More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Slin_4312 on replicon NC_013730
Organism: Spirosoma linguale DSM 74



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013730  Slin_4312  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 307 aa  632  1e-180  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.0433194 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1047  LysR family transcriptional regulator  39.73 
 
 		 318 aa  213  3.9999999999999995e-54  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  hitchhiker  0.00687136  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0687  LysR family transcriptional regulator  38.14 
 
 		 311 aa  202  4e-51  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.591422  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1817  transcriptional regulator, LysR family  37.58 
 
 		 303 aa  202  8e-51  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2639  transcriptional regulator  38.01 
 
 		 302 aa  201  9e-51  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2158  transcriptional regulator, LysR family  37.58 
 
 		 301 aa  201  9e-51  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1692  rubisco operon transcriptional regulator  37.24 
 
 		 332 aa  201  9.999999999999999e-51  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.250885  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1390  transcriptional regulator, LysR family  36.99 
 
 		 308 aa  201  9.999999999999999e-51  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5062  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  35.95 
 
 		 316 aa  200  1.9999999999999998e-50  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3855  transcriptional regulator, LysR family  37.12 
 
 		 316 aa  197  1.0000000000000001e-49  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6226  putative transcriptional regulator  34.3 
 
 		 316 aa  194  1e-48  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2835  LysR family transcriptional regulator  37.8 
 
 		 309 aa  195  1e-48  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5512  transcriptional regulator, LysR family  33.87 
 
 		 311 aa  194  2e-48  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_71750  LysR family transcriptional regulator  34.77 
 
 		 311 aa  193  2e-48  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2640  RuBisCO operon transcriptional regulator  37.33 
 
 		 305 aa  192  5e-48  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2651  transcriptional regulator  34.92 
 
 		 316 aa  192  6e-48  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2790  LysR family transcriptional regulator  36.42 
 
 		 309 aa  192  6e-48  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.491071  normal  0.0474339 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5641  LysR family transcriptional regulator  35.23 
 
 		 320 aa  191  1e-47  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.123252 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1550  LysR, substrate-binding  37.07 
 
 		 319 aa  189  7e-47  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1502  LysR family transcriptional regulator  35.62 
 
 		 293 aa  187  2e-46  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00504776  normal  0.0231273 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5397  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 320 aa  185  8e-46  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.547943  normal  0.012277 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1394  LysR family transcriptional regulator  34.72 
 
 		 305 aa  185  9e-46  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0634  transcriptional regulator, LysR family  36.13 
 
 		 310 aa  184  1.0000000000000001e-45  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2254  LysR family transcriptional regulator  36.82 
 
 		 299 aa  184  1.0000000000000001e-45  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0160178  normal  0.585542 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1620  transcriptional regulator, LysR family  37.07 
 
 		 299 aa  184  2.0000000000000003e-45  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_4062  hypothetical protein  37.29 
 
 		 302 aa  184  2.0000000000000003e-45  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.228225  normal  0.120917 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5257  LysR family transcriptional regulator  32.89 
 
 		 320 aa  183  3e-45  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.85963 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1310  ndhF3 operon transcriptional regulator  35.33 
 
 		 323 aa  183  3e-45  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3406  transcriptional regulator, LysR family  35.54 
 
 		 309 aa  183  3e-45  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2710  transcriptional regulator, LysR family  35.54 
 
 		 309 aa  183  3e-45  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.79073 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5126  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 320 aa  182  5.0000000000000004e-45  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.470567 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5348  LysR family transcriptional regulator  32.89 
 
 		 320 aa  182  5.0000000000000004e-45  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0041705 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_2055  LysR family transcriptional regulator  33.99 
 
 		 297 aa  182  5.0000000000000004e-45  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.66522  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3204  transcriptional regulator, LysR family  35.37 
 
 		 326 aa  182  9.000000000000001e-45  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0357264  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_02040  transcriptional regulator, LysR family  34.56 
 
 		 315 aa  180  2.9999999999999997e-44  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.65232  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1096  transcriptional regulator, LysR family  34.32 
 
 		 300 aa  179  4.999999999999999e-44  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.816594  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1859  LysR family transcriptional regulator  34.77 
 
 		 314 aa  179  5.999999999999999e-44  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.430795  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4466  LysR family transcriptional regulator  34.11 
 
 		 316 aa  179  5.999999999999999e-44  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1477  LysR family transcriptional regulator  34.8 
 
 		 314 aa  174  9.999999999999999e-43  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.490418  normal  0.438801 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1091  transcriptional regulator, LysR family  35.27 
 
 		 300 aa  174  9.999999999999999e-43  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4697  LysR family transcriptional regulator  32.67 
 
 		 314 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.168024  normal  0.0438452 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4480  LysR family transcriptional regulator  32 
 
 		 320 aa  172  5e-42  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.678379  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0852  LysR family transcriptional regulator  32.76 
 
 		 317 aa  172  5.999999999999999e-42  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0334  LysR family transcriptional regulator  34.97 
 
 		 301 aa  172  6.999999999999999e-42  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00000502074  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2625  transcriptional regulator  35.69 
 
 		 313 aa  172  7.999999999999999e-42  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.172216  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4477  transcriptional regulator, LysR family  34.88 
 
 		 315 aa  171  1e-41  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.631102  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0873  transcriptional regulator, LysR family  32.47 
 
 		 325 aa  171  2e-41  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.164971  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3638  LysR family transcriptional regulator  33.23 
 
 		 316 aa  170  3e-41  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000174199  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2263  LysR family transcriptional regulator  33.79 
 
 		 315 aa  170  3e-41  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.169056  normal  1 
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4044  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 326 aa  169  7e-41  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0426  LysR family transcriptional regulator  31.31 
 
 		 308 aa  167  1e-40  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4365  LysR family transcriptional regulator  33.55 
 
