LysR family transcriptional regulator  38.34 
 
 		 315 aa  193  4e-48  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.136314  normal  0.795683 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2882  LysR family transcriptional regulator  34.62 
 
 		 320 aa  189  5e-47  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.130369 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2124  LysR family transcriptional regulator  36.67 
 
 		 297 aa  188  1e-46  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.01237  normal  0.0125374 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0007  LysR family transcriptional regulator  40.74 
 
 		 298 aa  186  7e-46  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3622  LysR family transcriptional regulator  37.67 
 
 		 316 aa  185  9e-46  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.85611 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3349  LysR family transcriptional regulator  34.92 
 
 		 297 aa  171  2e-41  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.89818  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0474  LysR family transcriptional regulator  34.97 
 
 		 311 aa  165  9e-40  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3458  LysR family transcriptional regulator  35.76 
 
 		 310 aa  160  2e-38  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1507  LysR family transcriptional regulator  34.59 
 
 		 304 aa  161  2e-38  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5281  LysR family transcriptional regulator  35.76 
 
 		 310 aa  160  2e-38  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.971291  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1775  LysR family transcriptional regulator  36.26 
 
 		 304 aa  157  4e-37  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.0671659 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0404  LysR family transcriptional regulator  35.07 
 
 		 311 aa  154  2e-36  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.480543  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5126  LysR family transcriptional regulator  36.67 
 
 		 310 aa  154  2.9999999999999998e-36  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0428454 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4149  LysR family transcriptional regulator  29.79 
 
 		 307 aa  153  4e-36  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.438214  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2365  LysR family transcriptional regulator  34.28 
 
 		 310 aa  150  3e-35  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2577  LysR family transcriptional regulator  35.53 
 
 		 310 aa  150  5e-35  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.571324  normal  0.28199 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3549  LysR family transcriptional regulator  36.45 
 
 		 310 aa  149  8e-35  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.450879  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1027  LysR family transcriptional regulator  31.85 
 
 		 314 aa  148  1.0000000000000001e-34  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3970  LysR family transcriptional regulator  35.53 
 
 		 310 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0573169 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2466  LysR family transcriptional regulator  32.57 
 
 		 311 aa  147  2.0000000000000003e-34  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3293  transcriptional regulator, LysR family  34.55 
 
 		 301 aa  144  2e-33  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.563306  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2257  transcriptional regulator, LysR family  31.85 
 
 		 296 aa  140  4.999999999999999e-32  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.304398 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4814  transcriptional regulator, LysR family  33.22 
 
 		 312 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0274542 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2263  transcriptional regulator, LysR family  28.43 
 
 		 299 aa  128  1.0000000000000001e-28  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3079  LysR family transcriptional regulator  31.99 
 
 		 300 aa  127  2.0000000000000002e-28  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.149584  normal  0.0381152 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2571  LysR family transcriptional regulator  30.34 
 
 		 292 aa  126  7e-28  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.159237  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1892  LysR family transcriptional regulator  34.23 
 
 		 304 aa  125  1e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0154443  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1231  transcriptional regulator, LysR family  31.02 
 
 		 298 aa  124  2e-27  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.214878  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6072  transcriptional regulator, LysR family  31.72 
 
 		 311 aa  122  9.999999999999999e-27  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5799  transcriptional regulator, LysR family  31.16 
 
 		 332 aa  120  3e-26  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2361  LysR family transcriptional regulator  31.12 
 
 		 318 aa  119  7e-26  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.683125  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0204  LysR family transcriptional regulator  30.39 
 
 		 339 aa  118  1.9999999999999998e-25  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3933  transcriptional regulator, LysR family  28.14 
 
 		 306 aa  117  3.9999999999999997e-25  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4978  LysR family transcriptional regulator  31.27 
 
 		 309 aa  116  5e-25  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6469  LysR family transcriptional regulator  30.98 
 
 		 305 aa  116  6.9999999999999995e-25  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.113472  normal  0.0944873 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2901  LysR family transcriptional regulator  29.49 
 
 		 325 aa  114  2.0000000000000002e-24  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.0129461 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0888  transcriptional regulator, LysR family  28.62 
 
