More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cphy_2156 on replicon NC_010001
Organism: Clostridium phytofermentans ISDg



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010001  Cphy_2156  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 300 aa  614  1e-175  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1757  LysR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 292 aa  199  5e-50  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3060  transcriptional regulator, LysR family  31.96 
 
 		 293 aa  177  2e-43  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.00000000262954  decreased coverage  0.0000000999677 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1907  LysR family transcriptional regulator  32 
 
 		 308 aa  169  6e-41  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.279335  unclonable  0.0000102783 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3285  LysR family transcriptional regulator  34.23 
 
 		 297 aa  167  2e-40  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0242325  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3255  LysR family transcriptional regulator  34.23 
 
 		 297 aa  167  2e-40  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.841591  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3482  transcriptional regulator, LysR family  33.78 
 
 		 297 aa  167  2e-40  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.26216  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3543  LysR family transcriptional regulator  34.23 
 
 		 297 aa  167  2e-40  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3500  transcriptional regulator, LysR family  34.23 
 
 		 297 aa  166  2.9999999999999998e-40  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1767  transcriptional regulator, LysR family  33.44 
 
 		 297 aa  166  2.9999999999999998e-40  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.114066  normal  0.776401 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3495  LysR family transcriptional regulator  33.89 
 
 		 297 aa  166  4e-40  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0190038  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3199  LysR family transcriptional regulator  33.78 
 
 		 297 aa  166  4e-40  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0827152  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1293  LysR family transcriptional regulator  32.3 
 
 		 294 aa  165  8e-40  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000772751  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3192  LysR family transcriptional regulator  32.09 
 
 		 295 aa  157  3e-37  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.863853  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3511  transcriptional regulator, LysR family  33.89 
 
 		 297 aa  152  5.9999999999999996e-36  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0223  transcriptional regulator, LysR family  29.01 
 
 		 314 aa  152  7e-36  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2940  transcriptional regulator, LysR family  30.56 
 
 		 288 aa  151  1e-35  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00388333  hitchhiker  0.000000297916 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6329  transcriptional regulator, LysR family  30.77 
 
 		 299 aa  150  3e-35  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0290063  hitchhiker  0.00524783 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2391  transcriptional regulator, LysR family  30.56 
 
 		 288 aa  146  5e-34  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.863078  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2240  LysR family transcriptional regulator  30.9 
 
 		 290 aa  144  1e-33  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.074644  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2529  transcriptional regulator, LysR family  29.86 
 
 		 290 aa  145  1e-33  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000206272  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05450  transcriptional regulator, LysR family  30.21 
 
 		 296 aa  144  2e-33  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0434511  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0896  LysR family transcriptional regulator  28.47 
 
 		 295 aa  144  3e-33  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.204372  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2464  LysR family transcriptional regulator  29.51 
 
 		 290 aa  142  8e-33  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.268812  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0396  LysR family transcriptional regulator  29.67 
 
 		 300 aa  140  1.9999999999999998e-32  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.21777  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2267  LysR family transcriptional regulator  29.27 
 
 		 290 aa  140  3e-32  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.211668  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2227  LysR family transcriptional regulator  29.27 
 
 		 290 aa  140  3e-32  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000599262  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2435  LysR family transcriptional regulator  29.27 
 
 		 290 aa  140  3e-32  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0368529  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2184  LysR family transcriptional regulator  30 
 
 		 290 aa  139  4.999999999999999e-32  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.529425  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1151  transcriptional regulator, LysR family  28.39 
 
 		 307 aa  137  3.0000000000000003e-31  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.88835 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2451  transcriptional regulator, LysR family  28.92 
 
 		 290 aa  135  9e-31  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.893513 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0309  transcriptional regulator, LysR family protein  33.08 
 
 		 289 aa  135  9.999999999999999e-31  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1726  LysR family transcriptional regulator  27.65 
 
 		 294 aa  134  1.9999999999999998e-30  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  decreased coverage  0.000000302117  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1454  LysR family transcriptional regulator  27.65 
 
