More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dd703_2928 on replicon NC_012880
Organism: Dickeya dadantii Ech703



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012880  Dd703_2928  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 309 aa  635    Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3118  transcriptional regulator, LysR family  79.87 
 
 		 313 aa  520  1e-146  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.752623  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2528  transcriptional regulator, LysR family  65.67 
 
 		 310 aa  389  1e-107  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2216  transcriptional regulator, LysR family  66 
 
 		 311 aa  389  1e-107  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3501  transcriptional regulator, LysR family  59.74 
 
 		 310 aa  390  1e-107  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.7374  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3624  transcriptional regulator, LysR family  58.77 
 
 		 310 aa  380  1e-104  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1158  LysR family transcriptional regulator  45.33 
 
 		 301 aa  253  3e-66  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1646  LysR family transcriptional regulator  42.37 
 
 		 317 aa  246  4e-64  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4153  LysR family transcriptional regulator  41.02 
 
 		 299 aa  246  4.9999999999999997e-64  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4729  LysR family transcriptional regulator  41.69 
 
 		 317 aa  243  1.9999999999999999e-63  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.417319  normal  0.651457 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1568  LysR family transcriptional regulator  41.69 
 
 		 317 aa  243  3e-63  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.841213  normal  0.890695 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1591  LysR family transcriptional regulator  41.69 
 
 		 324 aa  243  3.9999999999999997e-63  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0175342  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1111  LysR family transcriptional regulator  41.69 
 
 		 317 aa  242  5e-63  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1765  transcriptional regulator, LysR family  40 
 
 		 320 aa  241  1e-62  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.348978  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1487  LysR family transcriptional regulator  41.64 
 
 		 317 aa  240  2e-62  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.235813  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5122  transcriptional regulator, LysR family  43.06 
 
 		 298 aa  239  2.9999999999999997e-62  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1507  LysR family transcriptional regulator  41.3 
 
 		 317 aa  238  8e-62  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1817  LysR family transcriptional regulator  38.18 
 
 		 310 aa  224  2e-57  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.330978  hitchhiker  0.00360584 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1340  LysR family transcriptional regulator  40.2 
 
 		 317 aa  215  5.9999999999999996e-55  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.875316  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1264  LysR family transcriptional regulator  39.87 
 
 		 317 aa  213  2.9999999999999995e-54  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2268  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  36.36 
 
 		 302 aa  210  2e-53  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.170931  normal  0.112201 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2518  LysR family regulatory protein  39.53 
 
 		 311 aa  210  2e-53  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2577  transcriptional regulator, LysR family  36.36 
 
 		 297 aa  209  3e-53  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.216536  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4735  LysR family transcriptional regulator  36.7 
 
 		 305 aa  208  1e-52  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.52327  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3825  LysR family transcriptional regulator  34.45 
 
 		 306 aa  205  8e-52  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.363475 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1674  transcriptional regulator, LysR family  35.81 
 
 		 312 aa  204  2e-51  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.247325  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1720  LysR family transcriptional regulator  37.63 
 
 		 304 aa  204  2e-51  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.501523 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0711  transcriptional regulator, LysR family  33.56 
 
 		 304 aa  202  8e-51  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0178  LysR family transcriptional regulator  36.27 
 
 		 303 aa  202  9e-51  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.758946 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4035  transcriptional regulator, LysR family  34.24 
 
 		 305 aa  200  1.9999999999999998e-50  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.176512  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3921  transcriptional regulator, LysR family  34.24 
 
 		 305 aa  200  1.9999999999999998e-50  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3652  transcriptional regulator, LysR family  36.81 
 
 		 301 aa  194  1e-48  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0887356  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4144  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 307 aa  193  3e-48  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1656  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  34.03 
 
 		 321 aa  193  4e-48  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.227102  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4382  LysR family transcriptional regulator  35.59 
 
 		 300 aa  191  9e-48  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3122  LysR family transcriptional regulator  36.56 
 
 		 315 aa  189  7e-47  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2975  LysR family transcriptional regulator  36.11 
 
 		 297 aa  186  6e-46  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.819316  normal  0.0269268 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0778  LysR family transcriptional regulator  36.77 
 
 		 306 aa  182  7e-45  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2826  LysR family transcriptional regulator  31.19 
 
 		 302 aa  182  8.000000000000001e-45  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.123766 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3236  transcriptional regulator, LysR family  31.67 
 
 		 307 aa  170  3e-41  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1272  LysR family transcriptional regulator  33.18 
 
 		 295 aa  144  2e-33  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1092  transcriptional regulator, LysR family  33.05 
 
 		 301 aa  137  2e-31  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0509948  normal  0.0429857 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1722  LysR substrate-binding  33.05 
 
 		 301 aa  137  2e-31  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0793479  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2041  transcriptional regulator, LysR family  33.05 
 
 		 301 aa  137  2e-31  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.416222 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1679  transcriptional regulator, LysR family  28.81 
 
 		 316 aa  134  1.9999999999999998e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.409194  normal  0.896834 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1472  LysR family transcriptional regulator  28.68 
 
 		 300 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.166956  normal  0.322339 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4662  transcriptional regulator, LysR family  28.81 
 
 		 329 aa  130  2.0000000000000002e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2416  transcriptional regulator, substrate-binding of LysR family protein  28.95 
 
 		 297 aa  129  5.0000000000000004e-29  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  decreased coverage  0.0000387203  decreased coverage  0.000000509864 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1185  LysR family transcriptional regulator  33.66 
 
 		 310 aa  126  6e-28  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00000000537468  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3176  LysR family transcriptional regulator  33.01 
 
