More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lferr_0907 on replicon NC_011206
Organism: Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011761  AFE_0761  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 316 aa  611  9.999999999999999e-175  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.211674  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0907  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 302 aa  610  9.999999999999999e-175  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4570  LysR family transcriptional regulator  44.44 
 
 		 298 aa  240  2e-62  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1259  transcriptional regulator, LysR family  43.43 
 
 		 300 aa  232  7.000000000000001e-60  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0395  LysR family transcriptional regulator  43.77 
 
 		 315 aa  218  1e-55  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.662274 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2416  transcriptional regulator, substrate-binding of LysR family protein  38.38 
 
 		 297 aa  215  8e-55  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  decreased coverage  0.0000387203  decreased coverage  0.000000509864 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2041  transcriptional regulator, LysR family  38.7 
 
 		 301 aa  172  9e-42  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.416222 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0548  LysR family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 316 aa  171  1e-41  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1092  transcriptional regulator, LysR family  38.31 
 
 		 301 aa  171  2e-41  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0509948  normal  0.0429857 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1722  LysR substrate-binding  37.93 
 
 		 301 aa  166  2.9999999999999998e-40  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0793479  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4629  transcriptional regulator, LysR family  33.59 
 
 		 332 aa  159  4e-38  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.31234 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5409  LysR family protein  34.1 
 
 		 300 aa  156  4e-37  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.152867  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1293  LysR family transcriptional regulator  34.11 
 
 		 320 aa  154  1e-36  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  decreased coverage  0.00171024  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3187  LysR family transcriptional regulator  29.35 
 
 		 307 aa  154  2e-36  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6218  LysR family transcriptional regulator  29.59 
 
 		 321 aa  153  2.9999999999999998e-36  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00215178 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1590  LysR family transcriptional regulator  31.08 
 
 		 302 aa  154  2.9999999999999998e-36  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5851  LysR family transcriptional regulator  29.59 
 
 		 321 aa  153  2.9999999999999998e-36  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.121988  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1272  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 295 aa  152  5.9999999999999996e-36  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6694  LysR family transcriptional regulator  29.59 
 
 		 321 aa  152  8e-36  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.32621 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6622  LysR family transcriptional regulator  29.25 
 
 		 318 aa  150  2e-35  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.536281  normal  0.255489 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1472  LysR family transcriptional regulator  33.96 
 
 		 300 aa  143  3e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.166956  normal  0.322339 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1765  transcriptional regulator, LysR family  31.19 
 
 		 320 aa  142  8e-33  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.348978  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_02870  putative transcriptional regulator  30.89 
 
 		 313 aa  142  8e-33  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00238694 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1185  LysR family transcriptional regulator  30.68 
 
 		 310 aa  139  3.9999999999999997e-32  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00000000537468  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0319  putative transcriptional regulator  31.4 
 
 		 313 aa  140  3.9999999999999997e-32  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.404994  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3176  LysR family transcriptional regulator  29.05 
 
 		 304 aa  139  7e-32  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.594001  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1646  LysR family transcriptional regulator  29.1 
 
 		 317 aa  135  7.000000000000001e-31  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3825  LysR family transcriptional regulator  35.35 
 
 		 306 aa  134  1.9999999999999998e-30  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.363475 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3501  LysR family transcriptional regulator  28.48 
 
 		 304 aa  133  3e-30  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.829127  normal  0.0458146 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3236  transcriptional regulator, LysR family  30.53 
 
 		 307 aa  134  3e-30  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4144  LysR family transcriptional regulator  35.68 
 
 		 307 aa  132  1.0000000000000001e-29  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0178  LysR family transcriptional regulator  32.42 
 
 		 303 aa  130  2.0000000000000002e-29  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.758946 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3548  transcriptional regulator LysR family  30.69 
 
 		 318 aa  130  2.0000000000000002e-29  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.280114  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1507  LysR family transcriptional regulator  30.48 
 
 		 317 aa  130  3e-29  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1656  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  32.13 
 
 		 321 aa  130  4.0000000000000003e-29  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.227102  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1487  LysR family transcriptional regulator  29.83 
 
 		 317 aa  129  9.000000000000001e-29  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.235813  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1568  LysR family transcriptional regulator  29.1 
 
 		 317 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.841213  normal  0.890695 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4729  LysR family transcriptional regulator  28.14 
 
 		 317 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.417319  normal  0.651457 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1679  transcriptional regulator, LysR family  28.67 
 
 		 316 aa  127  3e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.409194  normal  0.896834 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2826  LysR family transcriptional regulator  36.61 
 
 		 302 aa  125  6e-28  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.123766 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1817  LysR family transcriptional regulator  36.62 
 
 		 310 aa  125  1e-27  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.330978  hitchhiker  0.00360584 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1591  LysR family transcriptional regulator  28.81 
 
 		 324 aa  124  2e-27  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0175342  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1111  LysR family transcriptional regulator  31.21 
 
 		 317 aa  124  2e-27  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4735  LysR family transcriptional regulator  34 
 
 		 305 aa  123  4e-27  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.52327  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1684  LysR family transcriptional regulator  28.77 
 
 		 299 aa  122  7e-27  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00688867  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1720  LysR family transcriptional regulator  34.98 
 
 		 304 aa  121  9.999999999999999e-27  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.501523 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4662  transcriptional regulator, LysR family  28.81 
 
 		 329 aa  121  1.9999999999999998e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3568  transcriptional regulator, LysR family  30.85 
 
 		 312 aa  120  3e-26  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0711  transcriptional regulator, LysR family  29.66 
 
 		 304 aa  119  7.999999999999999e-26  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5122  transcriptional regulator, LysR family  32.35 
 
