More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gdia_0223 on replicon NC_011365
Organism: Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011365  Gdia_0223  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 308 aa  612  9.999999999999999e-175  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.0239924 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_02870  putative transcriptional regulator  43.84 
 
 		 313 aa  238  1e-61  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00238694 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0319  putative transcriptional regulator  43.15 
 
 		 313 aa  231  1e-59  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.404994  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1590  LysR family transcriptional regulator  37.26 
 
 		 302 aa  159  4e-38  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1722  LysR substrate-binding  34.06 
 
 		 301 aa  157  2e-37  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0793479  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2041  transcriptional regulator, LysR family  34.06 
 
 		 301 aa  156  4e-37  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.416222 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1092  transcriptional regulator, LysR family  34.06 
 
 		 301 aa  155  1e-36  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0509948  normal  0.0429857 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5409  LysR family protein  34.63 
 
 		 300 aa  155  1e-36  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.152867  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1293  LysR family transcriptional regulator  34 
 
 		 320 aa  152  7e-36  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  decreased coverage  0.00171024  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1679  transcriptional regulator, LysR family  32.2 
 
 		 316 aa  150  3e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.409194  normal  0.896834 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4662  transcriptional regulator, LysR family  32.34 
 
 		 329 aa  149  4e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3187  LysR family transcriptional regulator  31.88 
 
 		 307 aa  146  4.0000000000000006e-34  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3548  transcriptional regulator LysR family  32.83 
 
 		 318 aa  146  5e-34  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.280114  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3501  LysR family transcriptional regulator  29.53 
 
 		 304 aa  142  7e-33  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.829127  normal  0.0458146 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0178  LysR family transcriptional regulator  33.57 
 
 		 303 aa  139  6e-32  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.758946 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1472  LysR family transcriptional regulator  29.89 
 
 		 300 aa  136  4e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.166956  normal  0.322339 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4570  LysR family transcriptional regulator  37.61 
 
 		 298 aa  135  8e-31  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1656  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  30.74 
 
 		 321 aa  135  9.999999999999999e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.227102  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1185  LysR family transcriptional regulator  34.1 
 
 		 310 aa  134  1.9999999999999998e-30  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00000000537468  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0711  transcriptional regulator, LysR family  32.95 
 
 		 304 aa  133  5e-30  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2072  transcriptional regulator, LysR family  32.58 
 
 		 305 aa  131  2.0000000000000002e-29  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0751025 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1272  LysR family transcriptional regulator  30.04 
 
 		 295 aa  129  5.0000000000000004e-29  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1259  transcriptional regulator, LysR family  34.63 
 
 		 300 aa  124  2e-27  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1817  LysR family transcriptional regulator  28.92 
 
 		 310 aa  123  4e-27  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.330978  hitchhiker  0.00360584 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4735  LysR family transcriptional regulator  30.71 
 
 		 305 aa  122  7e-27  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.52327  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4629  transcriptional regulator, LysR family  31.37 
 
 		 332 aa  122  9e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.31234 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3825  LysR family transcriptional regulator  27.18 
 
 		 306 aa  121  9.999999999999999e-27  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.363475 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3756  LysR family transcriptional regulator  27.48 
 
 		 301 aa  120  1.9999999999999998e-26  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.231956  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1239  transcriptional regulator, LysR family  32.58 
 
 		 307 aa  120  3e-26  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.138802  normal  0.188644 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1720  LysR family transcriptional regulator  30.08 
 
 		 304 aa  120  3e-26  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.501523 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5122  transcriptional regulator, LysR family  26.1 
 
 		 298 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2416  transcriptional regulator, substrate-binding of LysR family protein  28.03 
 
 		 297 aa  118  9.999999999999999e-26  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  decreased coverage  0.0000387203  decreased coverage  0.000000509864 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1338  putative transcriptional regulator  30.36 
 
 		 311 aa  117  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6622  LysR family transcriptional regulator  30.95 
 
 		 318 aa  117  3e-25  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.536281  normal  0.255489 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_15210  LysR family transcriptional regulator  30.36 
 
 		 311 aa  117  3e-25  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.017601  hitchhiker  0.00000000286911 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0395  LysR family transcriptional regulator  33.61 
 
 		 315 aa  116  5e-25  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.662274 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3122  LysR family transcriptional regulator  34.72 
 
 		 315 aa  116  6e-25  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4144  LysR family transcriptional regulator  31.37 
 
 		 307 aa  115  8.999999999999998e-25  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5425  Transcriptional regulator  32.09 
 
 		 316 aa  113  4.0000000000000004e-24  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6694  LysR family transcriptional regulator  31.37 
 
 		 321 aa  112  7.000000000000001e-24  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.32621 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0761  transcriptional regulator, LysR family  28.57 
 
 		 316 aa  112  7.000000000000001e-24  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.211674  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4825  LysR family transcriptional regulator  32.53 
 
 		 303 aa  112  7.000000000000001e-24  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.861271  normal  0.185461 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0778  LysR family transcriptional regulator  31.07 
 
 		 306 aa  112  8.000000000000001e-24  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0907  transcriptional regulator, LysR family  28.57 
 
 		 302 aa  112  8.000000000000001e-24  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1264  LysR family transcriptional regulator  25.76 
 
 		 317 aa  111  1.0000000000000001e-23  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1674  transcriptional regulator, LysR family  34.78 
 
 		 312 aa  111  2.0000000000000002e-23  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.247325  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1340  LysR family transcriptional regulator  25.42 
 
 		 317 aa  110  3e-23  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.875316  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2928  transcriptional regulator, LysR family  31.28 
 
 		 309 aa  110  4.0000000000000004e-23  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6218  LysR family transcriptional regulator  31.37 
 
