More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_1470 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012917  PC1_1470  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 291 aa  603  1.0000000000000001e-171  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.91996  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2856  LysR substrate binding domain protein  69.2 
 
 		 299 aa  439  9.999999999999999e-123  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.294581  normal  0.729486 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2972  LysR substrate binding domain-containing protein  68.86 
 
 		 299 aa  437  1e-121  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.627611  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2860  putative LysR substrate binding domain  68.97 
 
 		 314 aa  437  1e-121  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.25895 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2838  LysR substrate binding domain protein  68.86 
 
 		 299 aa  436  1e-121  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.329645  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2754  LysR substrate binding domain protein  69.2 
 
 		 299 aa  436  1e-121  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.114748  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2864  LysR family transcriptional regulator  66.9 
 
 		 293 aa  421  1e-116  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0164886  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3814  transcriptional regulator, LysR family  66.9 
 
 		 308 aa  419  1e-116  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.869159  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02471  predicted DNA-binding transcriptional regulator  66.67 
 
 		 293 aa  416  9.999999999999999e-116  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.606343  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1091  transcriptional regulator, LysR family  66.67 
 
 		 293 aa  416  9.999999999999999e-116  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0201845  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2730  LysR family transcriptional regulator  66.21 
 
 		 293 aa  416  9.999999999999999e-116  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.118271  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1100  LysR family transcriptional regulator  66.67 
 
 		 293 aa  416  9.999999999999999e-116  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00749087  normal  0.244926 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2734  LysR family transcriptional regulator  66.67 
 
 		 293 aa  416  9.999999999999999e-116  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0381749  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02435  hypothetical protein  66.67 
 
 		 293 aa  416  9.999999999999999e-116  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.778712  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2960  transcriptional regulator, LysR family  71.54 
 
 		 130 aa  201  9.999999999999999e-51  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0620  transcriptional regulator, LysR family  30.03 
 
 		 304 aa  150  2e-35  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.37658  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0511  transcriptional regulator, LysR family  34.93 
 
 		 699 aa  148  9e-35  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00795049 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3500  transcriptional regulator, LysR family  30.17 
 
 		 297 aa  148  1.0000000000000001e-34  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1907  LysR family transcriptional regulator  30.67 
 
 		 308 aa  147  2.0000000000000003e-34  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.279335  unclonable  0.0000102783 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3285  LysR family transcriptional regulator  29.83 
 
 		 297 aa  146  4.0000000000000006e-34  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0242325  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3543  LysR family transcriptional regulator  29.83 
 
 		 297 aa  146  4.0000000000000006e-34  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3199  LysR family transcriptional regulator  29.59 
 
 		 297 aa  145  7.0000000000000006e-34  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0827152  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3482  transcriptional regulator, LysR family  29.83 
 
 		 297 aa  145  9e-34  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.26216  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3255  LysR family transcriptional regulator  29.49 
 
 		 297 aa  145  1e-33  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.841591  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3192  LysR family transcriptional regulator  29.83 
 
 		 295 aa  144  1e-33  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.863853  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1767  transcriptional regulator, LysR family  27.65 
 
 		 297 aa  142  5e-33  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.114066  normal  0.776401 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3511  transcriptional regulator, LysR family  30.26 
 
 		 297 aa  142  5e-33  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3495  LysR family transcriptional regulator  28.62 
 
 		 297 aa  142  8e-33  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0190038  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3060  transcriptional regulator, LysR family  31.19 
 
 		 293 aa  136  4e-31  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.00000000262954  decreased coverage  0.0000000999677 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2945  putative HTH-type transcriptional regulator YfiE  62.11 
 
 		 108 aa  135  6.0000000000000005e-31  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2184  LysR family transcriptional regulator  30.67 
 
 		 290 aa  135  7.000000000000001e-31  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.529425  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2267  LysR family transcriptional regulator  29.55 
 
 		 290 aa  134  1.9999999999999998e-30  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.211668  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2227  LysR family transcriptional regulator  29.55 
 
