127 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SbBS512_E2945 on replicon NC_010658
Organism: Shigella boydii CDC 3083-94



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010658  SbBS512_E2945  putative HTH-type transcriptional regulator YfiE  100 
 
 		 108 aa  221  2e-57  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3814  transcriptional regulator, LysR family  96.94 
 
 		 308 aa  199  9.999999999999999e-51  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.869159  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2730  LysR family transcriptional regulator  92.86 
 
 		 293 aa  190  6e-48  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.118271  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02471  predicted DNA-binding transcriptional regulator  92.86 
 
 		 293 aa  188  2e-47  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.606343  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1091  transcriptional regulator, LysR family  92.86 
 
 		 293 aa  188  2e-47  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0201845  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02435  hypothetical protein  92.86 
 
 		 293 aa  188  2e-47  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.778712  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2734  LysR family transcriptional regulator  92.86 
 
 		 293 aa  188  2e-47  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0381749  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1100  LysR family transcriptional regulator  92.86 
 
 		 293 aa  188  2e-47  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00749087  normal  0.244926 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2864  LysR family transcriptional regulator  91.84 
 
 		 293 aa  187  2.9999999999999997e-47  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0164886  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2754  LysR substrate binding domain protein  75.79 
 
 		 299 aa  157  6e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.114748  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2856  LysR substrate binding domain protein  75.79 
 
 		 299 aa  156  8e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.294581  normal  0.729486 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2860  putative LysR substrate binding domain  75.79 
 
 		 314 aa  156  8e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.25895 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2972  LysR substrate binding domain-containing protein  75.79 
 
 		 299 aa  155  1e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.627611  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2838  LysR substrate binding domain protein  74.74 
 
 		 299 aa  155  2e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.329645  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1470  transcriptional regulator, LysR family  62.11 
 
 		 291 aa  135  1e-31  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.91996  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3255  LysR family transcriptional regulator  36.17 
 
 		 297 aa  68.2  0.00000000004  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.841591  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3500  transcriptional regulator, LysR family  36.17 
 
 		 297 aa  68.2  0.00000000004  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3285  LysR family transcriptional regulator  35.11 
 
 		 297 aa  67.8  0.00000000005  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0242325  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3543  LysR family transcriptional regulator  35.11 
 
 		 297 aa  67.8  0.00000000005  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0620  transcriptional regulator, LysR family  30.3 
 
 		 304 aa  65.1  0.0000000003  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.37658  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3192  LysR family transcriptional regulator  32.98 
 
 		 295 aa  65.1  0.0000000003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.863853  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1767  transcriptional regulator, LysR family  32.98 
 
 		 297 aa  63.9  0.0000000007  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.114066  normal  0.776401 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3495  LysR family transcriptional regulator  34.04 
 
 		 297 aa  63.2  0.000000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0190038  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3511  transcriptional regulator, LysR family  32.98 
 
 		 297 aa  62.8  0.000000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3482  transcriptional regulator, LysR family  32.63 
 
 		 297 aa  62.8  0.000000001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.26216  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3199  LysR family transcriptional regulator  32.63 
 
 		 297 aa  62.8  0.000000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0827152  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1907  LysR family transcriptional regulator  28.72 
 
 		 308 aa  62.4  0.000000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.279335  unclonable  0.0000102783 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3060  transcriptional regulator, LysR family  33.68 
 
 		 293 aa  62.4  0.000000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.00000000262954  decreased coverage  0.0000000999677 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0223  transcriptional regulator, LysR family  32.98 
 
 		 314 aa  58.9  0.00000002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0511  transcriptional regulator, LysR family  32.95 
 
 		 699 aa  57.8  0.00000005  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00795049 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0497  LysR family transcriptional regulator  29.21 
 
 		 294 aa  55.5  0.0000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.479645  normal  0.474406 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6226  putative transcriptional regulator  35.16 
 
 		 316 aa  54.7  0.0000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5062  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  33.71 
 
 		 316 aa  53.9  0.0000006  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5512  transcriptional regulator, LysR family  32.58 
 
 		 311 aa  52.4  0.000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6329  transcriptional regulator, LysR family  35.23 
 
 		 299 aa  52.4  0.000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0290063  hitchhiker  0.00524783 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_71750  LysR family transcriptional regulator  32.97 
 
 		 311 aa  52  0.000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0896  LysR family transcriptional regulator  27.66 
 
 		 295 aa  51.6  0.000004  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.204372  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1084  LysR family transcriptional regulator  35.62 
 
 		 297 aa  50.1  0.00001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000126748  hitchhiker  0.00000896339 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3927  LysR family transcriptional regulator  31.33 
 
 		 316 aa  49.7  0.00001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0151665  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2156  LysR family transcriptional regulator  27.66 
 
 		 300 aa  49.7  0.00001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1733  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 321 aa  49.7  0.00001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0192173  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0963  LysR family transcriptional regulator  27 
 
 		 334 aa  48.9  0.00002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1662  LysR family transcriptional regulator  31.46 
 
 		 309 aa  49.3  0.00002  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.0000992806  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5641  LysR family transcriptional regulator  31.76 
 
 		 320 aa  48.9  0.00003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.123252 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5687  LysR family transcriptional regulator  34.69 
 
 		 295 aa  48.5  0.00003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.145424 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1554  LysR family transcriptional regulator  31.91 
 
 		 324 aa  48.1  0.00004  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1293  LysR family transcriptional regulator  22.83 
 
 		 294 aa  47.8  0.00005  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000772751  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0953  transcriptional regulator, LysR family  43.86 
 
 		 294 aa  47.4  0.00006  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2588  transcriptional regulator, LysR family protein  27.5 
 
 		 293 aa  47  0.00009  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4480  LysR family transcriptional regulator  31.46 
 
