More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_5640 on replicon NC_011988
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011988  Avi_5640  transcriptional regulator LysR family  100 
 
 		 300 aa  603  1.0000000000000001e-171  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.203557  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4492  transcriptional regulator, LysR family  66.67 
 
 		 306 aa  402  1e-111  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.957194 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4202  transcriptional regulator, LysR family  63.21 
 
 		 302 aa  364  1e-99  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1272  LysR family transcriptional regulator  32.55 
 
 		 295 aa  149  8e-35  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3236  transcriptional regulator, LysR family  32.66 
 
 		 307 aa  147  3e-34  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4144  LysR family transcriptional regulator  35.04 
 
 		 307 aa  144  2e-33  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3825  LysR family transcriptional regulator  32.44 
 
 		 306 aa  141  9.999999999999999e-33  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.363475 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3652  transcriptional regulator, LysR family  32.77 
 
 		 301 aa  140  3e-32  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0887356  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2975  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 297 aa  137  2e-31  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.819316  normal  0.0269268 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4382  LysR family transcriptional regulator  31.76 
 
 		 300 aa  132  7.999999999999999e-30  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4735  LysR family transcriptional regulator  31.66 
 
 		 305 aa  129  7.000000000000001e-29  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.52327  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4570  LysR family transcriptional regulator  32.44 
 
 		 298 aa  127  2.0000000000000002e-28  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2268  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  30.67 
 
 		 302 aa  126  5e-28  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.170931  normal  0.112201 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2577  transcriptional regulator, LysR family  30.33 
 
 		 297 aa  125  6e-28  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.216536  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5630  LysR family transcriptional regulator  28.62 
 
 		 302 aa  122  7e-27  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0341867 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1817  LysR family transcriptional regulator  30.1 
 
 		 310 aa  122  8e-27  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.330978  hitchhiker  0.00360584 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1472  LysR family transcriptional regulator  29.3 
 
 		 300 aa  121  9.999999999999999e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.166956  normal  0.322339 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5847  LysR family transcriptional regulator  28.28 
 
 		 302 aa  121  9.999999999999999e-27  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.632072  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3711  LysR family transcriptional regulator  28.28 
 
 		 302 aa  121  1.9999999999999998e-26  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.282395  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4657  LysR family transcriptional regulator  28.28 
 
 		 302 aa  121  1.9999999999999998e-26  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.501857  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5126  LysR family transcriptional regulator  32.09 
 
 		 319 aa  120  3.9999999999999996e-26  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.255501  normal  0.155944 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5409  LysR family protein  32.71 
 
 		 300 aa  119  3.9999999999999996e-26  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.152867  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5647  LysR family transcriptional regulator  28.28 
 
 		 302 aa  119  3.9999999999999996e-26  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.287338 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1259  transcriptional regulator, LysR family  32.37 
 
 		 300 aa  119  4.9999999999999996e-26  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1092  transcriptional regulator, LysR family  31.68 
 
 		 301 aa  119  7e-26  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0509948  normal  0.0429857 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3921  transcriptional regulator, LysR family  33.07 
 
 		 305 aa  119  7e-26  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4035  transcriptional regulator, LysR family  33.07 
 
 		 305 aa  119  7e-26  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.176512  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2041  transcriptional regulator, LysR family  31.68 
 
 		 301 aa  119  7e-26  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.416222 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1722  LysR substrate-binding  31.3 
 
 		 301 aa  119  7.999999999999999e-26  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0793479  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0711  transcriptional regulator, LysR family  32.71 
 
 		 304 aa  118  9.999999999999999e-26  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1765  transcriptional regulator, LysR family  30.47 
 
 		 320 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.348978  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4986  LysR family transcriptional regulator  29.83 
 
 		 304 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.910518 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0395  LysR family transcriptional regulator  32.8 
 
 		 315 aa  117  3e-25  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.662274 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3526  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  30.21 
 
 		 301 aa  116  3.9999999999999997e-25  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.33739  normal  0.82105 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1590  LysR family transcriptional regulator  30.5 
 
 		 302 aa  115  6e-25  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1656  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  32.57 
 
 		 321 aa  115  6e-25  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.227102  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2826  LysR family transcriptional regulator  31.97 
 
 		 302 aa  115  8.999999999999998e-25  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.123766 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1293  LysR family transcriptional regulator  28.19 
 
 		 320 aa  114  1.0000000000000001e-24  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  decreased coverage  0.00171024  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3187  LysR family transcriptional regulator  31.74 
 
 		 307 aa  114  1.0000000000000001e-24  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3568  transcriptional regulator, LysR family  30.71 
 
 		 312 aa  114  2.0000000000000002e-24  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5289  LysR family transcriptional regulator  28.32 
 
 		 302 aa  114  2.0000000000000002e-24  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.127771  normal  0.048203 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1720  LysR family transcriptional regulator  29.64 
 
 		 304 aa  114  2.0000000000000002e-24  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.501523 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2416  transcriptional regulator, substrate-binding of LysR family protein  30.45 
 
 		 297 aa  113  4.0000000000000004e-24  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  decreased coverage  0.0000387203  decreased coverage  0.000000509864 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0178  LysR family transcriptional regulator  29.77 
 
 		 303 aa  112  7.000000000000001e-24  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.758946 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1879  transcriptional regulator, LysR family  31.82 
 
 		 283 aa  110  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0397318  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2380  transcriptional regulator, LysR family  28.52 
 
 		 324 aa  111  2.0000000000000002e-23  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3501  LysR family transcriptional regulator  28.68 
 
 		 304 aa  110  3e-23  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.829127  normal  0.0458146 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2329  transcriptional regulator, LysR family  28.52 
 