 		 300 aa  114  2.0000000000000002e-24  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5969  LysR family transcriptional regulator  31.4 
 
 		 305 aa  114  3e-24  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0037011 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5605  LysR family transcriptional regulator  31.4 
 
 		 305 aa  114  3e-24  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0076  transcriptional regulator, LysR family  31.29 
 
 		 302 aa  112  7.000000000000001e-24  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6251  LysR family transcriptional regulator  30.27 
 
 		 327 aa  112  1.0000000000000001e-23  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.3738  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0970  LysR family transcriptional regulator  30 
 
 		 303 aa  105  1e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0205462  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3151  transcriptional regulator  29.57 
 
 		 302 aa  105  1e-21  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.117197  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0080  LysR family transcriptional regulator  30.13 
 
 		 303 aa  104  2e-21  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1757  LysR family transcriptional regulator  26.67 
 
 		 292 aa  103  3e-21  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0960  LysR family transcriptional regulator  29.09 
 
 		 295 aa  104  3e-21  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.234863  normal  1 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5155  LysR family transcriptional regulator  28.52 
 
 		 303 aa  103  3e-21  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2122  LysR family transcriptional regulator  29.66 
 
 		 297 aa  104  3e-21  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.303428  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0456  LysR family transcriptional regulator  30.92 
 
 		 294 aa  104  3e-21  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1993  transcriptional regulator, LysR family  30.94 
 
 		 319 aa  102  1e-20  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0223  transcriptional regulator, LysR family  33.46 
 
 		 314 aa  101  2e-20  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4056  transcriptional regulator, LysR family  29.41 
 
 		 295 aa  100  5e-20  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.772372  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3943  transcriptional regulator, LysR family  29.41 
 
 		 295 aa  100  5e-20  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.691658  normal  0.897444 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2173  transcriptional regulator, LysR family  29.41 
 
 		 306 aa  100  5e-20  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0055  LysR family transcriptional regulator  33.47 
 
 		 309 aa  99.8  6e-20  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2423  LysR family transcriptional regulator  31.56 
 
 		 320 aa  99.8  6e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.757155  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_32360  lysR family transcriptional regulator  29.39 
 
 		 292 aa  99.4  9e-20  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0231568  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2150  LysR family substrate binding transcriptional regulator  27.57 
 
 		 320 aa  98.6  2e-19  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.651941  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6474  LysR family transcriptional regulator  31.94 
 
 		 327 aa  98.2  2e-19  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.254118 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2259  LysR family transcriptional regulator  27.94 
 
 		 314 aa  98.2  2e-19  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3123  transcriptional regulator, LysR family  31.54 
 
 		 293 aa  97.4  3e-19  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0820  transcriptional regulator, LysR family  29.63 
 
 		 307 aa  97.1  5e-19  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0569  LysR family transcriptional regulator  30.4 
 
 		 290 aa  97.1  5e-19  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2269  transcriptional regulator, LysR family  30.47 
 
 		 303 aa  96.7  6e-19  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2159  transcriptional regulator, LysR family  29.53 
 
 		 308 aa  96.3  6e-19  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.597139  hitchhiker  0.0000167573 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2531  transcriptional regulator, LysR family  29.53 
 
 		 308 aa  96.3  6e-19  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.351481  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2124  LysR family substrate-binding transcriptional regulator  27.57 
 
 		 320 aa  96.3  7e-19  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.797631  normal  0.149196 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2156  LysR family transcriptional regulator  24.82 
 
 		 300 aa  96.3  7e-19  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7088  LysR family transcriptional regulator  27.78 
 
 		 314 aa  95.9  9e-19  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5027  transcriptional regulator, LysR family  31.8 
 
 		 288 aa  95.5  1e-18  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2263  LysR family transcriptional regulator  31.2 
 
 		 315 aa  94.4  2e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.169056  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0525  LysR family transcriptional regulator  30.04 
 
 		 316 aa  94.4  3e-18  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2742  putative transcriptional regulator  30.65 
 
 		 292 aa  94.4  3e-18  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6028  transcriptional regulator, LysR family  31.2 
 
 		 315 aa  94  4e-18  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.276744 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1717  transcriptional regulator  27.92 
 
 		 314 aa  93.6  5e-18  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>