More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BamMC406_1507 on replicon NC_010551
Organism: Burkholderia ambifaria MC40-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010551  BamMC406_1507  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 317 aa  630  1e-180  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1487  LysR family transcriptional regulator  97.48 
 
 		 317 aa  616  1e-175  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.235813  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1646  LysR family transcriptional regulator  91.17 
 
 		 317 aa  581  1.0000000000000001e-165  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1568  LysR family transcriptional regulator  90.16 
 
 		 317 aa  567  1e-161  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.841213  normal  0.890695 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1111  LysR family transcriptional regulator  90.48 
 
 		 317 aa  568  1e-161  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1591  LysR family transcriptional regulator  90.48 
 
 		 324 aa  567  1e-160  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0175342  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4729  LysR family transcriptional regulator  88.64 
 
 		 317 aa  563  1.0000000000000001e-159  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.417319  normal  0.651457 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1765  transcriptional regulator, LysR family  73.1 
 
 		 320 aa  481  1e-135  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.348978  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1158  LysR family transcriptional regulator  52.16 
 
 		 301 aa  298  1e-79  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3825  LysR family transcriptional regulator  47.62 
 
 		 306 aa  285  8e-76  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.363475 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2268  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  48.45 
 
 		 302 aa  284  1.0000000000000001e-75  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.170931  normal  0.112201 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5122  transcriptional regulator, LysR family  48.8 
 
 		 298 aa  284  1.0000000000000001e-75  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2577  transcriptional regulator, LysR family  48.29 
 
 		 297 aa  283  2.0000000000000002e-75  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.216536  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1817  LysR family transcriptional regulator  47.93 
 
 		 310 aa  261  8e-69  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.330978  hitchhiker  0.00360584 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4144  LysR family transcriptional regulator  47.3 
 
 		 307 aa  258  1e-67  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1720  LysR family transcriptional regulator  43.92 
 
 		 304 aa  254  2.0000000000000002e-66  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.501523 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1340  LysR family transcriptional regulator  43.45 
 
 		 317 aa  250  3e-65  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.875316  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1264  LysR family transcriptional regulator  43.45 
 
 		 317 aa  248  9e-65  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0178  LysR family transcriptional regulator  45.73 
 
 		 303 aa  247  2e-64  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.758946 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4153  LysR family transcriptional regulator  41.81 
 
 		 299 aa  245  8e-64  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2518  LysR family regulatory protein  43.41 
 
 		 311 aa  244  9.999999999999999e-64  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4035  transcriptional regulator, LysR family  43.81 
 
 		 305 aa  242  6e-63  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.176512  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3921  transcriptional regulator, LysR family  43.81 
 
 		 305 aa  242  6e-63  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4735  LysR family transcriptional regulator  42.81 
 
 		 305 aa  241  9e-63  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.52327  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3118  transcriptional regulator, LysR family  43.21 
 
 		 313 aa  239  2.9999999999999997e-62  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.752623  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2928  transcriptional regulator, LysR family  41.3 
 
 		 309 aa  238  6.999999999999999e-62  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4382  LysR family transcriptional regulator  44.56 
 
 		 300 aa  238  8e-62  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0711  transcriptional regulator, LysR family  41.39 
 
 		 304 aa  236  4e-61  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1656  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  42.05 
 
 		 321 aa  230  2e-59  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.227102  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3122  LysR family transcriptional regulator  42.05 
 
 		 315 aa  228  9e-59  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2528  transcriptional regulator, LysR family  43.15 
 
 		 310 aa  228  1e-58  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3652  transcriptional regulator, LysR family  45.3 
 
 		 301 aa  227  2e-58  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0887356  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3236  transcriptional regulator, LysR family  39.06 
 
 		 307 aa  227  2e-58  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1674  transcriptional regulator, LysR family  41.86 
 
 		 312 aa  228  2e-58  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.247325  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2216  transcriptional regulator, LysR family  43.15 
 
 		 311 aa  226  5.0000000000000005e-58  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2826  LysR family transcriptional regulator  42.52 
 
 		 302 aa  225  7e-58  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.123766 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2975  LysR family transcriptional regulator  43.58 
 
 		 297 aa  219  5e-56  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.819316  normal  0.0269268 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0778  LysR family transcriptional regulator  45.02 
 
 		 306 aa  219  6e-56  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3624  transcriptional regulator, LysR family  41.73 
 
 		 310 aa  215  7e-55  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3501  transcriptional regulator, LysR family  39.72 
 
 		 310 aa  210  3e-53  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.7374  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4825  LysR family transcriptional regulator  34.45 
 
 		 303 aa  142  9e-33  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.861271  normal  0.185461 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2416  transcriptional regulator, substrate-binding of LysR family protein  26.9 
 
 		 297 aa  140  3e-32  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  decreased coverage  0.0000387203  decreased coverage  0.000000509864 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3501  LysR family transcriptional regulator  31.74 
 
 		 304 aa  137  2e-31  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.829127  normal  0.0458146 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1185  LysR family transcriptional regulator  32 
 
 		 310 aa  135  9.999999999999999e-31  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00000000537468  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1590  LysR family transcriptional regulator  31.23 
 
 		 302 aa  135  9.999999999999999e-31  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2072  transcriptional regulator, LysR family  34.09 
 
 		 305 aa  134  1.9999999999999998e-30  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0751025 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1679  transcriptional regulator, LysR family  30.14 
 
 		 316 aa  134  1.9999999999999998e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.409194  normal  0.896834 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1293  LysR family transcriptional regulator  32.25 
 
 		 320 aa  134  1.9999999999999998e-30  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  decreased coverage  0.00171024  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1272  LysR family transcriptional regulator  33.62 
 