 		 324 aa  110  3e-23  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5280  LysR family transcriptional regulator  27.3 
 
 		 318 aa  109  4.0000000000000004e-23  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0548  LysR family transcriptional regulator  31.52 
 
 		 316 aa  109  6e-23  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0140  LysR family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 300 aa  109  7.000000000000001e-23  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.273009  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0963  LysR family transcriptional regulator  27.12 
 
 		 334 aa  109  7.000000000000001e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3176  LysR family transcriptional regulator  28.28 
 
 		 304 aa  108  8.000000000000001e-23  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.594001  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5122  transcriptional regulator, LysR family  33.72 
 
 		 298 aa  108  1e-22  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1158  LysR family transcriptional regulator  30.38 
 
 		 301 aa  108  1e-22  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4825  LysR family transcriptional regulator  30.45 
 
 		 303 aa  108  1e-22  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.861271  normal  0.185461 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6622  LysR family transcriptional regulator  31.68 
 
 		 318 aa  107  2e-22  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.536281  normal  0.255489 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1507  LysR family transcriptional regulator  30.59 
 
 		 317 aa  107  3e-22  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0907  transcriptional regulator, LysR family  25.95 
 
 		 302 aa  106  4e-22  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6218  LysR family transcriptional regulator  30.92 
 
 		 321 aa  106  4e-22  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00215178 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3380  LysR family transcriptional regulator  30 
 
 		 323 aa  106  4e-22  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.846396 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5851  LysR family transcriptional regulator  30.92 
 
 		 321 aa  106  4e-22  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.121988  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0761  transcriptional regulator, LysR family  25.95 
 
 		 316 aa  106  5e-22  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.211674  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3756  LysR family transcriptional regulator  26.38 
 
 		 301 aa  105  9e-22  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.231956  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3548  transcriptional regulator LysR family  29.72 
 
 		 318 aa  105  1e-21  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.280114  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6694  LysR family transcriptional regulator  30.92 
 
 		 321 aa  105  1e-21  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.32621 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2455  transcriptional regulator, LysR family  26.97 
 
 		 300 aa  104  1e-21  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1338  putative transcriptional regulator  27.65 
 
 		 311 aa  105  1e-21  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4629  transcriptional regulator, LysR family  29.92 
 
 		 332 aa  105  1e-21  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.31234 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_15210  LysR family transcriptional regulator  27.65 
 
 		 311 aa  105  1e-21  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.017601  hitchhiker  0.00000000286911 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2937  transcriptional regulator, LysR family  27.39 
 
 		 300 aa  104  2e-21  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0387356  hitchhiker  0.00000808392 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6370  LysR family transcriptional regulator  28.67 
 
 		 309 aa  103  2e-21  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2840  LysR family transcriptional regulator  29.53 
 
 		 299 aa  104  2e-21  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2396  transcriptional regulator, LysR family  27.39 
 
 		 300 aa  104  2e-21  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2271  LysR family transcriptional regulator  26.97 
 
 		 300 aa  103  3e-21  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.865675  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2231  LysR family transcriptional regulator  26.97 
 
 		 300 aa  103  3e-21  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000245311  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2439  LysR family transcriptional regulator  26.97 
 
 		 300 aa  103  3e-21  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.763594  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1646  LysR family transcriptional regulator  30.2 
 
 		 317 aa  103  3e-21  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1487  LysR family transcriptional regulator  29.8 
 
 		 317 aa  103  3e-21  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.235813  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0659  LysR family transcriptional regulator  28.33 
 
 		 314 aa  103  5e-21  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1704  LysR family transcriptional regulator  28.52 
 
 		 307 aa  102  6e-21  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.407381  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4662  transcriptional regulator, LysR family  32.06 
 
 		 329 aa  102  6e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0664  transcriptional regulator, LysR family  29.51 
 
 		 331 aa  102  7e-21  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0778  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 306 aa  102  9e-21  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2533  transcriptional regulator, LysR family  26.56 
 
 		 300 aa  101  1e-20  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00448001  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1674  transcriptional regulator, LysR family  30.7 
 
 		 312 aa  102  1e-20  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.247325  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2256  LysR family transcriptional regulator  29.17 
 
 		 333 aa  102  1e-20  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.585656  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3122  LysR family transcriptional regulator  29.96 
 
 		 315 aa  100  2e-20  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2188  LysR family transcriptional regulator  26.56 
 
 		 300 aa  101  2e-20  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.540994  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1713  transcriptional regulator, LysR family  27.76 
 
 		 304 aa  101  2e-20  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3263  LysR family transcriptional regulator  30.17 
 
 		 307 aa  100  2e-20  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.266954  normal  0.470905 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4630  LysR family transcriptional regulator  28.23 
 
 		 302 aa  100  3e-20  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3790  LysR family transcriptional regulator  30.17 
 
 		 307 aa  100  3e-20  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.98544 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_02870  putative transcriptional regulator  28.47 
 
 		 313 aa  100  3e-20  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00238694 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2269  transcriptional regulator, LysR family  30.51 
 
 		 303 aa  100  4e-20  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3501  transcriptional regulator, LysR family  28.83 
 
 		 310 aa  100  4e-20  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.7374  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1679  transcriptional regulator, LysR family  26.77 
 
 		 304 aa  99.8  5e-20  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2469  LysR family transcriptional regulator  27.16 
 
 		 300 aa  99.8  5e-20  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.36421  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4729  LysR family transcriptional regulator  30.08 
 
 		 317 aa  99.8  5e-20  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.417319  normal  0.651457 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0223  transcriptional regulator, LysR family  26.83 
 
 		 308 aa  99.8  6e-20  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.0239924 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>