 		 304 aa  125  7e-28  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.594001  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0140  LysR family transcriptional regulator  32 
 
 		 300 aa  125  9e-28  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.273009  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5409  LysR family protein  27.8 
 
 		 300 aa  124  2e-27  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.152867  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3501  LysR family transcriptional regulator  29.21 
 
 		 304 aa  124  3e-27  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.829127  normal  0.0458146 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3548  transcriptional regulator LysR family  27.03 
 
 		 318 aa  122  8e-27  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.280114  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3187  LysR family transcriptional regulator  29.73 
 
 		 307 aa  122  9e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0548  LysR family transcriptional regulator  33 
 
 		 316 aa  119  6e-26  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1930  LysR family transcriptional regulator  32.11 
 
 		 297 aa  118  1.9999999999999998e-25  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0417087 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1269  LysR family transcriptional regulator  31.65 
 
 		 298 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.151838 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0884  LysR family transcriptional regulator  27.55 
 
 		 298 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1243  LysR family transcriptional regulator  31.65 
 
 		 298 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1366  LysR family transcriptional regulator  27.55 
 
 		 298 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4509  LysR family transcriptional regulator  31.19 
 
 		 298 aa  117  3e-25  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.391554 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0395  LysR family transcriptional regulator  31.33 
 
 		 315 aa  117  3e-25  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.662274 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4202  transcriptional regulator, LysR family  30.22 
 
 		 302 aa  115  7.999999999999999e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4089  transcriptional regulator, LysR family  33.33 
 
 		 297 aa  115  8.999999999999998e-25  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5289  LysR family transcriptional regulator  26.47 
 
 		 302 aa  115  1.0000000000000001e-24  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.127771  normal  0.048203 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0907  transcriptional regulator, LysR family  30.52 
 
 		 302 aa  115  1.0000000000000001e-24  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1590  LysR family transcriptional regulator  27.62 
 
 		 302 aa  115  1.0000000000000001e-24  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0761  transcriptional regulator, LysR family  30.52 
 
 		 316 aa  115  1.0000000000000001e-24  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.211674  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2072  transcriptional regulator, LysR family  34.78 
 
 		 305 aa  114  2.0000000000000002e-24  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0751025 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0509  transcriptional regulator, LysR family  28.31 
 
 		 293 aa  114  2.0000000000000002e-24  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.187244  hitchhiker  0.00160332 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1344  LysR family transcriptional regulator  27.55 
 
 		 298 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.749958  normal  0.0693843 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4492  transcriptional regulator, LysR family  28.18 
 
 		 306 aa  114  3e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.957194 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_02870  putative transcriptional regulator  32.35 
 
 		 313 aa  114  3e-24  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00238694 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00292  DNA-binding transcriptional dual regulator  28.33 
 
 		 299 aa  113  5e-24  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3268  transcriptional regulator, LysR family  28.33 
 
 		 299 aa  113  5e-24  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4570  LysR family transcriptional regulator  28.43 
 
 		 298 aa  112  5e-24  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00296  hypothetical protein  28.33 
 
 		 299 aa  113  5e-24  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3756  LysR family transcriptional regulator  28.12 
 
 		 301 aa  111  1.0000000000000001e-23  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.231956  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1879  transcriptional regulator, LysR family  29.46 
 
 		 283 aa  111  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0397318  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0411  DNA-binding transcriptional regulator CynR  28.01 
 
 		 299 aa  111  2.0000000000000002e-23  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3287  DNA-binding transcriptional regulator CynR  27.67 
 
 		 299 aa  110  3e-23  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0369  DNA-binding transcriptional regulator CynR  27.67 
 
 		 299 aa  110  3e-23  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0223  transcriptional regulator, LysR family  31.28 
 
 		 308 aa  110  4.0000000000000004e-23  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.0239924 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0403  DNA-binding transcriptional regulator CynR  27.92 
 
 		 299 aa  109  5e-23  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0362  DNA-binding transcriptional regulator CynR  27.92 
 
 		 299 aa  109  5e-23  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.709016  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0319  putative transcriptional regulator  31.37 
 
 		 313 aa  109  6e-23  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.404994  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6622  LysR family transcriptional regulator  31.5 
 
 		 318 aa  108  9.000000000000001e-23  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.536281  normal  0.255489 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5425  Transcriptional regulator  33.02 
 
 		 316 aa  108  1e-22  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1259  transcriptional regulator, LysR family  30.49 
 
 		 300 aa  108  1e-22  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6323  MarR family transcriptional regulator  28.07 
 
 		 294 aa  108  1e-22  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.482978  normal  0.771209 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1791  LysR family transcriptional regulator  29.76 
 
 		 290 aa  107  2e-22  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.027343 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6694  LysR family transcriptional regulator  29.55 
 
 		 321 aa  108  2e-22  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.32621 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3526  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  26.35 
 
 		 301 aa  107  2e-22  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.33739  normal  0.82105 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5497  transcriptional regulator, LysR family  27.11 
 
 		 316 aa  107  3e-22  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.315237  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6218  LysR family transcriptional regulator  29.09 
 
 		 321 aa  107  3e-22  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00215178 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5851  LysR family transcriptional regulator  29.09 
 
 		 321 aa  107  3e-22  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.121988  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4552  LysR family transcriptional regulator  29.86 
 
 		 307 aa  106  4e-22  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4629  transcriptional regulator, LysR family  29 
 
 		 332 aa  105  7e-22  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.31234 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5630  LysR family transcriptional regulator  25.26 
 
 		 302 aa  105  7e-22  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0341867 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>