 		 298 aa  119  7.999999999999999e-26  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4657  LysR family transcriptional regulator  28.02 
 
 		 302 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.501857  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3711  LysR family transcriptional regulator  28.02 
 
 		 302 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.282395  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5647  LysR family transcriptional regulator  27.24 
 
 		 302 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.287338 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0418  transcriptional regulator of LysR family protein  49.53 
 
 		 120 aa  117  1.9999999999999998e-25  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.0250154 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3756  LysR family transcriptional regulator  26.23 
 
 		 301 aa  117  1.9999999999999998e-25  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.231956  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0778  LysR family transcriptional regulator  34.29 
 
 		 306 aa  117  3e-25  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4153  LysR family transcriptional regulator  30.24 
 
 		 299 aa  117  3.9999999999999997e-25  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1158  LysR family transcriptional regulator  34.98 
 
 		 301 aa  116  6e-25  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2072  transcriptional regulator, LysR family  29.59 
 
 		 305 aa  116  6e-25  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0751025 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5630  LysR family transcriptional regulator  28.96 
 
 		 302 aa  115  8.999999999999998e-25  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0341867 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3921  transcriptional regulator, LysR family  34.98 
 
 		 305 aa  115  1.0000000000000001e-24  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4035  transcriptional regulator, LysR family  34.98 
 
 		 305 aa  115  1.0000000000000001e-24  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.176512  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1674  transcriptional regulator, LysR family  28.72 
 
 		 312 aa  115  1.0000000000000001e-24  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.247325  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2928  transcriptional regulator, LysR family  30.52 
 
 		 309 aa  115  1.0000000000000001e-24  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5847  LysR family transcriptional regulator  28.51 
 
 		 302 aa  114  1.0000000000000001e-24  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.632072  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3122  LysR family transcriptional regulator  30.34 
 
 		 315 aa  114  2.0000000000000002e-24  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5280  LysR family transcriptional regulator  28.69 
 
 		 318 aa  114  2.0000000000000002e-24  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5497  transcriptional regulator, LysR family  26.87 
 
 		 316 aa  112  5e-24  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.315237  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2577  transcriptional regulator, LysR family  28.03 
 
 		 297 aa  112  6e-24  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.216536  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2710  transcriptional regulator, LysR family  26.32 
 
 		 309 aa  112  6e-24  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.79073 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3406  transcriptional regulator, LysR family  26.32 
 
 		 309 aa  112  6e-24  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2268  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  26.99 
 
 		 302 aa  112  7.000000000000001e-24  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.170931  normal  0.112201 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0223  transcriptional regulator, LysR family  28.57 
 
 		 308 aa  112  8.000000000000001e-24  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.0239924 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3118  transcriptional regulator, LysR family  33 
 
 		 313 aa  112  9e-24  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.752623  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0266  LysR family transcriptional regulator  27.74 
 
 		 307 aa  111  1.0000000000000001e-23  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4697  LysR family transcriptional regulator  27.09 
 
 		 314 aa  111  1.0000000000000001e-23  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.168024  normal  0.0438452 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4202  transcriptional regulator, LysR family  26.71 
 
 		 302 aa  111  1.0000000000000001e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0659  LysR family transcriptional regulator  29.17 
 
 		 314 aa  110  2.0000000000000002e-23  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6370  LysR family transcriptional regulator  28.22 
 
 		 309 aa  110  3e-23  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4825  LysR family transcriptional regulator  26.94 
 
 		 303 aa  109  5e-23  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.861271  normal  0.185461 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4382  LysR family transcriptional regulator  33.99 
 
 		 300 aa  109  6e-23  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2787  LysR family transcriptional regulator  26.53 
 
 		 305 aa  109  7.000000000000001e-23  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3562  LysR family transcriptional regulator  25.97 
 
 		 296 aa  108  9.000000000000001e-23  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3624  transcriptional regulator, LysR family  32.5 
 
 		 310 aa  108  9.000000000000001e-23  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_4062  hypothetical protein  26.87 
 
 		 302 aa  108  1e-22  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.228225  normal  0.120917 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1945  LysR family transcriptional regulator  27.64 
 
 		 300 aa  108  1e-22  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.551445  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2215  LysR family transcriptional regulator  28.16 
 
 		 293 aa  108  1e-22  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1036  transcriptional regulator, LysR family  26.8 
 
 		 300 aa  108  1e-22  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1477  LysR family transcriptional regulator  27.76 
 
 		 314 aa  107  2e-22  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.490418  normal  0.438801 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1704  LysR family transcriptional regulator  31.28 
 
 		 307 aa  107  2e-22  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.407381  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2054  LysR family transcriptional regulator  29.17 
 
 		 297 aa  107  3e-22  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.142115  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3686  LysR family transcriptional regulator  29.17 
 
 		 297 aa  107  3e-22  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1573  LysR family transcriptional regulator  29.17 
 
 		 297 aa  107  3e-22  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.117572  normal  0.71184 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2807  transcriptional regulator, LysR family  29.66 
 
 		 294 aa  107  3e-22  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3366  LysR family transcriptional regulator  26.69 
 
 		 293 aa  106  4e-22  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.326699 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5640  transcriptional regulator LysR family  25.95 
 
 		 300 aa  106  4e-22  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.203557  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2392  LysR family transcriptional regulator  26.69 
 
 		 293 aa  106  4e-22  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.888596  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1239  transcriptional regulator, LysR family  29.14 
 
 		 307 aa  106  4e-22  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.138802  normal  0.188644 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3225  transcriptional regulator, LysR family  27.55 
 
 		 300 aa  107  4e-22  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.456811 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0586  LysR family transcriptional regulator  25.19 
 
 		 302 aa  106  5e-22  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.364179  decreased coverage  0.000128837 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>