More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene EcSMS35_2730 on replicon NC_010498
Organism: Escherichia coli SMS-3-5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010498  EcSMS35_2730  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 293 aa  601  1.0000000000000001e-171  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.118271  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3814  transcriptional regulator, LysR family  96.93 
 
 		 308 aa  582  1.0000000000000001e-165  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.869159  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2864  LysR family transcriptional regulator  96.59 
 
 		 293 aa  581  1.0000000000000001e-165  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0164886  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02471  predicted DNA-binding transcriptional regulator  96.93 
 
 		 293 aa  579  1e-164  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.606343  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1091  transcriptional regulator, LysR family  96.93 
 
 		 293 aa  579  1e-164  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0201845  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1100  LysR family transcriptional regulator  96.93 
 
 		 293 aa  579  1e-164  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00749087  normal  0.244926 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2734  LysR family transcriptional regulator  96.93 
 
 		 293 aa  579  1e-164  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0381749  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02435  hypothetical protein  96.93 
 
 		 293 aa  579  1e-164  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.778712  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2838  LysR substrate binding domain protein  78.97 
 
 		 299 aa  486  1e-136  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.329645  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2856  LysR substrate binding domain protein  78.62 
 
 		 299 aa  484  1e-136  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.294581  normal  0.729486 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2972  LysR substrate binding domain-containing protein  79.31 
 
 		 299 aa  486  1e-136  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.627611  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2754  LysR substrate binding domain protein  78.62 
 
 		 299 aa  484  1e-136  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.114748  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2860  putative LysR substrate binding domain  78.28 
 
 		 314 aa  483  1e-135  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.25895 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1470  transcriptional regulator, LysR family  66.21 
 
 		 291 aa  416  9.999999999999999e-116  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.91996  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2960  transcriptional regulator, LysR family  99.23 
 
 		 130 aa  261  8e-69  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2945  putative HTH-type transcriptional regulator YfiE  92.86 
 
 		 108 aa  190  2.9999999999999997e-47  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0620  transcriptional regulator, LysR family  33.9 
 
 		 304 aa  160  3e-38  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.37658  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6329  transcriptional regulator, LysR family  32.87 
 
 		 299 aa  140  3e-32  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0290063  hitchhiker  0.00524783 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0511  transcriptional regulator, LysR family  33.56 
 
 		 699 aa  135  6.0000000000000005e-31  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00795049 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1907  LysR family transcriptional regulator  28.67 
 
 		 308 aa  135  9e-31  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.279335  unclonable  0.0000102783 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3285  LysR family transcriptional regulator  27.55 
 
 		 297 aa  132  5e-30  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0242325  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3543  LysR family transcriptional regulator  27.55 
 
 		 297 aa  132  5e-30  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3500  transcriptional regulator, LysR family  27.89 
 
 		 297 aa  132  6e-30  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3255  LysR family transcriptional regulator  27.55 
 
 		 297 aa  131  1.0000000000000001e-29  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.841591  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3192  LysR family transcriptional regulator  27.03 
 
 		 295 aa  129  5.0000000000000004e-29  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.863853  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3495  LysR family transcriptional regulator  27.76 
 
 		 297 aa  129  9.000000000000001e-29  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0190038  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3060  transcriptional regulator, LysR family  28.67 
 
 		 293 aa  127  1.0000000000000001e-28  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.00000000262954  decreased coverage  0.0000000999677 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0223  transcriptional regulator, LysR family  29.93 
 
 		 314 aa  128  1.0000000000000001e-28  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3482  transcriptional regulator, LysR family  26.94 
 
 		 297 aa  127  2.0000000000000002e-28  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.26216  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1767  transcriptional regulator, LysR family  26.69 
 
 		 297 aa  127  3e-28  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.114066  normal  0.776401 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3199  LysR family transcriptional regulator  26.94 
 
 		 297 aa  126  4.0000000000000003e-28  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0827152  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2156  LysR family transcriptional regulator  27.06 
 