 		 294 aa  134  1.9999999999999998e-30  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0215589  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0620  transcriptional regulator, LysR family  28.81 
 
 		 304 aa  132  5e-30  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.37658  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3213  LysR family transcriptional regulator  34.12 
 
 		 283 aa  132  6e-30  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.146504  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02471  predicted DNA-binding transcriptional regulator  28.05 
 
 		 293 aa  131  1.0000000000000001e-29  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.606343  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1091  transcriptional regulator, LysR family  28.05 
 
 		 293 aa  131  1.0000000000000001e-29  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0201845  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02435  hypothetical protein  28.05 
 
 		 293 aa  131  1.0000000000000001e-29  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.778712  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2734  LysR family transcriptional regulator  28.05 
 
 		 293 aa  131  1.0000000000000001e-29  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0381749  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1100  LysR family transcriptional regulator  28.05 
 
 		 293 aa  131  1.0000000000000001e-29  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00749087  normal  0.244926 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3211  LysR family transcriptional regulator  33.72 
 
 		 283 aa  130  2.0000000000000002e-29  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3814  transcriptional regulator, LysR family  27.72 
 
 		 308 aa  130  2.0000000000000002e-29  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.869159  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2972  LysR substrate binding domain-containing protein  27.92 
 
 		 299 aa  130  2.0000000000000002e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.627611  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2203  LysR family transcriptional regulator  33.2 
 
 		 287 aa  130  3e-29  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.460556  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0511  transcriptional regulator, LysR family  28.23 
 
 		 699 aa  130  4.0000000000000003e-29  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00795049 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2838  LysR substrate binding domain protein  27.6 
 
 		 299 aa  130  4.0000000000000003e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.329645  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3297  LysR family transcriptional regulator  33.72 
 
 		 283 aa  129  5.0000000000000004e-29  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3514  transcriptional regulator, LysR family  33.72 
 
 		 283 aa  129  5.0000000000000004e-29  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3557  LysR family transcriptional regulator  33.72 
 
 		 283 aa  129  5.0000000000000004e-29  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.423553  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2856  LysR substrate binding domain protein  27.6 
 
 		 299 aa  129  5.0000000000000004e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.294581  normal  0.729486 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2860  putative LysR substrate binding domain  27.01 
 
 		 314 aa  129  5.0000000000000004e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.25895 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2271  LysR family transcriptional regulator  29.21 
 
 		 300 aa  129  7.000000000000001e-29  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.865675  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2439  LysR family transcriptional regulator  29.21 
 
 		 300 aa  129  7.000000000000001e-29  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.763594  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2754  LysR substrate binding domain protein  27.6 
 
 		 299 aa  128  1.0000000000000001e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.114748  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3267  LysR family transcriptional regulator  33.72 
 
 		 283 aa  127  2.0000000000000002e-28  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.486644  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2864  LysR family transcriptional regulator  27.72 
 
 		 293 aa  127  2.0000000000000002e-28  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0164886  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3511  LysR family transcriptional regulator  32.28 
 
 		 283 aa  127  3e-28  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1902  LysR family transcriptional regulator  30.07 
 
 		 292 aa  127  3e-28  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2937  transcriptional regulator, LysR family  27.84 
 
 		 300 aa  127  3e-28  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0387356  hitchhiker  0.00000808392 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2396  transcriptional regulator, LysR family  27.84 
 
 		 300 aa  126  4.0000000000000003e-28  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2455  transcriptional regulator, LysR family  28.87 
 
 		 300 aa  126  4.0000000000000003e-28  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3522  transcriptional regulator, LysR family  34.11 
 
 		 283 aa  126  5e-28  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2469  LysR family transcriptional regulator  28.18 
 
 		 300 aa  126  5e-28  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.36421  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1747  transcriptional regulator, LysR family  33.88 
 