 		 321 aa  109  5e-23  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00215178 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2826  LysR family transcriptional regulator  30.53 
 
 		 302 aa  109  5e-23  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.123766 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5851  LysR family transcriptional regulator  31.37 
 
 		 321 aa  109  5e-23  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.121988  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2244  LysR family transcriptional regulator  22.74 
 
 		 305 aa  107  2e-22  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2518  LysR family regulatory protein  25.42 
 
 		 311 aa  107  2e-22  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3652  transcriptional regulator, LysR family  29.31 
 
 		 301 aa  107  3e-22  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0887356  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0548  LysR family transcriptional regulator  27.76 
 
 		 316 aa  106  4e-22  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2937  transcriptional regulator, LysR family  23.08 
 
 		 300 aa  106  5e-22  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0387356  hitchhiker  0.00000808392 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1513  transcriptional regulator, LysR family  30.07 
 
 		 326 aa  106  6e-22  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2231  LysR family transcriptional regulator  22.74 
 
 		 300 aa  105  9e-22  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000245311  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0656  transcriptional regulator, MarR family  30.54 
 
 		 312 aa  105  9e-22  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2271  LysR family transcriptional regulator  22.74 
 
 		 300 aa  105  1e-21  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.865675  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2439  LysR family transcriptional regulator  22.74 
 
 		 300 aa  105  1e-21  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.763594  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2455  transcriptional regulator, LysR family  22.74 
 
 		 300 aa  105  1e-21  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2396  transcriptional regulator, LysR family  23.08 
 
 		 300 aa  104  2e-21  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3118  transcriptional regulator, LysR family  27.8 
 
 		 313 aa  103  3e-21  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.752623  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2577  transcriptional regulator, LysR family  27.17 
 
 		 297 aa  103  4e-21  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.216536  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2975  LysR family transcriptional regulator  28.97 
 
 		 297 aa  103  4e-21  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.819316  normal  0.0269268 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3236  transcriptional regulator, LysR family  27.03 
 
 		 307 aa  103  4e-21  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1827  LysR family transcriptional regulator  30.92 
 
 		 317 aa  103  4e-21  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.140863  hitchhiker  0.00393629 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2533  transcriptional regulator, LysR family  22.41 
 
 		 300 aa  103  5e-21  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00448001  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2287  nitrogen assimilation regulatory protein Nac, putative  27.12 
 
 		 310 aa  103  5e-21  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2188  LysR family transcriptional regulator  22.41 
 
 		 300 aa  102  6e-21  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.540994  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8659  transcriptional regulator, LysR family  27.33 
 
 		 304 aa  102  7e-21  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3176  LysR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 304 aa  102  7e-21  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.594001  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2957  LysR family transcriptional regulator  31.08 
 
 		 323 aa  102  8e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.549224  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1328  LysR family transcriptional regulator  27.87 
 
 		 304 aa  102  9e-21  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0513  LysR family transcriptional regulator  30.71 
 
 		 302 aa  102  9e-21  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.810346  normal  0.24806 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2980  LysR family transcriptional regulator  27.87 
 
 		 304 aa  102  9e-21  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.562875  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3105  LysR family transcriptional regulator  27.87 
 
 		 304 aa  102  9e-21  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2268  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  27.17 
 
 		 302 aa  101  2e-20  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.170931  normal  0.112201 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5126  LysR family transcriptional regulator  27.85 
 
 		 319 aa  100  2e-20  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.255501  normal  0.155944 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3501  transcriptional regulator, LysR family  31.22 
 
 		 310 aa  100  2e-20  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.7374  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3568  transcriptional regulator, LysR family  28.9 
 
 		 312 aa  100  3e-20  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4382  LysR family transcriptional regulator  27.88 
 
 		 300 aa  100  4e-20  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2469  LysR family transcriptional regulator  22.07 
 
 		 300 aa  100  4e-20  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.36421  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1487  LysR family transcriptional regulator  27 
 
 		 317 aa  100  4e-20  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.235813  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3624  transcriptional regulator, LysR family  32.2 
 
 		 310 aa  99.8  5e-20  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4697  LysR family transcriptional regulator  27.03 
 
 		 314 aa  99.8  5e-20  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.168024  normal  0.0438452 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5640  transcriptional regulator LysR family  26.83 
 
 		 300 aa  99.8  6e-20  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.203557  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1507  LysR family transcriptional regulator  27.38 
 
 		 317 aa  99.4  6e-20  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5247  LysR family transcriptional regulator  30.11 
 
 		 317 aa  99  9e-20  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2775  transcriptional regulator, LysR family  29.07 
 
 		 297 aa  98.2  1e-19  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.332368  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4320  LysR family transcriptional regulator  30.11 
 
 		 317 aa  97.8  2e-19  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.279054  hitchhiker  0.0097659 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2400  LysR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 296 aa  97.8  2e-19  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00000468465  hitchhiker  0.00000339516 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5002  LysR family transcriptional regulator  30.11 
 
 		 317 aa  97.8  2e-19  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5858  LysR family transcriptional regulator  30.11 
 
 		 317 aa  97.8  2e-19  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.845274  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1158  LysR family transcriptional regulator  28.79 
 
 		 301 aa  97.4  3e-19  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4492  transcriptional regulator, LysR family  25.67 
 
 		 306 aa  97.1  4e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.957194 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2983  LysR family transcriptional regulator  29.74 
 
 		 317 aa  96.7  5e-19  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3242  LysR family transcriptional regulator  29.74 
 
 		 317 aa  96.3  6e-19  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.42821 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5092  LysR family transcriptional regulator  29.74 
 
 		 317 aa  96.3  6e-19  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.478333 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>