 		 300 aa  125  8.000000000000001e-28  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3511  transcriptional regulator, LysR family  27.12 
 
 		 297 aa  125  1e-27  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2184  LysR family transcriptional regulator  29.76 
 
 		 290 aa  122  5e-27  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.529425  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2240  LysR family transcriptional regulator  26.21 
 
 		 290 aa  121  1.9999999999999998e-26  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.074644  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2451  transcriptional regulator, LysR family  26.89 
 
 		 290 aa  120  3e-26  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.893513 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2267  LysR family transcriptional regulator  26.56 
 
 		 290 aa  119  6e-26  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.211668  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2227  LysR family transcriptional regulator  26.56 
 
 		 290 aa  119  6e-26  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000599262  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2435  LysR family transcriptional regulator  26.56 
 
 		 290 aa  119  6e-26  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0368529  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2464  LysR family transcriptional regulator  26.56 
 
 		 290 aa  117  3e-25  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.268812  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2940  transcriptional regulator, LysR family  25.89 
 
 		 288 aa  117  3e-25  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00388333  hitchhiker  0.000000297916 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2529  transcriptional regulator, LysR family  26.9 
 
 		 290 aa  116  3.9999999999999997e-25  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000206272  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2391  transcriptional regulator, LysR family  25.57 
 
 		 288 aa  114  2.0000000000000002e-24  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.863078  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1293  LysR family transcriptional regulator  26.3 
 
 		 294 aa  111  1.0000000000000001e-23  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000772751  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1763  LysR family transcriptional regulator  31.01 
 
 		 296 aa  112  1.0000000000000001e-23  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1151  transcriptional regulator, LysR family  29.92 
 
 		 307 aa  110  2.0000000000000002e-23  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.88835 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7088  LysR family transcriptional regulator  31.47 
 
 		 314 aa  110  3e-23  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2915  transcriptional regulator, LysR family  32.83 
 
 		 305 aa  109  5e-23  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013732  Slin_6941  transcriptional regulator, LysR family  31.23 
 
 		 298 aa  109  5e-23  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1151  transcriptional regulator, LysR family  29.84 
 
 		 302 aa  108  8.000000000000001e-23  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2758  putative DNA-binding transcriptional regulator  27.49 
 
 		 288 aa  108  9.000000000000001e-23  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6389  LysR family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 291 aa  108  1e-22  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0907959  normal  0.0995777 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5687  LysR family transcriptional regulator  30.51 
 
 		 295 aa  108  1e-22  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.145424 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0896  LysR family transcriptional regulator  25.93 
 
 		 295 aa  108  1e-22  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.204372  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2419  putative DNA-binding transcriptional regulator  27.62 
 
 		 292 aa  107  2e-22  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1084  LysR family transcriptional regulator  28.05 
 
 		 297 aa  107  2e-22  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000126748  hitchhiker  0.00000896339 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6226  putative transcriptional regulator  28.52 
 
 		 316 aa  107  3e-22  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3156  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  29.8 
 
 		 325 aa  107  3e-22  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.46065  normal  0.121521 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2818  LysR family transcriptional regulator  29.39 
 
 		 304 aa  105  6e-22  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.246785  normal  0.200278 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2307  transcriptional regulator, LysR family  29.39 
 
 		 304 aa  105  6e-22  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.870686  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_71750  LysR family transcriptional regulator  27.84 
 
 		 311 aa  105  6e-22  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3322  transcriptional regulator, LysR family  29.67 
 
 		 296 aa  105  9e-22  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0151906  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1733  LysR family transcriptional regulator  27.87 
 
 		 321 aa  105  1e-21  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0192173  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5516  LysR family transcriptional regulator  26.52 
 
 		 291 aa  105  1e-21  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0587498  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5880  LysR family transcriptional regulator  26.52 
 
 		 291 aa  105  1e-21  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.311857  normal  0.281069 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2523  LysR family transcriptional regulator  28.67 
 