 		 283 aa  126  5e-28  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.337394  normal  0.482419 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2231  LysR family transcriptional regulator  28.87 
 
 		 300 aa  125  6e-28  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000245311  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0186  LysR family transcriptional regulator  26.17 
 
 		 296 aa  125  7e-28  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000312054  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2730  LysR family transcriptional regulator  27.06 
 
 		 293 aa  125  8.000000000000001e-28  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.118271  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2065  LysR family transcriptional regulator  28.52 
 
 		 320 aa  124  1e-27  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.102765  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2244  LysR family transcriptional regulator  28.62 
 
 		 305 aa  124  2e-27  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2056  HTH-type transcriptional regulator GltR  31.05 
 
 		 285 aa  124  2e-27  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0820  transcriptional regulator, LysR family  28.19 
 
 		 307 aa  124  2e-27  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5108  LysR family transcriptional regulator  27 
 
 		 301 aa  123  3e-27  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.336118  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2533  transcriptional regulator, LysR family  28.18 
 
 		 300 aa  123  4e-27  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00448001  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1191  putative transcriptional regulator  28.18 
 
 		 290 aa  123  4e-27  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4879  transcriptional regulator, LysR family  32.64 
 
 		 298 aa  123  5e-27  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2188  LysR family transcriptional regulator  28.18 
 
 		 300 aa  122  5e-27  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.540994  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0666  LysR family transcriptional regulator  25.08 
 
 		 295 aa  123  5e-27  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5687  LysR family transcriptional regulator  30.17 
 
 		 295 aa  122  7e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.145424 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0411  LysR family transcriptional regulator  27.93 
 
 		 308 aa  122  8e-27  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3833  LysR family transcriptional regulator  28.74 
 
 		 301 aa  121  9.999999999999999e-27  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3501  transcriptional regulator, LysR family  31.54 
 
 		 283 aa  121  9.999999999999999e-27  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0236  LysR family transcriptional regulator  29.46 
 
 		 293 aa  120  1.9999999999999998e-26  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0946906  normal  0.151625 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2482  LysR family transcriptional regulator  25.43 
 
 		 303 aa  121  1.9999999999999998e-26  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.086853  normal  0.0180215 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0709  transcriptional regulator OxyR, putative  26.48 
 
 		 301 aa  120  3e-26  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013732  Slin_6941  transcriptional regulator, LysR family  29.3 
 
 		 298 aa  120  3e-26  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1779  hydrogen peroxide-inducible genes activator  28.63 
 
 		 296 aa  120  3e-26  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5247  LysR family transcriptional regulator  28.95 
 
 		 317 aa  119  3.9999999999999996e-26  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7088  LysR family transcriptional regulator  28.48 
 
 		 314 aa  119  4.9999999999999996e-26  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2817  LysR family transcriptional regulator  27.44 
 
 		 296 aa  119  6e-26  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1713  transcriptional regulator, LysR family  25.78 
 
 		 304 aa  119  7e-26  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4320  LysR family transcriptional regulator  28.95 
 
 		 317 aa  119  7.999999999999999e-26  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.279054  hitchhiker  0.0097659 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1778  hydrogen peroxide-inducible genes activator  28.63 
 
 		 296 aa  119  7.999999999999999e-26  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2983  LysR family transcriptional regulator  28.95 
 
 		 317 aa  119  7.999999999999999e-26  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5092  LysR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 317 aa  119  7.999999999999999e-26  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.478333 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3242  LysR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 317 aa  119  7.999999999999999e-26  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.42821 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5002  LysR family transcriptional regulator  28.95 
 
 		 317 aa  119  7.999999999999999e-26  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5858  LysR family transcriptional regulator  28.95 
 
 		 317 aa  119  7.999999999999999e-26  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.845274  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1470  transcriptional regulator, LysR family  27.91 
 
 		 291 aa  118  9.999999999999999e-26  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.91996  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4716  LysR family transcriptional regulator  31.85 
 
 		 296 aa  118  9.999999999999999e-26  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>