 		 290 aa  134  1.9999999999999998e-30  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000599262  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2435  LysR family transcriptional regulator  29.55 
 
 		 290 aa  134  1.9999999999999998e-30  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0368529  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2529  transcriptional regulator, LysR family  29.53 
 
 		 290 aa  132  6e-30  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000206272  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2451  transcriptional regulator, LysR family  29.55 
 
 		 290 aa  132  6.999999999999999e-30  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.893513 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2464  LysR family transcriptional regulator  29.63 
 
 		 290 aa  130  2.0000000000000002e-29  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.268812  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2240  LysR family transcriptional regulator  28.19 
 
 		 290 aa  130  3e-29  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.074644  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2940  transcriptional regulator, LysR family  30.17 
 
 		 288 aa  129  4.0000000000000003e-29  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00388333  hitchhiker  0.000000297916 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2391  transcriptional regulator, LysR family  30.03 
 
 		 288 aa  128  1.0000000000000001e-28  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.863078  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1151  transcriptional regulator, LysR family  28.25 
 
 		 307 aa  128  1.0000000000000001e-28  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.88835 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0223  transcriptional regulator, LysR family  27.74 
 
 		 314 aa  125  6e-28  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6226  putative transcriptional regulator  30.14 
 
 		 316 aa  125  8.000000000000001e-28  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_71750  LysR family transcriptional regulator  29.21 
 
 		 311 aa  124  1e-27  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4480  LysR family transcriptional regulator  29.59 
 
 		 320 aa  119  4.9999999999999996e-26  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.678379  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2156  LysR family transcriptional regulator  27.91 
 
 		 300 aa  118  9.999999999999999e-26  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0896  LysR family transcriptional regulator  25.85 
 
 		 295 aa  117  1.9999999999999998e-25  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.204372  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2373  transcriptional regulator, LysR family  27.33 
 
 		 300 aa  117  1.9999999999999998e-25  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6329  transcriptional regulator, LysR family  28.37 
 
 		 299 aa  117  1.9999999999999998e-25  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0290063  hitchhiker  0.00524783 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_02040  transcriptional regulator, LysR family  29.73 
 
 		 315 aa  117  3e-25  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.65232  n/a   
 
 
-
 
NC_013732  Slin_6941  transcriptional regulator, LysR family  34.34 
 
 		 298 aa  117  3e-25  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5687  LysR family transcriptional regulator  28.28 
 
 		 295 aa  115  6.9999999999999995e-25  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.145424 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5257  LysR family transcriptional regulator  29.62 
 
 		 320 aa  114  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.85963 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1084  LysR family transcriptional regulator  29.29 
 
 		 297 aa  114  2.0000000000000002e-24  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000126748  hitchhiker  0.00000896339 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2818  LysR family transcriptional regulator  31.42 
 
 		 304 aa  113  4.0000000000000004e-24  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.246785  normal  0.200278 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2307  transcriptional regulator, LysR family  31.42 
 
 		 304 aa  113  4.0000000000000004e-24  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.870686  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5397  LysR family transcriptional regulator  29.62 
 
 		 320 aa  113  5e-24  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.547943  normal  0.012277 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5348  LysR family transcriptional regulator  29.27 
 
 		 320 aa  112  7.000000000000001e-24  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0041705 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3156  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  26.91 
 
 		 325 aa  111  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.46065  normal  0.121521 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5062  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  28.82 
 
 		 316 aa  111  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6168  putative transcriptional regulator  27.36 
 
 		 296 aa  110  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.220915  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5126  LysR family transcriptional regulator  29.27 
 
 		 320 aa  110  3e-23  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.470567 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1293  LysR family transcriptional regulator  26.55 
 
 		 294 aa  110  3e-23  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000772751  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5512  transcriptional regulator, LysR family  28.18 
 
 		 311 aa  109  4.0000000000000004e-23  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5641  LysR family transcriptional regulator  28.72 
 