 		 298 aa  103  3e-21  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0665746  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2324  putative DNA-binding transcriptional regulator  26.67 
 
 		 286 aa  103  5e-21  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2373  transcriptional regulator, LysR family  27.34 
 
 		 300 aa  102  7e-21  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2037  transcriptional regulator, LysR family  28.57 
 
 		 304 aa  102  1e-20  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0223119  hitchhiker  0.000202643 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0750  transcriptional regulator, LysR family  30.54 
 
 		 302 aa  101  1e-20  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.467939 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2817  LysR family transcriptional regulator  28.85 
 
 		 296 aa  100  2e-20  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6168  putative transcriptional regulator  26.56 
 
 		 296 aa  101  2e-20  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.220915  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1976  transcriptional regulator, LysR family  28.47 
 
 		 294 aa  101  2e-20  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.59481  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0280  LysR family transcriptional regulator  27.08 
 
 		 283 aa  100  2e-20  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0214  transcription regulator protein  29.34 
 
 		 288 aa  100  3e-20  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.526816 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0953  transcriptional regulator, LysR family  28.19 
 
 		 311 aa  100  3e-20  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0145345  decreased coverage  0.00704929 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2747  transcriptional regulator, LysR family  28.15 
 
 		 305 aa  100  3e-20  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.437645  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1081  LysR family transcriptional regulator  27.55 
 
 		 300 aa  100  4e-20  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.440964  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0953  transcriptional regulator, LysR family  30.23 
 
 		 294 aa  100  4e-20  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009468  Acry_3308  LysR family transcriptional regulator  29.17 
 
 		 294 aa  99.8  5e-20  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2180  LysR family transcriptional regulator  28.15 
 
 		 297 aa  99.8  5e-20  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.000148525  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0820  transcriptional regulator, LysR family  30.33 
 
 		 302 aa  99  7e-20  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.378943  normal  0.194336 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1535  putative DNA-binding transcriptional regulator  27.55 
 
 		 290 aa  98.2  1e-19  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0934769  normal  0.198722 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2672  putative DNA-binding transcriptional regulator  27.55 
 
 		 290 aa  98.2  1e-19  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7214  LysR family transcriptional regulator  27.65 
 
 		 291 aa  98.2  1e-19  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.447875  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_71090  LysR family transcriptional regulator  27.39 
 
 		 297 aa  98.6  1e-19  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2754  putative DNA-binding transcriptional regulator  27.55 
 
 		 290 aa  98.2  1e-19  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.810251  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1398  LysR family transcriptional regulator  26.28 
 
 		 295 aa  97.4  2e-19  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6474  LysR family transcriptional regulator  29.03 
 
 		 327 aa  97.4  2e-19  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.254118 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1050  transcriptional regulator, LysR family  27.8 
 
 		 308 aa  97.4  2e-19  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0198617  normal  0.025944 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0186  LysR family transcriptional regulator  28.03 
 
 		 296 aa  97.1  3e-19  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000312054  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2805  LysR family transcriptional regulator  26.32 
 
 		 316 aa  96.3  5e-19  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0071  putative transcriptional regulator LysR-type  29.96 
 
 		 292 aa  96.3  5e-19  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000000000120497  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3436  LysR family transcriptional regulator  27.24 
 
 		 294 aa  96.3  5e-19  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1859  LysR family transcriptional regulator  28.04 
 
 		 314 aa  96.3  5e-19  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.430795  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3522  transcriptional regulator, LysR family  26.25 
 
 		 283 aa  95.9  6e-19  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1877  LysR family transcriptional regulator  29.03 
 
 		 297 aa  96.3  6e-19  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000269934  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1657  putative DNA-binding transcriptional regulator  26.13 
 
 		 290 aa  95.9  7e-19  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0307226  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1662  LysR family transcriptional regulator  25.35 
 
 		 309 aa  95.9  7e-19  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.0000992806  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2550  putative DNA-binding transcriptional regulator  26.8 
 
 		 287 aa  95.5  8e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00111574 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>