 		 320 aa  47  0.00009  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.678379  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2178  transcriptional regulator, LysR family  30.69 
 
 		 305 aa  47  0.0001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1844  LysR family transcription regulator  30.43 
 
 		 311 aa  47  0.0001  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  decreased coverage  0.00735854  normal  0.299605 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_02040  transcriptional regulator, LysR family  35.16 
 
 		 315 aa  46.6  0.0001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.65232  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2131  LysR family transcriptional regulator  29.67 
 
 		 313 aa  47  0.0001  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2758  putative DNA-binding transcriptional regulator  34.78 
 
 		 288 aa  46.2  0.0001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0284  LysR family transcriptional regulator  31.03 
 
 		 294 aa  46.6  0.0001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2817  LysR family transcriptional regulator  38.6 
 
 		 296 aa  45.8  0.0002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1597  putative transcriptional regulator LysR-type  40.35 
 
 		 308 aa  45.8  0.0002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1791  LysR family transcriptional regulator  32 
 
 		 290 aa  45.4  0.0002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.027343 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2523  LysR family transcriptional regulator  37.88 
 
 		 298 aa  45.4  0.0003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0665746  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1737  LysR family transcriptional regulator  31.88 
 
 		 308 aa  45.1  0.0003  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.379475  normal  0.96466 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1757  LysR family transcriptional regulator  30.14 
 
 		 292 aa  45.1  0.0003  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2038  transcriptional regulator, LysR family  33.33 
 
 		 305 aa  45.4  0.0003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.101358  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1516  transcriptional regulator, LysR family  27.16 
 
 		 300 aa  44.3  0.0005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_71090  LysR family transcriptional regulator  48.84 
 
 		 297 aa  44.3  0.0005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2180  LysR family transcriptional regulator  36.84 
 
 		 297 aa  44.3  0.0005  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.000148525  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6168  putative transcriptional regulator  48.84 
 
 		 296 aa  44.3  0.0005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.220915  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4312  transcriptional regulator, LysR family  24.72 
 
 		 307 aa  44.3  0.0006  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.0433194 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0291  HTH-type transcriptional regulator, LysR family  25.29 
 
 		 293 aa  44.3  0.0006  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0186  LysR family transcriptional regulator  38.6 
 
 		 296 aa  43.9  0.0007  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000312054  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1945  LysR family transcriptional regulator  27.59 
 
 		 300 aa  43.9  0.0007  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.551445  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5257  LysR family transcriptional regulator  30.34 
 
 		 320 aa  43.9  0.0007  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.85963 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5397  LysR family transcriptional regulator  30.34 
 
 		 320 aa  43.9  0.0007  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.547943  normal  0.012277 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5348  LysR family transcriptional regulator  30.34 
 
 		 320 aa  43.9  0.0008  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0041705 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2672  putative DNA-binding transcriptional regulator  33.7 
 
 		 290 aa  43.9  0.0008  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1535  putative DNA-binding transcriptional regulator  33.7 
 
 		 290 aa  43.9  0.0008  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0934769  normal  0.198722 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2754  putative DNA-binding transcriptional regulator  33.7 
 
 		 290 aa  43.9  0.0008  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.810251  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2171  LysR family transcriptional regulator  27.85 
 
 		 175 aa  43.5  0.0009  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.014696  hitchhiker  0.000000125537 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05450  transcriptional regulator, LysR family  29.21 
 
 		 296 aa  43.5  0.0009  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0434511  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3816  transcriptional regulator, LysR family  43.86 
 
 		 313 aa  43.5  0.001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0677379  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2805  LysR family transcriptional regulator  28.92 
 
 		 316 aa  43.5  0.001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8034  transcriptional regulator, LysR family  28.57 
 
 		 300 aa  43.5  0.001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5712  LysR family transcriptional regulator  40.91 
 
 		 301 aa  43.5  0.001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0283707 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5126  LysR family transcriptional regulator  30.34 
 
 		 320 aa  43.1  0.001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.470567 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2391  transcriptional regulator, LysR family  27.37 
 
 		 288 aa  42.7  0.001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.863078  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2324  putative DNA-binding transcriptional regulator  30.11 
 
 		 286 aa  43.5  0.001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2323  transcriptional regulator, LysR family  25.51 
 
 		 307 aa  43.5  0.001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4276  transcriptional regulator, LysR family  24.76 
 
 		 307 aa  42  0.002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3690  transcriptional regulator, LysR family  30.49 
 
 		 297 aa  42.7  0.002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.316859  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2442  LysR family transcriptional regulator  25.93 
 
 		 300 aa  42.4  0.002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2818  LysR family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 304 aa  42.7  0.002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.246785  normal  0.200278 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2419  putative DNA-binding transcriptional regulator  29.89 
 
 		 292 aa  42.7  0.002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2307  transcriptional regulator, LysR family  32.99 
 
 		 304 aa  42.7  0.002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.870686  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_6165  LysR family transcriptional regulator  47.73 
 
 		 298 aa  41.6  0.003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0309424  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0509  transcriptional regulator, LysR family  37.04 
 
 		 293 aa  42  0.003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.187244  hitchhiker  0.00160332 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3997  LysR family transcriptional regulator  43.86 
 
 		 323 aa  42  0.003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.256903  normal  0.0346423 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3893  LysR family transcriptional regulator  47.73 
 
 		 298 aa  41.6  0.003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.199081  normal  0.0200217 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0223  transcriptional regulator, LysR family  24.49 
 
 		 308 aa  41.6  0.003  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.0239924 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2086  transcriptional regulator, LysR family  22.45 
 
 		 307 aa  41.6  0.003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.363313  normal  0.654508 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5409  LysR family protein  33.78 
 
 		 300 aa  42  0.003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.152867  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>