 		 320 aa  110  4.0000000000000004e-23  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.123252 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1554  LysR family transcriptional regulator  28.62 
 
 		 324 aa  109  4.0000000000000004e-23  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0953  transcriptional regulator, LysR family  29.23 
 
 		 294 aa  110  4.0000000000000004e-23  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0396  LysR family transcriptional regulator  27.24 
 
 		 300 aa  109  5e-23  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.21777  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0411  LysR family transcriptional regulator  27.15 
 
 		 308 aa  109  6e-23  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5945  transcriptional regulator, LysR family  29.97 
 
 		 307 aa  109  6e-23  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.626175  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0634  transcriptional regulator, LysR family  29.82 
 
 		 310 aa  109  7.000000000000001e-23  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1477  LysR family transcriptional regulator  28.32 
 
 		 314 aa  107  2e-22  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.490418  normal  0.438801 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2915  transcriptional regulator, LysR family  32.47 
 
 		 305 aa  107  2e-22  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_71090  LysR family transcriptional regulator  27.34 
 
 		 297 aa  107  2e-22  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0750  transcriptional regulator, LysR family  30.3 
 
 		 302 aa  106  4e-22  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.467939 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4870  transcriptional regulator, LysR family  32.08 
 
 		 298 aa  106  4e-22  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05450  transcriptional regulator, LysR family  28.67 
 
 		 296 aa  106  5e-22  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0434511  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1979  LysR family transcriptional regulator  28.42 
 
 		 305 aa  106  5e-22  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.454337  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2263  LysR family transcriptional regulator  28.14 
 
 		 315 aa  105  7e-22  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.169056  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1791  LysR family transcriptional regulator  28.83 
 
 		 290 aa  105  8e-22  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.027343 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1151  transcriptional regulator, LysR family  27.15 
 
 		 302 aa  104  1e-21  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2817  LysR family transcriptional regulator  27.6 
 
 		 296 aa  104  1e-21  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2011  LysR family transcriptional regulator  27.06 
 
 		 297 aa  105  1e-21  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.174937  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1976  transcriptional regulator, LysR family  26.87 
 
 		 294 aa  105  1e-21  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.59481  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2747  transcriptional regulator, LysR family  30 
 
 		 305 aa  104  2e-21  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.437645  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3855  transcriptional regulator, LysR family  28.47 
 
 		 316 aa  104  2e-21  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1763  LysR family transcriptional regulator  30.56 
 
 		 296 aa  104  2e-21  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0820  transcriptional regulator, LysR family  29.73 
 
 		 302 aa  103  3e-21  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.378943  normal  0.194336 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3322  transcriptional regulator, LysR family  26.09 
 
 		 296 aa  103  3e-21  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0151906  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0186  LysR family transcriptional regulator  25.81 
 
 		 296 aa  103  3e-21  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000312054  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2180  LysR family transcriptional regulator  28.4 
 
 		 297 aa  103  4e-21  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.000148525  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2758  putative DNA-binding transcriptional regulator  26.48 
 
 		 288 aa  103  5e-21  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1985  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  27.46 
 
 		 300 aa  102  5e-21  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.464368 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23730  LysR family transcriptional regulator  26.33 
 
 		 297 aa  102  7e-21  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0194065 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2639  transcriptional regulator  27.87 
 
 		 302 aa  102  7e-21  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7088  LysR family transcriptional regulator  28.81 
 
 		 314 aa  102  8e-21  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2640  RuBisCO operon transcriptional regulator  27.95 
 
 		 305 aa  102  9e-21  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1597  putative transcriptional regulator LysR-type  29.23 
 
 		 308 aa  102  9e-21  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1047  LysR family transcriptional regulator  27.46 
 
 		 318 aa  101  1e-20  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  hitchhiker  0.00687136  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4697  LysR family transcriptional regulator  28.23 
 
 		 314 aa  101  1e-20  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.168024  normal  0.0438452 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>