 		 316 aa  168  1e-40  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000557933  normal  0.0730184 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6028  transcriptional regulator, LysR family  33.45 
 
 		 315 aa  168  1e-40  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.276744 
 
 
-
 
NC_002977  MCA3039  rubisco operon transcriptional regulator  32.78 
 
 		 318 aa  167  2e-40  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.670925  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4657  LysR family transcriptional regulator  32.89 
 
 		 312 aa  167  2e-40  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.659873  n/a   
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4331  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 310 aa  167  2.9999999999999998e-40  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1988  LysR family transcriptional regulator  32.88 
 
 		 311 aa  166  4e-40  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0141535  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2930  LysR family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 320 aa  166  4e-40  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.686642  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1979  LysR family transcriptional regulator  31.94 
 
 		 305 aa  166  4e-40  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.454337  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5931  LysR family transcriptional regulator  34.46 
 
 		 307 aa  166  5e-40  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.145733  normal  0.0470213 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1245  LysR family transcriptional regulator  31.44 
 
 		 313 aa  166  5.9999999999999996e-40  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000547224  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2401  LysR family transcriptional regulator  32.89 
 
 		 315 aa  165  8e-40  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.38508  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0213  transcriptional regulator, LysR family  33.45 
 
 		 315 aa  164  1.0000000000000001e-39  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.402452  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1743  transcriptional regulator, LysR family  32.87 
 
 		 322 aa  164  1.0000000000000001e-39  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3312  transcriptional regulator, LysR family  33.8 
 
 		 301 aa  164  2.0000000000000002e-39  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.782402 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1554  LysR family transcriptional regulator  31.03 
 
 		 324 aa  162  6e-39  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2047  transcriptional regulator, substrate-binding of LysR family protein  30.19 
 
 		 314 aa  162  9e-39  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.595043  normal  0.109117 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2022  LysR family transcriptional regulator  32.87 
 
 		 309 aa  161  1e-38  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0620122  normal  0.0797415 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3033  transcriptional regulator, LysR family  31 
 
 		 325 aa  160  2e-38  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  hitchhiker  0.0089298  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2781  LysR family transcriptional regulator  32.11 
 
 		 329 aa  160  3e-38  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3968  LysR family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 322 aa  159  4e-38  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.456128  normal  0.373765 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3757  LysR family transcriptional regulator  31.37 
 
 		 316 aa  158  9e-38  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.634887 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6474  LysR family transcriptional regulator  31.72 
 
 		 327 aa  157  1e-37  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.254118 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3560  LysR family transcriptional regulator  31.51 
 
 		 322 aa  153  2.9999999999999998e-36  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0436094  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3927  LysR family transcriptional regulator  29.63 
 
 		 316 aa  153  2.9999999999999998e-36  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0151665  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0425  LysR family transcriptional regulator  30.69 
 
 		 314 aa  152  5e-36  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3723  LysR family transcriptional regulator  32.87 
 
 		 322 aa  152  5e-36  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.162461  hitchhiker  0.00150053 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2414  LysR family transcriptional regulator  34.34 
 
 		 309 aa  152  7e-36  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.43455  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3253  LysR family transcriptional regulator  31.58 
 
 		 342 aa  151  1e-35  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.202061  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2423  LysR family transcriptional regulator  31.89 
 
 		 320 aa  149  5e-35  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.757155  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1326  LysR family transcriptional regulator  30.67 
 
 		 322 aa  149  8e-35  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.138103  normal  0.40975 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3755  LysR family transcriptional regulator  31.7 
 
 		 321 aa  148  1.0000000000000001e-34  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0901244  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2695  LysR family transcriptional regulator  31.79 
 
 		 312 aa  144  1e-33  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.537624  normal  0.689503 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5247  LysR family transcriptional regulator  32.29 
 
 		 317 aa  144  2e-33  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5950  LysR family transcriptional regulator  31.12 
 
 		 323 aa  143  4e-33  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00309473 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4836  LysR family transcriptional regulator  29.18 
 
 		 328 aa  142  9e-33  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4320  LysR family transcriptional regulator  32.76 
 
 		 317 aa  142  9.999999999999999e-33  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.279054  hitchhiker  0.0097659 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5002  LysR family transcriptional regulator  32.76 
 
 		 317 aa  142  9.999999999999999e-33  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5858  LysR family transcriptional regulator  32.76 
 
 		 317 aa  142  9.999999999999999e-33  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.845274  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2282  LysR family transcriptional regulator  31.14 
 
 		 316 aa  140  1.9999999999999998e-32  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2983  LysR family transcriptional regulator  31.6 
 
 		 317 aa  140  3e-32  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0318  transcriptional regulator, LysR family  30.38 
 
 		 318 aa  140  3e-32  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.109451  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0138  ndhF3 operon transcriptional regulator  31.44 
 
 		 326 aa  139  6e-32  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.184087  normal  0.45783 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2283  LysR family transcriptional regulator  29.32 
 
 		 318 aa  138  1e-31  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0424839  normal  0.0241191 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3442  LysR family transcriptional regulator  31.74 
 
 		 332 aa  137  2e-31  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6402  LysR family transcriptional regulator  30.33 
 
 		 306 aa  137  2e-31  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.356896  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0920  transcriptional regulator, LysR family  31.74 
 
 		 332 aa  137  3.0000000000000003e-31  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5092  LysR family transcriptional regulator  31.94 
 
 		 317 aa  137  3.0000000000000003e-31  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.478333 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3242  LysR family transcriptional regulator  31.94 
 
 		 317 aa  137  3.0000000000000003e-31  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.42821 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0930  LysR family transcriptional regulator  31.74 
 
 		 332 aa  137  3.0000000000000003e-31  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.424192 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>