 		 295 aa  133  3e-30  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5497  transcriptional regulator, LysR family  28.81 
 
 		 316 aa  133  3.9999999999999996e-30  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.315237  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1879  transcriptional regulator, LysR family  31.91 
 
 		 283 aa  133  3.9999999999999996e-30  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0397318  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1472  LysR family transcriptional regulator  32.06 
 
 		 300 aa  132  6e-30  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.166956  normal  0.322339 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0513  LysR family transcriptional regulator  31.96 
 
 		 302 aa  132  6.999999999999999e-30  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.810346  normal  0.24806 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3187  LysR family transcriptional regulator  31.38 
 
 		 307 aa  132  6.999999999999999e-30  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0761  transcriptional regulator, LysR family  30.07 
 
 		 316 aa  130  2.0000000000000002e-29  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.211674  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2041  transcriptional regulator, LysR family  30.34 
 
 		 301 aa  130  3e-29  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.416222 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0907  transcriptional regulator, LysR family  30.1 
 
 		 302 aa  130  3e-29  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1092  transcriptional regulator, LysR family  30.34 
 
 		 301 aa  130  4.0000000000000003e-29  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0509948  normal  0.0429857 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4662  transcriptional regulator, LysR family  30.48 
 
 		 329 aa  130  4.0000000000000003e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3548  transcriptional regulator LysR family  32.21 
 
 		 318 aa  129  6e-29  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.280114  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3526  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  30 
 
 		 301 aa  128  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.33739  normal  0.82105 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1722  LysR substrate-binding  30 
 
 		 301 aa  128  1.0000000000000001e-28  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0793479  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5121  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  29.21 
 
 		 306 aa  126  5e-28  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0140  LysR family transcriptional regulator  28.86 
 
 		 300 aa  125  8.000000000000001e-28  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.273009  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1930  LysR family transcriptional regulator  32.4 
 
 		 297 aa  125  1e-27  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0417087 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5280  LysR family transcriptional regulator  30.82 
 
 		 318 aa  125  1e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4202  transcriptional regulator, LysR family  33.33 
 
 		 302 aa  123  4e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_15210  LysR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 311 aa  122  8e-27  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.017601  hitchhiker  0.00000000286911 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1338  putative transcriptional regulator  28.57 
 
 		 311 aa  122  9e-27  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2787  LysR family transcriptional regulator  31.71 
 
 		 305 aa  121  9.999999999999999e-27  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4492  transcriptional regulator, LysR family  31.76 
 
 		 306 aa  121  9.999999999999999e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.957194 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6370  LysR family transcriptional regulator  29.83 
 
 		 309 aa  121  1.9999999999999998e-26  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4509  LysR family transcriptional regulator  31.71 
 
 		 298 aa  121  1.9999999999999998e-26  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.391554 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3380  LysR family transcriptional regulator  29.24 
 
 		 323 aa  121  1.9999999999999998e-26  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.846396 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0884  LysR family transcriptional regulator  32.06 
 
 		 298 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1366  LysR family transcriptional regulator  32.06 
 
 		 298 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1269  LysR family transcriptional regulator  31.62 
 
 		 298 aa  120  3e-26  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.151838 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1243  LysR family transcriptional regulator  32.06 
 
 		 298 aa  120  3e-26  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5289  LysR family transcriptional regulator  31.16 
 
 		 302 aa  120  3.9999999999999996e-26  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.127771  normal  0.048203 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4986  LysR family transcriptional regulator  27.24 
 
 		 304 aa  120  3.9999999999999996e-26  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.910518 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5409  LysR family protein  32.18 
 
 		 300 aa  119  4.9999999999999996e-26  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.152867  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3756  LysR family transcriptional regulator  26.85 
 
 		 301 aa  119  9e-26  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.231956  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1239  transcriptional regulator, LysR family  33.33 
 
 		 307 aa  119  9.999999999999999e-26  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.138802  normal  0.188644 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2980  LysR family transcriptional regulator  33.92 
 
 		 304 aa  118  1.9999999999999998e-25  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.562875  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3105  LysR family transcriptional regulator  33.92 
 
 		 304 aa  118  1.9999999999999998e-25  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1328  LysR family transcriptional regulator  33.92 
 
 		 304 aa  118  1.9999999999999998e-25  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0963  LysR family transcriptional regulator  31.33 
 
 		 334 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6176  transcriptional regulator, LysR family  28.52 
 
 		 320 aa  117  3e-25  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3176  LysR family transcriptional regulator  30.72 
 
 		 304 aa  117  3.9999999999999997e-25  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.594001  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1297  LysR family transcriptional regulator  28.87 
 
 		 318 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0319  putative transcriptional regulator  31.16 
 
 		 313 aa  115  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.404994  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1344  LysR family transcriptional regulator  31.36 
 
 		 298 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.749958  normal  0.0693843 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3069  LysR family transcriptional regulator  28.87 
 
 		 318 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.227283  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4299  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  30.5 
 
 		 302 aa  114  2.0000000000000002e-24  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.941417  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2943  LysR family transcriptional regulator  28.87 
 
 		 326 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2256  LysR family transcriptional regulator  27.82 
 
 		 333 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.585656  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1704  LysR family transcriptional regulator  29.11 
 
 		 307 aa  114  2.0000000000000002e-24  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.407381  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5647  LysR family transcriptional regulator  25.95 
 
 		 302 aa  113  3e-24  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.287338 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4630  LysR family transcriptional regulator  32.89 
 
 		 302 aa  113  4.0000000000000004e-24  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4657  LysR family transcriptional regulator  25.61 
 
 		 302 aa  113  5e-24  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.501857  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>